BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344E06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 46,441,800 - 46,542,478
singlet/doubletdoublet
Overlap genePvrl3
Upstream geneGm609, LOC628681, Slc9a10, Gcet2, BC016579, Tmprss7, Tagln3, Abhd10, Phldb2, EG667418, Plcxd2, 4930546O09Rik, Cd96, AL024110
Downstream geneLOC628757
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344E06.bB6Ng01-344E06.g
ACCGA126802GA126803
length1,2141,075
definitionB6Ng01-344E06.b B6Ng01-344E06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,541,247 - 46,542,478)(46,441,800 - 46,442,886)
sequence
gaattctgcttctttggagctgcaaatgccttcaggggtaatactctagt
tattcatgtgctcctgctgtctaggcttttgcacatcgtatgaatcaaga
tattcatggataactggttttatatagaaagatccagtacaggatgtgga
tttaacatgtcttcttcagtaatgagggataccaatcactctgcagcctt
gattctatttgcaataccgtggataaacatgtaacagatgttctggaatt
ggagtgccatagataaaaataaaaggaccagaaagtaactcgaaggcaaa
tcgactgccacccatacaaagagagacaaacgtgacaggacaagtcagct
gaacaaatatttgactgactgtacttggctctatctgtcattgccccaga
aggtcttcttaaggttttagctgggtaaatgtacttttgcttggtggtct
agcaagggacacacatagtgacagtgagttatctctttctagttgtttca
cattttcttcaagaaggacttagtttcaagaacggatatgtcaaattaaa
caatctacaactttaccctgcaatacttccacaaatgtgtgcttccaatg
tgatgtttagtacatattttctagggaatattcaagtagactttagagct
catatcaagctatttaaattaattcactcaagcatttgtcagggcctgct
atatgcagatttcgtttgtattaaaaattgaatttcttggatgaacaaca
caatccccgtggtgagcaaatatctaaggatttcctcggtgttatcaata
atggccaaactggaagaaatccaagagctcattgacagtaaatgaataat
tagactttatgccattcatgtagtaagacattcttcatcaatgaaaggaa
ctaattcgccctacactaatcaccatgataaatcataaaactcgggttgc
tgaagtcaaagactaattcaaacaccattcaattcatatagagtttaaaa
ttggaaagactaaacaatataatgctttaggcaggtttcccattgacaaa
gctataaaacaatcaaatgaacagagaaaacaatttagagagtaatagat
gactggctagtgcttgaaggtgctcatgccctgtgacttttaaactttat
caatgtgttattaatgcaatctattggatccagaattgccgaattttttt
cttgaactcccaga
gaattcacagaatatgcagagtccaagaacatttaaaaaaaaaaaagcac
ttcaatttaaaacacatttaataggcctagagatacctatcaatggtagt
gcttgcctagaatggggatctacactcttcattattagccaattatgacc
caccctttccaagcaaagaaagcagcattggttaaaaaccagaaacaaat
tataacttgcacataatacttgagctggcactctcagtctgatatgatac
aagcgtcagatgctcacttggggcctcacacggggaggaaggagtggaat
acttcccaaacaaatgtgaactgcagtacttcttcaagcccttcacttgt
gtgatccttattagtgcaatcagcatgtataacaggaaggcgggaggtag
gctgactgacccagtgttcacttttaacagtaaaaactgtaagggaggat
ttacatgggtaacccgtgtaccaacggagcagctaaccaaatgagattac
cagaatgcatctgtgacatacacacattacacctagcatgtggtcctgtg
aaagaatcagcataatgaaggtatcacataatgcagataaaagcacggtc
aatatcttactcaaaacataactttcaccaattagttgaagtattaaagt
aaaaccatgacaacctagtgagctatgatgaatcaaccaaaaccaattca
ggtacctcgagactaaataaatgtgcttatattttcttagtattaattac
acgcataataaatctatgaagtctggtatagtagcacaaagtaggtaaat
ttggtgcaattgacaagacactgaaaaatatacatctattacctaaagac
aagcttgcaaactacctattgtgagcacaccattcaagttttcaatgatg
cataccttccatgtgaaaggctacttccatgagttgcctttgaaaacacc
gcattaagccaagtatcaaaagatatgaaccatagacgtgggtttttagt
aagttgtgaatcaaaagtctaaaaacagatttaaaatgagccacatttat
catttaatttcatttgtgagaaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_46541247_46542478
seq2: B6Ng01-344E06.b_45_1258 (reverse)

seq1  TCTGGGAGTCCAAGAAAAAAAATCCTGCATACTGGATACCAATAATGATT  50
      ||||||||| ||||||||||| ||    || |||||| ||||||  ||||
seq2  TCTGGGAGTTCAAGAAAAAAATTCGGCAATTCTGGAT-CCAATA--GATT  47

seq1  GCATTAATAACACATTTGATAAAGTTTTTAAAAAGTCACAGGGCATGAGC  100
      |||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAATAACACA-TTGATAAAGTTT---AAAAGTCACAGGGCATGAGC  93

seq1  AACACTTCCAAGGCACCTAGCCAAGTTCATCTATTACTCTCTTAAATTGT  150
      |   ||||  | ||| |||||||   ||||||||||||||| ||||||||
seq2  A--CCTTC--AAGCA-CTAGCCA--GTCATCTATTACTCTC-TAAATTGT  135

seq1  CTTCTCCTTGTTCATTTGATTGTTTTATAGCTTTGTCAATGGGAAACCTG  200
       |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTC--TGTTCATTTGATTGTTTTATAGCTTTGTCAATGGGAAACCTG  183

seq1  CCTAAAGCATTATATTGTTTAGTCTTTCCAAATTTTAAACTCTATATGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGCATTATATTGTTTAGTCTTTCC-AATTTTAAACTCTATATGAA  232

seq1  TTGAATGGTGTTTGAATTAGTCTTTGACTTCAGCAACCCGAGTTTTATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGGTGTTTGAATTAGTCTTTGACTTCAGCAACCCGAGTTTTATGA  282

seq1  TTTATCATGGTGATTAGTGTAGGGCGAATTAGTTCCTTTCATTGATGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCATGGTGATTAGTGTAGGGCGAATTAGTTCCTTTCATTGATGAAG  332

seq1  AATGTCTTACTACATGAATGGCATAAAGTCTAATTATTCATTTACTGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTTACTACATGAATGGCATAAAGTCTAATTATTCATTTACTGTCA  382

seq1  ATGAGCTCTTGGATTTCTTCCAGTTTGGCCATTATTGATAACACCGAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTCTTGGATTTCTTCCAGTTTGGCCATTATTGATAACACCGAGGA  432

seq1  AATCCTTAGATATTTGCTCACCACGGGGATTGTGTTGTTCATCCAAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTTAGATATTTGCTCACCACGGGGATTGTGTTGTTCATCCAAGAAA  482

seq1  TTCAATTTTTAATACAAACGAAATCTGCATATAGCAGGCCCTGACAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTTTTAATACAAACGAAATCTGCATATAGCAGGCCCTGACAAATG  532

seq1  CTTGAGTGAATTAATTTAAATAGCTTGATATGAGCTCTAAAGTCTACTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTGAATTAATTTAAATAGCTTGATATGAGCTCTAAAGTCTACTTG  582

seq1  AATATTCCCTAGAAAATATGTACTAAACATCACATTGGAAGCACACATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCCCTAGAAAATATGTACTAAACATCACATTGGAAGCACACATTT  632

seq1  GTGGAAGTATTGCAGGGTAAAGTTGTAGATTGTTTAATTTGACATATCCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGTATTGCAGGGTAAAGTTGTAGATTGTTTAATTTGACATATCCG  682

seq1  TTCTTGAAACTAAGTCCTTCTTGAAGAAAATGTGAAACAACTAGAAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAAACTAAGTCCTTCTTGAAGAAAATGTGAAACAACTAGAAAGAG  732

seq1  ATAACTCACTGTCACTATGTGTGTCCCTTGCTAGACCACCAAGCAAAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTCACTGTCACTATGTGTGTCCCTTGCTAGACCACCAAGCAAAAGT  782

seq1  ACATTTACCCAGCTAAAACCTTAAGAAGACCTTCTGGGGCAATGACAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTACCCAGCTAAAACCTTAAGAAGACCTTCTGGGGCAATGACAGAT  832

seq1  AGAGCCAAGTACAGTCAGTCAAATATTTGTTCAGCTGACTTGTCCTGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAAGTACAGTCAGTCAAATATTTGTTCAGCTGACTTGTCCTGTCA  882

seq1  CGTTTGTCTCTCTTTGTATGGGTGGCAGTCGATTTGCCTTCGAGTTACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGTCTCTCTTTGTATGGGTGGCAGTCGATTTGCCTTCGAGTTACTT  932

seq1  TCTGGTCCTTTTATTTTTATCTATGGCACTCCAATTCCAGAACATCTGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCCTTTTATTTTTATCTATGGCACTCCAATTCCAGAACATCTGTT  982

seq1  ACATGTTTATCCACGGTATTGCAAATAGAATCAAGGCTGCAGAGTGATTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTTATCCACGGTATTGCAAATAGAATCAAGGCTGCAGAGTGATTG  1032

seq1  GTATCCCTCATTACTGAAGAAGACATGTTAAATCCACATCCTGTACTGGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCTCATTACTGAAGAAGACATGTTAAATCCACATCCTGTACTGGA  1082

seq1  TCTTTCTATATAAAACCAGTTATCCATGAATATCTTGATTCATACGATGT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTATATAAAACCAGTTATCCATGAATATCTTGATTCATACGATGT  1132

seq1  GCAAAAGCCTAGACAGCAGGAGCACATGAATAACTAGAGTATTACCCCTG  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGCCTAGACAGCAGGAGCACATGAATAACTAGAGTATTACCCCTG  1182

seq1  AAGGCATTTGCAGCTCCAAAGAAGCAGAATTC  1232
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATTTGCAGCTCCAAAGAAGCAGAATTC  1214

seq1: chr16_46441800_46442886
seq2: B6Ng01-344E06.g_63_1137

seq1  GAATTCACAGAATATGCAGAGTCCAAGAACATTTAAAAAAAAAAAAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAATATGCAGAGTCCAAGAACATTTAAAAAAAAAAAAGCAC  50

seq1  TTCAATTTAAAACACATTTAATAGGCCTAGAGATACCTATCAATGGTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTTAAAACACATTTAATAGGCCTAGAGATACCTATCAATGGTAGT  100

seq1  GCTTGCCTAGAATGGGGATCTACACTCTTCATTATTAGCCAATTATGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCTAGAATGGGGATCTACACTCTTCATTATTAGCCAATTATGACC  150

seq1  CACCCTTTCCAAGCAAAGAAAGCAGCATTGGTTAAAAACCAGAAACAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTTCCAAGCAAAGAAAGCAGCATTGGTTAAAAACCAGAAACAAAT  200

seq1  TATAACTTGCACATAATACTTGAGCTGGCACTCTCAGTCTGATATGATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTTGCACATAATACTTGAGCTGGCACTCTCAGTCTGATATGATAC  250

seq1  AAGCGTCAGATGCTCACTTGGGGCCTCACACGGGGAGGAAGGAGTGGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGTCAGATGCTCACTTGGGGCCTCACACGGGGAGGAAGGAGTGGAAT  300

seq1  ACTTCCCAAACAAATGTGAACTGCAGTACTTCTTCAAGCCCTTCACTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCAAACAAATGTGAACTGCAGTACTTCTTCAAGCCCTTCACTTGT  350

seq1  GTGATCCTTATTAGTGCAATCAGCATGTATAACAGGAAGGCGGGAGGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCCTTATTAGTGCAATCAGCATGTATAACAGGAAGGCGGGAGGTAG  400

seq1  GCTGACTGACCCAGTGTTCACTTTTAACAGTAAAAACTGTAAGGGAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTGACCCAGTGTTCACTTTTAACAGTAAAAACTGTAAGGGAGGAT  450

seq1  TTACATGGGTAACCCGTGTACCAACGGAGCAGCTAACCAAATGAGATTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGGGTAACCCGTGTACCAACGGAGCAGCTAACCAAATGAGATTAC  500

seq1  CAGAATGCATCTGTGACATACACACATTACACCTAGCATGTGGTCCTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGCATCTGTGACATACACACATTACACCTAGCATGTGGTCCTGTG  550

seq1  AAAGAATCAGCATAATGAAGGTATCACATAATGCAGATAAAAGCACGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATCAGCATAATGAAGGTATCACATAATGCAGATAAAAGCACGGTC  600

seq1  AATATCTTACTCAAAACATAACTTTCACCAATTAGTTGAAGTATTAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTTACTCAAAACATAACTTTCACCAATTAGTTGAAGTATTAAAGT  650

seq1  AAAACCATGACAACCTAGTGAGCTATGATGAATCAACCAAAACCAATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCATGACAACCTAGTGAGCTATGATGAATCAACCAAAACCAATTCA  700

seq1  GGTACCTCGAGACTAAATAAATGTGCTTATATTTTCTTAGTATTAATTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCTCGAGACTAAATAAATGTGCTTATATTTTCTTAGTATTAATTAC  750

seq1  ACGCATAATAAATCTATGAAGTCTGGTATAGTAGCACAAAGTAGGTAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATAATAAATCTATGAAGTCTGGTATAGTAGCACAAAGTAGGTAAAT  800

seq1  TTGGTGCAATTGACAAGACACTGAAAAATATACATCTATTACCTAAAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCAATTGACAAGACACTGAAAAATATACATCTATTACCTAAAGAC  850

seq1  AAGCTTGCAAACTACCTATTGTGAGCACACCATTCAAGTTTTCAATGATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGCAAACTACCTATTGTGAGCACACCATTCAAGTTTTCAATGATG  900

seq1  CATACCTTCCATGTG-AAGGCAACTTCCATGAGTTGCCTTTGAAAACACC  949
      ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTTCCATGTGAAAGGCTACTTCCATGAGTTGCCTTTGAAAACACC  950

seq1  GCATTAAGCCAAGTATCAAAAGATATGAACCATAGAAGGGTGGGTTTTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  GCATTAAGCCAAGTATCAAAAGATATGAACCATAGA--CGTGGGTTTTTA  998

seq1  GTAAGTTGTTGAATCAAAAAGTCTAAAAACCAAGATTTTAAAAATGAAGC  1049
      |||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||  |||||||  |
seq2  GTAAGTTG-TGAATC-AAAAGTCTAAAAAC--AGATTT--AAAATGAGCC  1042

seq1  ACATTTAATCATTTTTAAATATCATTTTGTGAGAAAAG  1087
      |||||| |||||||   ||| ||| |||||||||||||
seq2  ACATTT-ATCATTT---AATTTCA-TTTGTGAGAAAAG  1075