BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315L18
Chromosome16 (Build37)
Map Location 65,832,631 - 65,867,557
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVgll3
Upstream geneCggbp1, LOC668242, LOC100043815, LOC677448, Htr1f, LOC668247, LOC672931, Pou1f1, Chmp2b, EG383186
Downstream geneLOC664846, LOC100039035, Cadm2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315L18.bB6Ng01-315L18.g
ACCGA106303GA106304
length1,1031,128
definitionB6Ng01-315L18.b B6Ng01-315L18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,832,631 - 65,833,649)(65,866,423 - 65,867,557)
sequence
gaattctgtcccactgaagccagacaaagcagcctacctaggaaaaaggg
acccaatgggaggaagctacagagtcagtcagccttcacttcatttgata
ggggactcccatggacatcctgctgcccatttgctagatacatgtagtgg
acctaggtcagtccacgaaagttctttggtttgtgattctgtctctgagc
tcccatgagtccaggttagtcacctatgtagatattcttgtttccttggc
ccctccagttccctcaatctttccttgaattcttccacaacacttcccaa
gctctgcctaatatttggttgtgggtctctgcatctgtctccatcagttg
gtggaagaagcctttcagaggacagttctgctaggcatagcagagaatct
gcaagcatagcagagtgtcattaatagtgtcaagggttatctctgtccca
gggaataggtctcgagttggcccagtccttggttggtatcttctcaatct
ctgctccatctttatccctggtaggtttagaatgctccagtggatggcct
catacatatacatacatggacagcccttggtggtctcttacatgattcca
ggggttggacccatggggcagagaagaaataaagaaaagacagatacatt
tacagaaaaactgggggtttgagggtctaagttctcaaatggagaagcca
cagcatccgggaagcttggtgtgttttctttccacagttgataagggagg
tggtgttattgcacacagctgcacaagaagatagggttaactagtctaag
taggggaaaagtcggtcttcaggctataaccatcaaggaaggagaatgtt
acagtgcacattttctacacatacatcagcatctgcacacgtagtagaga
acagcttgccatctcttcaagccccatccagggaaaggcttctgacattc
cagagatttaaggcattctagtctttttacatggctgagctcatatgaga
atagacatccacttcaggactttcctgctcacatgaacactaaactggaa
ttgttgctatcaaagaagcaaagattgagagactgaatgaattaggtatg
gga

gaattccataaggagaatcaatttaaccacagaagggcattatctataca
aggataaggcagatgaggatgtacaaatacgagcagatcagccagaatgc
ggctggttttggatagggatgaaggggccaatacctggaggacttctgaa
actggaagcaggaagaacatagatgttctttggagtgtgagaacaatatg
tactctgtgctttgtagcctaagacaaaacactatgctagaagcccaata
ggtacagaactgtaaactaatcagtttgcattgtgtcaagtcatcctatt
tctaataattttttacagcacccataaacctctaatatgctaccccagtc
tatttcaaactggtaggaagatgtgttaaattatttcacatgcagtgcta
gaggatattcctatttaagagtgctttccaaaagcacatttttctattaa
agaaaatttaataagaaaaaagtgggggaagggccatgtagtgagcatgt
gcatcttccttcacaacagagaatcttagaaacctctctgcaggagcatt
tccttaatgtcagccatgggcagaatagctctgttgctgctgttgttgtc
atcaatttatcttttcatattgcttatagaaagttctatgctgacgaatg
tggaaacaaaatcatcagggcatgtttcccaaagggtcaagcaaataact
tagcagcagcatcctgaaaaacttctcaagtctcctgctgttatgtcatt
aatcaatttcacttgctcttccaccataaacatgcttcctaatccactcc
aaactgtaacaaataaatgccatggctctggaaattaaactcatagttta
taaaaatctaacatgagatgattgaatgatatctacaagttgttaacata
caaggaaacagagatttagttactagaagtgcaaacccaatcattaagtc
acattaaattatttattgacaagttaaagaaaaatgacattctgttcttc
ttcacaagtcatccatgattgtatatcatgacacagttatagtctgcatt
gagaatgaaaacaaaaaagcatatggattttacaatttataagttcaaaa
gattagccaatatccattatctataggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_65832631_65833649
seq2: B6Ng01-315L18.b_134_1149

seq1  ACTTCATTTGATAGGGGACTCCCATGGACATCCTGCTGCCCATTTGCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATTTGATAGGGGACTCCCATGGACATCCTGCTGCCCATTTGCTAG  50

seq1  ATACATGTAGTGGACCTAGGTCAGTCCACGAAAGTTCTTTGGTTTGTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTAGTGGACCTAGGTCAGTCCACGAAAGTTCTTTGGTTTGTGAT  100

seq1  TCTGTCTCTGAGCTCCCATGAGTCCAGGTTAGTCACCTATGTAGATATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTGAGCTCCCATGAGTCCAGGTTAGTCACCTATGTAGATATTC  150

seq1  TTGTTTCCTTGGCCCCTCCAGTTCCCTCAATCTTTCCTTGAATTCTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCCTTGGCCCCTCCAGTTCCCTCAATCTTTCCTTGAATTCTTCCA  200

seq1  CAACACTTCCCAAGCTCTGCCTAATATTTGGTTGTGGGTCTCTGCATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTTCCCAAGCTCTGCCTAATATTTGGTTGTGGGTCTCTGCATCTG  250

seq1  TCTCCATCAGTTGGTGGAAGAAGCCTTTCAGAGGACAGTTCTGCTAGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCAGTTGGTGGAAGAAGCCTTTCAGAGGACAGTTCTGCTAGGCA  300

seq1  TAGCAGAGAATCTGCAAGCATAGCAGAGTGTCATTAATAGTGTCAAGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGAGAATCTGCAAGCATAGCAGAGTGTCATTAATAGTGTCAAGGGT  350

seq1  TATCTCTGTCCCAGGGAATAGGTCTCGAGTTGGCCCAGTCCTTGGTTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTGTCCCAGGGAATAGGTCTCGAGTTGGCCCAGTCCTTGGTTGGT  400

seq1  ATCTTCTCAATCTCTGCTCCATCTTTATCCCTGGTAGGTTTAGAATGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTCAATCTCTGCTCCATCTTTATCCCTGGTAGGTTTAGAATGCTC  450

seq1  CAGTGGATGGCCTCATACATATACATACATGGACAGCCCTTGGTGGTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGATGGCCTCATACATATACATACATGGACAGCCCTTGGTGGTCTC  500

seq1  TTACATGATTCCAGGGGTTGGACCCATGGGGCAGAGAAGAAATAAAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGATTCCAGGGGTTGGACCCATGGGGCAGAGAAGAAATAAAGAAA  550

seq1  AGACAGATACATTTACAGAAAAACTGGGGGTTTGAGGGTCTAAGTTCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGATACATTTACAGAAAAACTGGGGGTTTGAGGGTCTAAGTTCTCA  600

seq1  AATGGAGAAGCCACAGCATCCGGGAAGCTTGGTGTGTTTTCTTTCCACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGAAGCCACAGCATCCGGGAAGCTTGGTGTGTTTTCTTTCCACAG  650

seq1  TTGATAAGGGAGGTGGTGTTATTGCACACAGCTGCACAAGAAGATAGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAGGGAGGTGGTGTTATTGCACACAGCTGCACAAGAAGATAGGGT  700

seq1  TAACTAGTCTAAGTAGGGGAAAAGTCGGTCTTCAGGCTATAACCATCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGTCTAAGTAGGGGAAAAGTCGGTCTTCAGGCTATAACCATCAAG  750

seq1  GAAGGAGAATGTTACAGTGCACATTTTCTACACATACATCAGCATCTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGAATGTTACAGTGCACATTTTCTACACATACATCAGCATCTGCA  800

seq1  CACGTAGTAGAGAACAGCTTGCCATCTCTTCAAGCCCCACCCAGGG-AAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  CACGTAGTAGAGAACAGCTTGCCATCTCTTCAAGCCCCATCCAGGGAAAG  850

seq1  GC-TCTGACATTTCCAGAGATTTAAGGCATTCTAGTC-TTTTACATGGCT  897
      || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTTCTGACA-TTCCAGAGATTTAAGGCATTCTAGTCTTTTTACATGGCT  899

seq1  GAGCTCATATGAAGAATAGACATCCAC-TCAGGACTTCCCTTGCTCCACA  946
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||
seq2  GAGCTCATATG-AGAATAGACATCCACTTCAGGACTTTCC-TGCT-CACA  946

seq1  TGAACACT-AACTGGATTTGGTGGCCTATCCAAAGAAGGCAAAGAATTTG  995
      |||||||| ||||||| ||| ||  |||| ||||||| |||||||  |||
seq2  TGAACACTAAACTGGAATTGTTG--CTAT-CAAAGAA-GCAAAGA--TTG  990

seq1  AGAGACAG-ATG-AGTAGGTATGGGA  1019
      |||||| | ||| | |||||||||||
seq2  AGAGACTGAATGAATTAGGTATGGGA  1016


seq1: chr16_65866423_65867557
seq2: B6Ng01-315L18.g_65_1192 (reverse)

seq1  ACCTAATAGATAATGGATAATTGCTAAATCTTTTGACTTTAT-AATTGTA  49
      |||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||  |||| |||||||
seq2  ACCT-ATAGATAATGGATATTGGCT-AATCTTTTGAACTTATAAATTGTA  48

seq1  AAAT-CATATGCTTTTTTTGTTTTCATTCTTCAAATGCAGGACTTATAAC  98
      |||| ||||||| |||||||||||||||||   |||||| ||| ||||||
seq2  AAATCCATATGC-TTTTTTGTTTTCATTCT--CAATGCA-GAC-TATAAC  93

seq1  TGTGTCATTGATATACAATCATGGATGACTTTGTG-AGAAGAACAG-ATG  146
      ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||
seq2  TGTGTCA-TGATATACAATCATGGATGAC-TTGTGAAGAAGAACAGAATG  141

seq1  TCA-TTTTCTTTAACTTGTTCAATAAATAATTTAATGTGACTTTAATGAT  195
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCATTTTTCTTTAACTTG-TCAATAAATAATTTAATGTGAC-TTAATGAT  189

seq1  TGGGTTTGCACTTCTAGTAACTAAATCTCTGTTTCCCTTGTATGTTAACA  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGGGTTTGCACTTCTAGTAACTAAATCTCTGTTT-CCTTGTATGTTAACA  238

seq1  ACTTGTAGATATCATTCAATCATCTCATGTTAGATTTTTATAAACTATGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTAGATATCATTCAATCATCTCATGTTAGATTTTTATAAACTATGA  288

seq1  GTTTAATTTCCAGAGCCATGGCATTTATTTGTTACAGTTTGGAGTGGATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATTTCCAGAGCCATGGCATTTATTTGTTACAGTTTGGAGTGGATT  338

seq1  AGGAAGCATGTTTATGGTGGAAGAGCAAGTGAAATTGATTAATGACATAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCATGTTTATGGTGGAAGAGCAAGTGAAATTGATTAATGACATAA  388

seq1  CAGCAGGAGACTTGAGAAGTTTTTCAGGATGCTGCTGCTAAGTTATTTGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGAGACTTGAGAAGTTTTTCAGGATGCTGCTGCTAAGTTATTTGC  438

seq1  TTGACCCTTTGGGAAACATGCCCTGATGATTTTGTTTCCACATTCGTCAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCCTTTGGGAAACATGCCCTGATGATTTTGTTTCCACATTCGTCAG  488

seq1  CATAGAACTTTCTATAAGCAATATGAAAAGATAAATTGATGACAACAACA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAACTTTCTATAAGCAATATGAAAAGATAAATTGATGACAACAACA  538

seq1  GCAGCAACAGAGCTATTCTGCCCATGGCTGACATTAAGGAAATGCTCCTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAACAGAGCTATTCTGCCCATGGCTGACATTAAGGAAATGCTCCTG  588

seq1  CAGAGAGGTTTCTAAGATTCTCTGTTGTGAAGGAAGATGCACATGCTCAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGTTTCTAAGATTCTCTGTTGTGAAGGAAGATGCACATGCTCAC  638

seq1  TACATGGCCCTTCCCCCACTTTTTTCTTATTAAATTTTCTTTAATAGAAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGCCCTTCCCCCACTTTTTTCTTATTAAATTTTCTTTAATAGAAA  688

seq1  AATGTGCTTTTGGAAAGCACTCTTAAATAGGAATATCCTCTAGCACTGCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCTTTTGGAAAGCACTCTTAAATAGGAATATCCTCTAGCACTGCA  738

seq1  TGTGAAATAATTTAACACATCTTCCTACCAGTTTGAAATAGACTGGGGTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAATAATTTAACACATCTTCCTACCAGTTTGAAATAGACTGGGGTA  788

seq1  GCATATTAGAGGTTTATGGGTGCTGTAAAAAATTATTAGAAATAGGATGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTAGAGGTTTATGGGTGCTGTAAAAAATTATTAGAAATAGGATGA  838

seq1  CTTGACACAATGCAAACTGATTAGTTTACAGTTCTGTACCTATTGGGCTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACACAATGCAAACTGATTAGTTTACAGTTCTGTACCTATTGGGCTT  888

seq1  CTAGCATAGTGTTTTGTCTTAGGCTACAAAGCACAGAGTACATATTGTTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATAGTGTTTTGTCTTAGGCTACAAAGCACAGAGTACATATTGTTC  938

seq1  TCACACTCCAAAGAACATCTATGTTCTTCCTGCTTCCAGTTTCAGAAGTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTCCAAAGAACATCTATGTTCTTCCTGCTTCCAGTTTCAGAAGTC  988

seq1  CTCCAGGTATTGGCCCCTTCATCCCTATCCAAAACCAGCCGCATTCTGGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGTATTGGCCCCTTCATCCCTATCCAAAACCAGCCGCATTCTGGC  1038

seq1  TGATCTGCTCGTATTTGTACATCCTCATCTGCCTTATCCTTGTATAGATA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTGCTCGTATTTGTACATCCTCATCTGCCTTATCCTTGTATAGATA  1088

seq1  ATGCCCTTCTGTGGTTAAATTGATTCTCCTTATGGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTTCTGTGGTTAAATTGATTCTCCTTATGGAATTC  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |