BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-341F22
Chromosome16 (Build37)
Map Location 63,290,400 - 63,436,228
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043806, Nsun3, Arl13b, Stx19, Pros1
Downstream geneEpha3, LOC100043540
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-341F22.bB6Ng01-341F22.g
ACCGA124772GA124773
length1,0881,108
definitionB6Ng01-341F22.b B6Ng01-341F22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,290,400 - 63,291,493)(63,435,117 - 63,436,228)
sequence
gaattcttttgtgattggcttacctcctaaggatgatatcctccagatac
atccatttgtccaagaatttcataaatccattttttttaatagctgagta
gtactccattgcataaatgtaccacattttctgtatccattcttctgttg
agggacatctggattctttccagcttctggttattataaataaagctgct
ataaacatagtggaacagagaatggcatggaaaaaaaaaaagaataccat
ttacttattaactgaatgcagattaaaataatatttagtccacatcctta
ccacttaaaacctgagaattagtaatgtttactttcactttggagactaa
acaaacaaatgcttttctagtaaaaacatctctgcaaggtaggtggtgag
agccagtagaaaagaaagaaagctatgacagaagttttggagtttgtcag
taactaaaaccagtgagatactattcttctagttatctgtggtacaggaa
gcgagaacttattactcctttgtaaatgtatacacaacacatttgcataa
acagtcttgataggcagtattttgcattctcaattagtgatacaattatt
taataatatgagtggtttctcctttaaaggagtttgcatgaaaactacat
tgtagggtttgtctttatgggcattatggcatatttttttgggaattatg
ggcatattgttgtttcagaagaaaattccttattcaaataagcagcattt
gtctttcacatctttccctgtcaatgtgattctaaccagaagagctgatg
ggtcttatacctaagaggacaagagtaacccgagcaatgagaacagggag
aactcagctgaaatggactcttagggtgggaacaatgggtgggagcagaa
cccttccaacccaaccatctggcagccaacacacacctggacttctttat
gttttcatcctttgactgaacctttacttctcaatgttgctatccaagtt
aaaaacagtgctgtcaggacagatggacttcactcaggctgggggagagc
aagtagacttatgcaagtgttccctaatgacttggaag

gaattcttcagctgtgcaggagcaaccaagactccttttgaatgttggga
atgaaaatctgttccatgtgtgtgtcctagtgtctgacaatttttggcat
ctcttggcttccatgcacgttttcgtcatctctgctttcatgttttgaat
tgccttctttgtccctgcatccaaacttttcttcctatgcagacatcagt
cattacataagagccaagctgattaactgcactaacatactaaatgtata
aaataatcttctccaaataatttcatatactcagatagatttccaatata
tggatttgagggaacattcaagccatatgggcagtgaggattcaggctca
tctgtattttactttcttattctctgagttctatttactacaaaccagtg
acatagcaaagaactgacaagactataaattgacttcctttttaaaataa
agggactgcttttcaagtattggatagatcattctgttgtcattctcaga
tttttattttgagaattgaaaccttatcctatatcatgttatgattgcta
caattttaattaggtaggtacatgataattgacttttattgtatttctgg
acataactccctttccttctatttctcaataattcagtaacttttgtgat
tataatataattacatcatttctgcactccatttgctcccttcaaaccat
cccatgtaacctatcttgctctctttcacattcatggtctctcttttaaa
ttgctgttacatatgagcacatacacacaaacacgtgtgtatatattcct
atgtagatacatgcagtatgctcagtctatataactttagtcatgtgtgc
atatttttaggaattggcgtgctcttccctggaatactttctctcattct
aagcactgcatagttacttagtattgtttgtcttaggttgaggttcatga
gctctatcccttctaaattcacatgtgatgatgttgtccttatcagatca
tcctttagcagtcattgtggggagatttaatgcgtgaagcctcagacact
tcaagagattcaatatccaagccagtctctgcattctctgaactctaact
aggccttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_63290400_63291493
seq2: B6Ng01-341F22.b_46_1133

seq1  GAATTCTTTTGTGATTGGCTTACCTCCTAAGGATGATATCCTCCAGATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTGATTGGCTTACCTCCTAAGGATGATATCCTCCAGATAC  50

seq1  ATCCATTTGTCCAAGAATTTCATAAATCCATTTTTTTTAATAGCTGAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTTGTCCAAGAATTTCATAAATCCATTTTTTTTAATAGCTGAGTA  100

seq1  GTACTCCATTGCATAAATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCTTCTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCCATTGCATAAATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCTTCTGTTG  150

seq1  AGGGACATCTGGATTCTTTCCAGCTTCTGGTTATTATAAATAAAGCTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACATCTGGATTCTTTCCAGCTTCTGGTTATTATAAATAAAGCTGCT  200

seq1  ATAAACATAGTGGAACAGAGAATGGCATGGAAAAAAAAAAAGAATACCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACATAGTGGAACAGAGAATGGCATGGAAAAAAAAAAAGAATACCAT  250

seq1  TTACTTATTAACTGAATGCAGATTAAAATAATATTTAGTCCACATCCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTATTAACTGAATGCAGATTAAAATAATATTTAGTCCACATCCTTA  300

seq1  CCACTTAAAACCTGAGAATTAGTAATGTTTACTTTCACTTTGGAGACTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTAAAACCTGAGAATTAGTAATGTTTACTTTCACTTTGGAGACTAA  350

seq1  ACAAACAAATGCTTTTCTAGTAAAAACATCTCTGCAAGGTAGGTGGTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAATGCTTTTCTAGTAAAAACATCTCTGCAAGGTAGGTGGTGAG  400

seq1  AGCCAGTAGAAAAGAAAGAAAGCTATGACAGAAGTTTTGGAGTTTGTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTAGAAAAGAAAGAAAGCTATGACAGAAGTTTTGGAGTTTGTCAG  450

seq1  TAACTAAAACCAGTGAGATACTATTCTTCTAGTTATCTGTGGTACAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAAAACCAGTGAGATACTATTCTTCTAGTTATCTGTGGTACAGGAA  500

seq1  GCGAGAACTTATTACTCCTTTGTAAATGTATACACAACACATTTGCATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGAACTTATTACTCCTTTGTAAATGTATACACAACACATTTGCATAA  550

seq1  ACAGTCTTGATAGGCAGTATTTTGCATTCTCAATTAGTGATACAATTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTTGATAGGCAGTATTTTGCATTCTCAATTAGTGATACAATTATT  600

seq1  TAATAATATGAGTGGTTTCTCCTTTAAAGGAGTTTGCATGAAAACTACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATATGAGTGGTTTCTCCTTTAAAGGAGTTTGCATGAAAACTACAT  650

seq1  TGTAGGGTTTGTCTTTATGGGCATTATGGCATA-TTTTTTGGGAATTATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGTTTGTCTTTATGGGCATTATGGCATATTTTTTTGGGAATTATG  700

seq1  GGCATATTGTTGTTTCAGAAGAAAATTCCTTATTCAAATAAGCAGCATTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATATTGTTGTTTCAGAAGAAAATTCCTTATTCAAATAAGCAGCATTT  750

seq1  GTCTTTCACATCTTTCCCTGTCAATGTGATTCTAACCAGAAGAGCTGATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCACATCTTTCCCTGTCAATGTGATTCTAACCAGAAGAGCTGATG  800

seq1  GGTCTTATACCTAAGAGGACAAGAGTAACCCGAGCAATGAGAACAGGGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTATACCTAAGAGGACAAGAGTAACCCGAGCAATGAGAACAGGGAG  850

seq1  AACTCAGCTGAAATGGACTCTTAGGGTGGGAACAATGGGTGGGAGCAGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGCTGAAATGGACTCTTAGGGTGGGAACAATGGGTGGGAGCAGAA  900

seq1  CCC-TCCAACCCAACCATCTGGCAGCCAACACACACCTGGACTTCTTTAT  948
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCAACCCAACCATCTGGCAGCCAACACACACCTGGACTTCTTTAT  950

seq1  G-TTTCATCCTTTGACTGACCCTTTTACCTTTCTCAATGTTGCTATTCAA  997
      | ||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||| |||
seq2  GTTTTCATCCTTTGACTGAACC-TTTAC--TTCTCAATGTTGCTATCCAA  997

seq1  GTTAAAAACAAGTGCTGTCAGGGAACAGATGGACTTCACTCCAGGCT-GG  1046
      ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||
seq2  GTTAAAAAC-AGTGCTGTCAGG--ACAGATGGACTTCACT-CAGGCTGGG  1043

seq1  GGAGAGCAAGTAAGACATAATGCAAGGTGTTCCCTTATGACCTGGAGG  1094
      ||||||||||| |||| | |||||| ||||||||| ||||| |||| |
seq2  GGAGAGCAAGT-AGAC-TTATGCAA-GTGTTCCCTAATGACTTGGAAG  1088


seq1: chr16_63435117_63436228
seq2: B6Ng01-341F22.g_66_1173 (reverse)

seq1  GAAGG-CTAGTAAGAG-TCAGAGAA-GCAGGAGACTTGCTTTGATATTGA  47
      ||||| ||||| |||| |||||||| ||| |||||| |||| ||||||||
seq2  GAAGGCCTAGTTAGAGTTCAGAGAATGCA-GAGACTGGCTTGGATATTGA  49

seq1  ATCTCTTTGAAATGTCTGAGGCTTCACGCATTAAATCTCCCCAACATGAC  97
      ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  ATCTC-TTGAAGTGTCTGAGGCTTCACGCATTAAATCTCCCCACAATGAC  98

seq1  TGCCTAAGGATGATCTGAATAAGGACAACATCAATCAACATGTGAATTTA  147
      |||  |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  TGCTAAAGGATGATCTG-ATAAGGACAACATC-ATC-ACATGTGAATTTA  145

seq1  GAAGGGATAGAGCTCATGAAACCTCAACCTAAGACAAACAAATACTAAGT  197
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAAGGGATAGAGCTCATG-AACCTCAACCTAAGACAAAC-AATACTAAGT  193

seq1  AACTATGCAGTGCTTAGAATGAGAGAAAGTATTCCAGGGAAGAGCACGCC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGCAGTGCTTAGAATGAGAGAAAGTATTCCAGGGAAGAGCACGCC  243

seq1  AATTCCTAAAAATATGCACACATGACTAAAGTTATATAGACTGAGCATAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTAAAAATATGCACACATGACTAAAGTTATATAGACTGAGCATAC  293

seq1  TGCATGTATCTACATAGGAATATATACACACGTGTTTGTGTGTATGTGCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTATCTACATAGGAATATATACACACGTGTTTGTGTGTATGTGCT  343

seq1  CATATGTAACAGCAATTTAAAAGAGAGACCATGAATGTGAAAGAGAGCAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTAACAGCAATTTAAAAGAGAGACCATGAATGTGAAAGAGAGCAA  393

seq1  GATAGGTTACATGGGATGGTTTGAAGGGAGCAAATGGAGTGCAGAAATGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTTACATGGGATGGTTTGAAGGGAGCAAATGGAGTGCAGAAATGA  443

seq1  TGTAATTATATTATAATCACAAAAGTTACTGAATTATTGAGAAATAGAAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTATATTATAATCACAAAAGTTACTGAATTATTGAGAAATAGAAG  493

seq1  GAAAGGGAGTTATGTCCAGAAATACAATAAAAGTCAATTATCATGTACCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGAGTTATGTCCAGAAATACAATAAAAGTCAATTATCATGTACCT  543

seq1  ACCTAATTAAAATTGTAGCAATCATAACATGATATAGGATAAGGTTTCAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAATTAAAATTGTAGCAATCATAACATGATATAGGATAAGGTTTCAA  593

seq1  TTCTCAAAATAAAAATCTGAGAATGACAACAGAATGATCTATCCAATACT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAAAATAAAAATCTGAGAATGACAACAGAATGATCTATCCAATACT  643

seq1  TGAAAAGCAGTCCCTTTATTTTAAAAAGGAAGTCAATTTATAGTCTTGTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGCAGTCCCTTTATTTTAAAAAGGAAGTCAATTTATAGTCTTGTC  693

seq1  AGTTCTTTGCTATGTCACTGGTTTGTAGTAAATAGAACTCAGAGAATAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTGCTATGTCACTGGTTTGTAGTAAATAGAACTCAGAGAATAAG  743

seq1  AAAGTAAAATACAGATGAGCCTGAATCCTCACTGCCCATATGGCTTGAAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAAATACAGATGAGCCTGAATCCTCACTGCCCATATGGCTTGAAT  793

seq1  GTTCCCTCAAATCCATATATTGGAAATCTATCTGAGTATATGAAATTATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTCAAATCCATATATTGGAAATCTATCTGAGTATATGAAATTATT  843

seq1  TGGAGAAGATTATTTTATACATTTAGTATGTTAGTGCAGTTAATCAGCTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAGATTATTTTATACATTTAGTATGTTAGTGCAGTTAATCAGCTT  893

seq1  GGCTCTTATGTAATGACTGATGTCTGCATAGGAAGAAAAGTTTGGATGCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTATGTAATGACTGATGTCTGCATAGGAAGAAAAGTTTGGATGCA  943

seq1  GGGACAAAGAAGGCAATTCAAAACATGAAAGCAGAGATGACGAAAACGTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAAAGAAGGCAATTCAAAACATGAAAGCAGAGATGACGAAAACGTG  993

seq1  CATGGAAGCCAAGAGATGCCAAAAATTGTCAGACACTAGGACACACACAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAGCCAAGAGATGCCAAAAATTGTCAGACACTAGGACACACACAT  1043

seq1  GGAACAGATTTTCATTCCCAACATTCAAAAGGAGTCTTGGTTGCTCCTGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGATTTTCATTCCCAACATTCAAAAGGAGTCTTGGTTGCTCCTGC  1093

seq1  ACAGCTGAAGAATTC  1112
      |||||||||||||||
seq2  ACAGCTGAAGAATTC  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |