BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313J13
Chromosome16 (Build37)
Map Location 75,501,064 - 75,657,816
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD930038D03Rik, Rbm11
Upstream geneLOC665042
Downstream geneStch, LOC546667, Samsn1, 4930578N18Rik, LOC100039457, Nrip1, LOC100039316
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313J13.bB6Ng01-313J13.g
ACCGA104766GA104767
length1,1001,141
definitionB6Ng01-313J13.b B6Ng01-313J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,501,064 - 75,502,174)(75,656,661 - 75,657,816)
sequence
gaattctttgtccattctcatgtgtgaccaatttgcctcttgccagacag
tcattcacaatttctatgcatagtaaaaggagagcccagatttcaaatgg
gaaagaagcattacatggccagagctgctgcttcctggatccaggatggc
tattcctaattggcccagacagacacacgttgtcatcaatcccatgtccc
atacttgtcttgaggttgttttctcaaacattcccccaatgtaggctcca
actggagcagactaaaacattttgctcactatctctcaacctcagaatgc
ctgatactgtcagaagccagtgttcaaaacaactctgagttcacaattgc
ttatactttagccagtgttctttctcttcacctaaatacgtttcagaaca
gtctctgggcaaaaccaagccactcatacagttaagctgtatgttcatca
tagccaacttgaatcatgactgagactctagttgctcaagtacaaaggca
ctggcatcctggtcattaaaacaagacatcagtgtctacagaagctcata
tgtaatgaatgccaacagatcatttttttccttatacaaaatatatggtg
ttatggtatcatcatggtcacacatctgggataaagctggactcatgctt
aaagaagaaaataatactcaggagattggcagaagtaattcctattcatt
cattcattcattcattcattcattcattcactttacatccctattgcagt
tccccttccaggttctccccacacagccccccatgaccatcccctctcct
ctgagaacatgaaggcacccctggctattcccccaccctccacatcaatt
ttgtggagagctaggcacaccctctcccgcaaggacagacaaggcaatcc
agttagggggacatacccataaacaggcaaaagcttagggatagctcctg
ccccggttgtttgaggatggattaaaagctgagcttcacatctctctcaa
gtcatgatatgtaatgtaatctatagagaatatgcttttaaataatacat
ggatcaaaaaaaccactattagagctacatcatcaactatagaagactgt


gaattcagctccactgaactgccttctgcactgactcactgagctcaacc
caactgcactgagaaatctcaactgactgaaaaaaactgactgccatcac
tgatctaccttccatttggatgtcactttcaaacactagctgctccttct
acacaaaggtgcattcaagggcttgtgtgtaatccaggacatgcctgcat
tctagccagataacaagtctaggtctttggatgtgatctcttgccagagt
agccatgttgctgggttaaaattcctctacaaacaatagtatatggactt
gtcttgttggcatttcagaacaataaatgatcatgttctcaaaatataaa
ctttttatattttctttctctttttaatttttatgtttactttgaaagtt
acaaaatgacattttctaaatttagtatttatacatgtacttttatagtt
ttataattaaagcctctaaattattatcaattttattaattttagtgata
ttatttaagatttatgacagttataaatttaaaatgacactgagaagttt
ttagatctagagaagtgaggagtctttcaattcacagatgaaatagaaca
caggcttaggaaatacttattcacgtatacaattttgaaaaatcaaaatc
attaactgtacttagcacatatttagacaatttcacctaatctttcctcc
atggctagaaagatagttttctggataaagtgcttcttgtgcaagcaagc
acacacagtcagatctcctgaagctgtgaacatcaggaatggcagcatgc
gatactcacaaggttagcattgtgagggcaagagtcaggcatgtcctaag
agctcactgaacatgcagttcccggagtttcagattcagtgagagatctt
gtataaaaaattaaaaggggagaacaacagaggaagatgcccaatactga
cctgtgacatatacagacagtgcacacatgtaaatgacactatctctcct
ctttttctctctctctctcctctgcgttttctctcttcctccccatgcac
aaaatgacatcccttttttgtctcttctagacaaatatgtttcatattta
ttatatgcaattattagattcaccatttcttatatattgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_75501064_75502174
seq2: B6Ng01-313J13.b_47_1146

seq1  GAATTCTTTGTCCATTCTCATGTGTGACCAATTTGCCTCTTGCCAGACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTCCATTCTCATGTGTGACCAATTTGCCTCTTGCCAGACAG  50

seq1  TCATTCACAATTTCTATGCATAGTAAAAGGAGAGCCCAGATTTCAAATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCACAATTTCTATGCATAGTAAAAGGAGAGCCCAGATTTCAAATGG  100

seq1  GAAAGAAGCATTACATGGCCAGAGCTGCTGCTTCCTGGATCCAGGATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAGCATTACATGGCCAGAGCTGCTGCTTCCTGGATCCAGGATGGC  150

seq1  TATTCCTAATTGGCCCAGACAGACACACGTTGTCATCAATCCCATGTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTAATTGGCCCAGACAGACACACGTTGTCATCAATCCCATGTCCC  200

seq1  ATACTTGTCTTGAGGTTGTTTTCTCAAACATTCCCCCAATGTAGGCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGTCTTGAGGTTGTTTTCTCAAACATTCCCCCAATGTAGGCTCCA  250

seq1  ACTGGAGCAGACTAAAACATTTTGCTCACTATCTCTCAACCTCAGAATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGCAGACTAAAACATTTTGCTCACTATCTCTCAACCTCAGAATGC  300

seq1  CTGATACTGTCAGAAGCCAGTGTTCAAAACAACTCTGAGTTCACAATTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATACTGTCAGAAGCCAGTGTTCAAAACAACTCTGAGTTCACAATTGC  350

seq1  TTATACTTTAGCCAGTGTTCTTTCTCTTCACCTAAATACGTTTCAGAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTTTAGCCAGTGTTCTTTCTCTTCACCTAAATACGTTTCAGAACA  400

seq1  GTCTCTGGGCAAAACCAAGCCACTCATACAGTTAAGCTGTATGTTCATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGGGCAAAACCAAGCCACTCATACAGTTAAGCTGTATGTTCATCA  450

seq1  TAGCCAACTTGAATCATGACTGAGACTCTAGTTGCTCAAGTACAAAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAACTTGAATCATGACTGAGACTCTAGTTGCTCAAGTACAAAGGCA  500

seq1  CTGGCATCCTGGTCATTAAAACAAGACATCAGTGTCTACAGAAGCTCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATCCTGGTCATTAAAACAAGACATCAGTGTCTACAGAAGCTCATA  550

seq1  TGTAATGAATGCCAACAGATCATTTTTTTCCTTATACAAAATATATGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGAATGCCAACAGATCATTTTTTTCCTTATACAAAATATATGGTG  600

seq1  TTATGGTATCATCATGGTCACACATCTGGGATAAAGCTGGACTCATGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTATCATCATGGTCACACATCTGGGATAAAGCTGGACTCATGCTT  650

seq1  AAAGAAGAAAATAATACTCAGGAGATTGGCAGAAGTAATTCCTATTCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGAAAATAATACTCAGGAGATTGGCAGAAGTAATTCCTATTCATT  700

seq1  CATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCACTTTACATCCCTATTGCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCACTTTACATCCCTATTGCAGT  750

seq1  TCCCCTTCCAGGTTCTCCCCACACAGCCCCCCATGACCATCCCCTCTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTCCAGGTTCTCCCCACACAGCCCCCCATGACCATCCCCTCTCCT  800

seq1  CTGAGAACATGAAGGCACCCCTGGCTATTCCCCCACCCTCCACATCAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAACATGAAGGCACCCCTGGCTATTCCCCCACCCTCCACATCAATT  850

seq1  TTGTGGAGAGCTAGGCACACCCTCTCCCGCAAGGACAGACAAGGCAATCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGAGAGCTAGGCACACCCTCTCCCGCAAGGACAGACAAGGCAATCC  900

seq1  AGTTAGGGGGACATACCCATAAACAGGCAAAAGCTTAGGGATAGCTCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGGGGACATACCCATAAACAGGCAAAAGCTTAGGGATAGCTCCTG  950

seq1  CCCCGGTTGTTTGAGGATGGATTTAAAAGCTGAGCTTCACATCTTCTCTC  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCCCGGTTGTTTGAGGATGGA-TTAAAAGCTGAGCTTCACATC-TCTCTC  998

seq1  AAGTTCATGATATGTTAATGTAATTCTTATAGAGAAATATGCTTTTAAAA  1050
      ||| |||||||||| |||||||||   ||||||| ||||||||||| |||
seq2  AAG-TCATGATATG-TAATGTAAT--CTATAGAG-AATATGCTTTT-AAA  1042

seq1  TAATACATGGATGGAAAAAAACACTATTAGAGCTACATCATCAAAACTAT  1100
      ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  TAATACATGGATCAAAAAAACCACTATTAGAGCTACATCATC--AACTAT  1090

seq1  AAGAAGACTGT  1111
       ||||||||||
seq2  -AGAAGACTGT  1100


seq1: chr16_75656661_75657816
seq2: B6Ng01-313J13.g_67_1207 (reverse)

seq1  TCCAAATTATATAAGAAAATGGTGAAATTCCTTATTAATGCATAATAATA  50
      |||||  |||||||| ||||||||||    || || | ||||| ||||| 
seq2  TCCAA--TATATAAG-AAATGGTGAA---TCTAATAATTGCAT-ATAAT-  42

seq1  AAATATGAAACAATATTTTGTCTAGAAGAGAC-AAAAAGGGATGTCATTT  99
      ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAATATGAAAC-ATA-TTTGTCTAGAAGAGACAAAAAAGGGATGTCATTT  90

seq1  TGTGCATTGGGGGAGGAAGAGAGAAAACGGCAGAGAGAGAAGAG-GAGAG  148
      |||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||
seq2  TGTGCAT--GGGGAGGAAGAGAGAAAAC-GCAGAG-GAG-AGAGAGAGAG  135

seq1  AAAAAGA-GAGAGATAGTGTTCATTTACATGTGTGCACTTGTCTGTATAT  197
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAAAAGAGGAGAGATAGTG-TCATTTACATGTGTGCAC-TGTCTGTATAT  183

seq1  GTCACAGGTCAGTATTGGGCATCTTCCTCTGTTGTTCTCCCCCTTTTAAT  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTCACAGGTCAGTATTGGGCATCTTCCTCTGTTGTTCT-CCCCTTTTAAT  232

seq1  TTTTTATACAAGATCTCTCACTGAATCTGAAACTCCGGGAACTGCATGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATACAAGATCTCTCACTGAATCTGAAACTCCGGGAACTGCATGTT  282

seq1  CAGTGAGCTCTTAGGACATGCCTGACTCTTGCCCTCACAATGCTAACCTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCTCTTAGGACATGCCTGACTCTTGCCCTCACAATGCTAACCTT  332

seq1  GTGAGTATCGCATGCTGCCATTCCTGATGTTCACAGCTTCAGGAGATCTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTATCGCATGCTGCCATTCCTGATGTTCACAGCTTCAGGAGATCTG  382

seq1  ACTGTGTGTGCTTGCTTGCACAAGAAGCACTTTATCCAGAAAACTATCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTGTGCTTGCTTGCACAAGAAGCACTTTATCCAGAAAACTATCTT  432

seq1  TCTAGCCATGGAGGAAAGATTAGGTGAAATTGTCTAAATATGTGCTAAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCATGGAGGAAAGATTAGGTGAAATTGTCTAAATATGTGCTAAGT  482

seq1  ACAGTTAATGATTTTGATTTTTCAAAATTGTATACGTGAATAAGTATTTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAATGATTTTGATTTTTCAAAATTGTATACGTGAATAAGTATTTC  532

seq1  CTAAGCCTGTGTTCTATTTCATCTGTGAATTGAAAGACTCCTCACTTCTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCCTGTGTTCTATTTCATCTGTGAATTGAAAGACTCCTCACTTCTC  582

seq1  TAGATCTAAAAACTTCTCAGTGTCATTTTAAATTTATAACTGTCATAAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTAAAAACTTCTCAGTGTCATTTTAAATTTATAACTGTCATAAAT  632

seq1  CTTAAATAATATCACTAAAATTAATAAAATTGATAATAATTTAGAGGCTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATAATATCACTAAAATTAATAAAATTGATAATAATTTAGAGGCTT  682

seq1  TAATTATAAAACTATAAAAGTACATGTATAAATACTAAATTTAGAAAATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATAAAACTATAAAAGTACATGTATAAATACTAAATTTAGAAAATG  732

seq1  TCATTTTGTAACTTTCAAAGTAAACATAAAAATTAAAAAGAGAAAGAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTGTAACTTTCAAAGTAAACATAAAAATTAAAAAGAGAAAGAAAA  782

seq1  TATAAAAAGTTTATATTTTGAGAACATGATCATTTATTGTTCTGAAATGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAAGTTTATATTTTGAGAACATGATCATTTATTGTTCTGAAATGC  832

seq1  CAACAAGACAAGTCCATATACTATTGTTTGTAGAGGAATTTTAACCCAGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGACAAGTCCATATACTATTGTTTGTAGAGGAATTTTAACCCAGC  882

seq1  AACATGGCTACTCTGGCAAGAGATCACATCCAAAGACCTAGACTTGTTAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGCTACTCTGGCAAGAGATCACATCCAAAGACCTAGACTTGTTAT  932

seq1  CTGGCTAGAATGCAGGCATGTCCTGGATTACACACAAGCCCTTGAATGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTAGAATGCAGGCATGTCCTGGATTACACACAAGCCCTTGAATGCA  982

seq1  CCTTTGTGTAGAAGGAGCAGCTAGTGTTTGAAAGTGACATCCAAATGGAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTGTAGAAGGAGCAGCTAGTGTTTGAAAGTGACATCCAAATGGAA  1032

seq1  GGTAGATCAGTGATGGCAGTCAGTTTTTTTCAGTCAGTTGAGATTTCTCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGATCAGTGATGGCAGTCAGTTTTTTTCAGTCAGTTGAGATTTCTCA  1082

seq1  GTGCAGTTGGGTTGAGCTCAGTGAGTCAGTGCAGAAGGCAGTTCAGTGGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTTGGGTTGAGCTCAGTGAGTCAGTGCAGAAGGCAGTTCAGTGGA  1132

seq1  GCTGAATTC  1156
      |||||||||
seq2  GCTGAATTC  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |