BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334N05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 10,579,048 - 10,696,769
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4932416N17Rik
Upstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5, Nubp1, BC068110, Ciita, LOC669998, Dexi
Downstream geneSocs1, Tnp2, Prm3, Prm2, Prm1, A630055G03Rik, Litaf, LOC100043147, LOC100042597, Snn, Txndc11, Zc3h7a, LOC665450, LOC622271, Rsl1d1, Gspt1, Tnfrsf17, 4933437K13Rik, LOC100043171
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334N05.bB6Ng01-334N05.g
ACCGA120236GA120237
length6741,121
definitionB6Ng01-334N05.b B6Ng01-334N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,579,048 - 10,579,721)(10,695,636 - 10,696,769)
sequence
gaattctgggagtctgttaggacccaaacaggtcaggaagctacaagtcc
aaccaagaaactctttgtcatgaccccgtcagctgttggagcatcactcg
ggtgggttttcctgaggagcgtggtcaccagctcctgtggctgcccctca
gcctcttctctagagaaggacgtgtggctcaggcacctcatttcttcagt
atgtctcaaaccacatagctttaattcattgttccttagtttcatagccc
ttaaaaagagctcttctatattaaaaatcttgggttagcaaaatgtctca
gcatgtaaaagtcttgagggcaaggctgatgaaccaagttcgagacctag
aacctacatggtagaagggaagaacctcctgcctgtgtctgttctctgat
atccacatgctcatggtggtactcacatgcccacatacatacacatagaa
ttaaataaataagtgtagaacaaaatttaagttaaaattcttgagcccta
actaggtgtagtactcctgtctttaattccagtatgcatgaggcaggtgc
aggcaagaattcatggccagcctggtctacatagtgagtcccaggccagt
taggactacagccttttgtgcccattacaaacttgttacaaacccgccag
cattgcagtattgggggggggggg
gaattctgcggagaaaataaaccaaggcaatgtcataggggaagggtttg
gccctggtcagcagcatgataataaaaggcctttgaaggatggagcccac
acattggggttgggccaccaatgggaggtgggcactcaagtcctagataa
aggagctggtgtaaaagctgagacagggcacagcactggttctccaggta
tatgctggagcctgagaacagtaagacaccccctctctctgagaactgcc
agaccattttccttcagttggggaagtgcctccatgagatccaactgtaa
ggcattttctcaactagtgatcaagggtttcaggccccttgtgggtggga
ccatctctgggctggtagtcttggttctataagagagcaggctgagcaag
ccaggggaagcaagccagtaaagaacatccctccgtggcctctgcatcag
ctcctgcttcctgacctgcttgagttccagtcctgacttccttggtgatg
aacagcagtatggaagtgtaagctgaattaaaccctttcctccctaattt
gcttcttggtcacgatgtttgtgcaggaatagaaaccctgactgagacag
caaccattctaccaactgagtcacagctctagcctgagagtcttaaagga
gcggttaggactcccctgcctcaccctgccccagggcaatgcctctgtat
gcttctctccaaggtgactgatgagcttccagaggccaagagaaggctac
cccttaagcactctaggcctgactgtgtgccaggcagtaagatctcaaaa
atgtacagtcattatttccttttttaaaaatagagttaatttcatagaca
gttatgcttttgatgttatgttgatatgtggtagataaagtttcaagagg
ggaatggagaatcacatgcatggcatagaactcatcacatgatattatgc
aagacatatatatgtatatgtatatatatataacatacagcaaacatttc
tagaaagaatgcaagaaacaaaaactgttcccttattctggagcaaaggg
acttctcacattcattcaatcttgttggattaaaatgattacttatggta
tacattgaatagaaatccaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_10579048_10579721
seq2: B6Ng01-334N05.b_49_722

seq1  GAATTCTGGGAGTCTGTTAGGACCCAAACAGGTCAGGAAGCTACAAGTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGAGTCTGTTAGGACCCAAACAGGTCAGGAAGCTACAAGTCC  50

seq1  AACCAAGAAACTCTTTGTCATGACCCCGTCAGCTGTTGGAGCATCACTCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGAAACTCTTTGTCATGACCCCGTCAGCTGTTGGAGCATCACTCG  100

seq1  GGTGGGTTTTCCTGAGGAGCGTGGTCACCAGCTCCTGTGGCTGCCCCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTTTTCCTGAGGAGCGTGGTCACCAGCTCCTGTGGCTGCCCCTCA  150

seq1  GCCTCTTCTCTAGAGAAGGACGTGTGGCTCAGGCACCTCATTTCTTCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTCTCTAGAGAAGGACGTGTGGCTCAGGCACCTCATTTCTTCAGT  200

seq1  ATGTCTCAAACCACATAGCTTTAATTCATTGTTCCTTAGTTTCATAGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCAAACCACATAGCTTTAATTCATTGTTCCTTAGTTTCATAGCCC  250

seq1  TTAAAAAGAGCTCTTCTATATTAAAAATCTTGGGTTAGCAAAATGTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGAGCTCTTCTATATTAAAAATCTTGGGTTAGCAAAATGTCTCA  300

seq1  GCATGTAAAAGTCTTGAGGGCAAGGCTGATGAACCAAGTTCGAGACCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTAAAAGTCTTGAGGGCAAGGCTGATGAACCAAGTTCGAGACCTAG  350

seq1  AACCTACATGGTAGAAGGGAAGAACCTCCTGCCTGTGTCTGTTCTCTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTACATGGTAGAAGGGAAGAACCTCCTGCCTGTGTCTGTTCTCTGAT  400

seq1  ATCCACATGCTCATGGTGGTACTCACATGCCCACATACATACACATAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACATGCTCATGGTGGTACTCACATGCCCACATACATACACATAGAA  450

seq1  TTAAATAAATAAGTGTAGAACAAAATTTAAGTTAAAATTCTTGAGCCCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAAATAAGTGTAGAACAAAATTTAAGTTAAAATTCTTGAGCCCTA  500

seq1  ACTAGGTGTAGTACTCCTGTCTTTAATTCCAGTATGCATGAGGCAGGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGTGTAGTACTCCTGTCTTTAATTCCAGTATGCATGAGGCAGGTGC  550

seq1  AGGCAAGAATTCATGGCCAGCCTGGTCTACATAGTGAGTCCCAGGCCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGAATTCATGGCCAGCCTGGTCTACATAGTGAGTCCCAGGCCAGT  600

seq1  TAGGACTACAGCCTTTTGTGCCCATTACAAACTTGTTACAAACCCGCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTACAGCCTTTTGTGCCCATTACAAACTTGTTACAAACCCGCCAG  650

seq1  CATTGCAGTATTGGGGGGGGGGGG  674
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCAGTATTGGGGGGGGGGGG  674

seq1: chr16_10695636_10696769
seq2: B6Ng01-334N05.g_69_1189 (reverse)

seq1  ATTGGATTTCTTTATTTCATGTATACCATAAGTATATCATTTTTAATCCA  50
      ||||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  ATTGGATTTC--TATTCAATGTATACCATAAGTA-ATCA-TTTTAATCCA  46

seq1  ACAAGATTTGATAGAATGTGAAGAAGTCCCTTTTGCTCCAGAATATGTGA  100
      |||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||
seq2  ACAAGA-TTGAATGAATGTG-AGAAGTCCC-TTTGCTCCAGAATAAGGGA  93

seq1  ACAGTTTTTTGTTTCTTGCATGTCTTTCTAGAAATGTTTGCTTGTATGTT  150
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  
seq2  ACAG-TTTTTGTTTCTTGCAT-TCTTTCTAGAAATGTTTGC-TGTATG--  138

seq1  TTATATATATATACATATACATATATATGTCTTTGCAT-ATATCATGTGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  TTATATATATATACATATACATATATATGTC-TTGCATAATATCATGTGA  187

seq1  TGAGTTCTATGCCATGCATGTGATTCTCCATTCCCCTCTTGATACTTAAT  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  TGAGTTCTATGCCATGCATGTGATTCTCCATTCCCCTCTTGAAACTTTAT  237

seq1  CTACCACATATCAACATAACATCAAAAGCATAACTGTCTATGAAATTAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACATATCAACATAACATCAAAAGCATAACTGTCTATGAAATTAAC  287

seq1  TCTATTTTTTAAAAAAGGAAATAATGACTGTACATTTTTGAGATCTTACT  349
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTA-TTTTTAAAAAAGGAAATAATGACTGTACATTTTTGAGATCTTACT  336

seq1  GCCTGGCACACAGTCAGGCCTAGAGTGCTTAAGGGGTAGCCTTCTCTTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCACACAGTCAGGCCTAGAGTGCTTAAGGGGTAGCCTTCTCTTGG  386

seq1  CCTCTGGAAGCTCATCAGTCACCTTGGAGAGAAGCATACAGAGGCATTGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGAAGCTCATCAGTCACCTTGGAGAGAAGCATACAGAGGCATTGC  436

seq1  CCTGGGGCAGGGTGAGGCAGGGGAGTCCTAACCGCTCCTTTAAGACTCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGCAGGGTGAGGCAGGGGAGTCCTAACCGCTCCTTTAAGACTCTC  486

seq1  AGGCTAGAGCTGTGACTCAGTTGGTAGAATGGTTGCTGTCTCAGTCAGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAGAGCTGTGACTCAGTTGGTAGAATGGTTGCTGTCTCAGTCAGGG  536

seq1  TTTCTATTCCTGCACAAACATCGTGACCAAGAAGCAAATTAGGGAGGAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTCCTGCACAAACATCGTGACCAAGAAGCAAATTAGGGAGGAAA  586

seq1  GGGTTTAATTCAGCTTACACTTCCATACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTAATTCAGCTTACACTTCCATACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGT  636

seq1  CAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCA  686

seq1  CGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCT  736

seq1  CTCTTATAGAACCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATAGAACCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGG  786

seq1  GCCTGAAACCCTTGATCACTAGTTGAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAAACCCTTGATCACTAGTTGAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTC  836

seq1  ATGGAGGCACTTCCCCAACTGAAGGAAAATGGTCTGGCAGTTCTCAGAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGCACTTCCCCAACTGAAGGAAAATGGTCTGGCAGTTCTCAGAGA  886

seq1  GAGGGGGTGTCTTACTGTTCTCAGGCTCCAGCATATACCTGGAGAACCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGGTGTCTTACTGTTCTCAGGCTCCAGCATATACCTGGAGAACCAG  936

seq1  TGCTGTGCCCTGTCTCAGCTTTTACACCAGCTCCTTTATCTAGGACTTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGCCCTGTCTCAGCTTTTACACCAGCTCCTTTATCTAGGACTTGA  986

seq1  GTGCCCACCTCCCATTGGTGGCCCAACCCCAATGTGTGGGCTCCATCCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCACCTCCCATTGGTGGCCCAACCCCAATGTGTGGGCTCCATCCTT  1036

seq1  CAAAGGCCTTTTATTATCATGCTGCTGACCAGGGCCAAACCCTTCCCCTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCCTTTTATTATCATGCTGCTGACCAGGGCCAAACCCTTCCCCTA  1086

seq1  TGACATTGCCTTGGTTTATTTTCTCCGCAGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTGCCTTGGTTTATTTTCTCCGCAGAATTC  1121