BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-341G02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 92,874,643 - 93,068,156
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666023
Upstream geneItsn1, Atp5o, Mrps6, Slc5a3, Kcne2, 1190017O12Rik, 4930563D23Rik, Kcne1, Dscr1, 2410124H12Rik, Clic6, Runx1
Downstream geneLOC100040747, Setd4, LOC670912, Cbr1, EG435489, Cbr3, Dopey2, Morc3, Chaf1b, Cldn14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-341G02.bB6Ng01-341G02.g
ACCGA124778GA124779
length1,0941,043
definitionB6Ng01-341G02.b B6Ng01-341G02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,874,643 - 92,875,729)(93,067,126 - 93,068,156)
sequence
gaattcagaagctaggacaaaataacttatttctgatgatatttgagaac
acattaaagatttttaaaccacattagaaaatatatactgcaacactttg
acttctgactattgataacaattgggtctattgaggtaagtgtttgatac
ttttaggtagagtatagtaagggtctgatgagcagagagaagagctcaaa
cttcctgtgccagggagcagtgttttcctattgttaatgtttgtatggat
taggtgagtgactacttgttaccttaactgtatgagttagggtcttaact
ccttttctgttgccttgataaaattctttgacaaaagcaatttgaaaaag
gaagggttcattgtagctcacagttaagggcatacctcatcatggtggag
agatcatggtggcagggccttgaggtgactgctcacactgcatttacaat
caggaagcagtgcaaggattgcctgcaggcagctgctcaattccatttcc
tgacttacacagcccagaatcccaagtagggaatgaaccacccatagtgg
gcaggtcttcctaactcaggaaacacaatcaagatacccacccccccaca
cacacacatacacacatgctgagggtgtcccaggtgattttaaattcttt
catgttgacagttactgttgcttagcagagggtaaaataccggcaagaac
agctagagtgagcaaagattaatctcactcatggtttcaggtcttcagtc
cctagtctttggctatcctgattctgggctgttgtaagacagactatcat
ggcagccagagcatgtcagagggggagagtattcactccagaacagacag
gaagatgggagtaggtcccacaatccaagtgaccctatttcctccagccc
aggcctcatgtcctcatagcatcaccagttggtaggcaacatgccaaacc
acaccatgagccggtagggcagcacatttttgttattcactcagtaacat
cgtcagaaatgaccccatctaccaaatctgcccatgtcttatccacttgg
gtgatgtaagagtggagcatatccaccttttggggctttatcca
gaattccccatggctctcactgagcctttgggggtttcagaccagggctg
ctgccaaaggcagtccaccagggacagaccctatgtttagaagaatagtt
ttgtgcttcctctgtagaattggttaggaagtcatattcggagaagcggg
tcatggaaataaaagtaagatgttaaacaaaaagaaagatcacgttagca
agggcagatacagccagccattagtttctttaccaagtatgtttaaatcc
tcatctctaagttagaggaacaggtactcaccctgataggcttcaagggg
aggctgaagaggtgctaaatcatttaatacttttcagagcagtacaggga
atgtagtctcccctcccccagcctgaaacctgcttgctcagaggtggagc
ttcctgctcattcgttctgccatgcccactgctggaacctgcggagccac
acacgtgctcacccttctactggaccagagattattcggcgggaatcggg
tcccctcccccttccttcataactagtgtcgcaacaataaaatttgagct
ttgatcagaataactgtcttggctacattcctttctctcgccacctagcc
cctcttctcttccaggtttccaaaatgcctttccaggctagaacccaggt
tgtggtctgctggccagacacaacaattggcgaggaacccatgtcaacta
aaaggtttcaccatgtgcaaatggcacatataaccaatactgagttcaac
aacatatgggagaatcatttgaggccatggcaattagaagacatgcagtg
acgtggggacagggggctctgaggacaggtgggaattttaaaagcagaag
taagaagagactggcacactgaagaagacatggggggtggggtggagaag
tacatggcttttttcttgggaagattgtgagcaagcatctactcatcctg
ccccccattgatagaacctaggtccaggctgggtggagcccatgcagtta
attgtgaataccctatgggaaccgaacttgaattggtgacttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_92874643_92875729
seq2: B6Ng01-341G02.b_47_1140

seq1  GAATTCAGAAGCTAGGACAAAATAACTTATTTCTGATGATATTTGAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAGCTAGGACAAAATAACTTATTTCTGATGATATTTGAGAAC  50

seq1  ACATTAAAGATTTTTAAACCACATTAGAAAATATATACTGCAACACTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAAGATTTTTAAACCACATTAGAAAATATATACTGCAACACTTTG  100

seq1  ACTTCTGACTATTGATAACAATTGGGTCTATTGAGGTAAGTGTTTGATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGACTATTGATAACAATTGGGTCTATTGAGGTAAGTGTTTGATAC  150

seq1  TTTTAGGTAGAGTATAGTAAGGGTCTGATGAGCAGAGAGAAGAGCTCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGTAGAGTATAGTAAGGGTCTGATGAGCAGAGAGAAGAGCTCAAA  200

seq1  CTTCCTGTGCCAGGGAGCAGTGTTTTCCTATTGTTAATGTTTGTATGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTGCCAGGGAGCAGTGTTTTCCTATTGTTAATGTTTGTATGGAT  250

seq1  TAGGTGAGTGACTACTTGTTACCTTAACTGTATGAGTTAGGGTCTTAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAGTGACTACTTGTTACCTTAACTGTATGAGTTAGGGTCTTAACT  300

seq1  CCTTTTCTGTTGCCTTGATAAAATTCTTTGACAAAAGCAATTTGAAAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTGTTGCCTTGATAAAATTCTTTGACAAAAGCAATTTGAAAAAG  350

seq1  GAAGGGTTCATTGTAGCTCACAGTTAAGGGCATACCTCATCATGGTGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTTCATTGTAGCTCACAGTTAAGGGCATACCTCATCATGGTGGAG  400

seq1  AGATCATGGTGGCAGGGCCTTGAGGTGACTGCTCACACTGCATTTACAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCATGGTGGCAGGGCCTTGAGGTGACTGCTCACACTGCATTTACAAT  450

seq1  CAGGAAGCAGTGCAAGGATTGCCTGCAGGCAGCTGCTCAATTCCATTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGCAGTGCAAGGATTGCCTGCAGGCAGCTGCTCAATTCCATTTCC  500

seq1  TGACTTACACAGCCCAGAATCCCAAGTAGGGAATGAACCACCCATAGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTACACAGCCCAGAATCCCAAGTAGGGAATGAACCACCCATAGTGG  550

seq1  GCAGGTCTTCCTAACTCAGGAAACACAATCAAGATACCCACCCCCCCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTCTTCCTAACTCAGGAAACACAATCAAGATACCCACCCCCCCACA  600

seq1  CACACACATACACACATGCTGAGGGTGTCCCAGGTGATTTTAAATTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATACACACATGCTGAGGGTGTCCCAGGTGATTTTAAATTCTTT  650

seq1  CATGTTGACAGTTACTGTTGCTTAGCAGAGGGTAAAATACCGGCAAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGACAGTTACTGTTGCTTAGCAGAGGGTAAAATACCGGCAAGAAC  700

seq1  AGCTAGAGTGAGCAAAGATTAATCTCACTCATGGTTTCAGGTCTTCAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGAGTGAGCAAAGATTAATCTCACTCATGGTTTCAGGTCTTCAGTC  750

seq1  CCTAGTCTTTGGCTATCCTGATTCTGGGCTGTTGTAAGACAGACTATCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTCTTTGGCTATCCTGATTCTGGGCTGTTGTAAGACAGACTATCAT  800

seq1  GGCAGCCAGAGCATGTCAGAGGGGGAGAGTATTCACTCCAGAACAGACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCAGAGCATGTCAGAGGGGGAGAGTATTCACTCCAGAACAGACAG  850

seq1  GAAGATGGGAGTAGGTCCCACAATCCAAGTGA-CCTATTTCCTCCAG-CC  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  GAAGATGGGAGTAGGTCCCACAATCCAAGTGACCCTATTTCCTCCAGCCC  900

seq1  AGGCCTCATGTCCTCATAGCATCACCAGTTGGTAGGCAAACATG-CAAAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  AGGCCTCATGTCCTCATAGCATCACCAGTTGGTAGGC-AACATGCCAAAC  949

seq1  AACA-CATGAGCCGGTAGGGCAGCACATTTT--GTATTCACTCAGTAACA  994
       ||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  CACACCATGAGCCGGTAGGGCAGCACATTTTTGTTATTCACTCAGTAACA  999

seq1  TCGTCAGAAATGA-CCCATCTA-CAAATCTGCCCATGTCCTATCCACTTG  1042
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCGTCAGAAATGACCCCATCTACCAAATCTGCCCATGTCTTATCCACTTG  1049

seq1  GGTGATGTAAGAGT-GAGCATATCCAACCCTTTTGGGGC-TTATCCA  1087
      |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||
seq2  GGTGATGTAAGAGTGGAGCATATCCA--CCTTTTGGGGCTTTATCCA  1094

seq1: chr16_93067126_93068156
seq2: B6Ng01-341G02.g_66_1108 (reverse)

seq1  GAAGTCACC-CTTC-ATTTGCGTTCCCATA-GGTAATCCCAATTAA-TTC  46
      |||||||||  ||| | ||  ||||||||| |||| || ||||||| | |
seq2  GAAGTCACCAATTCAAGTTCGGTTCCCATAGGGTATTCACAATTAACTGC  50

seq1  ATGGGCT-CACCCAG-CTGGACCTAGG-TCTATCATTGGGGGGCA-GATG  92
      ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||
seq2  ATGGGCTCCACCCAGCCTGGACCTAGGTTCTATCAATGGGGGGCAGGATG  100

seq1  AGTAGATGCTTGCTCAC-ATC-TCCCAAG-AAAAAGCCATGTGCTTCTCC  139
      ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  AGTAGATGCTTGCTCACAATCTTCCCAAGAAAAAAGCCATGTACTTCTCC  150

seq1  ACCCCACCCCCATTGTCTTCTTCAGTGTGCCAGTCTCTTCTTACTTCTGC  189
      |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACCCCCCATGTCTTCTTCAGTGTGCCAGTCTCTTCTTACTTCTGC  200

seq1  TTTTAAAATT-CCACCTGTCCTCAGAGCCCCCTGTCCCCACGTCACTGCA  238
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAATTCCCACCTGTCCTCAGAGCCCCCTGTCCCCACGTCACTGCA  250

seq1  TGTCTTCTAATTGCCATGGCCTCAAATGATTCTCCCATATGTTGTTGAAC  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCTAATTGCCATGGCCTCAAATGATTCTCCCATATGTTGTTGAAC  300

seq1  TCAGTATTGGTTATATGTGCCATTTGCACATGGTGAAACCTTTTAGTTGA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATTGGTTATATGTGCCATTTGCACATGGTGAAACCTTTTAGTTGA  350

seq1  CATGGGTTCCTCGCCAATTGTTGTGTCTGGCCAGCAGACCACAACCTGGG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTTCCTCGCCAATTGTTGTGTCTGGCCAGCAGACCACAACCTGGG  400

seq1  TTCTAGCCTGGAAAGGCATTTTGGAAACCTGGAAGAGAAGAGGGGCTAGG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCCTGGAAAGGCATTTTGGAAACCTGGAAGAGAAGAGGGGCTAGG  450

seq1  TGGCGAGAGAAAGGAATGTAGCCAAGACAGTTATTCTGATCAAAGCTCAA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGAGAGAAAGGAATGTAGCCAAGACAGTTATTCTGATCAAAGCTCAA  500

seq1  ATTTTATTGTTGCGACACTAGTTATGAAGGAAGGGGGAGGGGACCCGATT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTGTTGCGACACTAGTTATGAAGGAAGGGGGAGGGGACCCGATT  550

seq1  CCCGCCGAATAATCTCTGGTCCAGTAGAAGGGTGAGCACGTGTGTGGCTC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCCGAATAATCTCTGGTCCAGTAGAAGGGTGAGCACGTGTGTGGCTC  600

seq1  CGCAGGTTCCAGCAGTGGGCATGGCAGAACGAATGAGCAGGAAGCTCCAC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGGTTCCAGCAGTGGGCATGGCAGAACGAATGAGCAGGAAGCTCCAC  650

seq1  CTCTGAGCAAGCAGGTTTCAGGCTGGGGGAGGGGAGACTACATTCCCTGT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGCAAGCAGGTTTCAGGCTGGGGGAGGGGAGACTACATTCCCTGT  700

seq1  ACTGCTCTGAAAAGTATTAAATGATTTAGCACCTCTTCAGCCTCCCCTTG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCTGAAAAGTATTAAATGATTTAGCACCTCTTCAGCCTCCCCTTG  750

seq1  AAGCCTATCAGGGTGAGTACCTGTTCCTCTAACTTAGAGATGAGGATTTA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTATCAGGGTGAGTACCTGTTCCTCTAACTTAGAGATGAGGATTTA  800

seq1  AACATACTTGGTAAAGAAACTAATGGCTGGCTGTATCTGCCCTTGCTAAC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACTTGGTAAAGAAACTAATGGCTGGCTGTATCTGCCCTTGCTAAC  850

seq1  GTGATCTTTCTTTTTGTTTAACATCTTACTTTTATTTCCATGACCCGCTT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCTTTCTTTTTGTTTAACATCTTACTTTTATTTCCATGACCCGCTT  900

seq1  CTCCGAATATGACTTCCTAACCAATTCTACAGAGGAAGCACAAAACTATT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGAATATGACTTCCTAACCAATTCTACAGAGGAAGCACAAAACTATT  950

seq1  CTTCTAAACATAGGGTCTGTCCCTGGTGGACTGCCTTTGGCAGCAGCCCT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAAACATAGGGTCTGTCCCTGGTGGACTGCCTTTGGCAGCAGCCCT  1000

seq1  GGTCTGAAACCCCCAAAGGCTCAGTGAGAGCCATGGGGAATTC  1031
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGAAACCCCCAAAGGCTCAGTGAGAGCCATGGGGAATTC  1043