BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003I11
Chromosome17 (Build37)
Map Location 76,244,398 - 76,429,115
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043885
Upstream geneTtc27, LOC100043672, Ltbp1, EG621988, Rasgrp3, 2810405J04Rik, LOC668787
Downstream geneLOC100043886, EG624348
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003I11.bB6Ng01-003I11.g
ACCDH841211DH841212
length7681,134
definitionDH841211|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003I11, 5' end.DH841212|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003I11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,244,398 - 76,245,161)(76,427,975 - 76,429,115)
sequence
gaattctgtaaaatgctcgcactcttgttatttttgaatttttaaaaata
aatgtatattttcatctcctaagagcaattataaaacattgacaagagaa
catagatgagggagagacaagacaagaaaaatgcaactgcgaggataaac
acaattataaacctgaattttcacttggatgctgatgcaaagacaagaca
aggatacttttcctaggaagaaattctcatcacattataattcctaattt
tgatttttctattttaaaagaaatccatgaaagaagagccagaaagagta
taagatccagaggattggggagttttctctgagattgtgtctccacataa
tattgaaagctatactcataaagactaaccaacatgtgtatccaaatgga
gactgaacaaagataacacaccaatggacatgccaaatgggataagggag
agtatatataacatattcaccatatatacatactctctctctctctctct
ctctctctctctctctctctctctacatatatatatatatatatatatat
atatatatatatatacatcatatacatatatacatatacgtcatattcat
atacacgtacacatatatacacatacattatacatataaatcatatgcat
acacataggctacatattcatgcacatagatacacacaataacaagtagt
gaaaaaaaattaaaaaaaaaataacagagacccatgagaaggaggatcgg
gagggggggcatatggga
gaattcagtttttgaagtcagactgaatatcttttgattttaaagttgat
attattaagtctttggggcaaaggatggagggtatgccttaaaattcaaa
cacttcaatattgtgatgatgtgaggtagagttgtgatggctaatattgt
caacttaacaggatgtagaatcacctaaaaggcaaacgtatgggcatgtc
tactaaggaagctagatttggtgaattgcacagacctaacttaaatgaag
gtgtaccattctgtaatctatacctcaagacagaatcacaggactgatcc
ctattgcccacctttcaatgcttcttaacacaataagaacaattgtctca
tactccaacagccctgacttctccataatggattaccctcaatctgttag
gaaaaataatcttatccacccattattaaattgaacttttcaaatatttc
atcatagaaatgagaaaattatcacagaagtcagaagtcaatgagttaaa
tgattggaatagcagcagactctctaataagaatcagacactaatatttt
aacaagtaattctcaaactggttggttacaaaggaaattttagagtatct
tgtaactttaaactgacttcagtttaaagaccatgtgagagtcaatacaa
ccattttaggcttgaagcacacagctaagtatagacaaaaagaaaacttg
tgatactaaaggtgattagttatgtcctttctcaaatactcatttttaat
tttgggcttcataggacagactttaactaatggataacttaaaataaact
gttattgtatgttctttattatttcatgtttgggatccacaggcagtgga
atagagttttcatgtcacagagaaactggagtagcaatcatggattctgt
atgggtctgtgctaagtcttctgcatatgtggtgttgttagcttgatgtt
tgtgggactttggctgtctctgcctctgttgcctgtctaggaccttgttc
ttctactgggttacctcatccagccttgagaaagatggttatacctagcc
ttatttacccttgttaaggtcaggtttgttgatattcctgggaagcctgc
ctcttctgaagaatgaagggaccatgggatttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_76244398_76245161
seq2: B6Ng01-003I11.b_46_813

seq1  GAATTCTGTAAAATGCTCGCACTCTTGTTATTTTTGAATTTTTAAAAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAAAATGCTCGCACTCTTGTTATTTTTGAATTTTTAAAAATA  50

seq1  AATGTATATTTTCATCTCCTAAGAGCAATTATAAAACATTGACAAGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATATTTTCATCTCCTAAGAGCAATTATAAAACATTGACAAGAGAA  100

seq1  CATAGATGAGGGAGAGACAAGACAAGAAAAATGCAACTGCGAGGATAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATGAGGGAGAGACAAGACAAGAAAAATGCAACTGCGAGGATAAAC  150

seq1  ACAATTATAAACCTGAATTTTCACTTGGATGCTGATGCAAAGACAAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTATAAACCTGAATTTTCACTTGGATGCTGATGCAAAGACAAGACA  200

seq1  AGGATACTTTTCCTAGGAAGAAATTCTCATCACATTATAATTCCTAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACTTTTCCTAGGAAGAAATTCTCATCACATTATAATTCCTAATTT  250

seq1  TGATTTTTCTATTTTAAAAGAAATCCATGAAAGAAGAGCCAGAAAGAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTCTATTTTAAAAGAAATCCATGAAAGAAGAGCCAGAAAGAGTA  300

seq1  TAAGATCCAGAGGATTGGGGAGTTTTCTCTGAGATTGTGTCTCCACATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCCAGAGGATTGGGGAGTTTTCTCTGAGATTGTGTCTCCACATAA  350

seq1  TATTGAAAGCTATACTCATAAAGACTAACCAACATGTGTATCCAAATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAAAGCTATACTCATAAAGACTAACCAACATGTGTATCCAAATGGA  400

seq1  GACTGAACAAAGATAACACACCAATGGACATGCCAAATGGGATAAGGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAACAAAGATAACACACCAATGGACATGCCAAATGGGATAAGGGAG  450

seq1  AGTATATATAACATATTCACCATATATACATACTCTCTCTCTCTCTCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATATAACATATTCACCATATATACATACTCTCTCTCTCTCTCTCT  500

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACATATATATATATATATATATATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACATATATATATATATATATATATAT  550

seq1  ATATATATATATATACATCATATACATATATACATATACATCATATTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATATATATATATATACATCATATACATATATACATATACGTCATATTCAT  600

seq1  ATACACGTACACATATATACACATACATTATACATATAAATCATATGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACGTACACATATATACACATACATTATACATATAAATCATATGCAT  650

seq1  ACACATAGGCTACATATTCATGCACATAGATACACACAATAACAAGTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAGGCTACATATTCATGCACATAGATACACACAATAACAAGTAGT  700

seq1  GAAAAAAA--TTAAAAAAAAATAACAGAGA-CCATGAGAAGGAGGATCGG  747
      ||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAATTAAAAAAAAAATAACAGAGACCCATGAGAAGGAGGATCGG  750

seq1  GA-GGGGGGCATATGGGA  764
      || |||||||||||||||
seq2  GAGGGGGGGCATATGGGA  768

seq1: chr17_76427975_76429115
seq2: B6Ng01-003I11.g_68_1201 (reverse)

seq1  TCAAATCCACTGCT-CCTTCATTTCTCTTCAGAAAAGAGCAGGCTTCCCA  49
      ||||||||  || | |||||||   ||||||||| || ||||||||||||
seq2  TCAAATCCCATGGTCCCTTCAT---TCTTCAGAAGAG-GCAGGCTTCCCA  46

seq1  GGGATATCAACAAAACATGACC-TAACAA-GGTAAATAAGACTAGGTATA  97
      || |||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||| 
seq2  GGAATATCAAC-AAACCTGACCTTAACAAGGGTAAATAAGGCTAGGTAT-  94

seq1  AACCATC-ATCTCAAGGCTGGATGAGGTAACCCAGTAGAAGAACAAGGGT  146
      |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AACCATCTTTCTCAAGGCTGGATGAGGTAACCCAGTAGAAGAACAA-GGT  143

seq1  CCTAAGAACAGGCAACAGAGGCAGAGACAGCCAAAGTCCCACAAAACATC  196
      ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCTA--GACAGGCAACAGAGGCAGAGACAGCCAAAGTCCCAC-AAACATC  190

seq1  AAGCTAACAACAACCACATATGCAGAAGACTTAGCACAGACCCATACAGA  246
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAACAAC-ACCACATATGCAGAAGACTTAGCACAGACCCATACAGA  239

seq1  ATCCATGATTGCTACTCCAGTTTCTCTGTGACATGAAAACTCTATTCCAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATGATTGCTACTCCAGTTTCTCTGTGACATGAAAACTCTATTCCAC  289

seq1  TGCCTGTGGATCCCAAACATGAAATAATAAAGAACATACAATAACAGTTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGGATCCCAAACATGAAATAATAAAGAACATACAATAACAGTTT  339

seq1  ATTTTAAGTTATCCATTAGTTAAAGTCTGTCCTATGAAGCCCAAAATTAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGTTATCCATTAGTTAAAGTCTGTCCTATGAAGCCCAAAATTAA  389

seq1  AAATGAGTATTTGAGAAAGGACATAACTAATCACCTTTAGTATCACAAGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGTATTTGAGAAAGGACATAACTAATCACCTTTAGTATCACAAGT  439

seq1  TTTCTTTTTGTCTATACTTAGCTGTGTGCTTCAAGCCTAAAATGGTTGTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTGTCTATACTTAGCTGTGTGCTTCAAGCCTAAAATGGTTGTA  489

seq1  TTGACTCTCACATGGTCTTTAAACTGAAGTCAGTTTAAAGTTACAAGATA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCTCACATGGTCTTTAAACTGAAGTCAGTTTAAAGTTACAAGATA  539

seq1  CTCTAAAATTTCCTTTGTAACCAACCAGTTTGAGAATTACTTGTTAAAAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAATTTCCTTTGTAACCAACCAGTTTGAGAATTACTTGTTAAAAT  589

seq1  ATTAGTGTCTGATTCTTATTAGAGAGTCTGCTGCTATTCCAATCATTTAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGTCTGATTCTTATTAGAGAGTCTGCTGCTATTCCAATCATTTAA  639

seq1  CTCATTGACTTCTGACTTCTGTGATAATTTTCTCATTTCTATGATGAAAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGACTTCTGACTTCTGTGATAATTTTCTCATTTCTATGATGAAAT  689

seq1  ATTTGAAAAGTTCAATTTAATAATGGGTGGATAAGATTATTTTTCCTAAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAAAGTTCAATTTAATAATGGGTGGATAAGATTATTTTTCCTAAC  739

seq1  AGATTGAGGGTAATCCATTATGGAGAAGTCAGGGCTGTTGGAGTATGAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGAGGGTAATCCATTATGGAGAAGTCAGGGCTGTTGGAGTATGAGA  789

seq1  CAATTGTTCTTATTGTGTTAAGAAGCATTGAAAGGTGGGCAATAGGGATC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTTCTTATTGTGTTAAGAAGCATTGAAAGGTGGGCAATAGGGATC  839

seq1  AGTCCTGTGATTCTGTCTTGAGGTATAGATTACAGAATGGTACACCTTCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGTGATTCTGTCTTGAGGTATAGATTACAGAATGGTACACCTTCA  889

seq1  TTTAAGTTAGGTCTGTGCAATTCACCAAATCTAGCTTCCTTAGTAGACAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTTAGGTCTGTGCAATTCACCAAATCTAGCTTCCTTAGTAGACAT  939

seq1  GCCCATACGTTTGCCTTTTAGGTGATTCTACATCCTGTTAAGTTGACAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATACGTTTGCCTTTTAGGTGATTCTACATCCTGTTAAGTTGACAAT  989

seq1  ATTAGCCATCACAACTCTACCTCACATCATCACAATATTGAAGTGTTTGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCATCACAACTCTACCTCACATCATCACAATATTGAAGTGTTTGA  1039

seq1  ATTTTAAGGCATACCCTCCATCCTTTGCCCCAAAGACTTAATAATATCAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGGCATACCCTCCATCCTTTGCCCCAAAGACTTAATAATATCAA  1089

seq1  CTTTAAAATCAAAAGATATTCAGTCTGACTTCAAAAACTGAATTC  1141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAATCAAAAGATATTCAGTCTGACTTCAAAAACTGAATTC  1134