BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348L06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 61,977,100 - 62,060,822
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043524, LOC668183
Downstream geneLOC100043806, Nsun3, Arl13b, Stx19, Pros1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348L06.bB6Ng01-348L06.g
ACCGA129920GA129921
length9761,072
definitionB6Ng01-348L06.b B6Ng01-348L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,977,100 - 61,978,016)(62,059,747 - 62,060,822)
sequence
gaattcaaagccaaaccatgtacaatgttgggaaagtaagtgttttgcca
ccaagctaatccttagccattgaaattttgagacattgttacactggcct
caaactggtcatcctacagtgtctctagtgatgaccctagttataggatt
acaagtgtatgtttacagacctggcatattatgaggtgagatgaatatct
acacatttcaacatccatggaggcgctataagccatctccagtatataca
gaaaaatggctacacttttgcgaatatagtgcttgagagttctagcaata
cacatgactttaaattttagctagcagttgaagcaatggttatataaaat
gaaaggatgtagaaactaagaggcagacactttttaacattaacagagat
ctcacacaattgtggtatgtataggaatttcatccagcaacatggctgct
ctgtcaaggaatcacattcaagggctctctaagtctgtgtgatccagctg
gatgactctgcatagaaccgagacatgtccttagtactgatctttaaccc
caaacaatatagtttgtcgtaggaggtcctcatgtttaaatgtgacatct
aatagaggggcaggcaatgtgacaaatcagaggaagtcttgagagaatgg
atcaaaggtagtttatgccaaattctcatgagaagagataggaaagggaa
aatatgatctgtgagggagaaagaggaaagtcagctccttgcagttcact
taaatgcagaggttctcagtttggagaacttcagttagaggaattaagtt
tgtggaattcataggcagtctatttccaagcagagccattcactgagaag
ctgaccaaagccagattcaatcaggcagcttgagaggagttttgagccaa
aagagctaagctgaaccatccagcaagagttcagaataactggaaatagt
gagcccactcagtaggaagcctccag

gaattcaataattgtctcaacaacagcagaagctatcctctttgagtggt
aaaacagagagaagaaatcatggagaagaagagttcctaaatgaactacg
taataatagctcgaaggcacatagcgtgaacatattgaatgttctcacag
tagtctcctgtccagcatgcaaaaggcttggatgttttcacttttctcaa
caagttgaaagctcatctaacttgaagaaattaccatcaaaattaggttg
cagaaaaaattatgtactgaaattggagagtcagacagtcaaacacagag
aatcatttcatttcagaatatagtgagcactgtatgttagaacatagacg
aacatatgaatgtttttctgtgatgtcagaatttatctgatgataatgaa
tccataaggtacagtgttttcaatggcagtaatttgtctaataatcctac
ttttcttgttactttagttgagttgaactcagtgatttattctaatctta
attactagtactacctctcatatttctttgtgattttaatctcctcatgt
accttgcagactcaatttactctgatatatttatagagtatgtctcttcc
tactctaacaaataattctatactagccatgctgcaagggttttgttgga
cagagaatattacttttggatatgcctattccaaagcatcctccatgttc
aaatgcaatcaaaagctgcttgcaaaatggagtttctcaggaaaagagaa
atgtaacagagttcccaacctgatttcaacattagagacaacataaaaat
agtcaggcttagcagtgcaaggttaggaaaatctccctgcttagcaaagt
gcttgaagttctatgcagacaagtcttaatggtaaatatgaccagaccat
atagctatggaaagattccacgcaatgtgagttttacctcttttgtattt
cttagacttttcacagtgaagtgggtgaatgcttccacctgcagtaattc
gaataagaaagaaacaatatcagcatatcagcatgtcatatgtaagctca
ttgaactgcttaagaagtaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_61977100_61978016
seq2: B6Ng01-348L06.b_45_961

seq1  GAATTCAAAGCCAAACCATGTACAATGTTGGGAAAGTAAGTGTTTTGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCCAAACCATGTACAATGTTGGGAAAGTAAGTGTTTTGCCA  50

seq1  CCAAGCTAATCCTTAGCCATTGAAATTTTGAGACATTGTTACACTGGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTAATCCTTAGCCATTGAAATTTTGAGACATTGTTACACTGGCCT  100

seq1  CAAACTGGTCATCCTACAGTGTCTCTAGTGATGACCCTAGTTATAGGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGGTCATCCTACAGTGTCTCTAGTGATGACCCTAGTTATAGGATT  150

seq1  ACAAGTGTATGTTTACAGACCTGGCATATTATGAGGTGAGATGAATATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGTATGTTTACAGACCTGGCATATTATGAGGTGAGATGAATATCT  200

seq1  ACACATTTCAACATCCATGGAGGCGCTATAAGCCATCTCCAGTATATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTCAACATCCATGGAGGCGCTATAAGCCATCTCCAGTATATACA  250

seq1  GAAAAATGGCTACACTTTTGCGAATATAGTGCTTGAGAGTTCTAGCAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATGGCTACACTTTTGCGAATATAGTGCTTGAGAGTTCTAGCAATA  300

seq1  CACATGACTTTAAATTTTAGCTAGCAGTTGAAGCAATGGTTATATAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGACTTTAAATTTTAGCTAGCAGTTGAAGCAATGGTTATATAAAAT  350

seq1  GAAAGGATGTAGAAACTAAGAGGCAGACACTTTTTAACATTAACAGAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGATGTAGAAACTAAGAGGCAGACACTTTTTAACATTAACAGAGAT  400

seq1  CTCACACAATTGTGGTATGTATAGGAATTTCATCCAGCAACATGGCTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACAATTGTGGTATGTATAGGAATTTCATCCAGCAACATGGCTGCT  450

seq1  CTGTCAAGGAATCACATTCAAGGGCTCTCTAAGTCTGTGTGATCCAGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAAGGAATCACATTCAAGGGCTCTCTAAGTCTGTGTGATCCAGCTG  500

seq1  GATGACTCTGCATAGAACCGAGACATGTCCTTAGTACTGATCTTTAACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTCTGCATAGAACCGAGACATGTCCTTAGTACTGATCTTTAACCC  550

seq1  CAAACAATATAGTTTGTCGTAGGAGGTCCTCATGTTTAAATGTGACATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAATATAGTTTGTCGTAGGAGGTCCTCATGTTTAAATGTGACATCT  600

seq1  AATAGAGGGGCAGGCAATGTGACAAATCAGAGGAAGTCTTGAGAGAATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGGGGCAGGCAATGTGACAAATCAGAGGAAGTCTTGAGAGAATGG  650

seq1  ATCAAAGGTAGTTTATGCCAAATTCTCATGAGAAGAGATAGGAAAGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGGTAGTTTATGCCAAATTCTCATGAGAAGAGATAGGAAAGGGAA  700

seq1  AATATGATCTGTGAGGGAGAAAGAGGAAAGTCAGCTCCTTGCAGTTCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGATCTGTGAGGGAGAAAGAGGAAAGTCAGCTCCTTGCAGTTCACT  750

seq1  TAAATGCAGAGGTTCTCAGTTTGGAGAACTTCAGTTAGAGGAATTAAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCAGAGGTTCTCAGTTTGGAGAACTTCAGTTAGAGGAATTAAGTT  800

seq1  TGTGGAATTCATAGGCAGTCTATTTCCAAGCAGAGCCATTCACTGAGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAATTCATAGGCAGTCTATTTCCAAGCAGAGCCATTCACTGAGAAG  850

seq1  CTGACCAAAGCCAGATTCAATCAGGCAGCTTGAGAGGAGTTTTGAGCCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCAAAGCCAGATTCAATCAGGCAGCTTGAGAGGAGTTTTGAGCCAA  900

seq1  AAGAGCTAAGCTGAACC  917
      |||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTAAGCTGAACC  917


seq1: chr16_62059747_62060822
seq2: B6Ng01-348L06.g_64_1135 (reverse)

seq1  GCTTACTCTTAAAGCAGTTTCAATTGAGGCCTTACATATGACAATGCTGA  50
      |||||||  | |||||| ||||| ||||  |||||||||||| |||||||
seq2  GCTTACTTCTTAAGCAG-TTCAA-TGAG--CTTACATATGAC-ATGCTGA  45

seq1  TATGCTGATA-TGTTCTTTCCTTATTCGAATTTACTCCAGGTGGAAGCAT  99
      |||||||||| ||||  || |||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  TATGCTGATATTGTTTCTTTCTTATTCGAA-TTACTGCAGGTGGAAGCAT  94

seq1  TCACCCACTTCCACTGTGAAAAGTCTAAGAAATAC-AAAGAGGTAAAACT  148
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCACCCACTT-CACTGTGAAAAGTCTAAGAAATACAAAAGAGGTAAAACT  143

seq1  CACATTGCGTGGAATC-TTCCATAGCTATATGGTCTGGTCATATTTACCA  197
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGCGTGGAATCTTTCCATAGCTATATGGTCTGGTCATATTTACCA  193

seq1  TTAAGACTTGTCTGCATAGAACTTCAAGCACTTTGCTAAGCAGGGAGATT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACTTGTCTGCATAGAACTTCAAGCACTTTGCTAAGCAGGGAGATT  243

seq1  TTCCTAACCTTGCACTGCTAAGCCTGACTATTTTTATGTTGTCTCTAATG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAACCTTGCACTGCTAAGCCTGACTATTTTTATGTTGTCTCTAATG  293

seq1  TTGAAATCAGGTTGGGAACTCTGTTACATTTCTCTTTTCCTGAGAAACTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATCAGGTTGGGAACTCTGTTACATTTCTCTTTTCCTGAGAAACTC  343

seq1  CATTTTGCAAGCAGCTTTTGATTGCATTTGAACATGGAGGATGCTTTGGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGCAAGCAGCTTTTGATTGCATTTGAACATGGAGGATGCTTTGGA  393

seq1  ATAGGCATATCCAAAAGTAATATTCTCTGTCCAACAAAACCCTTGCAGCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCATATCCAAAAGTAATATTCTCTGTCCAACAAAACCCTTGCAGCA  443

seq1  TGGCTAGTATAGAATTATTTGTTAGAGTAGGAAGAGACATACTCTATAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGTATAGAATTATTTGTTAGAGTAGGAAGAGACATACTCTATAAA  493

seq1  TATATCAGAGTAAATTGAGTCTGCAAGGTACATGAGGAGATTAAAATCAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCAGAGTAAATTGAGTCTGCAAGGTACATGAGGAGATTAAAATCAC  543

seq1  AAAGAAATATGAGAGGTAGTACTAGTAATTAAGATTAGAATAAATCACTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATATGAGAGGTAGTACTAGTAATTAAGATTAGAATAAATCACTG  593

seq1  AGTTCAACTCAACTAAAGTAACAAGAAAAGTAGGATTATTAGACAAATTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAACTCAACTAAAGTAACAAGAAAAGTAGGATTATTAGACAAATTA  643

seq1  CTGCCATTGAAAACACTGTACCTTATGGATTCATTATCATCAGATAAATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATTGAAAACACTGTACCTTATGGATTCATTATCATCAGATAAATT  693

seq1  CTGACATCACAGAAAAACATTCATATGTTCGTCTATGTTCTAACATACAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATCACAGAAAAACATTCATATGTTCGTCTATGTTCTAACATACAG  743

seq1  TGCTCACTATATTCTGAAATGAAATGATTCTCTGTGTTTGACTGTCTGAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACTATATTCTGAAATGAAATGATTCTCTGTGTTTGACTGTCTGAC  793

seq1  TCTCCAATTTCAGTACATAATTTTTTCTGCAACCTAATTTTGATGGTAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAATTTCAGTACATAATTTTTTCTGCAACCTAATTTTGATGGTAAT  843

seq1  TTCTTCAAGTTAGATGAGCTTTCAACTTGTTGAGAAAAGTGAAAACATCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAAGTTAGATGAGCTTTCAACTTGTTGAGAAAAGTGAAAACATCC  893

seq1  AAGCCTTTTGCATGCTGGACAGGAGACTACTGTGAGAACATTCAATATGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTTTGCATGCTGGACAGGAGACTACTGTGAGAACATTCAATATGT  943

seq1  TCACGCTATGTGCCTTCGAGCTATTATTACGTAGTTCATTTAGGAACTCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGCTATGTGCCTTCGAGCTATTATTACGTAGTTCATTTAGGAACTCT  993

seq1  TCTTCTCCATGATTTCTTCTCTCTGTTTTACCACTCAAAGAGGATAGCTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCCATGATTTCTTCTCTCTGTTTTACCACTCAAAGAGGATAGCTT  1043

seq1  CTGCTGTTGTTGAGACAATTATTGAATTC  1076
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTTGTTGAGACAATTATTGAATTC  1072


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |