BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314E06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 29,293,209 - 29,433,802
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtp13a5, Atp13a4
Upstream geneFgf12, 1600021P15Rik, EG666717, Hrasls
Downstream geneOpa1, Gm1968, LOC100043102, 9030404E10Rik, Hes1, EG547263, 1700025H01Rik, LOC100043110, Cpn2, Lrrc15, Gp5, Atp13a3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314E06.bB6Ng01-314E06.g
ACCGA105250GA105251
length1,1141,065
definitionB6Ng01-314E06.b B6Ng01-314E06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,293,209 - 29,294,328)(29,432,735 - 29,433,802)
sequence
gaattcagttaggaagggacaaaacctaagactaagatgagcactctata
gaccagggcattggttagatgtggggtctgggaagtctcggctgctatat
ttgctctgtcacaaacaaccatgtgatctgagcaagtcctgcccacagct
gcccatctccaaatcagaggacaggatgagatcagttctctgcctccaag
aactccctggtgatgtgagctgtctgtcagtccatccccagcgctttctc
ccttcatgtacaaagaccttcccttagtgctgatttttaattccttacct
tgctagatggtccatatctgaaagcctctccatctttagggttttgtggg
caagagcaatgactcggaagccttgcactgtgtaattcctcagctcctgc
gagaagttcttaggcactgtgagaagagacaggggaggtaagtgtaagat
cccaccgaagtctacccagcacctatgcaactataggatgttttcactgt
gcctcatcattcacttcataaaactcattaccacaaaacagacacaggtc
acagacagcttcatgttactctgatgagggaggaaagatgctacatctgc
cctgttcatcagctgtgctacacaccgattctatgttaaaacctaatctc
caatgtgacagtattttgaacataggcctttgggaagtaattagctcatg
aaggtgagactcccatgagtaggattaagacaaaggaaggtataagagat
ggtctgtcctcaccaggatacagcagcaaagcagcagctacaagccagga
aactagtccccaccaggagccaaattatttagcatcataaacttggacag
ttcagcttccaaaactatgagagatggagtcctgtcattcaagcttccgc
cctcagccattatgatacagcagctcccttaagatgaatttgaccactgt
ctaatatactgattgcattcaccaaaggacaggccctcaggactgtgtct
tctcgaatgaactcggacaaattagcccaatcttgcagattagggttgaa
tatgctcagctcatgcaatgcgctgctgcttcatccattaagttttattg
tcatagttaagctg
gaattcctaccagtttgaggctagccatgaggacatagtgagtttggggg
cagattgaattgcagaatgggaccctgtctaaggaaaaaaaaaagaaaaa
agaaaacaaaaccaaacaactcaataacaacaaacaccaagagtctggaa
agatggctcagcactgaagctatctgtggaagacaatcttcagaagctca
gagccgtgagtaactccagcttcttgggagttcttcctggcctccgtagg
cacttggcatgcagataacatacacacaggtaaaacctcacatacataaa
acaaaatgaaatgataaaaaatcaaaacaaacaataaaaaacacatagca
aaaacaagtcccttctcccccgatcccccaaatcccagatagagcagcct
ggtcaagtgtgtctgaccatctactctctacaaggcacttaggagaagcc
tctctgtttgctggcatttgaaataagagctgaataacacgaaggtatga
accatgcacagatgatgatttttattgtcaagtattagaaggagaagtat
cttcatcagtgtggtctataaactacgctgacagcccatcagttaacaga
atctttagttccgaacaaaaggaacatgttgtcatcttgactctaatgcg
aagactcagatctcataaacaagctgttggtggggaaggagccctccagg
gaaatatatgacataacttcataaacttgcttgggcttttcaatgagaaa
gataacttatttcttaatttgtacttcaagtggcttgctttctcctactg
tgctttaagctccattgctggtgtgattgacacacatcctttccaaagct
ctccttgtgcacctcctgagcagaaggcgagagctgggggactctggagt
ccttctgttttcctccatacttatccactccaaggttctcgatcccacaa
tccacagcactgtgtatactttgcttctctttctactatccagtctgact
tcctaggtctcctgggatagttgggtagcccttcatatgcgaacagcatt
agcactaacattcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_29293209_29294328
seq2: B6Ng01-314E06.b_42_1155

seq1  GAATTCAGTTAGGAAGGGACAAAACCTAAGACTAAGATGAGCACTCTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTAGGAAGGGACAAAACCTAAGACTAAGATGAGCACTCTATA  50

seq1  GACCAGGGCATTGGTTAGATGTGGGGTCTGGGAAGTCTCGGCTGCTATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGGGCATTGGTTAGATGTGGGGTCTGGGAAGTCTCGGCTGCTATAT  100

seq1  TTGCTCTGTCACAAACAACCATGTGATCTGAGCAAGTCCTGCCCACAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTGTCACAAACAACCATGTGATCTGAGCAAGTCCTGCCCACAGCT  150

seq1  GCCCATCTCCAAATCAGAGGACAGGATGAGATCAGTTCTCTGCCTCCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCTCCAAATCAGAGGACAGGATGAGATCAGTTCTCTGCCTCCAAG  200

seq1  AACTCCCTGGTGATGTGAGCTGTCTGTCAGTCCATCCCCAGCGCTTTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCCTGGTGATGTGAGCTGTCTGTCAGTCCATCCCCAGCGCTTTCTC  250

seq1  CCTTCATGTACAAAGACCTTCCCTTAGTGCTGATTTTTAATTCCTTACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGTACAAAGACCTTCCCTTAGTGCTGATTTTTAATTCCTTACCT  300

seq1  TGCTAGATGGTCCATATCTGAAAGCCTCTCCATCTTTAGGGTTTTGTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGATGGTCCATATCTGAAAGCCTCTCCATCTTTAGGGTTTTGTGGG  350

seq1  CAAGAGCAATGACTCGGAAGCCTTGCACTGTGTAATTCCTCAGCTCCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCAATGACTCGGAAGCCTTGCACTGTGTAATTCCTCAGCTCCTGC  400

seq1  GAGAAGTTCTTAGGCACTGTGAGAAGAGACAGGGGAGGTAAGTGTAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTTCTTAGGCACTGTGAGAAGAGACAGGGGAGGTAAGTGTAAGAT  450

seq1  CCCACCGAAGTCTACCCAGCACCTATGCAACTATAGGATGTTTTCACTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCGAAGTCTACCCAGCACCTATGCAACTATAGGATGTTTTCACTGT  500

seq1  GCCTCATCATTCACTTCATAAAACTCATTACCACAAAACAGACACAGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATCATTCACTTCATAAAACTCATTACCACAAAACAGACACAGGTC  550

seq1  ACAGACAGCTTCATGTTACTCTGATGAGGGAGGAAAGATGCTACATCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGCTTCATGTTACTCTGATGAGGGAGGAAAGATGCTACATCTGC  600

seq1  CCTGTTCATCAGCTGTGCTACACACCGATTCTATGTTAAAACCTAATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCATCAGCTGTGCTACACACCGATTCTATGTTAAAACCTAATCTC  650

seq1  CAATGTGACAGTATTTTGAACATAGGCCTTTGGGAAGTAATTAGCTCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGACAGTATTTTGAACATAGGCCTTTGGGAAGTAATTAGCTCATG  700

seq1  AAGGTGAGACTCCCATGAGTAGGATTAAGACAAAGGAAGGTATAAGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGAGACTCCCATGAGTAGGATTAAGACAAAGGAAGGTATAAGAGAT  750

seq1  GGTCTGTCCTCACCAGGATACAGCAGCAAAGCAGGCAGCTACAAGCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTCCTCACCAGGATACAGCAGCAAAGCA-GCAGCTACAAGCCAGG  799

seq1  AAACTAGTCCCCACCAGGAGCCAAATTATTTAGCATCATAAACTTGGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGTCCCCACCAGGAGCCAAATTATTTAGCATCATAAACTTGGACA  849

seq1  GTTCAGCTTCCAAAACTATGAGAGATGGAGTCCTGTCATTCAAGCTTCCG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGCTTCCAAAACTATGAGAGATGGAGTCCTGTCATTCAAGCTTCCG  899

seq1  CCCTCAGCCATTATGATACAGCAGCTCCCTTAAGATGAATTTGACCACTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGCCATTATGATACAGCAGCTCCCTTAAGATGAATTTGACCACTG  949

seq1  TCTAATATACTGATTGCATTCACC-AAGGACAGG-CCTCAGGACTGTGTC  998
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTAATATACTGATTGCATTCACCAAAGGACAGGCCCTCAGGACTGTGTC  999

seq1  TTCTCGAATGAACTCGGACAAA-TAG-CCAATCTTGCAGATTAGGGTTGA  1046
      |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGAATGAACTCGGACAAATTAGCCCAATCTTGCAGATTAGGGTTGA  1049

seq1  TAATGCTCAGGCTCCATGCAATGCGCTGCTTGCTTTCATCAATAAAGTTT  1096
        ||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||
seq2  ATATGCTCA-GCT-CATGCAATGCGCTGC-TGC-TTCATCCATTAAGTTT  1095

seq1  TATTGTCAATAAAGTTTTAAGCTG  1120
      ||||||| |||     ||||||||
seq2  TATTGTC-ATA----GTTAAGCTG  1114

seq1: chr16_29432735_29433802
seq2: B6Ng01-314E06.g_66_1130 (reverse)

seq1  TGGAATGTAAGTGCTAATGCTGTTCGCAATATTGAGGGCTACCCAACTAT  50
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||
seq2  TGGAATGTTAGTGCTAATGCTGTTCGC-ATATGAAGGGCTACCCAACTAT  49

seq1  CCCAGGAAGACCTA-GAAGTCAGACTGGATAGTAGAAAAGAAGAAAGCAA  99
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||   ||||||
seq2  CCCAGG-AGACCTAGGAAGTCAGACTGGATAGTAG-AAAGA--GAAGCAA  95

seq1  AGTATACACAGTGCTGTGGATTGTGGGATCGAGAACCTTGGAGTGGATAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATACACAGTGCTGTGGATTGTGGGATCGAGAACCTTGGAGTGGATAA  145

seq1  GTATGGAGGAAAACAGAAGGACTCCAGAGT-CCCCAGCTCTCGCCTTCTG  198
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTATGGAGGAAAACAGAAGGACTCCAGAGTCCCCCAGCTCTCGCCTTCTG  195

seq1  CTCAGGAGGTGCACAAGGAGAGCTTTGGAAAGGATGTGTGTCAATCACAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGAGGTGCACAAGGAGAGCTTTGGAAAGGATGTGTGTCAATCACAC  245

seq1  CAGCAATGGAGCTTAAAGCACAGTAGGAGAAAGCAAGCCACTTGAAGTAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATGGAGCTTAAAGCACAGTAGGAGAAAGCAAGCCACTTGAAGTAC  295

seq1  AAATTAAGAAATAAGTTATCTTTCTCATTGAAAAGCCCAAGCAAGTTTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAGAAATAAGTTATCTTTCTCATTGAAAAGCCCAAGCAAGTTTAT  345

seq1  GAAGTTATGTCATATATTTCCCTGGAGGGCTCCTTCCCCACCAACAGCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTATGTCATATATTTCCCTGGAGGGCTCCTTCCCCACCAACAGCTT  395

seq1  GTTTATGAGATCTGAGTCTTCGCATTAGAGTCAAGATGACAACATGTTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATGAGATCTGAGTCTTCGCATTAGAGTCAAGATGACAACATGTTCC  445

seq1  TTTTGTTCGGAACTAAAGATTCTGTTAACTGATGGGCTGTCAGCGTAGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTCGGAACTAAAGATTCTGTTAACTGATGGGCTGTCAGCGTAGTT  495

seq1  TATAGACCACACTGATGAAGATACTTCTCCTTCTAATACTTGACAATAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACCACACTGATGAAGATACTTCTCCTTCTAATACTTGACAATAAA  545

seq1  AATCATCATCTGTGCATGGTTCATACCTTCGTGTTATTCAGCTCTTATTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATCATCTGTGCATGGTTCATACCTTCGTGTTATTCAGCTCTTATTT  595

seq1  CAAATGCCAGCAAACAGAGAGGCTTCTCCTAAGTGCCTTGTAGAGAGTAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCCAGCAAACAGAGAGGCTTCTCCTAAGTGCCTTGTAGAGAGTAG  645

seq1  ATGGTCAGACACACTTGACCAGGCTGCTCTATCTGGGATTTGGGGGATCG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCAGACACACTTGACCAGGCTGCTCTATCTGGGATTTGGGGGATCG  695

seq1  GGGGAGAAGGGACTTGTTTTTGCTATGTGTTTTTTATTGTTTGTTTTGAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAAGGGACTTGTTTTTGCTATGTGTTTTTTATTGTTTGTTTTGAT  745

seq1  TTTTTATCATTTCATTTTGTTTTATGTATGTGAGGTTTTACCTGTGTGTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATCATTTCATTTTGTTTTATGTATGTGAGGTTTTACCTGTGTGTA  795

seq1  TGTTATCTGCATGCCAAGTGCCTACGGAGGCCAGGAAGAACTCCCAAGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCTGCATGCCAAGTGCCTACGGAGGCCAGGAAGAACTCCCAAGAA  845

seq1  GCTGGAGTTACTCACGGCTCTGAGCTTCTGAAGATTGTCTTCCACAGATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGTTACTCACGGCTCTGAGCTTCTGAAGATTGTCTTCCACAGATA  895

seq1  GCTTCAGTGCTGAGCCATCTTTCCAGACTCTTGGTGTTTGTTGTTATTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGTGCTGAGCCATCTTTCCAGACTCTTGGTGTTTGTTGTTATTGA  945

seq1  GTTGTTTGGTTTTGTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTCCTTAGACAGGGTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTGGTTTTGTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTCCTTAGACAGGGTC  995

seq1  CCATTCTGCAATTCAATCTGCCCCCAAACTCACTATGTCCTCATGGCTAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTGCAATTCAATCTGCCCCCAAACTCACTATGTCCTCATGGCTAG  1045

seq1  CCTCAAACTGGTAGGAATTC  1068
      ||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAACTGGTAGGAATTC  1065