BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336I16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 81,797,924 - 81,917,273
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC435484, Pgk1-ps1
Upstream geneLOC100039724, Ncam2, LOC621470
Downstream geneEG665260
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336I16.bB6Ng01-336I16.g
ACCGA121433GA121434
length1,1551,200
definitionB6Ng01-336I16.b B6Ng01-336I16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,916,112 - 81,917,273)(81,797,924 - 81,799,122)
sequence
gaattcaagattaatatttttgaagtgggtgggtggcctcaccccttaat
cagggggcatgcctatcttctggatatggtctctacaggctccatctttg
ttgagtatttcagctaatgtgctccctgttgggtcctgggaaccaactgc
tgctacacacatcctttcaaattcccgaccctctgtacttctaccccatc
tcctcccatattttaatgtaagttattttgatacataaatatttcaattt
catgaggactggatttttttctaataaaaatattctgataatttaaaatg
ccttctttaagtgggtgcaataaggtaagcatttaaatacaactaaatta
gaacagagaaccaaagctaataccccttatgttacaatatatcacaatct
ctttaagtttatctaggaaacatgtctaagttttattgaattaaaatcat
taatctttgtcctaaacgttaataaatattcatactaactgaaacttaat
taaatctttctgatttttatatctccattaaaagtacaaccatgtcgacc
tttaatattatcataataggctaactagttttatggaataacatgaaaag
ccataataatcaccttagtaatattgtattaaagaaattattaatgtagc
attttattatttgaacatatctgtatgtttgtggttaaatgaccttctat
gttattatttattattatacattgttgaatatattatgcataactaatat
tgataaatactgaataaaatttgcattgtatgctaatcagtacaaaacaa
aacaaaacaaaacctggtctctttagtcatgtcttataataacttcatct
ttcctgggaaagaagaattggaaattgaagttattgttatttgacaaaat
tgcctttgcaaatacagatttataggaaaattagaattataaaatttgag
tgtgcaaatacaacactgaaattacatagaattgaaaactaacatattat
gtttatttcatatttacactaagatcaggtctatgctgattctcagtctt
actgaagtatttgcatgtatttctctcagaaaatgtcttgctcacaaaga
actccacacgatgttgcacaacagatattggacattagcttggaaacatt
ttggc

gaattcctctacactgggacattgagcttccacaggaccatgggcctctt
ctcccattgatgtgagggatcaggtatgggaggagatgagggtgatatac
agagggtcaggaaattgaacagaggtgtgtagcaatgggtaatgggggac
cagggctagccacccaaaagtttcagataccagaaaagcaaaaggctcct
aggtcccaagggggagattagctgatttccttcttctaactataccaatt
ggaactaaatttggtatgatgagaattacttttgttgactgggaatgatt
aaaatgctctgagacaactctgacttaaaatttgtcagctgttttcctga
atggaaatccataccaattcttacatattgccatactgaaggctggactt
ccaacacatgaacctttgaaggaaaatccacaacctacttgactatatga
aagggagacaatgtttagtcttcaatttcttagtttcagattttttcttt
tgagaggcttaacatcactatgaattccaagtatttgttatgattattgt
ctaataaatagaaataaatactttaatctaccaacttacaccaagagtta
ttttttaaaaatggtgatttttattatatttattatgttaagtatgtagt
tggtttccaaaagaacatggctcttatttatcttcacagagtagcttgct
gagaatattagctgtagtcccagttgctgtgacaaagtctatgacaaaaa
cagtttaaaggaaggcattgtttattccactgtacatgctgagcgaacag
tctacttttggcagtcagcagtggagagaacttgttgcctagtaccttca
ggcagggaagcagataaataatgtcagcacctagcttacattctcctttt
gaacttggtccaggaggaaagcccaatgaataccaccattcacacttagg
attcttcttcctatcacagttaaatgcagtctagaaacttactaacaacg
tgaccagaatttcacctcatgggtgacttcaggctcaatgaagttcttca
actgactttactatggccactagcctacatgttttctcccttactgcatc
tggttttgaatcttttttttttcaatttaaaggaactgctagcgagttca
gacggctgtttgaagtccacttttaggaatggcctatttcttttgactct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_81916112_81917273
seq2: B6Ng01-336I16.b_51_1205 (reverse)

seq1  GCCAAAATGTTT-CAAGCTAATGTCAATTAATCTGTTGTGCCACATCGTG  49
      |||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||| ||||||||
seq2  GCCAAAATGTTTCCAAGCTAATGTCCAAT-ATCTGTTGTGCAACATCGTG  49

seq1  T-GATGTCTTTGTGAAGCAAGACATTTTCTGAGAGGAAATTAACATGCAA  98
      | ||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||
seq2  TGGAGTTCTTTGTG-AGCAAGACATTTTCTGAGA-GAAAT--ACATGCAA  95

seq1  ATACTTCAGTAAGACTGAGAATTCAGCATAGACCTGGATCTTAGTGTTAA  148
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  ATACTTCAGTAAGACTGAGAA-TCAGCATAGACCT-GATCTTAGTG-TAA  142

seq1  ATATGAAATAAACATAATATGTTAGTTTTCAATTCTATTGTAATTTCAGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATATGAAATAAACATAATATGTTAGTTTTCAATTCTA-TGTAATTTCAGT  191

seq1  GTTGTATTTGCACACTCAAATTTTATAATTCTAATTTTCCTATAAATCTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATTTGCACACTCAAATTTTATAATTCTAATTTTCCTATAAATCTG  241

seq1  TATTTGCAAAGGCAATTTTGTCAAATAACAATAACTTCAATTTCCAATTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCAAAGGCAATTTTGTCAAATAACAATAACTTCAATTTCCAATTC  291

seq1  TTCTTTCCCAGGAAAGATGAAGTTATTATAAGACATGACTAAAGAGACCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCCCAGGAAAGATGAAGTTATTATAAGACATGACTAAAGAGACCA  341

seq1  GGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTACTGATTAGCATACAATGCAAATTTTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTACTGATTAGCATACAATGCAAATTTTA  391

seq1  TTCAGTATTTATCAATATTAGTTATGCATAATATATTCAACAATGTATAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTATTTATCAATATTAGTTATGCATAATATATTCAACAATGTATAA  441

seq1  TAATAAATAATAACATAGAAGGTCATTTAACCACAAACATACAGATATGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATAATAACATAGAAGGTCATTTAACCACAAACATACAGATATGT  491

seq1  TCAAATAATAAAATGCTACATTAATAATTTCTTTAATACAATATTACTAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAATAAAATGCTACATTAATAATTTCTTTAATACAATATTACTAA  541

seq1  GGTGATTATTATGGCTTTTCATGTTATTCCATAAAACTAGTTAGCCTATT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTATTATGGCTTTTCATGTTATTCCATAAAACTAGTTAGCCTATT  591

seq1  ATGATAATATTAAAGGTCGACATGGTTGTACTTTTAATGGAGATATAAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAATATTAAAGGTCGACATGGTTGTACTTTTAATGGAGATATAAAA  641

seq1  ATCAGAAAGATTTAATTAAGTTTCAGTTAGTATGAATATTTATTAACGTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAAGATTTAATTAAGTTTCAGTTAGTATGAATATTTATTAACGTT  691

seq1  TAGGACAAAGATTAATGATTTTAATTCAATAAAACTTAGACATGTTTCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACAAAGATTAATGATTTTAATTCAATAAAACTTAGACATGTTTCCT  741

seq1  AGATAAACTTAAAGAGATTGTGATATATTGTAACATAAGGGGTATTAGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAACTTAAAGAGATTGTGATATATTGTAACATAAGGGGTATTAGCT  791

seq1  TTGGTTCTCTGTTCTAATTTAGTTGTATTTAAATGCTTACCTTATTGCAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCTCTGTTCTAATTTAGTTGTATTTAAATGCTTACCTTATTGCAC  841

seq1  CCACTTAAAGAAGGCATTTTAAATTATCAGAATATTTTTATTAGAAAAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTAAAGAAGGCATTTTAAATTATCAGAATATTTTTATTAGAAAAAA  891

seq1  ATCCAGTCCTCATGAAATTGAAATATTTATGTATCAAAATAACTTACATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTCCTCATGAAATTGAAATATTTATGTATCAAAATAACTTACATT  941

seq1  AAAATATGGGAGGAGATGGGGTAGAAGTACAGAGGGTCGGGAATTTGAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGGGAGGAGATGGGGTAGAAGTACAGAGGGTCGGGAATTTGAAA  991

seq1  GGATGTGTGTAGCAGCAGTTGGTTCCCAGGACCCAACAGGGAGCACATTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGTGTAGCAGCAGTTGGTTCCCAGGACCCAACAGGGAGCACATTA  1041

seq1  GCTGAAATACTCAACAAAGATGGAGCCTGTAGAGACCATATCCAGAAGAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAATACTCAACAAAGATGGAGCCTGTAGAGACCATATCCAGAAGAT  1091

seq1  AGGCATGCCCCCTGATTAAGGGGTGAGGCCACCCACCCACTTCAAAAATA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGCCCCCTGATTAAGGGGTGAGGCCACCCACCCACTTCAAAAATA  1141

seq1  TTAATCTTGAATTC  1162
      ||||||||||||||
seq2  TTAATCTTGAATTC  1155


seq1: chr16_81797924_81799122
seq2: B6Ng01-336I16.g_65_1264

seq1  GAATTCCTCTACACTGGGACATTGAGCTTCCACAGGACCATGGGCCTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTACACTGGGACATTGAGCTTCCACAGGACCATGGGCCTCTT  50

seq1  CTCCCATTGATGTGAGGGATCAGGTATGGGAGGAGATGAGGGTGATATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATTGATGTGAGGGATCAGGTATGGGAGGAGATGAGGGTGATATAC  100

seq1  AGAGGGTCAGGAAATTGAACAGAGGTGTGTAGCAATGGGTAATGGGGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTCAGGAAATTGAACAGAGGTGTGTAGCAATGGGTAATGGGGGAC  150

seq1  CAGGGCTAGCCACCCAAAAGTTTCAGATACCAGAAAAGCAAAAGGCTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTAGCCACCCAAAAGTTTCAGATACCAGAAAAGCAAAAGGCTCCT  200

seq1  AGGTCCCAAGGGGGAGATTAGCTGATTTCCTTCTTCTAACTATACCAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCCAAGGGGGAGATTAGCTGATTTCCTTCTTCTAACTATACCAATT  250

seq1  GGAACTAAATTTGGTATGATGAGAATTACTTTTGTTGACTGGGAATGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTAAATTTGGTATGATGAGAATTACTTTTGTTGACTGGGAATGATT  300

seq1  AAAATGCTCTGAGACAACTCTGACTTAAAATTTGTCAGCTGTTTTCCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCTCTGAGACAACTCTGACTTAAAATTTGTCAGCTGTTTTCCTGA  350

seq1  ATGGAAATCCATACCAATTCTTACATATTGCCATACTGAAGGCTGGACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAATCCATACCAATTCTTACATATTGCCATACTGAAGGCTGGACTT  400

seq1  CCAACACATGAACCTTTGAAGGAAAATCCACAACCTACTTGACTATATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACATGAACCTTTGAAGGAAAATCCACAACCTACTTGACTATATGA  450

seq1  AAGGGAGACAATGTTTAGTCTTCAATTTCTTAGTTTCAGATTTTTTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGACAATGTTTAGTCTTCAATTTCTTAGTTTCAGATTTTTTCTTT  500

seq1  TGAGAGGCTTAACATCACTATGAATTCCAAGTATTTGTTATGATTATTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGCTTAACATCACTATGAATTCCAAGTATTTGTTATGATTATTGT  550

seq1  CTAATAAATAGAAATAAATACTTTAATCTACCAACTTACACCAAGAGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAATAGAAATAAATACTTTAATCTACCAACTTACACCAAGAGTTA  600

seq1  TTTTTTAAAAATGGTGATTTTTATTATATTTATTATGTTAAGTATGTAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAAAATGGTGATTTTTATTATATTTATTATGTTAAGTATGTAGT  650

seq1  TGGTTTCCAAAAGAACATGGCTCTTATTTATCTTCACAGAGTAGCTTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCCAAAAGAACATGGCTCTTATTTATCTTCACAGAGTAGCTTGCT  700

seq1  GAGAATATTAGCTGTAGTCCCAGTTGCTGTGACAAAGTCTATGACAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATATTAGCTGTAGTCCCAGTTGCTGTGACAAAGTCTATGACAAAAA  750

seq1  CAGTTT-AAGGAAGGCATTGTTTATTCCACTGTACATGCTGAGCGAACAG  799
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTAAAGGAAGGCATTGTTTATTCCACTGTACATGCTGAGCGAACAG  800

seq1  TCTAC-TTTGGCAGTCAGCAGTGGAGAGAACTTGTTGCCTAGTACCTTCA  848
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTTTGGCAGTCAGCAGTGGAGAGAACTTGTTGCCTAGTACCTTCA  850

seq1  GGCA-GGAAGCAGATAAATAATGTCAGCACCTAGCTTACATTCTCC-TTT  896
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGCAGGGAAGCAGATAAATAATGTCAGCACCTAGCTTACATTCTCCTTTT  900

seq1  GAACTTGGTCCAGGAGGAAAGCCCAATGAATACCACCATTCACACTTAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGGTCCAGGAGGAAAGCCCAATGAATACCACCATTCACACTTAGG  950

seq1  ATTCTTCTTCCTATCACAGTTAAATGCAGTCTAGAAACTTACTAACAACG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCTTCCTATCACAGTTAAATGCAGTCTAGAAACTTACTAACAACG  1000

seq1  TGACCAGAATTTCACCTCATGGGTGACTTCAAGCTCAATGAAGTTCTTCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGACCAGAATTTCACCTCATGGGTGACTTCAGGCTCAATGAAGTTCTTCA  1050

seq1  ACTGACTTTAACTATTGCACTTAGCTTACATGTTTTCTCCCTTACTTGCA  1096
      ||||||||| ||||| ||   |||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACTGACTTT-ACTATGGCCACTAGCCTACATGTTTTCTCCCTTAC-TGCA  1098

seq1  TCTTGTTTTTGAATCTTTTTTTTTTTTTAATTTAAGGAAACTGCTAGC-A  1145
      || || |||||||||  |||||||||| ||||||| | |||||||||| |
seq2  TC-TGGTTTTGAATC--TTTTTTTTTTCAATTTAAAGGAACTGCTAGCGA  1145

seq1  GTCAAGGACTGCTGTTTTGAAGT-CACTTTTAAGAATG--CTTATTCTTT  1192
      ||  | ||| |||| |||||||| |||||||| |||||  ||  ||||||
seq2  GTTCA-GACGGCTG-TTTGAAGTCCACTTTTAGGAATGGCCTATTTCTTT  1193

seq1  TGACTCT  1199
      |||||||
seq2  TGACTCT  1200


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |