BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308O11
Chromosome16 (Build37)
Map Location 53,835,129 - 53,972,171
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043430, LOC667895
Downstream geneLOC433027, LOC100043442, LOC100043449, LOC667927
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308O11.bB6Ng01-308O11.g
ACCGA101281GA101282
length1,1081,117
definitionB6Ng01-308O11.b B6Ng01-308O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,971,071 - 53,972,171)(53,835,129 - 53,836,265)
sequence
gaattcactcagcacacaaactgactgatctgtaaaccttggattctaca
tgtcaatttcgctctagcactgggagtacaagtgcaatgtttgcattgtc
atagaatctggggattgaactcagcttcttatacttgcacaccagcatgt
tacctaggtacttttctagttctgaaaaaaaaactttttaatattgcttt
cattttataatgataaaatgtttcaaagctgttgaaatttaatgaattaa
acaaatattgtaatgagctaaatcacaacttttttaattttgatgctaaa
gccattaaaatttaaagttaaatatatttaattttatatgcattctaatg
attaatttttttcatctgtgtatctaacctataattcaaattcttcaatt
gacagagtagtatatttcagacatatattttctccaccaagctataagtt
aacataggaacaaaaccacaatgataaaaagctaatgtgctttgagctat
cttttaccaattttatttttgggattttctgatatttgcaactccatttt
gtttcattggttaatgtcttcttttattttattaattttatatattgtta
ttgtgttcttgtttcttttcccttttttattggacattttatttgtttac
atttcaaatgttatcccctttcatggttttccctccacaaccccctatca
catccccctccccctgcttctatgagggtgctctcccacacgtccactca
ggcttcacctccctagtattcccctgctggggtatcaaaccttcacagga
ccaagggtctcctctcccattgacgtaagatatggccattctctgctaca
tatacagctggaaccctgtgtggctccatgtgtactttttgtttggtggt
ttaattcctgagaactctggtggttgggttgattaatattcttgttctgc
ctatggtttgtaaaacacttcagatccttaaagccttctctaactctcat
tggggtccagtctcattcatgttgctatgagcatttgaatctgtatttgt
cagatctgtaaagaacttctcaagaacagagccttattcagctcttgtca
gcagcact

gaattccagtcaacactcagggttgaccaatattctcacaagaaaatcgt
gattatattaaaaaataaataaaatttaacatgacagaaacacctcaagt
attaagagaaaaaaactgtccctgtatgtgtgtaaaaatgttcacattac
ttgtagttgcaaaaaatgggtgaaaagaataaaagtttatatgttgaatg
agtaaaaaatttccaatgaatgtataaaattgaatactgtctaaaattat
aaatattatatatttagaacaagccaaccataaataaacctcaaattttt
actatgtcaaataaatgaaatgagggttggagagatggccccctagttaa
aagcatgttttgtttttgtagagaacccaggtttcgttaccagcatttgc
atgctagctgacaaccatttttacattacagtctagagtatatgatgtcc
ttctttgtccattacagacactgagcatccatgattcacagacatataca
ggcaaatcatgtatacaagtaagaacaaatcctttatatacatggacaag
gatgtccagtgtaaaggtgctaggctggagttcctaaggtcctgagttca
attttcagcaaagtaatgtaataaaattcaataacagacaaaatgtttga
cgctgtaaatttcaatccatacattaatccacagaataattaacattaaa
aaatgaagcaagtaagtgatcaagatgggtttgcaatgaatatatttttt
cttttttttttaaatttaattttatttgtaattcatttttacactccata
ttccattccctatccctcctcatccaccttatgactcctgactcctacat
atcacacacctcctccccactccatttccaggtggatgtccccatctccc
ccccccccaccttacctctaaactccctggggcctccagtctcttgagag
ttaggtgcacacacatacaaaagccacaaaatacaaatatacatacatat
atgtccatacatagacataagcataaaaaataagctacatataaatatga
atatacatgttgatgtgataatgcatatgcttgataactatcatatacaa
tttttatgcaaacccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_53971071_53972171
seq2: B6Ng01-308O11.b_67_1157 (reverse)

seq1  AGTGCTTGCTGACAAGAGCCTGATATAGCTCTG-TCTTGAGA--GTCTCT  47
      ||||| |||||||||||||   |||  |||||| ||||||||   ||| |
seq2  AGTGC-TGCTGACAAGAGCTGAATAAGGCTCTGTTCTTGAGAAGTTCTTT  49

seq1  ACCAGATCCTGACAAATACAGATTCAAATGCTCATAGCCAAACATTGAAA  97
      | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||   ||
seq2  A-CAGAT-CTGACAAATACAGATTCAAATGCTCATAGC--AACAT--GAA  93

seq1  TGAGAACTGGAACCCCAAATGAGGAGTTAGAGGAAGGCTTTAAGGATCTG  147
      |||| ||||||  ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAG-ACTGGA--CCCCAATGA-GAGTTAGA-GAAGGCTTTAAGGATCTG  138

seq1  AAGTGTTTTACAAACCCATAGGCAGAACAAGAATATTAATCAACCCAACC  197
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTTACAAA-CCATAGGCAGAACAAGAATATTAATCAACCCAACC  187

seq1  ACCAGAGTTCTCAGGAATTAAACCACCAAACAAAAAGTACACATGGAGCC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGTTCTCAGGAATTAAACCACCAAACAAAAAGTACACATGGAGCC  237

seq1  ACACAGGGTTCCAGCTGTATATGTAGCAGAGAATGGCCATATCTTACGTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGTTCCAGCTGTATATGTAGCAGAGAATGGCCATATCTTACGTC  287

seq1  AATGGGAGAGGAGACCCTTGGTCCTGTGAAGGTTTGATACCCCAGCAGGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAGAGGAGACCCTTGGTCCTGTGAAGGTTTGATACCCCAGCAGGG  337

seq1  GAATACTAGGGAGGTGAAGCCTGAGTGGACGTGTGGGAGAGCACCCTCAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTAGGGAGGTGAAGCCTGAGTGGACGTGTGGGAGAGCACCCTCAT  387

seq1  AGAAGCAGGGGGAGGGGGATGTGATAGGGGGTTGTGGAGGGAAAACCATG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGGGGGAGGGGGATGTGATAGGGGGTTGTGGAGGGAAAACCATG  437

seq1  AAAGGGGATAACATTTGAAATGTAAACAAATAAAATGTCCAATAAAAAAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGATAACATTTGAAATGTAAACAAATAAAATGTCCAATAAAAAAG  487

seq1  GGAAAAGAAACAAGAACACAATAACAATATATAAAATTAATAAAATAAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGAAACAAGAACACAATAACAATATATAAAATTAATAAAATAAAA  537

seq1  GAAGACATTAACCAATGAAACAAAATGGAGTTGCAAATATCAGAAAATCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACATTAACCAATGAAACAAAATGGAGTTGCAAATATCAGAAAATCC  587

seq1  CAAAAATAAAATTGGTAAAAGATAGCTCAAAGCACATTAGCTTTTTATCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATAAAATTGGTAAAAGATAGCTCAAAGCACATTAGCTTTTTATCA  637

seq1  TTGTGGTTTTGTTCCTATGTTAACTTATAGCTTGGTGGAGAAAATATATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTTTTGTTCCTATGTTAACTTATAGCTTGGTGGAGAAAATATATG  687

seq1  TCTGAAATATACTACTCTGTCAATTGAAGAATTTGAATTATAGGTTAGAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATATACTACTCTGTCAATTGAAGAATTTGAATTATAGGTTAGAT  737

seq1  ACACAGATGAAAAAAATTAATCATTAGAATGCATATAAAATTAAATATAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGATGAAAAAAATTAATCATTAGAATGCATATAAAATTAAATATAT  787

seq1  TTAACTTTAAATTTTAATGGCTTTAGCATCAAAATTAAAAAAGTTGTGAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTTAAATTTTAATGGCTTTAGCATCAAAATTAAAAAAGTTGTGAT  837

seq1  TTAGCTCATTACAATATTTGTTTAATTCATTAAATTTCAACAGCTTTGAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCATTACAATATTTGTTTAATTCATTAAATTTCAACAGCTTTGAA  887

seq1  ACATTTTATCATTATAAAATGAAAGCAATATTAAAAAGTTTTTTTTTCAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTATCATTATAAAATGAAAGCAATATTAAAAAGTTTTTTTTTCAG  937

seq1  AACTAGAAAAGTACCTAGGTAACATGCTGGTGTGCAAGTATAAGAAGCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGAAAAGTACCTAGGTAACATGCTGGTGTGCAAGTATAAGAAGCTG  987

seq1  AGTTCAATCCCCAGATTCTATGACAATGCAAACATTGCACTTGTACTCCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAATCCCCAGATTCTATGACAATGCAAACATTGCACTTGTACTCCC  1037

seq1  AGTGCTAGAGCGAAATTGACATGTAGAATCCAAGGTTTACAGATCAGTCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTAGAGCGAAATTGACATGTAGAATCCAAGGTTTACAGATCAGTCA  1087

seq1  GTTT  1101
      ||||
seq2  GTTT  1091


seq1: chr16_53835129_53836265
seq2: B6Ng01-308O11.g_65_1181

seq1  GAATTCCAGTCAACACTCAGGATTGACCAATATTCTCACAAGAAAATCGT  50
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCAACACTCAGGGTTGACCAATATTCTCACAAGAAAATCGT  50

seq1  GATTATATTAAAAAATAAATAAAATTTAACATGACAGAAACACCTCAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATATTAAAAAATAAATAAAATTTAACATGACAGAAACACCTCAAGT  100

seq1  ATTAAGAGAAAAAAACTGTCCCTGTATGTGTGTAAAAATGTTCACATTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGAGAAAAAAACTGTCCCTGTATGTGTGTAAAAATGTTCACATTAC  150

seq1  TTGTAGTTGCAAAAAATGGGTGAAAAGAATAAAAGTTTATATGTTGAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTTGCAAAAAATGGGTGAAAAGAATAAAAGTTTATATGTTGAATG  200

seq1  AGTAAAAAATTTCCAATGAATGTATAAAATTGAATACTGTCTAAAATTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAAAATTTCCAATGAATGTATAAAATTGAATACTGTCTAAAATTAT  250

seq1  AAATATTATATATTTAGAACAAGCCAACCATAAATAAACCTCAAATTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTATATATTTAGAACAAGCCAACCATAAATAAACCTCAAATTTTT  300

seq1  ACTATGTCAAATAAATGAAATGAGGGTTGGAGAGATGGCCCCCTAGTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTCAAATAAATGAAATGAGGGTTGGAGAGATGGCCCCCTAGTTAA  350

seq1  AAGCATGTTTTGTTTTTGTAGAGAACCCAGGTTTCGTTACCAGCATTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTTTTGTTTTTGTAGAGAACCCAGGTTTCGTTACCAGCATTTGC  400

seq1  ATGCTAGCTGACAACCATTTTTACATTACAGTCTAGAGTATATGATGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGCTGACAACCATTTTTACATTACAGTCTAGAGTATATGATGTCC  450

seq1  TTCTTTGTCCATTACAGACACTGAGCATCCATGATTCACAGACATATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTCCATTACAGACACTGAGCATCCATGATTCACAGACATATACA  500

seq1  GGCAAATCATGTATACAAGTAAGAACAAATCCTTTATATACATGGACAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATCATGTATACAAGTAAGAACAAATCCTTTATATACATGGACAAG  550

seq1  GATGTCCAGTGTAAAGGTGCTAGGCTGGAGTTCCTAAGGTCCTGAGTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCCAGTGTAAAGGTGCTAGGCTGGAGTTCCTAAGGTCCTGAGTTCA  600

seq1  ATTTTCAGCAAAGTAATGTAATAAAATTCAATAACAGACAAAATGTTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAGCAAAGTAATGTAATAAAATTCAATAACAGACAAAATGTTTGA  650

seq1  CGCTGTAAATTTCAATCCATACATTAATCCACAGAATAATTAACATTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTAAATTTCAATCCATACATTAATCCACAGAATAATTAACATTAAA  700

seq1  AAATGAAGCAAGTAAGTGATCAAGATGGGTTTGCAATGAATATATTTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGCAAGTAAGTGATCAAGATGGGTTTGCAATGAATATATTTTTT  750

seq1  CTTTTTTTTTTAAATTTAATTTTATTTGTAATTCATTTTTACACTCCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTTTTTAAATTTAATTTTATTTGTAATTCATTTTTACACTCCATA  800

seq1  TTCCATTCCCTATCCCTCCTCATCCACCTTATGACTCCTGACTCCTACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTCCCTATCCCTCCTCATCCACCTTATGACTCCTGACTCCTACAT  850

seq1  ATCACACACCTCCTCCCCACTCCATTTCCAGGTGGATGTCCCCATCT-CC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATCACACACCTCCTCCCCACTCCATTTCCAGGTGGATGTCCCCATCTCCC  900

seq1  CCCCCCCCACCTTACCTCTAAACTCCCTGGGGCCTCCAGTCTCTTGAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCACCTTACCTCTAAACTCCCTGGGGCCTCCAGTCTCTTGAGAG  950

seq1  TTAGGTGCACACACATACAAAAAGCCACAAAAATACAAATATACATACAT  999
      |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGCACACACATAC-AAAAGCCAC-AAAATACAAATATACATACAT  998

seq1  ATATGTCCAATACATAAGACATAAGCATAAAAAAATAAAGCCTACATATA  1049
      |||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||   |||||||| 
seq2  ATATGTCC-ATACAT-AGACATAAGCAT-AAAAAATAA--GCTACATAT-  1042

seq1  AAATATGAATATTACATTGTTTGATGTGAATTAAATTGCCATATGCTTGA  1099
      ||||||||||| |||||   |||||||||  |||  || |||||||||||
seq2  AAATATGAATA-TACAT--GTTGATGTGA--TAA--TG-CATATGCTTGA  1084

seq1  TTAAACTATCAATATACAAATATTTATGCAAACACCAG  1137
      |  ||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||
seq2  T--AACTATC-ATATAC-AATTTTTATGCAAAC-CCAG  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |