BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344G18
Chromosome2 (Build37)16 (Build37)
Map Location 154,096,559 - 154,097,71817,830,547 - 17,831,661
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap gene5430413K10Rik
Upstream geneKif3b, 2500004C02Rik, Asxl1, 8430427H17Rik, Commd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1, EG329541, LOC100043869, Spag4l, Bpil1, Bpil3, Rya3, LOC100043870, Gm1006, EG545477, Psp, LOC100043652, 1700058C13Rik, Plunc, 2310021H06Rik, U46068, BC018465
Downstream geneOTTMUSG00000015915, Cdk5rap1, Snta1, Cbfa2t2, Apba2bp, 1700003F12Rik, E2f1, Pxmp4, Zfp341, Chmp4b, LOC668936, LOC435692, Raly, Eif2s2, a, Ahcy, Itch, LOC100043877, LOC668931, Dynlrb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344G18.bB6Ng01-344G18.g
ACCGA126913GA126914
length1,1501,103
definitionB6Ng01-344G18.b B6Ng01-344G18.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,096,559 - 154,097,718)(17,830,547 - 17,831,661)
sequence
gaattcaccttcaaactccctctatcatagtctacattctccagggcatt
cactggcagatgtctgctccccatccctgaagcagtgctatggtgatctg
gtggggacagatgaggtggcagttatcacgcctgcagtcaacttccaggg
ctaaaggcagaaactattgtctttctctcccctcagattgaccttcaggc
agcaagctgaagccactactgaaccccaagtactgaatgacagcaaaccc
ctgagaattgtctccatgcccctttcagcccatccttatgattcaggaga
caatagcaatggtctcctcagtatgcccaggatcctctgccctgagtgac
aaggacaagaacagttggaggaaatgggcattgttgtaatcagctcctta
ataaacactccctgcatgcaaaactgagaggtgactctttcctcaacgct
catgcatattcatgagcatgcaaagaacttcttacttagggatgaacact
aacaggagccaacaaaacccagtgatctcagtgctcagggacaatgagta
accctttctgcccctcacctccctgtcttacttggatctggagtacctca
caaaggctcagggggcaaagccttgctccccacctggtgttcttgggagg
tgggacctgtgctgcctgaggtagctctctaggtcactgggagcttgccc
ttcaagcagatgtggaggcctgtctcctgtgagcactttgtttcccatga
ccatgcactgccagccacaggcctaaagaccaaagggacaataggtcaca
gcctgggtcctctgacactgagcttatactgacctcttccccactgaaga
cacttaccttattatgatgatggaaagctagcgtggtctccaactctgaa
ttcttccttatgaatccaaccaacagagctggaacccaaattctccatgt
tgaaaatggaaaaggccagtttaaacacaaaatgtgagatcgggtcagag
caggtaagagcctgataccactacaaactgagcagaaagggctttgtatg
tccaatcagtagtacagcctagtcatggtgaccctatgaagcagacatca
gtggctgcagagataactgttacagcactctggctgttagcataccatca

gaattctagagctcattaaccatgcctctccccaaacccctgctgctgac
tacaaagccctgaatccctgccccaggcctgctttccaggctgtgtggta
gagaggctctccccttcttgaaccaagtctgcgcccaagaagcctaacaa
gctaggagggtgacagaggcagacagagactctaagcttgcagatgttag
aggcaggagtactgtgtgcagagaagtggatgttctcgtgggtttatact
tgactcgggatatttatgactatgctgagctacaaactaagcctctacag
agaggtccacattgtcctttgttaagactgcttgtggcaggggtcatgca
ggaaggcacaggggactccaggggcccagagcaaggctgcagaggtgaaa
gctggaaggcaagtgtgtgtgcacctgtctgtatgcacatgcgcgtgcgc
acacacacaaacaaacacacacacatacttgcacaccatgcccagcctct
tgagctcaaggagaaggcacgaggtgggagggctctgggctcttgtgctt
gtctcacatgaacaggaccctggatcttgcctggcacggtaccatggggt
gggggcaggggtgcccaggtcttatgggtggtagcaaggctgagatctgg
aggcagaagctgtggtgggaaagcacacacccctcacccagatggttact
tggagagctgttgctttcagaaaggaaaagatgggctaaagcaggggcag
agctggcacggaataaggagcaagggcaggccagcctctgctttcctctc
gggagcgtctcagagccagccagccccttagctccctgcatagaggggct
gactagaccagggctaggccaggcactgtggcacagggagcctggctgca
aggctgtccccatctggcctctgctgtggctctgtgcatccaggtggaat
cttctaaagggcagtcagtgaccaaaccactcattaactcctgaataagg
ccagtggggcagacactgcgctccagcaaggaatggagatttgccactct
ctgtgactaatgtcgtcactactgccactattatactttagccctgcagt
cac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_154096559_154097718
seq2: B6Ng01-344G18.b_48_1197

seq1  GAATTCACCTTCAAACTCCCTCTATCATAGTCTACATTCTCCAGGGCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTTCAAACTCCCTCTATCATAGTCTACATTCTCCAGGGCATT  50

seq1  CACTGGCAGATGTCTGCTCCCCATCCCTGAAGCAGTGCTATGGTGATCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCAGATGTCTGCTCCCCATCCCTGAAGCAGTGCTATGGTGATCTG  100

seq1  GTGGGGACAGATGAGGTGGCAGTTATCACGCCTGCAGTCAACTTCCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGACAGATGAGGTGGCAGTTATCACGCCTGCAGTCAACTTCCAGGG  150

seq1  CTAAAGGCAGAAACTATTGTCTTTCTCTCCCCTCAGATTGACCTTCAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGGCAGAAACTATTGTCTTTCTCTCCCCTCAGATTGACCTTCAGGC  200

seq1  AGCAAGCTGAAGCCACTACTGAACCCCAAGTACTGAATGACAGCAAACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCTGAAGCCACTACTGAACCCCAAGTACTGAATGACAGCAAACCC  250

seq1  CTGAGAATTGTCTCCATGCCCCTTTCAGCCCATCCTTATGATTCAGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAATTGTCTCCATGCCCCTTTCAGCCCATCCTTATGATTCAGGAGA  300

seq1  CAATAGCAATGGTCTCCTCAGTATGCCCAGGATCCTCTGCCCTGAGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGCAATGGTCTCCTCAGTATGCCCAGGATCCTCTGCCCTGAGTGAC  350

seq1  AAGGACAAGAACAGTTGGAGGAAATGGGCATTGTTGTAATCAGCTCCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAAGAACAGTTGGAGGAAATGGGCATTGTTGTAATCAGCTCCTTA  400

seq1  ATAAACACTCCCTGCATGCAAAACTGAGAGGTGACTCTTTCCTCAACGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACTCCCTGCATGCAAAACTGAGAGGTGACTCTTTCCTCAACGCT  450

seq1  CATGCATATTCATGAGCATGCAAAGAACTTCTTACTTAGGGATGAACACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATATTCATGAGCATGCAAAGAACTTCTTACTTAGGGATGAACACT  500

seq1  AACAGGAGCCAACAAAACCCAGTGATCTCAGTGCTCAGGGACAATGAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAGCCAACAAAACCCAGTGATCTCAGTGCTCAGGGACAATGAGTA  550

seq1  ACCCTTTCTGCCCCTCACCTCCCTGTCTTACTTGGATCTGGAGTACCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTCTGCCCCTCACCTCCCTGTCTTACTTGGATCTGGAGTACCTCA  600

seq1  CAAAGGCTCAGGGGGCAAAGCCTTGCTCCCCACCTGGTGTTCTTGGGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCTCAGGGGGCAAAGCCTTGCTCCCCACCTGGTGTTCTTGGGAGG  650

seq1  TGGGACCTGTGCTGCCTGAGGTAGCTCTCTAGGTCACTGGGAGCTTGCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCTGTGCTGCCTGAGGTAGCTCTCTAGGTCACTGGGAGCTTGCCC  700

seq1  TTCAAGCAGATGTGGAGGCCTGTCTCCTGTGAGCACTTTGTTTCCCATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCAGATGTGGAGGCCTGTCTCCTGTGAGCACTTTGTTTCCCATGA  750

seq1  CCATGCACTGCCAGCCACAGGCCTAAAGACCAAAGGGACAATAGGTCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCACTGCCAGCCACAGGCCTAAAGACCAAAGGGACAATAGGTCACA  800

seq1  GCCTGGGTCCTCTGACACTGAGCTTATACTGACCTCTTCCCCACTGAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGGTCCTCTGACACTGAGCTTATACTGACCTCTTCCCCACTGAAGA  850

seq1  CACTTACCTTATTATGATGATGGAAAGCTAGCGTGGTCTCCAACTCTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTACCTTATTATGATGATGGAAAGCTAGCGTGGTCTCCAACTCTGAA  900

seq1  TTCTTCCTTATGAATCCAAACCAACAGAGCTGGAACCCAAATTCTCCATG  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTTATGAATCC-AACCAACAGAGCTGGAACCCAAATTCTCCATG  949

seq1  TTGAAAATGGAAAAGGCCAGTTTAAACACAAAATGTGAGATC-GGTCAGA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGAAAATGGAAAAGGCCAGTTTAAACACAAAATGTGAGATCGGGTCAGA  999

seq1  GCAGGTAAGAGCCTGATACCACTACAAACTGAGCAGAAAGGGCTTTGTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTAAGAGCCTGATACCACTACAAACTGAGCAGAAAGGGCTTTGTAT  1049

seq1  GTCCCAAATCAGTAAGTACAGCCCTAGTCAT-GTGACCCTAAATGAAAAG  1098
      ||||  ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||  |||  |||
seq2  GTCC--AATCAGT-AGTACAG-CCTAGTCATGGTGACCCT--ATG--AAG  1091

seq1  CCAAGACATCAGTGGCTGCAGAGATAACTGTTTACAGCACTCTGCCTG-T  1147
      |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |
seq2  C--AGACATCAGTGGCTGCAGAGATAACTG-TTACAGCACTCTGGCTGTT  1138

seq1  AGCATACACATCA  1160
      ||||||| |||||
seq2  AGCATAC-CATCA  1150

seq1: chr16_17830547_17831661
seq2: B6Ng01-344G18.g_63_1165 (reverse)

seq1  GTGACTGCCAGGGCTTAAAAGTATAATAGTGGCAGTAGTGACGACATTAA  50
      ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTGACTG-CAGGGCT--AAAGTATAATAGTGGCAGTAGTGACGACATT-A  46

seq1  GTCACAGGAGGAGGTTGCCAAATCTCCATCCCTGCTTGGAGCGCCAGGTG  100
      ||||||    |||  || ||||||||||| |||   ||||||||   |||
seq2  GTCACA----GAGAGTGGCAAATCTCCATTCCTTGCTGGAGCGC--AGTG  90

seq1  TTCTGCCCCCACTGGCCTTATTCAGGAGTTAATGAGTGGTTTGGTCACTG  150
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TCTG-CCCCACTGGCCTTATTCAGGAGTTAATGAGTGGTTTGGTCACTG  138

seq1  ACTGCCCTTTTAGAAGGTTCCACCTGGATGCACAGGGCCACAGCAGGGGC  200
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  ACTGCCC-TTTAGAAGATTCCACCTGGATGCACAGAGCCACAGCAGAGGC  187

seq1  CAGATGGGGACAGCCTTGCAGCCAGGCTCCCTGTGCCACAGTGCCTGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGGGACAGCCTTGCAGCCAGGCTCCCTGTGCCACAGTGCCTGGCC  237

seq1  TAGCCCTGGTCTAGTCAGCCCCTCTATGCAGGGAGCTAAGGGGCTGGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGGTCTAGTCAGCCCCTCTATGCAGGGAGCTAAGGGGCTGGCTG  287

seq1  GCTCTGAGACGCTCCCGAGAGG-AAGCAGAGGCTGGCCTGCCCTTGCTCC  349
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGAGACGCTCCCGAGAGGAAAGCAGAGGCTGGCCTGCCCTTGCTCC  337

seq1  TTATTCCGTGCCAGCTCTGCCCCTGCTTTAGCCCATCTTTTCCTTTCTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCGTGCCAGCTCTGCCCCTGCTTTAGCCCATCTTTTCCTTTCTGA  387

seq1  AAGCAACAGCTCTCCAAGTAACCATCTGGGTGAGGGGTGTGTGCTTTCCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACAGCTCTCCAAGTAACCATCTGGGTGAGGGGTGTGTGCTTTCCC  437

seq1  ACCACAGCTTCTGCCTCCAGATCTCAGCCTTGCTACCACCCATAAGACCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGCTTCTGCCTCCAGATCTCAGCCTTGCTACCACCCATAAGACCT  487

seq1  GGGCACCCCTGCCCCCACCCCATGGTACCGTGCCAGGCAAGATCCAGGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACCCCTGCCCCCACCCCATGGTACCGTGCCAGGCAAGATCCAGGGT  537

seq1  CCTGTTCATGTGAGACAAGCACAAGAGCCCAGAGCCCTCCCACCTCGTGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCATGTGAGACAAGCACAAGAGCCCAGAGCCCTCCCACCTCGTGC  587

seq1  CTTCTCCTTGAGCTCAAGAGGCTGGGCATGGTGTGCAAGTATGTGTGTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCTTGAGCTCAAGAGGCTGGGCATGGTGTGCAAGTATGTGTGTGT  637

seq1  GTTTGTTTGTGTGTGTGCGCACGCGCATGTGCATACAGACAGGTGCACAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTGTGTGTGTGCGCACGCGCATGTGCATACAGACAGGTGCACAC  687

seq1  ACACTTGCCTTCCAGCTTTCACCTCTGCAGCCTTGCTCTGGGCCCCTGGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGCCTTCCAGCTTTCACCTCTGCAGCCTTGCTCTGGGCCCCTGGA  737

seq1  GTCCCCTGTGCCTTCCTGCATGACCCCTGCCACAAGCAGTCTTAACAAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCTGTGCCTTCCTGCATGACCCCTGCCACAAGCAGTCTTAACAAAG  787

seq1  GACAATGTGGACCTCTCTGTAGAGGCTTAGTTTGTAGCTCAGCATAGTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATGTGGACCTCTCTGTAGAGGCTTAGTTTGTAGCTCAGCATAGTCA  837

seq1  TAAATATCCCGAGTCAAGTATAAACCCACGAGAACATCCACTTCTCTGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATCCCGAGTCAAGTATAAACCCACGAGAACATCCACTTCTCTGCA  887

seq1  CACAGTACTCCTGCCTCTAACATCTGCAAGCTTAGAGTCTCTGTCTGCCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTACTCCTGCCTCTAACATCTGCAAGCTTAGAGTCTCTGTCTGCCT  937

seq1  CTGTCACCCTCCTAGCTTGTTAGGCTTCTTGGGCGCAGACTTGGTTCAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACCCTCCTAGCTTGTTAGGCTTCTTGGGCGCAGACTTGGTTCAAG  987

seq1  AAGGGGAGAGCCTCTCTACCACACAGCCTGGAAAGCAGGCCTGGGGCAGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGAGAGCCTCTCTACCACACAGCCTGGAAAGCAGGCCTGGGGCAGG  1037

seq1  GATTCAGGGCTTTGTAGTCAGCAGCAGGGGTTTGGGGAGAGGCATGGTTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGGGCTTTGTAGTCAGCAGCAGGGGTTTGGGGAGAGGCATGGTTA  1087

seq1  ATGAGCTCTAGAATTC  1115
      ||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTCTAGAATTC  1103