BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-324E01
Chromosome16 (Build37)
Map Location 67,451,375 - 67,581,260
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCadm2
Upstream gene9330155M09Rik
Downstream geneEG626609
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324E01.bB6Ng01-324E01.g
ACCGA112616GA112617
length1,113754
definitionB6Ng01-324E01.b B6Ng01-324E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,580,141 - 67,581,260)(67,451,375 - 67,452,128)
sequence
gaattctgccttggaatcaaagacacaacatttacaaattccctttatct
tcacgtatttagaagatgctatatggcagggtgtttgctcaataaaactt
caaattgctttgcagtctcctgggatggattttgacatcttgtaaggaaa
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cctcctccttttgtttcagtaagatgaatacaatgtgaagtatatcttcc
cttttctgtggctattgtctttagtagtcttctttacttattcaactttg
gtatatatcactttatatatatatacatatatatacatatatatatatat
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aacaataaataactagagaaagaagataaaaagagtatataagtgtttgt
ttgtggtatatgttaatatacgtatatacatacatatatatatatatatg
ccctatgattatatatatatatattatattatatatatatatatatatat
atga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_67580141_67581260
seq2: B6Ng01-324E01.b_46_1158 (reverse)

seq1  GTACAGTAGAAATGAGTGTTTGTGGAG-AAGC--ACA-CACACAAACGGG  46
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||| 
seq2  GTACAGTAG-AATGAGTGTTTGTGGAGAAAGCCAACACCACACAAACGGA  49

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      |||    ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  ACT---GTAGATTTCGGATTTTTTGTTGTGGAATTCTACATGTC-AAATC  95

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      |||||||||| |||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||
seq2  TTGTAGCATG-ACAAAAAAAAA--GAGACAGGG-CCATTTAC-AAAGCAT  140

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      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCCC-ACAAATCAAGGAAAATGTTTGCTTTCAATTTTACATGAGAAA  189

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      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAT-CCACTGTCAAATAGCATGAGGTTCATGGGAATGACAACCAA  238

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAGTTTCAGAATAGACTGTGCCTTAATTGTCAACAGCAGCTCTA  288

seq1  TCATGGTGGGGGTACCACCCTCGCCAGGCAGCACTCAGCTACAGGGATTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTGGGGGTACCACCCTCGCCAGGCAGCACTCAGCTACAGGGATTA  338

seq1  TCATTATCAAATGAATGTAAACCAGAAATCATTCTCGTTTTATTCTCATA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATCAAATGAATGTAAACCAGAAATCATTCTCGTTTTATTCTCATA  388

seq1  GGAAGGAATAATGGTGGGGAGATTTTTTTTCTCATCATAGGGTTTAGCTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAATAATGGTGGGGAGATTTTTTTTCTCATCATAGGGTTTAGCTA  438

seq1  AGATATGTCATACATATAACAAATAATTTGATAGAAATTAAAACCAGAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGTCATACATATAACAAATAATTTGATAGAAATTAAAACCAGAGA  488

seq1  ACGTGATACTAGTAAATCTAAAATTTAATCATTTCCAGATGACCTCCATA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGATACTAGTAAATCTAAAATTTAATCATTTCCAGATGACCTCCATA  538

seq1  TAACTTATGAATAATACCAAAGAACATAGGTAAATAAAGAAACATTCCTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTATGAATAATACCAAAGAACATAGGTAAATAAAGAAACATTCCTA  588

seq1  TAGGCTTAAAAATATTTAAACTCGTCTGTCACTTTTATAGAAAATAGACT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTAAAAATATTTAAACTCGTCTGTCACTTTTATAGAAAATAGACT  638

seq1  GGTTTCTCTGACATTTGTGCGGAAGGAGTAAAAGTTTATATAATGCATTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTCTGACATTTGTGCGGAAGGAGTAAAAGTTTATATAATGCATTT  688

seq1  TTTAAGGAGAGGAAAGAATATGATGGAAATACAAAAAGTAAACTTACAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGAGAGGAAAGAATATGATGGAAATACAAAAAGTAAACTTACAAA  738

seq1  TAATTTAAAAATAAAACTACATTTAAAATGCATTCTATGAGGCACACAAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AACTTATGATCAAATGACAAATAAAATAATGGGGAAATCAGGCACAAATG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATGATCAAATGACAAATAAAATAATGGGGAAATCAGGCACAAATG  838

seq1  ATGATGTGTTTCAATCCCTTACTACAGAGATTGAAGATTTCTCAGCATCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTGTTTCAATCCCTTACTACAGAGATTGAAGATTTCTCAGCATCA  888

seq1  TTTGAATCTCAGGATAAGAAAGAAAATGACACCCTTTAATTGCGCAAATT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATCTCAGGATAAGAAAGAAAATGACACCCTTTAATTGCGCAAATT  938

seq1  CTCAACATGGGCACATCAGTCTGAATTTCCTTACAAGATGTCAAAATCCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACATGGGCACATCAGTCTGAATTTCCTTACAAGATGTCAAAATCCA  988

seq1  TCCCAGGAGACTGCAAAGCAATTTGAAGTTTTATTGAGCAAACACCCTGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGAGACTGCAAAGCAATTTGAAGTTTTATTGAGCAAACACCCTGC  1038

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAGCATCTTCTAAATACGTGAAGATAAAGGGAATTTGTAAATGTTG  1088

seq1  TGTCTTTGATTCCAAGGCAGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTGATTCCAAGGCAGAATTC  1113


seq1: chr16_67451375_67452128
seq2: B6Ng01-324E01.g_66_819

seq1  GAATTCTTTCTTCTAACTGGAGGCTCTGGCCTCTTTTCTTAGATTTTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTCTAACTGGAGGCTCTGGCCTCTTTTCTTAGATTTTTTT  50

seq1  TTTTAAAGAAAACATTAAGTTGAAACTTTATTACCATTCTTTGAGATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGAAAACATTAAGTTGAAACTTTATTACCATTCTTTGAGATTTA  100

seq1  TTCAAGCTTTCTTTAAAAATCATCACAATATAGAAGTACAATGTCTTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCTTTCTTTAAAAATCATCACAATATAGAAGTACAATGTCTTCCT  150

seq1  CAAAGACCTAGGATCCTCACTCTGAAATTAGTCAGCAAGGAAGATAGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACCTAGGATCCTCACTCTGAAATTAGTCAGCAAGGAAGATAGTCT  200

seq1  TCTCTTCCTGGATATAGGAAGGTGGGATGCTAAAATCACATGAACTTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCTGGATATAGGAAGGTGGGATGCTAAAATCACATGAACTTTGG  250

seq1  TTAACAAACAATGATGGCTTGATAACAAAGGAAAAATCTTTGAAAGGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TAGAACAAAATAATGTACCTAAAATATCCCATTTATGAACTCTTGTAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAAAATAATGTACCTAAAATATCCCATTTATGAACTCTTGTAATA  350

seq1  TTGTCTGATCCTTTCTTAAATCTCATCTAAGACACTTTAAAAATACTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CCTCCTCCTTTTGTTTCAGTAAGATGAATACAATGTGAAGTATATCTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCTTTTGTTTCAGTAAGATGAATACAATGTGAAGTATATCTTCC  450

seq1  CTTTTCTGTGGCTATTGTCTTTAGTAGTCTTCTTTACTTATTCAACTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTGTGGCTATTGTCTTTAGTAGTCTTCTTTACTTATTCAACTTTG  500

seq1  GTATATATCACTTTATATATATATACATATATATACATATATATATATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATCACTTTATATATATATACATATATATACATATATATATATAT  550

seq1  ATATATATATATATATATATATGTATATTTGACTTCTAGTAATATTGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATGTATATTTGACTTCTAGTATTATTGTGG  600

seq1  AACAATAAATAACTAGAGAAAGAAGATAAAAAGAGTATATAAGTGTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTGTGGTATATGTTAATATACGTATATACATACATATATATATATATATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTATATGTTAATATACGTATATACATACATATATATATATATATG  700

seq1  CCCTATGATTATATATATATATATTATATTATATATATATATATATATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATGATTATATATATATATATTATATTATATATATATATATATATAT  750

seq1  ATGA  754
      ||||
seq2  ATGA  754


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