BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318N02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 23,459,189 - 23,599,800
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMasp1, LOC100043018
Upstream geneDgkg, LOC671242, LOC666459, Crygs, Tbccd1, Dnajb11, Ahsg, Fetub, Hrg, Kng2, LOC624311, LOC666486, LOC666489, Kng1, LOC666493, Eif4a2, Rfc4, Adipoq, LOC100043541, EG625835, BC106179, St6gal1, Rtp1
Downstream geneRtp4, EG625969, LOC100043023, Sst, Rtp2, Bcl6, EG433009, LOC666580, LOC100043564, 1110054M08Rik, Lpp, A730098P11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318N02.bB6Ng01-318N02.g
ACCGA108609GA108610
length1,1831,113
definitionB6Ng01-318N02.b B6Ng01-318N02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,459,189 - 23,460,352)(23,598,700 - 23,599,800)
sequence
ggaaaggagccaaaggagccacttgcccaattgggtcgggggtaacagag
atgaaatgttgatttagcaagttgactcaggaaagttggaggggagactg
tatgctagccatggggaggattagaaatgcccatccacggagctagtcaa
ggcacatcaaaatgagctggaatgcttgtctcccattcacgaatctagag
agctcttgggtgggtgcagagtgtgtgaccagctggcagtcaaagcagtt
tcattcactgctacatttccctacaaacccctatgactcaaaaatccctg
cttccctcttgcaacagcctctgctctccttatgaagtttacaggctgct
gctatgtgtaacattagttcttaattgaaccctggcagaacattaaactg
aattgagccagcaggtggtctttattttataaaggagagtccttaaaatt
gtggcagtggaactctgttccgagaaccacagctggctttagaagccttg
gcctggacttacccatgataattttgaagtcagaagggctgagcaagtat
gagctgtgtagggttggttcttctggatcaagtgactggtggaggcagtg
agcagctgtcaaaacccagttggaacctgaagaatagagcacacacatcc
tatggcctgcactgttccatcctgcctcccatcgagtcaagctaaggtcc
ttactgctactcaagagcactatccaaggccctacaagcatccaaacaca
cctgcattgtgttccttaaagccaatggcaagggtgagtatctgctagct
ctaaatggatcctcacaaatatagtaagggtggttcacaactgtgcctgg
gaacagattatgttctttcagtcccctcccaccccccactgcccaacacc
tagagatagcttgagctccaggagttctaccaccaccaggttttgcaggt
gagtttcaccccccaccttccacccccaacacctgatctaactgggacct
tctagcctcaaggtcagaagaacacaggaccttcttccttgctaggagac
attatcttcgttctgggtcttacacctttttgggaacataatttttgctt
caagcactactactctgcccaccactcacagttcaggctgactctaaggg
aggttaggccaccaagccaaggtcgcacacaaa
gaattctaggctagggttccttcattattcatgatgataagtttgcagtt
ccttcctgacccagaggagtccgctaagctgtagagaagtgctcagattt
ctctgctgccatactctcagggaggtatgcacactctaagacaggacaag
ttggcagcagcaaccaaagcacgagaggcatggggaaatatcaatgggtg
tatttatactgcttccctgagaatcttttcgtgagccaccgagcatatcc
tcggcaggaccacagctctagttagcactgcctttcagccgaagatcagt
gtgaagggaaaggaagtgttgaaactataccaacaaggccagagggccac
agcgttgttatagatggccataacaagaaaccagtggattgaaggaaatg
aagaattaagagattggctttaaaagtccaatggtacattcagtcaaaac
ctataatcttctagtcccatcagacttccttcaggcaatgccaggtgggc
aaagaagacaaggctgatcccagagattcggtcctgctatgaactcctga
gaatcactttttctatcccctcatttttttcagagctgagcgtccctctc
ccttgctggatctctgctctttgaatctgtgtctccttcactctttctca
ccatggtccactcataacatcattggatccctgagctggagccaggctgg
ccattttgtgttctggctctaccatttgctaccacagtgaccttggtcag
gctccgaagcctttctgtgcctcagtttccctatctagacctgagataag
aatattaccatttcacagggctgcttgagaactcagtggttaaaatagtt
tagcagcactggcatatagaagtatttacgttttttattgctgctgttct
atgggttctttgagtactataaaaaactttgtttaaacaccttaaggact
ataacatgggcaaaatttcaatattgtaaataaggagaaaaatcatgaat
atgtaggtgatagaatttttataaaaatgtcctcctacatttaaagagac
taacttttacttgaaccctcgagccaaaactaatacacttgttaacagtc
atccagacttatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_23459189_23460352
seq2: B6Ng01-318N02.b_56_1238

seq1  GGAAAGGAGCCAAAGGAGCCACTTGCCCAATTGGGTCGGGGGTAACAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAGCCAAAGGAGCCACTTGCCCAATTGGGTCGGGGGTAACAGAG  50

seq1  ATGAAATGTTGATTTAGCAAGTTGACTCAGGAAAGTTGGAGGGGAGACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATGTTGATTTAGCAAGTTGACTCAGGAAAGTTGGAGGGGAGACTG  100

seq1  TATGCTAGCCATGGGGAGGATTAGAAATGCCCATCCACGGAGCTAGTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTAGCCATGGGGAGGATTAGAAATGCCCATCCACGGAGCTAGTCAA  150

seq1  GGCACATCAAAATGAGCTGGAATGCTTGTCTCCCATTCACGAATCTAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACATCAAAATGAGCTGGAATGCTTGTCTCCCATTCACGAATCTAGAG  200

seq1  AGCTCTTGGGTGGGTGCAGAGTGTGTGACCAGCTGGCAGTCAAAGCAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTGGGTGGGTGCAGAGTGTGTGACCAGCTGGCAGTCAAAGCAGTT  250

seq1  TCATTCACTGCTACATTTCCCTACAAACCCCTATGACTCAAAAATCCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCACTGCTACATTTCCCTACAAACCCCTATGACTCAAAAATCCCTG  300

seq1  CTTCCCTCTTGCAACAGCCTCTGCTCTCCTTATGAAGTTTACAGGCTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTCTTGCAACAGCCTCTGCTCTCCTTATGAAGTTTACAGGCTGCT  350

seq1  GCTATGTGTAACATTAGTTCTTAATTGAACCCTGGCAGAACATTAAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTGTAACATTAGTTCTTAATTGAACCCTGGCAGAACATTAAACTG  400

seq1  AATTGAGCCAGCAGGTGGTCTTTATTTTATAAAGGAGAGTCCTTAAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAGCCAGCAGGTGGTCTTTATTTTATAAAGGAGAGTCCTTAAAATT  450

seq1  GTGGCAGTGGAACTCTGTTCCGAGAACCACAGCTGGCTTTAGAAGCCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGTGGAACTCTGTTCCGAGAACCACAGCTGGCTTTAGAAGCCTTG  500

seq1  GCCTGGACTTACCCATGATAATTTTGAAGTCAGAAGGGCTGAGCAAGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGACTTACCCATGATAATTTTGAAGTCAGAAGGGCTGAGCAAGTAT  550

seq1  GAGCTGTGTAGGGTTGGTTCTTCTGGATCAAGTGACTGGTGGAGGCAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTGTAGGGTTGGTTCTTCTGGATCAAGTGACTGGTGGAGGCAGTG  600

seq1  AGCAGCTGTCAAAACCCAGTTGGAACCTGAAGAATAGAGCACACACATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTGTCAAAACCCAGTTGGAACCTGAAGAATAGAGCACACACATCC  650

seq1  TATGGCCTGCACTGTTCCATCCTGCCTCCCATCGAGTCAAGCTAAGGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCCTGCACTGTTCCATCCTGCCTCCCATCGAGTCAAGCTAAGGTCC  700

seq1  TTACTGCTACTCAAGAGCACTATCCAAGGCCCTACAAGCATCCAAACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGCTACTCAAGAGCACTATCCAAGGCCCTACAAGCATCCAAACACA  750

seq1  CCTGCATTGTGTTCCTTAAAGCCAATGGCAAGGGTGAGTATCTGCTAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATTGTGTTCCTTAAAGCCAATGGCAAGGGTGAGTATCTGCTAGCT  800

seq1  CTAAATGGATCCTCACAAATATAGTAAGGGTGGTTCACAACTGTGCCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGGATCCTCACAAATATAGTAAGGGTGGTTCACAACTGTGCCTGG  850

seq1  GAACAGATTATGTTC-TTCAGTCCCCTCCCCACCCCCCACTGCCC-ACAC  898
      ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  GAACAGATTATGTTCTTTCAGTCCCCT-CCCACCCCCCACTGCCCAACAC  899

seq1  CTAGAGATAGCTTGAGCTCCAGGAGTTCTAACACCACCAGG-TTTGCAGG  947
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  CTAGAGATAGCTTGAGCTCCAGGAGTTCTACCACCACCAGGTTTTGCAGG  949

seq1  TGAGTTTCA-CCCCCACC-TCCA-CCCCAACACCTGATCTAACTGGGACC  994
      ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTCACCCCCCACCTTCCACCCCCAACACCTGATCTAACTGGGACC  999

seq1  TTCTAGCCTCAGGGTCCAGAAG-ACACAGGACCTTCTTCCCTGCT-GGAG  1042
      ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  TTCTAGCCTCAAGGT-CAGAAGAACACAGGACCTTCTTCCTTGCTAGGAG  1048

seq1  ACA-TATCTTCCTTCT-GGTCTGCAACTTTTTTGGGAACAT-ATTTTTGC  1089
      ||| ||||||| |||| |||||   || ||||||||||||| ||||||||
seq2  ACATTATCTTCGTTCTGGGTCTTACACCTTTTTGGGAACATAATTTTTGC  1098

seq1  -TCCAGCACCTACTACTCTGCCCA-CACTCACAG-TCAGCTTGACTCTAA  1136
       || |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||
seq2  TTCAAGCA-CTACTACTCTGCCCACCACTCACAGTTCAGGCTGACTCTAA  1147

seq1  -GGAGGTTA-GCCAC--AACCA----GGCACACAAA  1164
       |||||||| |||||  | |||     |||||||||
seq2  GGGAGGTTAGGCCACCAAGCCAAGGTCGCACACAAA  1183

seq1: chr16_23598700_23599800
seq2: B6Ng01-318N02.g_67_1179 (reverse)

seq1  GATAAGTCTGAAATGACTGT--AC-AGTGTATTAGTTTT-GCTCGAGG--  44
      ||||||||||  ||||||||  || |||||||||||||| ||||||||  
seq2  GATAAGTCTG-GATGACTGTTAACAAGTGTATTAGTTTTGGCTCGAGGGT  49

seq1  TCCAGTAAAAGTTAGTCTCTTTAAATGTAGGA-GACATTTTTAT-AAAAT  92
      || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TCAAGTAAAAGTTAGTCTCTTTAAATGTAGGAGGACATTTTTATAAAAAT  99

seq1  TCTATCACCTACATATTCATGATTTTTCTCCTTATTTTACAATATTGAAA  142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTATCACCTACATATTCATGATTTTTCTCCTTA-TTTACAATATTGAAA  148

seq1  TTTTG-CCATGTTATAGTCC-TAAGGTGTTT-AACAAAG-TTTTTATAGT  188
      ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TTTTGCCCATGTTATAGTCCTTAAGGTGTTTAAACAAAGTTTTTTATAGT  198

seq1  ACTTCAAAGAA-CCATAGAACAGCAGCAAT-AAAAACGTAAATACTTCTA  236
      || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AC-TCAAAGAACCCATAGAACAGCAGCAATAAAAAACGTAAATACTTCTA  247

seq1  TATGCCAGTGCTGCT-AACTATTTTAACCACTGAGTTCTCAAGCAGCCCT  285
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCAGTGCTGCTAAACTATTTTAACCACTGAGTTCTCAAGCAGCCCT  297

seq1  GTGAAATGGTAATATTCTTATCTCAGGTCTAGATAGGGAAACTGAGGCAC  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATGGTAATATTCTTATCTCAGGTCTAGATAGGGAAACTGAGGCAC  347

seq1  AGAAAGGCTTCGGAGCCTGACCAAGGTCACTGTGGTAGCAAATGGTAGAG  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGCTTCGGAGCCTGACCAAGGTCACTGTGGTAGCAAATGGTAGAG  397

seq1  CCAGAACACAAAATGGCCAGCCTGGCTCCAGCTCAGGGATCCAATGATGT  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACACAAAATGGCCAGCCTGGCTCCAGCTCAGGGATCCAATGATGT  447

seq1  TATGAGTGGACCATGGTGAGAAAGAGTGAAGGAGACACAGATTCAAAGAG  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTGGACCATGGTGAGAAAGAGTGAAGGAGACACAGATTCAAAGAG  497

seq1  CAGAGATCCAGCAAGGGAGAGGGACGCTCAGCTCTGAAAAAAATGAGGGG  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATCCAGCAAGGGAGAGGGACGCTCAGCTCTGAAAAAAATGAGGGG  547

seq1  ATAGAAAAAGTGATTCTCAGGAGTTCATAGCAGGACCGAATCTCTGGGAT  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAAAGTGATTCTCAGGAGTTCATAGCAGGACCGAATCTCTGGGAT  597

seq1  CAGCCTTGTCTTCTTTGCCCACCTGGCATTGCCTGAAGGAAGTCTGATGG  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTGTCTTCTTTGCCCACCTGGCATTGCCTGAAGGAAGTCTGATGG  647

seq1  GACTAGAAGATTATAGGTTTTGACTGAATGTACCATTGGACTTTTAAAGC  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGAAGATTATAGGTTTTGACTGAATGTACCATTGGACTTTTAAAGC  697

seq1  CAATCTCTTAATTCTTCATTTCCTTCAATCCACTGGTTTCTTGTTATGGC  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCTTAATTCTTCATTTCCTTCAATCCACTGGTTTCTTGTTATGGC  747

seq1  CATCTATAACAACGCTGTGGCCCTCTGGCCTTGTTGGTATAGTTTCAACA  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATAACAACGCTGTGGCCCTCTGGCCTTGTTGGTATAGTTTCAACA  797

seq1  CTTCCTTTCCCTTCACACTGATCTTCGGCTGAAAGGCAGTGCTAACTAGA  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTCCCTTCACACTGATCTTCGGCTGAAAGGCAGTGCTAACTAGA  847

seq1  GCTGTGGTCCTGCCGAGGATATGCTCGGTGGCTCACGAAAAGATTCTCAG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGTCCTGCCGAGGATATGCTCGGTGGCTCACGAAAAGATTCTCAG  897

seq1  GGAAGCAGTATAAATACACCCATTGATATTTCCCCATGCCTCTCGTGCTT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAGTATAAATACACCCATTGATATTTCCCCATGCCTCTCGTGCTT  947

seq1  TGGTTGCTGCTGCCAACTTGTCCTGTCTTAGAGTGTGCATACCTCCCTGA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCTGCTGCCAACTTGTCCTGTCTTAGAGTGTGCATACCTCCCTGA  997

seq1  GAGTATGGCAGCAGAGAAATCTGAGCACTTCTCTACAGCTTAGCGGACTC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGGCAGCAGAGAAATCTGAGCACTTCTCTACAGCTTAGCGGACTC  1047

seq1  CTCTGGGTCAGGAAGGAACTGCAAACTTATCATCATGAATAATGAAGGAA  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGTCAGGAAGGAACTGCAAACTTATCATCATGAATAATGAAGGAA  1097

seq1  CCCTAGCCTAGAATTC  1101
      ||||||||||||||||
seq2  CCCTAGCCTAGAATTC  1113