BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338H03
Chromosome16 (Build37)
Map Location 40,006,335 - 40,145,066
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIgsf11, LOC667400
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338H03.bB6Ng01-338H03.g
ACCGA122747GA122748
length1,003804
definitionB6Ng01-338H03.b B6Ng01-338H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,006,335 - 40,007,326)(40,144,263 - 40,145,066)
sequence
gaattctctccttctaaagaagttaatttatgctatttttttatctcagg
aataatactactggatttccccccagttttacagagttcccattgtcttt
tgtaatacttgctcccaccctccagaccaaggaatggtggataataaatt
tccttttgtcatctcttcagaaccaaagttgagacataagtatattatta
ttattattattatatttggagtagtaattttggaatctggatatcagaaa
tttattaccattgatcatattaccctgagaaatgttgctgacaaatatgt
ttcagggtgaagatatgatccagttgttacagggttaaactggagcaacc
tgcttacaaagcaaattagaaactgtcactaaactgcatctatacaagat
gatgctccataatttccagttgcacccttacaatgtgtgcaactttactc
gattttctaaagaagtgctgtcagatagagcctgacttcctcactcagga
tcttcagtccttctccatcactcttccacaaggatccctgatctcctcca
gtgttcagctgtgggtacctgcatcagtgagctgctgggaagagcctctc
agaggctgctatgctaggctcctgtatgcaagcatactaatagtgtcagg
gatgggtgcctacccatgggatgggtcttaagttggtccacttgctggcc
agccatttctttagtctctgcttcatctttgttcctgcatttctttgaga
caggaccaattttgggtcaaaagatttgtagttaggtcagtgcacaccat
aggaagacgaaaagtggcaactaacctggactcctgggagtttcaagaga
atgagccaccactcaaagagcatatagactggaccaaggaccggaacgca
tgcaccagagggctgccttgtctggaatctgagagaggatgaacctaatc
ctgcagagacttgatccaccgtgctatggggatagaggggcagggctgcc
ctc
gaattcactcattcccttgtagcactatacattaatttagagtgtgcttt
gttctattacgtgggtttcaaattacttccaagccacagaaatactgttt
ttgggttttttttttttttttttttggtaattgataaagtaactttctat
tcatttttttgctactttgccaaataaatttagcaacattatttcttggt
catatataatgatagctctatttgtgaaaaataattaactgataccacag
ctactatttaattatactggcttcctgggcttgctaagattaagttactt
ggtttcttttatacaattcacttttgtattccagttattaattccatcac
ttcatttcaacccctgctccacacagctcttgatagcgtaccattttgtt
tatgccctgcaagtaaagtatatgaccaaggtggacgcccagtttatagg
agtttcagatggaagatataatgggacgaaacgctctgatttcaaccatt
cgctctcagtcccctttaccgatgctgatgattgagggaattctattgac
ttagcaagggaaagaggaaaaacatttttcatctctatttagcacttgtt
ctctctgtcatgacatgcatgcatgcatgttagtcattctgagcaactaa
cagaaagccttctcctctcaagatccctgatcaagatcaaggacaaagga
taaatccacatgtcaaagtttaatgtcaagttgccctttcttttaaaacc
cattgggatttctcttagagaaatttggttggtggtggttgttttgtgga
gttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_40006335_40007326
seq2: B6Ng01-338H03.b_48_1039

seq1  GAATTCTCTCCTTCTAAAGAAGTTAATTTATGCTATTTTTTTATCTCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCTTCTAAAGAAGTTAATTTATGCTATTTTTTTATCTCAGG  50

seq1  AATAATACTACTGGATTTCCCCCCAGTTTTACAGAGTTCCCATTGTCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATACTACTGGATTTCCCCCCAGTTTTACAGAGTTCCCATTGTCTTT  100

seq1  TGTAATACTTGCTCCCACCCTCCAGACCAAGGAATGGTGGATAATAAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATACTTGCTCCCACCCTCCAGACCAAGGAATGGTGGATAATAAATT  150

seq1  TCCTTTTGTCATCTCTTCAGAACCAAAGTTGAGACATAAGTATATTATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTGTCATCTCTTCAGAACCAAAGTTGAGACATAAGTATATTATTA  200

seq1  TTATTATTATTATATTTGGAGTAGTAATTTTGGAATCTGGATATCAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTATTATATTTGGAGTAGTAATTTTGGAATCTGGATATCAGAAA  250

seq1  TTTATTACCATTGATCATATTACCCTGAGAAATGTTGCTGACAAATATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTACCATTGATCATATTACCCTGAGAAATGTTGCTGACAAATATGT  300

seq1  TTCAGGGTGAAGATATGATCCAGTTGTTACAGGGTTAAACTGGAGCAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGTGAAGATATGATCCAGTTGTTACAGGGTTAAACTGGAGCAACC  350

seq1  TGCTTACAAAGCAAATTAGAAACTGTCACTAAACTGCATCTATACAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACAAAGCAAATTAGAAACTGTCACTAAACTGCATCTATACAAGAT  400

seq1  GATGCTCCATAATTTCCAGTTGCACCCTTACAATGTGTGCAACTTTACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCCATAATTTCCAGTTGCACCCTTACAATGTGTGCAACTTTACTC  450

seq1  GATTTTCTAAAGAAGTGCTGTCAGATAGAGCCTGACTTCCTCACTCAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCTAAAGAAGTGCTGTCAGATAGAGCCTGACTTCCTCACTCAGGA  500

seq1  TCTTCAGTCCTTCTCCATCACTCTTCCACAAGGATCCCTGATCTCCTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGTCCTTCTCCATCACTCTTCCACAAGGATCCCTGATCTCCTCCA  550

seq1  GTGTTCAGCTGTGGGTACCTGCATCAGTGAGCTGCTGGGAAGAGCCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCAGCTGTGGGTACCTGCATCAGTGAGCTGCTGGGAAGAGCCTCTC  600

seq1  AGAGGCTGCTATGCTAGGCTCCTGTATGCAAGCATACTAATAGTGTCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTGCTATGCTAGGCTCCTGTATGCAAGCATACTAATAGTGTCAGG  650

seq1  GATGGGTGCCTACCCATGGGATGGGTCTTAAGTTGGTCCACTTGCTGGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGTGCCTACCCATGGGATGGGTCTTAAGTTGGTCCACTTGCTGGCC  700

seq1  AGCCATTTCTTTAGTCTCTGCTTCATCTTTGTTCCTGCATTTCTTTGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTCTTTAGTCTCTGCTTCATCTTTGTTCCTGCATTTCTTTGAGA  750

seq1  CAGGACCAATTTTGGGTCAAAAGATTTGTAGTTAGGTCAGTGCACACCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCAATTTTGGGTCAAAAGATTTGTAGTTAGGTCAGTGCACACCAT  800

seq1  AGGAAGACGAAAAGTGGCAACTAACCTGGACTCCTGGGAGTTTCAAGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGACGAAAAGTGGCAACTAACCTGGACTCCTGGGAGTTTCAAGAGA  850

seq1  ATGAGCCACCACTCAAAGAGCATATAGACTGGACCAAGGACCGGAACGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCACCACTCAAAGAGCATATAGACTGGACCAAGGACCGGAACGCA  900

seq1  TGCACCAGAGGGCTGCCTTGTCTGGAATCTGAGAGAGGATGAACCTAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCAGAGGGCTGCCTTGTCTGGAATCTGAGAGAGGATGAACCTAATC  950

seq1  CTGCAGAGACTTGATCCACCGTGCTATGGGGATAGAGGGGCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAGACTTGATCCACCGTGCTATGGGGATAGAGGGGCA  992

seq1: chr16_40144263_40145066
seq2: B6Ng01-338H03.g_63_866 (reverse)

seq1  CAACTCCACAAAACAACCACCACCAACCAAATTTCTCTAAGAGAAATCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCACAAAACAACCACCACCAACCAAATTTCTCTAAGAGAAATCCC  50

seq1  AATGGGTTTTAAAAGAAAGGGCAACTTGACATTAAACTTTGACATGTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTTTTAAAAGAAAGGGCAACTTGACATTAAACTTTGACATGTGGA  100

seq1  TTTATCCTTTGTCCTTGATCTTGATCAGGGATCTTGAGAGGAGAAGGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCTTTGTCCTTGATCTTGATCAGGGATCTTGAGAGGAGAAGGCTT  150

seq1  TCTGTTAGTTGCTCAGAATGACTAACATGCATGCATGCATGTCATGACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAGTTGCTCAGAATGACTAACATGCATGCATGCATGTCATGACAG  200

seq1  AGAGAACAAGTGCTAAATAGAGATGAAAAATGTTTTTCCTCTTTCCCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACAAGTGCTAAATAGAGATGAAAAATGTTTTTCCTCTTTCCCTTG  250

seq1  CTAAGTCAATAGAATTCCCTCAATCATCAGCATCGGTAAAGGGGACTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTCAATAGAATTCCCTCAATCATCAGCATCGGTAAAGGGGACTGAG  300

seq1  AGCGAATGGTTGAAATCAGAGCGTTTCGTCCCATTATATCTTCCATCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAATGGTTGAAATCAGAGCGTTTCGTCCCATTATATCTTCCATCTGA  350

seq1  AACTCCTATAAACTGGGCGTCCACCTTGGTCATATACTTTACTTGCAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTATAAACTGGGCGTCCACCTTGGTCATATACTTTACTTGCAGGG  400

seq1  CATAAACAAAATGGTACGCTATCAAGAGCTGTGTGGAGCAGGGGTTGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACAAAATGGTACGCTATCAAGAGCTGTGTGGAGCAGGGGTTGAAA  450

seq1  TGAAGTGATGGAATTAATAACTGGAATACAAAAGTGAATTGTATAAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGATGGAATTAATAACTGGAATACAAAAGTGAATTGTATAAAAGA  500

seq1  AACCAAGTAACTTAATCTTAGCAAGCCCAGGAAGCCAGTATAATTAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGTAACTTAATCTTAGCAAGCCCAGGAAGCCAGTATAATTAAATA  550

seq1  GTAGCTGTGGTATCAGTTAATTATTTTTCACAAATAGAGCTATCATTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGTGGTATCAGTTAATTATTTTTCACAAATAGAGCTATCATTATA  600

seq1  TATGACCAAGAAATAATGTTGCTAAATTTATTTGGCAAAGTAGCAAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCAAGAAATAATGTTGCTAAATTTATTTGGCAAAGTAGCAAAAAA  650

seq1  ATGAATAGAAAGTTACTTTATCAATTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAGAAAGTTACTTTATCAATTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAC  700

seq1  CCAAAAACAGTATTTCTGTGGCTTGGAAGTAATTTGAAACCCACGTAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAACAGTATTTCTGTGGCTTGGAAGTAATTTGAAACCCACGTAATA  750

seq1  GAACAAAGCACACTCTAAATTAATGTATAGTGCTACAAGGGAATGAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAGCACACTCTAAATTAATGTATAGTGCTACAAGGGAATGAGTGA  800

seq1  ATTC  804
      ||||
seq2  ATTC  804