BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322P09
Chromosome16 (Build37)
Map Location 40,586,139 - 40,688,437
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667400
Downstream geneEG667450, Lsamp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322P09.bB6Ng01-322P09.g
ACCGA111666GA111667
length1,1781,103
definitionB6Ng01-322P09.b B6Ng01-322P09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,586,139 - 40,587,320)(40,687,332 - 40,688,437)
sequence
gaattccttgatgttaataaagtaatctagaagaacattcataagaacat
tcacttatctgtggacacttgacagatttaggttgcccttctatgtctta
ggtgtccctgcatcatcttaaagggagaagacgaataagatgggcatctt
ttggaggattgacacctagaaaatatgtcttaggcttatttttcagcctg
atgagtgatttccaatacaacaaaagtaactacaaattggaatcagaccc
aatataatctcagtaactaatttctaagaaaaacctcaatttctttactt
gtaaaaaatgcaaataaaatttccatctgctggtcattgagtgtgatcat
ttaacattacagaaatatacaatgagagttaaacttacagcaaatactgt
cattggtggaaacacatatagaccagagatgatactagtgtacagggaag
tatcaagtatttagaactttctctataatacctcccccatctaaacaggg
aggcacattaattaaaaagaagattaaaaagttccaagtcattatgatga
ggtgatttaccatcattggtttaagaactgtgatagattaaaaattaaat
gtatgacatagctccctatatttgtaaagtgtatgggtttttttgcttga
tttataaaacccacttcacctattatggaattcatgtgctgacttgatgg
tagaggtgatggctccctcaacctcactattccctttctcaagtttagct
gctagaagaaatcttttatataacaccagataaacaacaaataatctagc
caggtctagttattcagcaaaatggggagtggagctaggtagatcctcag
caggtaagttggcttggttccagctttagggaggctaaaggaagtacaac
agcctaaagctgaaaggtcatcctgggacaccatagaacaatgacttata
tgccaattaacccattgtaaattgaaatattgtcaagtatacattgcatc
taaaatacccagctcacacatccctcatacagggatctgtgtccttgact
tgttcataatttatgggtgcatctgaaaacatggattcaccattttctgg
tatagttagaaaacatcatgacgaatataattctccatagaaattactac
tcagtcagccattatatttcacctctct

gaattctcccaatttccagctcattggaggcagggacaagtttatcaatg
tatatgtgagtagctaggtaacagcttcctgaagcatcctggattctagt
ggttcttgttgtcatattttcctggagattcagcactgtttcactgacaa
gcctacattttttgtccatatgtaacctctagaaaattccatggttgagt
tttttttttcttttatacatgctgtcaccgacagataaaggcctatttcc
tccatatggtttttactccagagcctttgtctctgctttcaaagtgtctc
ctggaatgtgcattttgtcattctcaccatccatgagaatacaatgtgat
atttagagactatccaaaatgtatctttagcctcatagttgaaaggactt
ttacctttctgtttttattttgaacctgcttatatttgccccagaattgg
atgtgattttgtagggtaattcaatacaccttaacataaagttatgcagt
attaatcaaccactatagctactcctttttattttttaaacttatcttta
ctcctttgcctaaacaaaatttgtattacatacaatgtggttgagcctgt
gtgtttctttttattgaatttctctcttctccttccccctcccttttttt
cctctctttgcatcatcctagaatcattaaagacactctatgaaactgaa
taaatgtatcaacactacactgctgtttctgccactgtttctggaagctc
tcttcactattaatgcatctactaaagaatcaaatgtagatccacctttt
gtagatatgctatttcattcttgtattctatagtttagtagctaaagaat
ttatctccagtttagatcatagatatactcaacttttccattgtttcaca
aactatcattcaatttcccaacaaataaaagactcttgcgagccagtcat
gggttctacagacctcttagtattaaagaactttctgagtgaagatcaga
tgataagtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
atatattgcgaactaaaccaggcctcacaccagggaaaggtcatcctttg
gaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_40586139_40587320
seq2: B6Ng01-322P09.b_48_1225

seq1  GAATTCCTTGATGTTAATAAAGTAATCTAGAAGAACATTCATAAGAACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGATGTTAATAAAGTAATCTAGAAGAACATTCATAAGAACAT  50

seq1  TCACTTATCTGTGGACACTTGACAGATTTAGGTTGCCCTTCTATGTCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTATCTGTGGACACTTGACAGATTTAGGTTGCCCTTCTATGTCTTA  100

seq1  GGTGTCCCTGCATCATCTTAAAGGGAGAAGACGAATAAGATGGGCATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCCTGCATCATCTTAAAGGGAGAAGACGAATAAGATGGGCATCTT  150

seq1  TTGGAGGATTGACACCTAGAAAATATGTCTTAGGCTTATTTTTCAGCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGATTGACACCTAGAAAATATGTCTTAGGCTTATTTTTCAGCCTG  200

seq1  ATGAGTGATTTCCAATACAACAAAAGTAACTACAAATTGGAATCAGACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGATTTCCAATACAACAAAAGTAACTACAAATTGGAATCAGACCC  250

seq1  AATATAATCTCAGTAACTAATTTCTAAGAAAAACCTCAATTTCTTTACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAATCTCAGTAACTAATTTCTAAGAAAAACCTCAATTTCTTTACTT  300

seq1  GTAAAAAATGCAAATAAAATTTCCATCTGCTGGTCATTGAGTGTGATCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAATGCAAATAAAATTTCCATCTGCTGGTCATTGAGTGTGATCAT  350

seq1  TTAACATTACAGAAATATACAATGAGAGTTAAACTTACAGCAAATACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATTACAGAAATATACAATGAGAGTTAAACTTACAGCAAATACTGT  400

seq1  CATTGGTGGAAACACATATAGACCAGAGATGATACTAGTGTACAGGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTGGAAACACATATAGACCAGAGATGATACTAGTGTACAGGGAAG  450

seq1  TATCAAGTATTTAGAACTTTCTCTATAATACCTCCCCCATCTAAACAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGTATTTAGAACTTTCTCTATAATACCTCCCCCATCTAAACAGGG  500

seq1  AGGCACATTAATTAAAAAGAAGATTAAAAAGTTCCAAGTCATTATGATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACATTAATTAAAAAGAAGATTAAAAAGTTCCAAGTCATTATGATGA  550

seq1  GGTGATTTACCATCATTGGTTTAAGAACTGTGATAGATTAAAAATTAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTTACCATCATTGGTTTAAGAACTGTGATAGATTAAAAATTAAAT  600

seq1  GTATGACATAGCTCCCTATATTTGTAAAGTGTATGGGTTTTTTTGCTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGACATAGCTCCCTATATTTGTAAAGTGTATGGGTTTTTTTGCTTGA  650

seq1  TTTATAAAACCCACTTCACCTATTATGGAATTCATGTGCTGACTTGATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAAACCCACTTCACCTATTATGGAATTCATGTGCTGACTTGATGG  700

seq1  TAGAGGTGATGGCTCCCTCAACCTCACTATTCCCTTTCTCAAGTTTAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTGATGGCTCCCTCAACCTCACTATTCCCTTTCTCAAGTTTAGCT  750

seq1  GCTAGAAGAAATCTTTTATATAACACCAGATAAACAACAAATAATCTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAGAAATCTTTTATATAACACCAGATAAACAACAAATAATCTAGC  800

seq1  CAGGTCTAGTTATTCAGCAAAATGGGGAGTGGAGCTAGGTAGATCCTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTAGTTATTCAGCAAAATGGGGAGTGGAGCTAGGTAGATCCTCAG  850

seq1  CAGGTAAGTTGGCTTGGTTCCAGCTTTAGGGAGGCTAAAGGAAGTACAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAGTTGGCTTGGTTCCAGCTTTAGGGAGGCTAAAGGAAGTACAAC  900

seq1  AGCCTAAAGCTG-AAGGTCATCCTGGGACACCATAGAACAATGACTTATA  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAAAGCTGAAAGGTCATCCTGGGACACCATAGAACAATGACTTATA  950

seq1  TGCCAATTAACCCATTGTAAATTGAAATATTGTCAAGTATACATTGCATC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAATTAACCCATTGTAAATTGAAATATTGTCAAGTATACATTGCATC  1000

seq1  TAAAATACCCAGCTCACACATCCCTCATACAGGGATCTGTTGTCCTTGAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAAATACCCAGCTCACACATCCCTCATACAGGGATCTG-TGTCCTTGAC  1049

seq1  TTGTTCATAATTTAT-GGTGCATCTGAGAACCATGGATTTCACCATTTTC  1098
      ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||
seq2  TTGTTCATAATTTATGGGTGCATCTGA-AAACATGGA-TTCACCATTTTC  1097

seq1  TGGTATTAGTTAGAACA-ATCATGACG-ATATAATTCTCATTAAGAATTA  1146
      ||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||  ||  |||||
seq2  TGGTA-TAGTTAGAAAACATCATGACGAATATAATTCTCCATAGAAATTA  1146

seq1  CTACTTCATTTCCAGCCATTATATTTCACTCTCTCT  1182
      |||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTAC-TCAGT--CAGCCATTATATTTCAC-CTCTCT  1178


seq1: chr16_40687332_40688437
seq2: B6Ng01-322P09.g_67_1169 (reverse)

seq1  TTCCAAAGGATTGACCTTTCCCTTGCTTGTGCCTTGGTCTAGTCCGGCAT  50
      |||||||||| |||||||||||| |  || | | |||| |||| ||  ||
seq2  TTCCAAAGGA-TGACCTTTCCCTGGTGTGAGGCCTGGTTTAGTTCGCAAT  49

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACTT  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAC-T  98

seq1  TATCATCTGATCTTTCCACTCAGAAAGGTTCTTTAATACTAAGAGGTCTG  150
      ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATCTGATCTT--CACTCAGAAA-GTTCTTTAATACTAAGAGGTCTG  145

seq1  TAGAA-CCATGACTGGCTCGCAAGAGTCTTTTATTTGTT-GGAAATTGAA  198
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAGAACCCATGACTGGCTCGCAAGAGTCTTTTATTTGTTGGGAAATTGAA  195

seq1  TGATAGTTTGTGAAACAATGGAAAAGTTGAGTATATCTATGATCTAAACT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTTTGTGAAACAATGGAAAAGTTGAGTATATCTATGATCTAAACT  245

seq1  GGAGATAAATTCTTTAGCTACTAAACTATAGAATACAAGAATGAAATAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATAAATTCTTTAGCTACTAAACTATAGAATACAAGAATGAAATAGC  295

seq1  ATATCTACAAAAGGTGGATCTACATTTGATTCTTTAGTAGATGCATTAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTACAAAAGGTGGATCTACATTTGATTCTTTAGTAGATGCATTAAT  345

seq1  AGTGAAGAGAGCTTCCAGAAACAGTGGCAGAAACAGCAGTGTAGTGTTGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGAGAGCTTCCAGAAACAGTGGCAGAAACAGCAGTGTAGTGTTGA  395

seq1  TACATTTATTCAGTTTCATAGAGTGTCTTTAATGATTCTAGGATGATGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTATTCAGTTTCATAGAGTGTCTTTAATGATTCTAGGATGATGCA  445

seq1  AAGAGAGGAAAAAAAGGGAGGGGGAAGGAGAAGAGAGAAATTCAATAAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGGAAAAAAAGGGAGGGGGAAGGAGAAGAGAGAAATTCAATAAAA  495

seq1  AGAAACACACAGGCTCAACCACATTGTATGTAATACAAATTTTGTTTAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACACACAGGCTCAACCACATTGTATGTAATACAAATTTTGTTTAGG  545

seq1  CAAAGGAGTAAAGATAAGTTTAAAAAATAAAAAGGAGTAGCTATAGTGGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGAGTAAAGATAAGTTTAAAAAATAAAAAGGAGTAGCTATAGTGGT  595

seq1  TGATTAATACTGCATAACTTTATGTTAAGGTGTATTGAATTACCCTACAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAATACTGCATAACTTTATGTTAAGGTGTATTGAATTACCCTACAA  645

seq1  AATCACATCCAATTCTGGGGCAAATATAAGCAGGTTCAAAATAAAAACAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACATCCAATTCTGGGGCAAATATAAGCAGGTTCAAAATAAAAACAG  695

seq1  AAAGGTAAAAGTCCTTTCAACTATGAGGCTAAAGATACATTTTGGATAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAAAAGTCCTTTCAACTATGAGGCTAAAGATACATTTTGGATAGT  745

seq1  CTCTAAATATCACATTGTATTCTCATGGATGGTGAGAATGACAAAATGCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAATATCACATTGTATTCTCATGGATGGTGAGAATGACAAAATGCA  795

seq1  CATTCCAGGAGACACTTTGAAAGCAGAGACAAAGGCTCTGGAGTAAAAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCAGGAGACACTTTGAAAGCAGAGACAAAGGCTCTGGAGTAAAAAC  845

seq1  CATATGGAGGAAATAGGCCTTTATCTGTCGGTGACAGCATGTATAAAAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGAGGAAATAGGCCTTTATCTGTCGGTGACAGCATGTATAAAAGA  895

seq1  AAAAAAAAACTCAACCATGGAATTTTCTAGAGGTTACATATGGACAAAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAACTCAACCATGGAATTTTCTAGAGGTTACATATGGACAAAAA  945

seq1  ATGTAGGCTTGTCAGTGAAACAGTGCTGAATCTCCAGGAAAATATGACAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGCTTGTCAGTGAAACAGTGCTGAATCTCCAGGAAAATATGACAA  995

seq1  CAAGAACCACTAGAATCCAGGATGCTTCAGGAAGCTGTTACCTAGCTACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACCACTAGAATCCAGGATGCTTCAGGAAGCTGTTACCTAGCTACT  1045

seq1  CACATATACATTGATAAACTTGTCCCTGCCTCCAATGAGCTGGAAATTGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATACATTGATAAACTTGTCCCTGCCTCCAATGAGCTGGAAATTGG  1095

seq1  GAGAATTC  1106
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1103


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |