BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330D15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 50,784,505 - 50,901,514
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667796, LOC100043767, Cd47, EG433024, LOC100043769, LOC628951, EG224180, EG667802, LOC100043404, Bbx, LOC100043414, Ccdc54, LOC672778, 5330426P16Rik
Downstream geneEG639820, LOC627543
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330D15.bB6Ng01-330D15.g
ACCGA116966GA116967
length7401,119
definitionB6Ng01-330D15.b B6Ng01-330D15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,784,505 - 50,785,244)(50,900,388 - 50,901,514)
sequence
gaattccacgaatacttccgagcctctacttcattctctacacccaccct
ttcctgcgccaccgtcttttgttccttgattaattcagtcactggacttg
gtttggaatcctggcctgaagcccgttcctttgatgacaggggcccagac
tgcacacacagtcatgcacaggaatatggagcagaggtttgggaaacggg
ctagctaggtcatagactagcatgtttggtgatagatataagtgtgactg
gcagataccaagggtctggggtgcacgcaataggatttctgggtgcttat
gtccctggagtgatggattggataggaacagaacaagaaacaatttgtta
aataatacactaccaaagggattgggaagcagagaggaaagttagatgct
caatggcgctatgcactctaaagcagtggtcctcaaccttccttaaagct
gcaacccttgaatacagttcctaacactgtggtgacccctaaccataaaa
ttattttgttgctatgccaggactgtaattttactagttataaactagct
agtaatataaacatctgacatataggatatctgatatacagcctcacagg
ggtcgggacccataggttgagaaccacagcattttggctatttgccaagc
cttggctttctctggcaattgttcactaaatgctttattgtacctgtcag
tcagccttggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg

gaattctgactcactgaacaaactcagcctgtaagtattttgagtcttca
taatttgccccactatgctgactaatccctgattttaccttttttttttt
ttaactgttcctctccactcagctcttggcatgattttgtctgactactt
ataaattaaaactcctgcttcccatcctgtgtactccaagtttgtgcatt
ttgctgcatcttgaaaatattctcagcttacttataagttctggaagtaa
aaggtacgacttgtgcagaattttaaccaccaaactcttactagcctatt
tacaattattgtatattgctgcaacatacagctattgaaccttttaatgt
aaactaatactactaatacaggctaatggatcttgcctctcaggaagaat
agagatatgttgtcaatgaaaaattccttattaaaaatccttgatgaata
ttcaaaattagtggtttctggaaacaaatatagttcttcttagagagata
ctgaaaacatgcacccctatcatctatgttctccttcagggtctaggact
aattaacttattacagatggatcttttgcccatattatggaatagctttt
gctttctttagtaggggaatttttttcctactttgttaaactcctcacac
ttaaccaacatactaacacctcatttagttagtgaagaatgggtaagaat
cacatgactaatgtgtcatggatatctgaatttatcttttctaagaaatc
aaaggcagactctgctttctagtggcaggttatcacagtatctggctaca
tgtgctacacatatacagaagagccaactaggatatttaaagataatttt
aattcacacacacacacacacacacacacacacacacacacgcatatccc
attttcccttttaagaaaataatttgctattcctctcccatattctcaat
cataaaacctttcccttggccatatgattttttatgagcagctagaagtc
tctcagtttctcacatttttcaactccccaagtccactttctgctcaaaa
aaaaaaaatgttaagcagagtaaaaatgtcctccctcacagtgcagtctg
aagatttattgcaacgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_50784505_50785244
seq2: B6Ng01-330D15.b_50_789

seq1  GAATTCCACGAATACTTCCGAGCCTCTACTTCATTCTCTACACCCACCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACGAATACTTCCGAGCCTCTACTTCATTCTCTACACCCACCCT  50

seq1  TTCCTGCGCCACCGTCTTTTGTTCCTTGATTAATTCAGTCACTGGACTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCGCCACCGTCTTTTGTTCCTTGATTAATTCAGTCACTGGACTTG  100

seq1  GTTTGGAATCCTGGCCTGAAGCCCGTTCCTTTGATGACAGGGGCCCAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAATCCTGGCCTGAAGCCCGTTCCTTTGATGACAGGGGCCCAGAC  150

seq1  TGCACACACAGTCATGCACAGGAATATGGAGCAGAGGTTTGGGAAACGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACAGTCATGCACAGGAATATGGAGCAGAGGTTTGGGAAACGGG  200

seq1  CTAGCTAGGTCATAGACTAGCATGTTTGGTGATAGATATAAGTGTGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTAGGTCATAGACTAGCATGTTTGGTGATAGATATAAGTGTGACTG  250

seq1  GCAGATACCAAGGGTCTGGGGTGCACGCAATAGGATTTCTGGGTGCTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATACCAAGGGTCTGGGGTGCACGCAATAGGATTTCTGGGTGCTTAT  300

seq1  GTCCCTGGAGTGATGGATTGGATAGGAACAGAACAAGAAACAATTTGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGGAGTGATGGATTGGATAGGAACAGAACAAGAAACAATTTGTTA  350

seq1  AATAATACACTACCAAAGGGATTGGGAAGCAGAGAGGAAAGTTAGATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATACACTACCAAAGGGATTGGGAAGCAGAGAGGAAAGTTAGATGCT  400

seq1  CAATGGCGCTATGCACTCTAAAGCAGTGGTCCTCAACCTTCCTTAAAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGCGCTATGCACTCTAAAGCAGTGGTCCTCAACCTTCCTTAAAGCT  450

seq1  GCAACCCTTGAATACAGTTCCTAACACTGTGGTGACCCCTAACCATAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCCTTGAATACAGTTCCTAACACTGTGGTGACCCCTAACCATAAAA  500

seq1  TTATTTTGTTGCTATGCCAGGACTGTAATTTTACTAGTTATAAACTAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGTTGCTATGCCAGGACTGTAATTTTACTAGTTATAAACTAGCT  550

seq1  AGTAATATAAACATCTGACATATAGGATATCTGATATACAGCCTCACAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATATAAACATCTGACATATAGGATATCTGATATACAGCCTCACAGG  600

seq1  GGTCGGGACCCATAGGTTGAGAACCACAGCATTTTGGCTATTTGCCAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGGGACCCATAGGTTGAGAACCACAGCATTTTGGCTATTTGCCAAGC  650

seq1  CTTGGCTTTCTCTGGCAATTGTTCACTAAATGCTTTATTGTACCTGTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTTTCTCTGGCAATTGTTCACTAAATGCTTTATTGTACCTGTCAG  700

seq1  TCAGCCTTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  740


seq1: chr16_50900388_50901514
seq2: B6Ng01-330D15.g_69_1187 (reverse)

seq1  ATACGCTGCATTAAATCCTCAGACTGCACTGTGAGGGAGGACATTTTTTT  50
      ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  ATACGTTGCAATAAATCTTCAGACTGCACTGTGAGGGAGGACA--TTTTT  48

seq1  ACTTCTGCTTAACATTTTTTTTTTTTGAGCAGAAAAGTGGAACTTGGGGG  100
      || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||
seq2  AC-TCTGCTTAACATTTTTTTTTTTTGAGCAG-AAAGTGG-ACTT-GGGG  94

seq1  AGTTTGAAAAATGTGAGAAACTGAGAGACCTTCCTAGCTGCTCAT-AAAA  149
      || ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||
seq2  AG-TTGAAAAATGTGAGAAACTGAGAGAC--TTCTAGCTGCTCATAAAAA  141

seq1  ATCATATTGCCAAGGGAAAGGTTTTATGATTGAGAATATGGGAGAGGAAT  199
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATGGCCAAGGGAAAGGTTTTATGATTGAGAATATGGGAGAGGAAT  191

seq1  AGCAAATTATTTTCTTAAAAGGGAAAATGGGATATGCGTGTGTGTGTGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATTATTTTCTTAAAAGGGAAAATGGGATATGCGTGTGTGTGTGTG  241

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATTAAAATTATCTTTAAATATCCTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATTAAAATTATCTTTAAATATCCTA  291

seq1  GTTGGCTCTTCTGTATATGTGTAGCACATGTAGCCAGATACTGTGATAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCTCTTCTGTATATGTGTAGCACATGTAGCCAGATACTGTGATAAC  341

seq1  CTGCCACTAGAAAGCAGAGTCTGCCTTTGATTTCTTAGAAAAGATAAATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACTAGAAAGCAGAGTCTGCCTTTGATTTCTTAGAAAAGATAAATT  391

seq1  CAGATATCCATGACACATTAGTCATGTGATTCTTACCCATTCTTCACTAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATCCATGACACATTAGTCATGTGATTCTTACCCATTCTTCACTAA  441

seq1  CTAAATGAGGTGTTAGTATGTTGGTTAAGTGTGAGGAGTTTAACAAAGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGAGGTGTTAGTATGTTGGTTAAGTGTGAGGAGTTTAACAAAGTA  491

seq1  GGAAAAAAATTCCCCTACTAAAGAAAGCAAAAGCTATTCCATAATATGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAAATTCCCCTACTAAAGAAAGCAAAAGCTATTCCATAATATGGG  541

seq1  CAAAAGATCCATCTGTAATAAGTTAATTAGTCCTAGACCCTGAAGGAGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGATCCATCTGTAATAAGTTAATTAGTCCTAGACCCTGAAGGAGAA  591

seq1  CATAGATGATAGGGGTGCATGTTTTCAGTATCTCTCTAAGAAGAACTATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATGATAGGGGTGCATGTTTTCAGTATCTCTCTAAGAAGAACTATA  641

seq1  TTTGTTTCCAGAAACCACTAATTTTGAATATTCATCAAGGATTTTTAATA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTCCAGAAACCACTAATTTTGAATATTCATCAAGGATTTTTAATA  691

seq1  AGGAATTTTTCATTGACAACATATCTCTATTCTTCCTGAGAGGCAAGATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTTTCATTGACAACATATCTCTATTCTTCCTGAGAGGCAAGATC  741

seq1  CATTAGCCTGTATTAGTAGTATTAGTTTACATTAAAAGGTTCAATAGCTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCCTGTATTAGTAGTATTAGTTTACATTAAAAGGTTCAATAGCTG  791

seq1  TATGTTGCAGCAATATACAATAATTGTAAATAGGCTAGTAAGAGTTTGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGCAGCAATATACAATAATTGTAAATAGGCTAGTAAGAGTTTGGT  841

seq1  GGTTAAAATTCTGCACAAGTCGTACCTTTTACTTCCAGAACTTATAAGTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAAATTCTGCACAAGTCGTACCTTTTACTTCCAGAACTTATAAGTA  891

seq1  AGCTGAGAATATTTTCAAGATGCAGCAAAATGCACAAACTTGGAGTACAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGAATATTTTCAAGATGCAGCAAAATGCACAAACTTGGAGTACAC  941

seq1  AGGATGGGAAGCAGGAGTTTTAATTTATAAGTAGTCAGACAAAATCATGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGGAAGCAGGAGTTTTAATTTATAAGTAGTCAGACAAAATCATGC  991

seq1  CAAGAGCTGAGTGGAGAGGAACAGTTAAAAAAAAAAAAAGGTAAAATCAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCTGAGTGGAGAGGAACAGTTAAAAAAAAAAAAAGGTAAAATCAG  1041

seq1  GGATTAGTCAGCATAGTGGGGCAAATTATGAAGACTCAAAATACTTACAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGTCAGCATAGTGGGGCAAATTATGAAGACTCAAAATACTTACAG  1091

seq1  GCTGAGTTTGTTCAGTGAGTCAGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTTGTTCAGTGAGTCAGAATTC  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |