BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342G16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 10,201,629 - 10,351,507
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtf7ip2, Emp2
Upstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik
Downstream geneTekt5, Nubp1, BC068110, Ciita, LOC669998, Dexi, 4932416N17Rik, Socs1, Tnp2, Prm3, Prm2, Prm1, A630055G03Rik, Litaf, LOC100043147, LOC100042597, Snn, Txndc11, Zc3h7a, LOC665450, LOC622271, Rsl1d1, Gspt1, Tnfrsf17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342G16.bB6Ng01-342G16.g
ACCGA125510GA125511
length1,1441,076
definitionB6Ng01-342G16.b B6Ng01-342G16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,201,629 - 10,202,760)(10,350,423 - 10,351,507)
sequence
gaattcaatattttcacagaaaaggataacattttcccagaatttaatta
aatagaagttgtttcagaaacaaaatcaggaaacacaaagccaaggacag
ctattgactcctccagcaaatactccacacaagaggcagcagagttgcaa
aacatacctgaaactcattttaaacaggagttgaatgtatcaagatcttt
ttctggacatgaagagaattataactttatactaaaaagttagtggccat
ctgttaaattgagtgctataactcagaatactttggttaacaagagaatc
aacaatttttaagttgagactcttgagaaagcacctaacctggcgaaatc
agtctgctctagtaattgtgctggtactgttttgaaaactgaagaatata
gtgggatctgttactgtggcattttaaattgtgaacatatgactactcaa
agtggcagttcttatttggctttgataggagtaacagtaagtgtatgcct
ctatatcctttggagaaattcaaatagtcattttgcttaggggaatttta
atgtctcaaacatacaaaaaggctacatatagataggacaaaaagtaaat
gatggctgtgttctcaaattattttacttgtgaactgttcttgattctga
gatggaaagatatgttgttaaaggaaaaagttatggctagtcactgtaat
tattggctttattcctattgctagagtgggcaacaggcagaaccaaattc
tgttgaaaagagctctttttggagtctggggttctcagttgacagagtgc
ttgcttattgtatatggaactccgggttcagtccccagcaccacataaat
tgggacattgtgggtgcatgcctgtaatccagaggactaaagaggtagag
acagaaggatcagaagtttaaggttatcctcagctacacagcaaatttga
aggccagactggtctacatgaaacaatgacaaaccttcctatcctggtgg
gcatgttaaaattattggccaaaggaaagggaggtgagaatacaggggga
gaagcaacctgaatgggttaggtgcatgtctggtggtactaatcattcat
caccctctggaggtttaaaaataggcttatttcatataggtagg
gaattctctgtgtccccgagatatggtcagctctacctcctccccaccca
gcagactacttagcattcttggcactccactgagggcaagcttggggtgt
gggcacccatgcagacagagccccagacaactgagacgggcatgtgaggg
actgctgccccatcccttcagcaccgcacagctggtggcatgtgtgtcct
gacaggggtggcacagctgcagtgctgggctcaggtttggtgatgcccac
tgaaggagacccatagctgagaatatgggtgagaaaaatgacttacttgg
gtggtggttgtctcttttccacgtttggggttgtcctcatgaacatggaa
ggacatgcctggcataaccaagcagggaggttagatatcttgttcacaca
atacaccctgctgtctctcagggcaggtcacccagtttgtttttaagtgt
ttacttttttgtttgtttgtttgatttttgtttttgtttttgttttgttt
ttttgtttttgtttttgtttttttgagacagggtttctctgtgtagccct
ggctgtcctggaactcactttgtagaccaggctggcctcaaactcagaaa
tccgcctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaaggcgtgcgccacca
ctgcccggcaagtatttacttttatttactaatgggggtggggggcactg
tgccatggcttatttgtgaacaccagaggtcaagtctgtagagctggttc
ctcttcccttacatgggttctgggaattgaactcatatcctcaggtttgt
ataacaaacactttggctggctgggccgaccgccatttggttctgaaagg
ttctgcagggaggcatcggtagtagctgcccaacaggcacgagtatgggc
tcttatttgggtggagaagtgtggtttgctgttaaccagagtgagctcac
atgacctgtagatagggcccactggcaccctttaaatgtcattctggaaa
tgctcacagataaggcagtgctgaacaaatcttggtgagctaatcaatcc
ctggatccacattaagatgagaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_10201629_10202760
seq2: B6Ng01-342G16.b_47_1190

seq1  GAATTCAATATTTTCACAGAAAAGGATAACATTTTCCCAGAATTTAATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATTTTCACAGAAAAGGATAACATTTTCCCAGAATTTAATTA  50

seq1  AATAGAAGTTGTTTCAGAAACAAAATCAGGAAACACAAAGCCAAGGACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAGTTGTTTCAGAAACAAAATCAGGAAACACAAAGCCAAGGACAG  100

seq1  CTATTGACTCCTCCAGCAAATACTCCACACAAGAGGCAGCAGAGTTGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGACTCCTCCAGCAAATACTCCACACAAGAGGCAGCAGAGTTGCAA  150

seq1  AACATACCTGAAACTCATTTTAAACAGGAGTTGAATGTATCAAGATCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACCTGAAACTCATTTTAAACAGGAGTTGAATGTATCAAGATCTTT  200

seq1  TTCTGGACATGAAGAGAATTATAACTTTATACTAAAAAGTTAGTGGCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGACATGAAGAGAATTATAACTTTATACTAAAAAGTTAGTGGCCAT  250

seq1  CTGTTAAATTGAGTGCTATAACTCAGAATACTTTGGTTAACAAGAGAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAAATTGAGTGCTATAACTCAGAATACTTTGGTTAACAAGAGAATC  300

seq1  AACAATTTTTAAGTTGAGACTCTTGAGAAAGCACCTAACCTGGCGAAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATTTTTAAGTTGAGACTCTTGAGAAAGCACCTAACCTGGCGAAATC  350

seq1  AGTCTGCTCTAGTAATTGTGCTGGTACTGTTTTGAAAACTGAAGAATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCTCTAGTAATTGTGCTGGTACTGTTTTGAAAACTGAAGAATATA  400

seq1  GTGGGATCTGTTACTGTGGCATTTTAAATTGTGAACATATGACTACTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGATCTGTTACTGTGGCATTTTAAATTGTGAACATATGACTACTCAA  450

seq1  AGTGGCAGTTCTTATTTGGCTTTGATAGGAGTAACAGTAAGTGTATGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCAGTTCTTATTTGGCTTTGATAGGAGTAACAGTAAGTGTATGCCT  500

seq1  CTATATCCTTTGGAGAAATTCAAATAGTCATTTTGCTTAGGGGAATTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATCCTTTGGAGAAATTCAAATAGTCATTTTGCTTAGGGGAATTTTA  550

seq1  ATGTCTCAAACATACAAAAAGGCTACATATAGATAGGACAAAAAGTAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCAAACATACAAAAAGGCTACATATAGATAGGACAAAAAGTAAAT  600

seq1  GATGGCTGTGTTCTCAAATTATTTTACTTGTGAACTGTTCTTGATTCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTGTGTTCTCAAATTATTTTACTTGTGAACTGTTCTTGATTCTGA  650

seq1  GATGGAAAGATATGTTGTTAAAGGAAAAAGTTATGGCTAGTCACTGTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAAGATATGTTGTTAAAGGAAAAAGTTATGGCTAGTCACTGTAAT  700

seq1  TATTGGCTTTATTCCTATTGCTAGAGTGGGCAACAGGCAGAACCAAATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGCTTTATTCCTATTGCTAGAGTGGGCAACAGGCAGAACCAAATTC  750

seq1  TGTTGAAAAGAGCTCTTTTTGGAGTCTGGGGTTCTCAGTTGACAGAGTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAAAAGAGCTCTTTTTGGAGTCTGGGGTTCTCAGTTGACAGAGTGC  800

seq1  TTGCTTATTGTATATGGAACTCCGGGTTCAGTCCCCAGCACCACATAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTATTGTATATGGAACTCCGGGTTCAGTCCCCAGCACCACATAAAT  850

seq1  T-GGACATTGT-GGTGCATGCCTGTAATCCAGAGGACTAAAGAGGTAGAG  898
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACATTGTGGGTGCATGCCTGTAATCCAGAGGACTAAAGAGGTAGAG  900

seq1  ACAGAAGGATCAGAAGTTTAAGGTTATCCTCAGCTACACAGCAAATTTG-  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACAGAAGGATCAGAAGTTTAAGGTTATCCTCAGCTACACAGCAAATTTGA  950

seq1  AGGCCAGACTGGTCTACATGAAACAATGACAAACCTTCCTATCCT-GTGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGGCCAGACTGGTCTACATGAAACAATGACAAACCTTCCTATCCTGGTGG  1000

seq1  GCAGGTTAAAATTATT-GCCAAAGGAAA-GGAAGTGAG-ATACA-GAGGA  1042
      ||| |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| | |||
seq2  GCATGTTAAAATTATTGGCCAAAGGAAAGGGAGGTGAGAATACAGGGGGA  1050

seq1  GAAGCAACCTG-ATTGGTTA-GTGCATGTCT-GTTGTACTTAATCATTCA  1089
      ||||||||||| || ||||| |||||||||| || |||| ||||||||| 
seq2  GAAGCAACCTGAATGGGTTAGGTGCATGTCTGGTGGTAC-TAATCATTC-  1098

seq1  ATCA-CCTCTG--AGTTTTAAAATA-GCTTATTTCCATATAAGTAGG  1132
      |||| ||||||   |||| |||||| |||||||| |||||| |||||
seq2  ATCACCCTCTGGAGGTTTAAAAATAGGCTTATTT-CATATAGGTAGG  1144

seq1: chr16_10350423_10351507
seq2: B6Ng01-342G16.g_67_1142 (reverse)

seq1  TTCTTC-CATCTTTATGTGGGTTCCAGGGATTGGATTTAGCTCACC-AGA  48
      |||||| |||||| |||| || |||||||||||   |||||||||| |||
seq2  TTCTTCTCATCTTAATGT-GGATCCAGGGATTG--ATTAGCTCACCAAGA  47

seq1  TTTGTTCAGCAACTGCCTTTATCTGTTGAGCCATTTCCAAGATGAACCAT  98
      |||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||  ||||  |||
seq2  TTTGTTCAGC-ACTGCC-TTATCTG-TGAG-CATTTCCAGAATGA--CAT  91

seq1  TTAAAAGGGTGCCAGTGGGCCCTATCTACAAGGTCATGTGAGCCTCACCT  148
      || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||
seq2  TT-AAAGGGTGCCAGTGGGCCCTATCTAC-AGGTCATGTGAG-CTCA-CT  137

seq1  CTGGTTAACAGCAAACCACAC-TCTCCACCCAAATAAGAGCCCATACTCG  197
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTAACAGCAAACCACACTTCTCCACCCAAATAAGAGCCCATACTCG  187

seq1  TGCCTGTTGGGCAGCTACTACCGATGCCTCCCTGCAGAACC-TTCAGAAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGCCTGTTGGGCAGCTACTACCGATGCCTCCCTGCAGAACCTTTCAGAAC  237

seq1  CAAATGGCGGTCGGCCCAGCCAGCCAAAGTGTTTGTTATACAAACCTGAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGCGGTCGGCCCAGCCAGCCAAAGTGTTTGTTATACAAACCTGAG  287

seq1  GATATGAGTTCAATTCCCAGAACCCATGTAAGGGAAGAGGAACCAGCTCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGAGTTCAATTCCCAGAACCCATGTAAGGGAAGAGGAACCAGCTCT  337

seq1  ACAGACTTGACCTCTGGTGTTCACAAATAAGCCATGGCACAGTGCCCCCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTTGACCTCTGGTGTTCACAAATAAGCCATGGCACAGTGCCCCCC  387

seq1  ACCCCCATTAGTAAATAAAAGTAAATACTTGCCGGGCAGTGGTGGCGCAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCATTAGTAAATAAAAGTAAATACTTGCCGGGCAGTGGTGGCGCAC  437

seq1  GCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTT  487

seq1  GAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACA  537

seq1  GAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAAACAAAACAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAAACAAAACAA  587

seq1  AAACAAAAACAAAAATCAAACAAACAAACAAAAAAGTAAACACTTAAAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAACAAAAATCAAACAAACAAACAAAAAAGTAAACACTTAAAAA  637

seq1  CAAACTGGGTGACCTGCCCTGAGAGACAGCAGGGTGTATTGTGTGAACAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGGGTGACCTGCCCTGAGAGACAGCAGGGTGTATTGTGTGAACAA  687

seq1  GATATCTAACCTCCCTGCTTGGTTATGCCAGGCATGTCCTTCCATGTTCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCTAACCTCCCTGCTTGGTTATGCCAGGCATGTCCTTCCATGTTCA  737

seq1  TGAGGACAACCCCAAACGTGGAAAAGAGACAACCACCACCCAAGTAAGTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACAACCCCAAACGTGGAAAAGAGACAACCACCACCCAAGTAAGTC  787

seq1  ATTTTTCTCACCCATATTCTCAGCTATGGGTCTCCTTCAGTGGGCATCAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTCACCCATATTCTCAGCTATGGGTCTCCTTCAGTGGGCATCAC  837

seq1  CAAACCTGAGCCCAGCACTGCAGCTGTGCCACCCCTGTCAGGACACACAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTGAGCCCAGCACTGCAGCTGTGCCACCCCTGTCAGGACACACAT  887

seq1  GCCACCAGCTGTGCGGTGCTGAAGGGATGGGGCAGCAGTCCCTCACATGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCAGCTGTGCGGTGCTGAAGGGATGGGGCAGCAGTCCCTCACATGC  937

seq1  CCGTCTCAGTTGTCTGGGGCTCTGTCTGCATGGGTGCCCACACCCCAAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCTCAGTTGTCTGGGGCTCTGTCTGCATGGGTGCCCACACCCCAAGC  987

seq1  TTGCCCTCAGTGGAGTGCCAAGAATGCTAAGTAGTCTGCTGGGTGGGGAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTCAGTGGAGTGCCAAGAATGCTAAGTAGTCTGCTGGGTGGGGAG  1037

seq1  GAGGTAGAGCTGACCATATCTCGGGGACACAGAGAATTC  1085
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGAGCTGACCATATCTCGGGGACACAGAGAATTC  1076