BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311E05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 43,529,593 - 43,699,900
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZbtb20, LOC100043314
Upstream geneBC002163, LOC667484
Downstream geneDrd3, Qtrtd1, 2610015P09Rik, Zdhhc23, Gramd1c, Atp6v1a, Nat13, Gm608, Sidt1, Ccdc52, Wdr52, Boc, LOC100043731
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311E05.bB6Ng01-311E05.g
ACCGA103025GA103026
length636905
definitionB6Ng01-311E05.b B6Ng01-311E05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,529,593 - 43,530,228)(43,698,997 - 43,699,900)
sequence
gaattccatccattctccctagtgagaaatggtgtgtacttctgaaaagt
gtgctattgtggaacatggtgcaagtttgtcctcaatgtaagagtcacaa
atggacttcattgagaggctgggcacttctactgcttttatggtgtgtgt
gtgcacgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcgtgcgtgctc
gctcgcatgtttatgcaagtgggtacagatgagagtgtgtgtgtgtgtgt
gagtggatatgtgcagtgtatacatttatatatttgggtgcatgcaagag
tacataggatactatcagttatcttctttgatttctctccaccttctttt
ttttagaaagagactctcactaatcctagaactgacccattagactaggc
tggcttgccagtgagctccagggatccccaggtcactagcgtttcagctc
tgggtcccagatgtgctgctgcacacagcttttacatgagtactggtgat
ctgaaccgaccttactgactgagtcataaccccagatgtaggtacttact
tgactgtgtttgtggagggctgcatgtgcatgtacagtgtatgcacatgt
atatccaggggcactcactttgtgcttgtgaggtca
gaattccttgttgctgcagtagaccttgggcagtccttgctcctcctgta
gcagagctctgtttattggctggagatttagtcagaggagctctggaatt
tagcaggagacatgtttatgtctcatggtcaaatacttattcagaattct
agaattctcgagcacctcctgtatgtccagcatagcgtggggtattagag
aatctgatatgccccagcttgtaactcattcacgtcagaggcagaggggg
aaatcccatctttgttattcagtagaatgaggtaaaaccagaggtcaaca
gacctggtataaggatcactgtgcttttgtgactttattcccttaaccaa
atctactgaaccctttcctgtatcaggcacacgctctccagagcttacgt
gatggtggcagcctacaaagatagtgagactccaccagccatggtggcat
gggactgtaatcccagccctaacaaggcaggaggagcacaggtttgaggt
cggcccatctcaagaaacaacaacaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaa
caaaactggaagagatgatgaagtcccctaggcagaggtcagtaaagaca
ggccaggcagagaacacagggtacataccaacccgacagctcaaacccac
aaaccacaggctagcaggagagacagccttgggggcgggacaaggtgtgg
gggcgggaccagaaggttcctgtgggctccaccatagacttctgcctttc
cgtcaagtggaagagggcggggctggaaaggatttgtggcaagcagtaga
tataaagagatgagtgctttttaaaattgtggcgttttaaaatagccaat
gctctgtttgcatcttcctcgaaaggatccgtagttgaggtgtggggggt
gggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_43529593_43530228
seq2: B6Ng01-311E05.b_42_677

seq1  GAATTCCATCCATTCTCCCTAGTGAGAAATGGTGTGTACTTCTGAAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCATTCTCCCTAGTGAGAAATGGTGTGTACTTCTGAAAAGT  50

seq1  GTGCTATTGTGGAACATGGTGCAAGTTTGTCCTCAATGTAAGAGTCACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATTGTGGAACATGGTGCAAGTTTGTCCTCAATGTAAGAGTCACAA  100

seq1  ATGGACTTCATTGAGAGGCTGGGCACTTCTACTGCTTTTATGGTGTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTTCATTGAGAGGCTGGGCACTTCTACTGCTTTTATGGTGTGTGT  150

seq1  GTGCACGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGTGCGTGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGTGCGTGCTC  200

seq1  GCTCGCATGTTTATGCAAGTGGGTACAGATGAGAGTGTGTGTGTGTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGCATGTTTATGCAAGTGGGTACAGATGAGAGTGTGTGTGTGTGTGT  250

seq1  GAGTGGATATGTGCAGTGTATACATTTATATATTTGGGTGCATGCAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGATATGTGCAGTGTATACATTTATATATTTGGGTGCATGCAAGAG  300

seq1  TACATAGGATACTATCAGTTATCTTCTTTGATTTCTCTCCACCTTCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGGATACTATCAGTTATCTTCTTTGATTTCTCTCCACCTTCTTTT  350

seq1  TTTTAGAAAGAGACTCTCACTAATCCTAGAACTGACCCATTAGACTAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAAAGAGACTCTCACTAATCCTAGAACTGACCCATTAGACTAGGC  400

seq1  TGGCTTGCCAGTGAGCTCCAGGGATCCCCAGGTCACTAGCGTTTCAGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGCCAGTGAGCTCCAGGGATCCCCAGGTCACTAGCGTTTCAGCTC  450

seq1  TGGGTCCCAGATGTGCTGCTGCACACAGCTTTTACATGAGTACTGGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCCCAGATGTGCTGCTGCACACAGCTTTTACATGAGTACTGGTGAT  500

seq1  CTGAACCGACCTTACTGACTGAGTCATAACCCCAGATGTAGGTACTTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCGACCTTACTGACTGAGTCATAACCCCAGATGTAGGTACTTACT  550

seq1  TGACTGTGTTTGTGGAGGGCTGCATGTGCATGTACAGTGTATGCACATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTGTTTGTGGAGGGCTGCATGTGCATGTACAGTGTATGCACATGT  600

seq1  ATATCCAGGGGCACTCAC-TTGTGCTTGTTGAGGTCA  636
      |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  ATATCCAGGGGCACTCACTTTGTGCTTG-TGAGGTCA  636

seq1: chr16_43698997_43699900
seq2: B6Ng01-311E05.g_67_971 (reverse)

seq1  TTCCCA-CCCCCACACCTCAACCTACGGATCC-TTCGAGGAAGATGCAAA  48
      |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCCCACCCCCCACACCTCAA-CTACGGATCCTTTCGAGGAAGATGCAAA  49

seq1  CAGAGCATTGGCTATTTTAAAACGCCACAATTTTAAAAAGCACTCATCTC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCATTGGCTATTTTAAAACGCCACAATTTTAAAAAGCACTCATCTC  99

seq1  TTTATATCTACTGCTTGCCACAAATCCTTTCCAGCCCCGCCCTCTTCCAC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATCTACTGCTTGCCACAAATCCTTTCCAGCCCCGCCCTCTTCCAC  149

seq1  TTGACGGAAAGGCAGAAGTCTATGGTGGAGCCCACAGGAACCTTCTGGTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACGGAAAGGCAGAAGTCTATGGTGGAGCCCACAGGAACCTTCTGGTC  199

seq1  CCGCCCCCACACCTTGTCCCGCCCCCAAGGCTGTCTCTCCTGCTAGCCTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCCCCACACCTTGTCCCGCCCCCAAGGCTGTCTCTCCTGCTAGCCTG  249

seq1  TGGTTTGTGGGTTTGAGCTGTCGGGTTGGTATGTACCCTGTGTTCTCTGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGTGGGTTTGAGCTGTCGGGTTGGTATGTACCCTGTGTTCTCTGC  299

seq1  CTGGCCTGTCTTTACTGACCTCTGCCTAGGGGACTTCATCATCTCTTCCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTGTCTTTACTGACCTCTGCCTAGGGGACTTCATCATCTCTTCCA  349

seq1  GTTTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTTGTTGTTTCTTGAGAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTTGTTGTTTCTTGAGAT  399

seq1  GGGCCGACCTCAAACCTGTGCTCCTCCTGCCTTGTTAGGGCTGGGATTAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCGACCTCAAACCTGTGCTCCTCCTGCCTTGTTAGGGCTGGGATTAC  449

seq1  AGTCCCATGCCACCATGGCTGGTGGAGTCTCACTATCTTTGTAGGCTGCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCATGCCACCATGGCTGGTGGAGTCTCACTATCTTTGTAGGCTGCC  499

seq1  ACCATCACGTAAGCTCTGGAGAGCGTGTGCCTGATACAGGAAAGGGTTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCACGTAAGCTCTGGAGAGCGTGTGCCTGATACAGGAAAGGGTTCA  549

seq1  GTAGATTTGGTTAAGGGAATAAAGTCACAAAAGCACAGTGATCCTTATAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTTGGTTAAGGGAATAAAGTCACAAAAGCACAGTGATCCTTATAC  599

seq1  CAGGTCTGTTGACCTCTGGTTTTACCTCATTCTACTGAATAACAAAGATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTGTTGACCTCTGGTTTTACCTCATTCTACTGAATAACAAAGATG  649

seq1  GGATTTCCCCCTCTGCCTCTGACGTGAATGAGTTACAAGCTGGGGCATAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCCCCCTCTGCCTCTGACGTGAATGAGTTACAAGCTGGGGCATAT  699

seq1  CAGATTCTCTAATACCCCACGCTATGCTGGACATACAGGAGGTGCTCGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCTCTAATACCCCACGCTATGCTGGACATACAGGAGGTGCTCGAG  749

seq1  AATTCTAGAATTCTGAATAAGTATTTGACCATGAGACATAAACATGTCTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAGAATTCTGAATAAGTATTTGACCATGAGACATAAACATGTCTC  799

seq1  CTGCTAAATTCCAGAGCTCCTCTGACTAAATCTCCAGCCAATAAACAGAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAATTCCAGAGCTCCTCTGACTAAATCTCCAGCCAATAAACAGAG  849

seq1  CTCTGCTACAGGAGGAGCAAGGACTGCCCAAGGTCTACTGCAGCAACAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTACAGGAGGAGCAAGGACTGCCCAAGGTCTACTGCAGCAACAAG  899

seq1  GAATTC  904
      ||||||
seq2  GAATTC  905