BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348K13
Chromosome16 (Build37)
Map Location 21,680,158 - 21,772,584
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2510009E07Rik, Ehhadh
Upstream geneEif4g1, 2900046G09Rik, Clcn2, Polr2h, Thpo, Chrd, LOC666255, LOC671504, EG666274, EG625060, LOC625123, LOC676915, 2310042E22Rik, Ephb3, 6430590I03Rik, Vps8
Downstream geneLOC100043489, LOC546659, Map3k13, LOC624037, Tmem41a, Liph, Senp2, EG239760, Igf2bp2, EG545152, EG666421, Sfrs10, LOC100043507, Etv5, Dgkg, LOC671242, LOC666459
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348K13.bB6Ng01-348K13.g
ACCGA129890GA129891
length1,1181,070
definitionB6Ng01-348K13.b B6Ng01-348K13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,680,158 - 21,681,291)(21,771,525 - 21,772,584)
sequence
gaattcatgtctccacctgttattgacagaaggtttctgagcatgtaact
tgacccttaaattacattttgagggcaaagcaatatgaaatgacagtagc
aaacagaatcatgttaacactcttatccaggcaaagccaaaaatagggaa
ccttttgtggaagctcatatatgaatttgttacagcaaacccagtgttaa
atgaagaaacttactctactgatcacagctttaaaaaaaaaatcaagcat
taaagggtctagctttaatttacaaagtcagtatgaaatatgcattaatt
ctaaaacacagctccatgctgtgctaagaggtgacatcagtgattctttg
ttattcaaaagatggcttatattcctaagtgaggtttgtaacaaaaacac
ttcacagaggtccgatgagctggtatggaaactgctctttaccctgactg
tggcagtgtccgtgggaaaggaacaaaaggtgtctctgtgtcacctctca
tgaccccatgtgaaactactactacctccaaatgaaagtttaaataggcc
aatccaaaatttgatcagaaatgaatgaatgtagctggtaaccatacaga
gaaaaccacaaggaagtttgagcttcagcattggattatgggaagttcta
cctgatgctaagggatgtgtgctactgctcacaaaggaagagatagcatg
gtgtgcaggaagccagaacactctaacagagaagggaggtccaagcatgc
acacacaccaaattaactcaagacaggcatgttctcaaataaataacgaa
tgatctgccttaacaccttaaaaaatgagaacaggtgaccccaaaaaatg
gtagatggaaagagaaaattaggtaggacaaattcaataaacaaaaatag
acattaaaaaaaataaaagaaccatgacatgatgattttttttcttttgt
aaatacaggcaggactgagagaccatcaccataagagatccaaattaata
aagccagcgattataggggaaggcattaaaatatgtgtcaggtaaatcag
aatacatacttgtaagctatatttcttacaactcaaaatggacaatttca
gatgcatatactagcaaa
gaattcatattcactcaaacatcaggttaccaattgtttaatgatggtat
attttaaagaacgagaagtatttgaagtgatttctattccttcaaagaat
gcttggaattagcattctgcagaaattcagtgtacgtgaggcaggttact
cagcaaaagacaaaatagaaatagaatcatagaatatatgcgtgggttct
gagtttgcacacccaaaggtttacggaattaaaccagtgaagaaattgaa
gaaacttgtcaggaagctaagagtgccgcagagtaaaatcaggaagaaaa
accacttcttaaacaaagaagagcgaagggaacttgactggctttcacag
gatgccaccagcttggcccacctccgactcatgggctgccaccattctag
caccatgagaaaagaagcagagactctgagatggacaggttttgacttgt
ggagcaaaggccccgtgaatcgggagacgctggcacaggagtcacacgcc
tgccttcttgagtcgatgttgtgatctggtggctgggctgggggttggct
ttaaaatgatagctcaggtagctcagagacattccgtgacgacattgaaa
ttttaagctttggaaaaaatcttgaagaaattgggaaagaatcatagcag
tgttaaatgtgtgggaggtgctcttggtcactctgggtctccccacggct
catcttccagcactttcgttttacagcctgctagacagaggtccagtcta
cactgtgtgtggcccaagaaagactgagtctcaacctggctgcggctttg
ggttgaacatgcaggacttccttgtgtttacttgttagtagttcagatca
gaactgggccgttgtcaaggcattattaatcgaaaacatatccatgatat
tcttttctgtgcaacagccagtccctccatgggcagctcacattccctca
tcttgttatctcagagctcctttgtagtgctcagatttttattttccatg
cttggtcttttttggccctgcctaaggagggcattcttttaatacagagg
gaacacttgacagcactcga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_21680158_21681291
seq2: B6Ng01-348K13.b_48_1165

seq1  GAATTCATGTCTCCACCTGTTATTGACAGAAGGTTTCTGAGCATGTAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTCTCCACCTGTTATTGACAGAAGGTTTCTGAGCATGTAACT  50

seq1  TGACCCTTAAATTACATTTTGAGGGCAAAGCAATATGAAATGACAGTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTTAAATTACATTTTGAGGGCAAAGCAATATGAAATGACAGTAGC  100

seq1  AAACAGAATCATGTTAACACTCTTATCCAGGCAAAGCCAAAAATAGGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAATCATGTTAACACTCTTATCCAGGCAAAGCCAAAAATAGGGAA  150

seq1  CCTTTTGTGGAAGCTCATATATGAATTTGTTACAGCAAACCCAGTGTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGTGGAAGCTCATATATGAATTTGTTACAGCAAACCCAGTGTTAA  200

seq1  ATGAAGAAACTTACTCTACTGATCACAGCTTTAAAAAAAAAATCAAGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAACTTACTCTACTGATCACAGCTTTAAAAAAAAAATCAAGCAT  250

seq1  TAAAGGGTCTAGCTTTAATTTACAAAGTCAGTATGAAATATGCATTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGGTCTAGCTTTAATTTACAAAGTCAGTATGAAATATGCATTAATT  300

seq1  CTAAAACACAGCTCCATGCTGTGCTAAGAGGTGACATCAGTGATTCTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACACAGCTCCATGCTGTGCTAAGAGGTGACATCAGTGATTCTTTG  350

seq1  TTATTCAAAAGATGGCTTATATTCCTAAGTGAGGTTTGTAACAAAAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAAAAGATGGCTTATATTCCTAAGTGAGGTTTGTAACAAAAACAC  400

seq1  TTCACAGAGGTCCGATGAGCTGGTATGGAAACTGCTCTTTACCCTGACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGAGGTCCGATGAGCTGGTATGGAAACTGCTCTTTACCCTGACTG  450

seq1  TGGCAGTGTCCGTGGGAAAGGAACAAAAGGTGTCTCTGTGTCACCTCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTGTCCGTGGGAAAGGAACAAAAGGTGTCTCTGTGTCACCTCTCA  500

seq1  TGACCCCATGTGAAACTACTACTACCTCCAAATGAAAGTTTAAATAGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCCATGTGAAACTACTACTACCTCCAAATGAAAGTTTAAATAGGCC  550

seq1  AATCCAAAATTTGATCAGAAATGAATGAATGTAGCTGGTAACCATACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAAATTTGATCAGAAATGAATGAATGTAGCTGGTAACCATACAGA  600

seq1  GAAAACCACAAGGAAGTTTGAGCTTCAGCATTGGATTATGGGAAGTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACCACAAGGAAGTTTGAGCTTCAGCATTGGATTATGGGAAGTTCTA  650

seq1  CCTGATGCTAAGGGATGTGTGCTACTGCTCACAAAGGAAGAGATAGCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGCTAAGGGATGTGTGCTACTGCTCACAAAGGAAGAGATAGCATG  700

seq1  GTGTGCAGGAAGCCAGAACACTCTAACAGAGAAGGGAGGTCCAAGCATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCAGGAAGCCAGAACACTCTAACAGAGAAGGGAGGTCCAAGCATGC  750

seq1  ACACACACCAAATTAACTCAAGACAGGCATGTTCTCAAATAAATAACGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACCAAATTAACTCAAGACAGGCATGTTCTCAAATAAATAACGAA  800

seq1  TGATCTGCCTTAACACCTTAAAAAATGAGAACAGGTGACCCCAAAAAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTGCCTTAACACCTTAAAAAATGAGAACAGGTGACCCCAAAAAATG  850

seq1  GTAGATGGAAAGAGAAAATTAGGTAGGACAAAATTCAATAAAACAAAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  GTAGATGGAAAGAGAAAATTAGGTAGGAC-AAATTCAAT-AAACAAAAAT  898

seq1  AAGACATTAAAAAAAATAAAAAGAACCAATGACATGATGATTTTTTT--C  948
       |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||   
seq2  -AGACATTAAAAAAAAT-AAAAGAACC-ATGACATGATGATTTTTTTTCT  945

seq1  TTTGTAAATACAGGCAGGACTGAGAGACCATCACCATAAGAGATCCAAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAATACAGGCAGGACTGAGAGACCATCACCATAAGAGATCCAAAT  995

seq1  TAATAAAGCCAGCGATTATAGGGGAAGGCATTAAAATATGTGTCAGTTAA  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAATAAAGCCAGCGATTATAGGGGAAGGCATTAAAATATGTGTCAGGTAA  1045

seq1  ATTCAGAATACCAATACTGTTAAAAGCTATATATTCTACCAAACTCAAAA  1098
      | |||||||||  ||||  ||  ||||||||| |  |||  ||||| |||
seq2  A-TCAGAATAC--ATAC--TTGTAAGCTATATTTCTTAC--AACTC-AAA  1087

seq1  ATGGACAAATTTTCAAGATGCATATAACCTAGCAAA  1134
      ||||||||  |||| |||||||||||  ||||||||
seq2  ATGGACAA--TTTC-AGATGCATATA--CTAGCAAA  1118

seq1: chr16_21771525_21772584
seq2: B6Ng01-348K13.g_67_1136 (reverse)

seq1  TCGAGTGCTGTCAAGTGT--CCTCTGTAT--AAAG-ATGCCCTCCTTAGG  45
      ||||||||||||||||||  |||||||||  |||| ||||||||||||||
seq2  TCGAGTGCTGTCAAGTGTTCCCTCTGTATTAAAAGAATGCCCTCCTTAGG  50

seq1  CAGGGC--AAAAAGACCAAGGCATGGAAAAT-AAAATCTGGGCACTAC-A  91
      ||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |
seq2  CAGGGCCAAAAAAGACCAA-GCATGGAAAATAAAAATCTGAGCACTACAA  99

seq1  AGGAGCTCTGAGATAACAAGATG-GGGAATGTGAGCTGCCCATGGAGGGA  140
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTCTGAGATAACAAGATGAGGGAATGTGAGCTGCCCATGGAGGGA  149

seq1  CTGGCTGTTGCACAG-AAAGAATATCATGGGTATGTTTTCGGTTAATAAT  189
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  CTGGCTGTTGCACAGAAAAGAATATCATGGATATGTTTTCGATTAATAAT  199

seq1  GCCTTGACAACGGCCCAGTTCTGATCTGAACTACTAACAAGTAAACACAA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGACAACGGCCCAGTTCTGATCTGAACTACTAACAAGTAAACACAA  249

seq1  GGAAGTCCTGCATGTTCAACCCAAAGCCGCAGCCAGGTTGAGACTCAGTC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCCTGCATGTTCAACCCAAAGCCGCAGCCAGGTTGAGACTCAGTC  299

seq1  TTTCTTGGGCCACACACAGTGTAGACTGGACCTCTGTCTAGCAGGCTGTA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGGGCCACACACAGTGTAGACTGGACCTCTGTCTAGCAGGCTGTA  349

seq1  AAACGAAAGTGCTGGAAGATGAGCCGTGGGGAGACCCAGAGTGACCAAGA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGAAAGTGCTGGAAGATGAGCCGTGGGGAGACCCAGAGTGACCAAGA  399

seq1  GCACCTCCCACACATTTAACACTGCTATGATTCTTTCCCAATTTCTTCAA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTCCCACACATTTAACACTGCTATGATTCTTTCCCAATTTCTTCAA  449

seq1  GATTTTTTCCAAAGCTTAAAATTTCAATGTCGTCACGGAATGTCTCTGAG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTTCCAAAGCTTAAAATTTCAATGTCGTCACGGAATGTCTCTGAG  499

seq1  CTACCTGAGCTATCATTTTAAAGCCAACCCCCAGCCCAGCCACCAGATCA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTGAGCTATCATTTTAAAGCCAACCCCCAGCCCAGCCACCAGATCA  549

seq1  CAACATCGACTCAAGAAGGCAGGCGTGTGACTCCTGTGCCAGCGTCTCCC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATCGACTCAAGAAGGCAGGCGTGTGACTCCTGTGCCAGCGTCTCCC  599

seq1  GATTCACGGGGCCTTTGCTCCACAAGTCAAAACCTGTCCATCTCAGAGTC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCACGGGGCCTTTGCTCCACAAGTCAAAACCTGTCCATCTCAGAGTC  649

seq1  TCTGCTTCTTTTCTCATGGTGCTAGAATGGTGGCAGCCCATGAGTCGGAG  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCTTTTCTCATGGTGCTAGAATGGTGGCAGCCCATGAGTCGGAG  699

seq1  GTGGGCCAAGCTGGTGGCATCCTGTGAAAGCCAGTCAAGTTCCCTTCGCT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCCAAGCTGGTGGCATCCTGTGAAAGCCAGTCAAGTTCCCTTCGCT  749

seq1  CTTCTTTGTTTAAGAAGTGGTTTTTCTTCCTGATTTTACTCTGCGGCACT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTGTTTAAGAAGTGGTTTTTCTTCCTGATTTTACTCTGCGGCACT  799

seq1  CTTAGCTTCCTGACAAGTTTCTTCAATTTCTTCACTGGTTTAATTCCGTA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTTCCTGACAAGTTTCTTCAATTTCTTCACTGGTTTAATTCCGTA  849

seq1  AACCTTTGGGTGTGCAAACTCAGAACCCACGCATATATTCTATGATTCTA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTGGGTGTGCAAACTCAGAACCCACGCATATATTCTATGATTCTA  899

seq1  TTTCTATTTTGTCTTTTGCTGAGTAACCTGCCTCACGTACACTGAATTTC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTTTGTCTTTTGCTGAGTAACCTGCCTCACGTACACTGAATTTC  949

seq1  TGCAGAATGCTAATTCCAAGCATTCTTTGAAGGAATAGAAATCACTTCAA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAATGCTAATTCCAAGCATTCTTTGAAGGAATAGAAATCACTTCAA  999

seq1  ATACTTCTCGTTCTTTAAAATATACCATCATTAAACAATTGGTAACCTGA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCTCGTTCTTTAAAATATACCATCATTAAACAATTGGTAACCTGA  1049

seq1  TGTTTGAGTGAATATGAATTC  1060
      |||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAGTGAATATGAATTC  1070