BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342N06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 89,470,455 - 89,653,206
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5430433J05Rik
Upstream geneCldn17, Cldn8, Gm312, 2310079G19Rik, 2310002B14Rik, EG665513, 2310061N02Rik, Krtap13-1, Krtap13, 2310034C09Rik, 2310057N15Rik, EG546672, EG433047, 4930553J12Rik, Krtap14, Krtap15, Krtap16-9, Krtap16-1, Krtap16-5, Krtap16-4, Krtap8-2, LOC100040191, AY026312, Krtap16-10, EG621595, LOC100040167, 1110032D16Rik, LOC100040201, Krtap6-1, LOC100040214, Krtap16-8, 1110025L11Rik, LOC100040249, LOC100040267, EG622794, LOC100040281, ENSMUSG00000044227, EG665661, LOC100040288, EG622935, EG622981, EG622998, EG623011, EG623026, LOC100040346, EG623049, LOC100040415, EG640636, LOC640652, LOC640654, LOC100040425, LOC100040374, LOC640656, LOC100040445, LOC100040456, Krtap21-1, Krtap6-2
Downstream geneTiam1, LOC100040496, LOC640694, LOC100040440, Sod1, Sfrs15, LOC545175, Hunk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342N06.bB6Ng01-342N06.g
ACCGA125787GA125788
length916456
definitionB6Ng01-342N06.b B6Ng01-342N06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,652,293 - 89,653,206)(89,470,455 - 89,470,916)
sequence
gaattcagctgagccccagaatcatgaaaataattgcagatacctagtgt
ataaaaggtgctcagcagctcggaggagccagtatcttcaggatgctcta
ggtttcctctgcatataaccgtgcctgtctccacatgttagtgtccatga
gtgccaatgcgttgtggcaatttctcgatcctctttaagccaaaggcaag
ctggagagtgagatgagctttgccaagctttgttctaccactctcagggt
tttatagtcattgtctcctctgtattaaattactttcagtttggaagatc
taaaagggtagccaaaacagtaagtggtatgattatctgtttaattttta
tcttggaaaatggacaaagcagtaccacagtgatattctgcattatcttt
tgtagatgtaaatcatgtctggatgaggctttccgtatagaggctttaaa
atgcacattaacgatttgaacactatagctgtaccacacagccttgtgcc
aggccacttgccagtcctaaagctggggacaatttagagtggctgtgtgt
tcatttggagccacctcattgatttttgaaaatatgcatgcctgagctct
atcctagactacatcagaatttatggtgttttgaccctcagatactaaaa
tgtgaagttttactattacagtgtacggacctttgctgttttgtgttcca
tctcaacttgaatgtgcccgagcttattgtagagtccccacagggatggg
ataaataccacaggctgtcttcacatactatttctggactttcctcatga
ctcctctcaaactcccacatgggtgcagaccttctgtaaaacttagtaaa
actcaaagtatgtcatgtacatctggttgggccaagactgtatacttaca
tgccccatggtccaag
tgtgccttgactactgagtgagatgttccttcgtgtctatgaaattcata
agtataaatctagccatgacctaagattaaataaagctagaagtctataa
tcaattgcataagacttctgtgcttgctgtttgcttcgtcttctggaaga
cttaagagtgtgccctagagaactagaatgctgcatatatacatacacac
acacacacacacacacacacacacacacacatatatatatatatacatat
atacatatgtatatatatatacacatacatatatatatacacacacatac
atatatatatacacacacacatatatatgtatgtgcatatgtgtatatat
atgtgtgtgtatatatatgtatatgtatgtgtgtgtacatatatgtgtat
gtgtgtgtgtgtacacatgctgcaggtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtg
tgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_89652293_89653206
seq2: B6Ng01-342N06.b_50_965 (reverse)

seq1  CTTGGACCATGGGGCATGTATGTATGCAGTCCTGGCCCAACCAGATGTAC  50
      |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTTGGACCATGGGGCATGTAAGTATACAGTCTTGGCCCAACCAGATGTAC  50

seq1  ATGACATACTTTGAGTTTTACTAAGTCTTACAGAAGGTCTGCACCCATGT  100
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATACTTTGAGTTTTACTAAGTTTTACAGAAGGTCTGCACCCATGT  100

seq1  GGGAGTTTGAGAGGAGTCATGA-GAAAGTCCAGAAATAGTATGTGAAGAC  149
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTTGAGAGGAGTCATGAGGAAAGTCCAGAAATAGTATGTGAAGAC  150

seq1  AGCCTGTGGTATTTAT-CCATCCCTGTGGGGACTCTACAATAAGCTCGGG  198
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTGGTATTTATCCCATCCCTGTGGGGACTCTACAATAAGCTCGGG  200

seq1  CACATTCAAGTTGAGATGGAACACAAAACAGCAAAGGTCCGTACACTGTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCAAGTTGAGATGGAACACAAAACAGCAAAGGTCCGTACACTGTA  250

seq1  ATAGTAAAACTTCACATTTTAGTATCTGAGGGTCAAAACACCATAAATTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAAAACTTCACATTTTAGTATCTGAGGGTCAAAACACCATAAATTC  300

seq1  TGATGTAGTCTAGGATAGAGCTCAGGCATGCATATTTTCAAAAATCAATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTAGTCTAGGATAGAGCTCAGGCATGCATATTTTCAAAAATCAATG  350

seq1  AGGTGGCTCCAAATGAACACACAGCCACTCTAAATTGTCCCCAGCTTTAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCTCCAAATGAACACACAGCCACTCTAAATTGTCCCCAGCTTTAG  400

seq1  GACTGGCAAGTGGCCTGGCACAAGGCTGTGTGGTACAGCTATAGTGTTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCAAGTGGCCTGGCACAAGGCTGTGTGGTACAGCTATAGTGTTCA  450

seq1  AATCGTTAATGTGCATTTTAAAGCCTCTATACGGAAAGCCTCATCCAGAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGTTAATGTGCATTTTAAAGCCTCTATACGGAAAGCCTCATCCAGAC  500

seq1  ATGATTTACATCTACAAAAGATAATGCAGAATATCACTGTGGTACTGCTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTACATCTACAAAAGATAATGCAGAATATCACTGTGGTACTGCTT  550

seq1  TGTCCATTTTCCAAGATAAAAATTAAACAGATAATCATACCACTTACTGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATTTTCCAAGATAAAAATTAAACAGATAATCATACCACTTACTGT  600

seq1  TTTGGCTACCCTTTTAGATCTTCCAAACTGAAAGTAATTTAATACAGAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTACCCTTTTAGATCTTCCAAACTGAAAGTAATTTAATACAGAGG  650

seq1  AGACAATGACTATAAAACCCTGAGAGTGGTAGAACAAAGCTTGGCAAAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATGACTATAAAACCCTGAGAGTGGTAGAACAAAGCTTGGCAAAGC  700

seq1  TCATCTCACTCTCCAGCTTGCCTTTGGCTTAAAGAGGATCGAGAAATTGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCACTCTCCAGCTTGCCTTTGGCTTAAAGAGGATCGAGAAATTGC  750

seq1  CACAACGCATTGGCACTCATGGACACTAACATGTGGAGACAGGCACGGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACGCATTGGCACTCATGGACACTAACATGTGGAGACAGGCACGGTT  800

seq1  ATATGCAGAGGAAACCTAGAGCATCCTGAAGATACTGGCTCCTCCGAGCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCAGAGGAAACCTAGAGCATCCTGAAGATACTGGCTCCTCCGAGCT  850

seq1  GCTGAGCACCTTTTATACACTAGGTATCTGCAATTATTTTCATGATTCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCACCTTTTATACACTAGGTATCTGCAATTATTTTCATGATTCTG  900

seq1  GGGCTCAGCTGAATTC  914
      ||||||||||||||||
seq2  GGGCTCAGCTGAATTC  916

seq1: chr16_89470455_89470916
seq2: B6Ng01-342N06.g_71_532

seq1  GAATTCTGTGCCTTGACTACTGAGTGAGATGTTCCTTCGTGTCTATGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCCTTGACTACTGAGTGAGATGTTCCTTCGTGTCTATGAAA  50

seq1  TTCATAAGTATAAATCTAGCCATGACCTAAGATTAAATAAAGCTAGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAAGTATAAATCTAGCCATGACCTAAGATTAAATAAAGCTAGAAGT  100

seq1  CTATAATCAATTGCATAAGACTTCTGTGCTTGCTGTTTGCTTCGTCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATCAATTGCATAAGACTTCTGTGCTTGCTGTTTGCTTCGTCTTCT  150

seq1  GGAAGACTTAAGAGTGTGCCCTAGAGAACTAGAATGCTGCATATATACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACTTAAGAGTGTGCCCTAGAGAACTAGAATGCTGCATATATACAT  200

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATAT  250

seq1  ACATATATACATATGTATATATATATACACATACATATATATATACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATACATATGTATATATATATACACATACATATATATATACACAC  300

seq1  ACATACATATATATATACACACACACATATATATGTATGTGCATATGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATATATATATACACACACACATATATATGTATGTGCATATGTGT  350

seq1  ATATATATGTGTGTGTATATATATGTATATGTATGTATATATACATACAT  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||
seq2  ATATATATGTGTGTGTATATATATGTATATGTATGTGTGTGTACATATAT  400

seq1  ATATATATTTGTATAATTACACATGCTGCAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  450
       | ||| | ||| |   ||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTGTATGTGTGTGTGTGTACACATGCTGCAGGTGTGTGTGTGTGAGTGTG  450

seq1  TGTGTGTGTGTG  462
      ||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTG  462