BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318A05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 35,101,088 - 35,241,229
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtplb, Adcy5
Upstream geneKalrn, Ropn1, Ccdc14, Mylk
Downstream geneSec22a, Pdia5, Sema5b, EG546663, Dirc2, Hspbap1, Parp14, LOC667133, LOC100043217, Dtx3l, Parp9, Kpna1, Wdr5b, 2310056P07Rik, Ccdc58, Csta, Stfa2l1, EG433016, EG627962, EG408196, 2010005H15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318A05.bB6Ng01-318A05.g
ACCGA108008GA108009
length8381,142
definitionB6Ng01-318A05.b B6Ng01-318A05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,240,394 - 35,241,229)(35,101,088 - 35,102,215)
sequence
gaattcttcttgggttatgactagaggggaggtaccagtcaaaccctcct
ggagttctgcttccaggcacctggggagcctagtgtacacatgatacttt
ggacacaaggatggttcatgcaaatgctgcccagctctgttccactaaca
acgtgacatgacatgactgttgatcatcaccatgctgacttcaggggaca
tatttaactgcatggacacacatgcatgcatgtgcacatgtgtatgtgtg
agcagacaagatccccatagacattacacctaatggagttagggggttcc
aacagagtagcaaaatctcagctctgcgtctgacctggcctctgcgtttc
acacacgctttgcagctggaatgggtcgacaagtcccaggggacctaaga
ccaacgagggccacaccaggaagacccttaccactggaggatttggaatt
ctgtcctgtggggagaggcctatgaatatttaatagttcccaaacatcca
cactttggaaacccctctctggctgcccacaggctgtgggtttggtttgg
gccaaggtgtagattacagagctgggtttgtgccctgtcgccttggcaga
agactgaaagaaatcccagcagctggcctcagacagtgcggtctgtactg
aggctcctttctcagcaccactgcaaagggcagatggctgagtgtaagga
gaaataaccaggcacggcagaatggaaggaaagagggacccatgcaagga
aagactctgtgcacttttctcttcaacctagctcctgtttccaagactca
gccatgtggtggttatgattggggtaggtgggtagtga
gaattctttggcttatttttctctgtggtctatggacagttcttctccac
tgccctgcctaatgatctaggttggcaacagggaaaatgacttgtttctg
ggcagattcttgtgcctggaagcttaatccaggttaattttgagccgtaa
atggctacagtttcttgaatttgagctgagacaatttccacagggatgat
ggtgcctcatgtatgtacatgtttggtctgcaggtatctgtatccacgaa
catgcccgctgcctgcagaggccagaagaccttttagtggctgtgagcaa
ccacatgtgtgcttaggaattgaaccctggtcctctgcaagagcaacgag
tgcttttaaccactgagccctctctcctgttccctctgaattcttttaaa
agagataaaaactttttaaaatgaaaataattgtgtgaacacctcatgaa
atagtaatttatctgtgtgggtttgtttgtaaaattcaaagctattagga
attttctaatgttaaaattagtcaagattttattttcacagtagtttgta
tgggcattttggaagtagcagaatgtagctgtgtaatgtactgtttcctt
cagtctgcatgcagcttggcgtgccttagggattcctggatggctgctcc
atctccttcctctccgtccccacagggaaggaaggcccttgttagagttt
aatgcccctactctaccgttctaaagctgcatgttctgaaggagccaggt
ttcgaagctgactgacagttactttgctttagaacatttggaaacatttg
ggaacctacaatggccgctttcaaaaactggcatataaaggctaaataaa
aacggggaaatggagctgcagacacaagctttctgagaaggcggtgcttg
taaatatggctctgagcgctcagtgaagggctctgttctgtttcaagtac
acacttttcatcgtgctgtacccaatggggagtgacaggagagctccctc
acaatattacgcagctctgccttttgtcccgccagccgctgtactccaat
cagcttaccctaacaatacaacttctcctttgataccatgcattcctgaa
ttctgaatcatgaatcctccctaacacattccacacggtaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_35240394_35241229
seq2: B6Ng01-318A05.b_45_882 (reverse)

seq1  TCACTA-CCACCTA-CCCAATCATAACCACCACATGGCTGAGTCTTGGAA  48
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTACCCACCTACCCCAATCATAACCACCACATGGCTGAGTCTTGGAA  50

seq1  ACAGGAGCTAGGTTGAAGAGAAAAGTGCACAGAGTCTTTCCTTGCATGGG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGCTAGGTTGAAGAGAAAAGTGCACAGAGTCTTTCCTTGCATGGG  100

seq1  TCCCTCTTTCCTTCCATTCTGCCGTGCCTGGTTATTTCTCCTTACACTCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTTTCCTTCCATTCTGCCGTGCCTGGTTATTTCTCCTTACACTCA  150

seq1  GCCATCTGCCCTTTGCAGTGGTGCTGAGAAAGGAGCCTCAGTACAGACCG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTGCCCTTTGCAGTGGTGCTGAGAAAGGAGCCTCAGTACAGACCG  200

seq1  CACTGTCTGAGGCCAGCTGCTGGGATTTCTTTCAGTCTTCTGCCAAGGCG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCTGAGGCCAGCTGCTGGGATTTCTTTCAGTCTTCTGCCAAGGCG  250

seq1  ACAGGGCACAAACCCAGCTCTGTAATCTACACCTTGGCCCAAACCAAACC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCACAAACCCAGCTCTGTAATCTACACCTTGGCCCAAACCAAACC  300

seq1  CACAGCCTGTGGGCAGCCAGAGAGGGGTTTCCAAAGTGTGGATGTTTGGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCTGTGGGCAGCCAGAGAGGGGTTTCCAAAGTGTGGATGTTTGGG  350

seq1  AACTATTAAATATTCATAGGCCTCTCCCCACAGGACAGAATTCCAAATCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTAAATATTCATAGGCCTCTCCCCACAGGACAGAATTCCAAATCC  400

seq1  TCCAGTGGTAAGGGTCTTCCTGGTGTGGCCCTCGTTGGTCTTAGGTCCCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGGTAAGGGTCTTCCTGGTGTGGCCCTCGTTGGTCTTAGGTCCCC  450

seq1  TGGGACTTGTCGACCCATTCCAGCTGCAAAGCGTGTGTGAAACGCAGAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTTGTCGACCCATTCCAGCTGCAAAGCGTGTGTGAAACGCAGAGG  500

seq1  CCAGGTCAGACGCAGAGCTGAGATTTTGCTACTCTGTTGGAACCCCCTAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCAGACGCAGAGCTGAGATTTTGCTACTCTGTTGGAACCCCCTAA  550

seq1  CTCCATTAGGTGTAATGTCTATGGGGATCTTGTCTGCTCACACATACACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTAGGTGTAATGTCTATGGGGATCTTGTCTGCTCACACATACACA  600

seq1  TGTGCACATGCATGCATGTGTGTCCATGCAGTTAAATATGTCCCCTGAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACATGCATGCATGTGTGTCCATGCAGTTAAATATGTCCCCTGAAG  650

seq1  TCAGCATGGTGATGATCAACAGTCATGTCATGTCACGTTGTTAGTGGAAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATGGTGATGATCAACAGTCATGTCATGTCACGTTGTTAGTGGAAC  700

seq1  AGAGCTGGGCAGCATTTGCATGAACCATCCTTGTGTCCAAAGTATCATGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGGGCAGCATTTGCATGAACCATCCTTGTGTCCAAAGTATCATGT  750

seq1  GTACACTAGGCTCCCCAGGTGCCTGGAAGCAGAACTCCAGGAGGGTTTGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACTAGGCTCCCCAGGTGCCTGGAAGCAGAACTCCAGGAGGGTTTGA  800

seq1  CTGGTACCTCCCCTCTAGTCATAACCCAAGAAGAATTC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACCTCCCCTCTAGTCATAACCCAAGAAGAATTC  838

seq1: chr16_35101088_35102215
seq2: B6Ng01-318A05.g_67_1208

seq1  GAATTCTTTGGCTTATTTTTCTCTGTGGTCTATGGACAGTTCTTCTCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGCTTATTTTTCTCTGTGGTCTATGGACAGTTCTTCTCCAC  50

seq1  TGCCCTGCCTAATGATCTAGGTTGGCAACAGGGAAAATGACTTGTTTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGCCTAATGATCTAGGTTGGCAACAGGGAAAATGACTTGTTTCTG  100

seq1  GGCAGATTCTTGTGCCTGGAAGCTTAATCCAGGTTAATTTTGAGCCGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATTCTTGTGCCTGGAAGCTTAATCCAGGTTAATTTTGAGCCGTAA  150

seq1  ATGGCTACAGTTTCTTGAATTTGAGCTGAGACAATTTCCACAGGGATGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTACAGTTTCTTGAATTTGAGCTGAGACAATTTCCACAGGGATGAT  200

seq1  GGTGCCTCATGTATGTACATGTTTGGTCTGCAGGTATCTGTATCCACGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTCATGTATGTACATGTTTGGTCTGCAGGTATCTGTATCCACGAA  250

seq1  CATGCCCGCTGCCTGCAGAGGCCAGAAGACCTTTTAGTGGCTGTGAGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCGCTGCCTGCAGAGGCCAGAAGACCTTTTAGTGGCTGTGAGCAA  300

seq1  CCACATGTGTGCTTAGGAATTGAACCCTGGTCCTCTGCAAGAGCAACGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGTGTGCTTAGGAATTGAACCCTGGTCCTCTGCAAGAGCAACGAG  350

seq1  TGCTTTTAACCACTGAGCCCTCTCTCCTGTTCCCTCTGAATTCTTTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTAACCACTGAGCCCTCTCTCCTGTTCCCTCTGAATTCTTTTAAA  400

seq1  AGAGATAAAAACTTTTTAAAATGAAAATAATTGTGTGAACACCTCATGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAAAAACTTTTTAAAATGAAAATAATTGTGTGAACACCTCATGAA  450

seq1  ATAGTAATTTATCTGTGTGGGTTTGTTTGTAAAATTCAAAGCTATTAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAATTTATCTGTGTGGGTTTGTTTGTAAAATTCAAAGCTATTAGGA  500

seq1  ATTTTCTAATGTTAAAATTAGTCAAGATTTTATTTTCACAGTAGTTTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTAATGTTAAAATTAGTCAAGATTTTATTTTCACAGTAGTTTGTA  550

seq1  TGGGCATTTTGGAAGTAGCAGAATGTAGCTGTGTAATGTACTGTTTCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
seq2  TGGGCATTTTGGAAGTAGCAGAATGTAGCTGTGTAATGTANNNNNNNNNN  600

seq1  CAGTCTGCATGCAGCTTGGCGTGCCTTAGGGATTCCTGGATGGCTGCTCC  650
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  NNNNNNNNNNNCAGCTTGGCGTGCCTTAGGGATTCCTGGATGGCTGCTCC  650

seq1  ATCTCCTTCCTCTCCGTCCCCACAGGGAAGGAAGGCCCTTGTTAGAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTCCTCTCCGTCCCCACAGGGAAGGAAGGCCCTTGTTAGAGTTT  700

seq1  AATGCCCCTACTCTACCGTTCTAAAGCTGCATGTTCTGAAGGAGCCAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCCCTACTCTACCGTTCTAAAGCTGCATGTTCTGAAGGAGCCAGGT  750

seq1  TTCGAAGCTGACTGACAGTTACTTTGCTTTAGAACATTTGGAAACATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAAGCTGACTGACAGTTACTTTGCTTTAGAACATTTGGAAACATTTG  800

seq1  GGAACCTACAATGGCCGCTTTCAAAAACTGGCATATAAAGGCTAAATAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCTACAATGGCCGCTTTCAAAAACTGGCATATAAAGGCTAAATAAA  850

seq1  AACGGGG-AATGGAGCTGCAGACACAAGCTTTCTGAGAAGGCGGTGCTTG  899
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGGGAAATGGAGCTGCAGACACAAGCTTTCTGAGAAGGCGGTGCTTG  900

seq1  TAAATATGGCTCTGAGCGCTCAGTG-AGGGCTCTGTTCTGTTTCAGGTAC  948
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAAATATGGCTCTGAGCGCTCAGTGAAGGGCTCTGTTCTGTTTCAAGTAC  950

seq1  ACACTTTTCATCGTGCTGTACCCAAT-GGGAGTGACAGGAGAGCT-CCTC  996
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  ACACTTTTCATCGTGCTGTACCCAATGGGGAGTGACAGGAGAGCTCCCTC  1000

seq1  ACAATA-TACGCAGCTCTGCCCTTTGTCCGGCAGGCCGGCCTGTACTCC-  1044
      |||||| |||||||||||||| ||||||| ||  ||||  ||||||||| 
seq2  ACAATATTACGCAGCTCTGCCTTTTGTCCCGCCAGCCG--CTGTACTCCA  1048

seq1  ATCAGCTTA-CCTAACAAATACAACTTCTCCTTTGATTACCATGCATTCC  1093
      ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATCAGCTTACCCTAAC-AATACAACTTCTCCTTTGA-TACCATGCATTCC  1096

seq1  TG-ATTCTG-ATCATGA--TCTCC----TACATTCCAC---GTAAG  1128
      || |||||| |||||||   ||||     |||||||||   |||||
seq2  TGAATTCTGAATCATGAATCCTCCCTAACACATTCCACACGGTAAG  1142