BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003J24
Chromosome17 (Build37)
Map Location 51,038,000 - 51,172,915
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbc1d5
Upstream geneKif6, EG668470, Rftn1, EG668475, EG628747, LOC100043818, Dazl, Plcl2, EG654432
Downstream geneLOC100043451, LOC100043452, Satb1, EG628919
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003J24.bB6Ng01-003J24.g
ACCDH841280DH841281
length1,142857
definitionDH841280|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003J24, 5' end.DH841281|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003J24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,038,000 - 51,039,140)(51,172,058 - 51,172,915)
sequence
gaattcttttttaaaaaattagaaattaaattttacatgttcaaattgaa
tgcatgaattaatttgtgaactatgaagctttggagtatttgctagtagc
aggcaggtttcctgattgttttcttaggagttggtgacatggtgaacagt
tccattgtttacaaaccttaaggctattcagagctttacagaaggatgtt
ctgggtataagtaacagaagggggataaagaagactcctgtgtttccagt
tcacccttgtgtcctccctgcattgggagtggagcataatataagggggg
caggcagcaatgctttgcctgcaaaggtttcaacctgagaggttcaaagt
aaagaacaaataatctatgcagctatctatagaacagacaacacacgtgg
aaatgctttcaaacaaggccatgaatcaccaaagcagaaagttcacatct
aactccagctgccctcacaggcagggagatagcagcatgattgcctgaga
tacaggtatagccaaggagctggacaacgcagccctcttaggacatctaa
gattttgtcggctaagacactattacctgactgagagcaagtaagcatgt
caagaaaatagatgtatggcaaacagagagtttggttaagcagctaacaa
aaggatttcatgtttcatgtgaggaaactgagaccaaggaagatgaaaat
actcctaaagtagtggtcctcaaccttcctgatcctgcgaccctttaata
tagttccccatgttagggatccacaactgtaattttatgcttgttgctat
ttcataactgtaattttggtactattatgaatcataatataaatatgttt
ggagatagaggtttgccaatggaatggtgacccacaggttgagaaccgct
gccctagagagttaatgagtgctgtgcctgggagtttataaccacagtgt
gattagtacgaaggtaacacagtatgacatctgaagtcagtgtgcaatga
cttgagtaattttatttatccacatttgtttataaaatgagcagaagttg
tatatgttctagtagcaatgtggttctacagacctggccctctctcaagt
ctggtcattgaatcttgttaacattaggtaatcgcacgagat
gaattctcatcagtgaataaagaaatagtatttgcttgataaaatgttga
aaggagttaccatatgcaaattgtatgtttgctagtgttatttaaaatga
gagggtaaattactaaaactttttaagttactagtggtgccacttactcc
aaaacaatggatgaatttcacatccatatggacatcttgataggtcttgg
cacaactgattgtatgttcctaaaaacaaaccttcttcctcccatcacat
ctccagacttgactaagagaagaattttgctattcttctcttgttataga
ttgctttattttttatatttatatggggtgattattatttcttaacctca
gtattattttcagtttaatatgattggataaatggttagggctatttttt
tcttctgaagttttgtttgttctttctacatactaaattgtgtgttatat
ttgatttatgcaaaccagatagaattgacttaatgcccgaaaagtggtat
ctatataaaattcaagcagtaacaattgaaatatttttatttagctgtct
ctaataaaatatttggtgagtatatgaaactgaggggtagggtggagatg
tattttgctttgtacctacagcaattagaagagtactttttcaaagtcta
agaaggtggaacttagattgtcttttgtttgtttgtcttttgtttgtttg
tttttcccctggtaactggaaatttaataaaacatagtccatgggtgctt
gcagcagcatttaaataacccataacttatgatgtaggggaaccttggaa
attttaggtatacaagcacttcattataataccttgtcattctacaacct
tttaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_51038000_51039140
seq2: B6Ng01-003J24.b_47_1188

seq1  GAATTCTTTTTTAAAAAATTAGAAATTAAATTTTACATGTTCAAATTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTTAAAAAATTAGAAATTAAATTTTACATGTTCAAATTGAA  50

seq1  TGCATGAATTAATTTGTGAACTATGAAGCTTTGGAGTATTTGCTAGTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGAATTAATTTGTGAACTATGAAGCTTTGGAGTATTTGCTAGTAGC  100

seq1  AGGCAGGTTTCCTGATTGTTTTCTTAGGAGTTGGTGACATGGTGAACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTTTCCTGATTGTTTTCTTAGGAGTTGGTGACATGGTGAACAGT  150

seq1  TCCATTGTTTACAAACCTTAAGGCTATTCAGAGCTTTACAGAAGGATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGTTTACAAACCTTAAGGCTATTCAGAGCTTTACAGAAGGATGTT  200

seq1  CTGGGTATAAGTAACAGAAGGGGGATAAAGAAGACTCCTGTGTTTCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTATAAGTAACAGAAGGGGGATAAAGAAGACTCCTGTGTTTCCAGT  250

seq1  TCACCCTTGTGTCCTCCCTGCATTGGGAGTGGAGCATAATATAAGGGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTTGTGTCCTCCCTGCATTGGGAGTGGAGCATAATATAAGGGGGG  300

seq1  CAGGCAGCAATGCTTTGCCTGCAAAGGTTTCAACCTGAGAGGTTCAAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGCAATGCTTTGCCTGCAAAGGTTTCAACCTGAGAGGTTCAAAGT  350

seq1  AAAGAACAAATAATCTATGCAGCTATCTATAGAACAGACAACACACGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACAAATAATCTATGCAGCTATCTATAGAACAGACAACACACGTGG  400

seq1  AAATGCTTTCAAACAAGGCCATGAATCACCAAAGCAGAAAGTTCACATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTTCAAACAAGGCCATGAATCACCAAAGCAGAAAGTTCACATCT  450

seq1  AACTCCAGCTGCCCTCACAGGCAGGGAGATAGCAGCATGATTGCCTGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAGCTGCCCTCACAGGCAGGGAGATAGCAGCATGATTGCCTGAGA  500

seq1  TACAGGTATAGCCAAGGAGCTGGACAACGCAGCCCTCTTAGGACATCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTATAGCCAAGGAGCTGGACAACGCAGCCCTCTTAGGACATCTAA  550

seq1  GATTTTGTCGGCTAAGACACTATTACCTGACTGAGAGCAAGTAAGCATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGTCGGCTAAGACACTATTACCTGACTGAGAGCAAGTAAGCATGT  600

seq1  CAAGAAAATAGATGTATGGCAAACAGAGAGTTTGGTTAAGCAGCTAACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAATAGATGTATGGCAAACAGAGAGTTTGGTTAAGCAGCTAACAA  650

seq1  AAGGATTTCATGTTTCATGTGAGGAAACTGAGACCAAGGAAGATGAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTTCATGTTTCATGTGAGGAAACTGAGACCAAGGAAGATGAAAAT  700

seq1  ACCCCTAAAGTAGTGGTCCTCAACCTTCCTGATCCTGCGACCCTTTAATA  750
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTAAAGTAGTGGTCCTCAACCTTCCTGATCCTGCGACCCTTTAATA  750

seq1  TAGTTCCCCATGTTAGGGATCCACAACTGTAATTTTATGCTTGTTGCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCCCATGTTAGGGATCCACAACTGTAATTTTATGCTTGTTGCTAT  800

seq1  TTCATAACTGTAATTTTGGTACTATTATGAATCATAATATAAATATGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAACTGTAATTTTGGTACTATTATGAATCATAATATAAATATGTTT  850

seq1  GGAGATAGAGGTTTGCCAATGGAATGGTGACCCACAGGTTGAGAACCGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATAGAGGTTTGCCAATGGAATGGTGACCCACAGGTTGAGAACCGCT  900

seq1  GCCCTAGAGAGTTAATGAGTGCTGTGCCTGGGAGTTTATAACCACAGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAGAGAGTTAATGAGTGCTGTGCCTGGGAGTTTATAACCACAGTGT  950

seq1  GATTAGTACGAAGGTAACAACAGTATGACATCTG-AGTCAGTGGTGCAAT  999
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  GATTAGTACGAAGGTAAC-ACAGTATGACATCTGAAGTCAGT-GTGCAAT  998

seq1  GACCTGAGTAATTTTATTTAATCCACATTTGTTTATAAAATGAGCAG-AG  1048
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACTTGAGTAATTTTATTT-ATCCACATTTGTTTATAAAATGAGCAGAAG  1047

seq1  TTGTAT---GTCTAGTAGCAAATGT-GTTCTACCAGTACTGCCCCTCTCT  1094
      ||||||    ||||||||| ||||| |||||| |||  ||| ||||||||
seq2  TTGTATATGTTCTAGTAGC-AATGTGGTTCTA-CAGACCTGGCCCTCTCT  1095

seq1  --AGTACTTGTCAATGATTCTTGTTAACATTAGTAAATCAGCACGAGAT  1141
        ||| || |||| ||| |||||||||||||||  |||| |||||||||
seq2  CAAGT-CTGGTCATTGAATCTTGTTAACATTAGGTAATC-GCACGAGAT  1142

seq1: chr17_51172058_51172915
seq2: B6Ng01-003J24.g_68_924 (reverse)

seq1  TTTTAAAAGGTTGTAGGAATGACAAGGTATTATAAATGAAGTGCTTGTAA  50
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  TTTTAAAAGGTTGTA-GAATGACAAGGTATTAT-AATGAAGTGCTTGT-A  47

seq1  TACCTAAAATTTCCAAGGTTCCCCTACATCATAAGTTATGGGTTATTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAAAATTTCCAAGGTTCCCCTACATCATAAGTTATGGGTTATTTAA  97

seq1  ATGCTGCTGCAAGCACCCATGGACTATG-TTTATTAAATTTCCAGTTACC  149
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCTGCAAGCACCCATGGACTATGTTTTATTAAATTTCCAGTTACC  147

seq1  AGGGGAAAAACAAACAAACAAAAGACAAACAAACAAAAGACAATCTAAGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAAAACAAACAAACAAAAGACAAACAAACAAAAGACAATCTAAGT  197

seq1  TCCACCTTCTTAGACTTTG-AAAAGTACTCTTCTAATTGCTGTAGGTACA  248
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTCTTAGACTTTGAAAAAGTACTCTTCTAATTGCTGTAGGTACA  247

seq1  AAGCAAAATACATCTCCACCCTACCCCTCAGTTTCATATACTCACCAAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAATACATCTCCACCCTACCCCTCAGTTTCATATACTCACCAAAT  297

seq1  ATTTTATTAGAGACAGCTAAATAAAAATATTTCAATTGTTACTGCTTGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTAGAGACAGCTAAATAAAAATATTTCAATTGTTACTGCTTGAA  347

seq1  TTTTATATAGATACCACTTTTCGGGCATTAAGTCAATTCTATCTGGTTTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATAGATACCACTTTTCGGGCATTAAGTCAATTCTATCTGGTTTG  397

seq1  CATAAATCAAATATAACACACAATTTAGTATGTAGAAAGAACAAACAAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATCAAATATAACACACAATTTAGTATGTAGAAAGAACAAACAAAA  447

seq1  CTTCAGAAGAAAAAAATAGCCCTAACCATTTATCCAATCATATTAAACTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAAGAAAAAAATAGCCCTAACCATTTATCCAATCATATTAAACTG  497

seq1  AAAATAATACTGAGGTTAAGAAATAATAATCACCCCATATAAATATAAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATACTGAGGTTAAGAAATAATAATCACCCCATATAAATATAAAA  547

seq1  AATAAAGCAATCTATAACAAGAGAAGAATAGCAAAATTCTTCTCTTAGTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGCAATCTATAACAAGAGAAGAATAGCAAAATTCTTCTCTTAGTC  597

seq1  AAGTCTGGAGATGTGATGGGAGGAAGAAGGTTTGTTTTTAGGAACATACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGGAGATGTGATGGGAGGAAGAAGGTTTGTTTTTAGGAACATACA  647

seq1  ATCAGTTGTGCCAAGACCTATCAAGATGTCCATATGGATGTGAAATTCAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTGTGCCAAGACCTATCAAGATGTCCATATGGATGTGAAATTCAT  697

seq1  CCATTGTTTTGGAGTAAGTGGCACCACTAGTAACTTAAAAAGTTTTAGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTTTTGGAGTAAGTGGCACCACTAGTAACTTAAAAAGTTTTAGTA  747

seq1  ATTTACCCTCTCATTTTAAATAACACTAGCAAACATACAATTTGCATATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACCCTCTCATTTTAAATAACACTAGCAAACATACAATTTGCATATG  797

seq1  GTAACTCCTTTCAACATTTTATCAAGCAAATACTATTTCTTTATTCACTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCCTTTCAACATTTTATCAAGCAAATACTATTTCTTTATTCACTG  847

seq1  ATGAGAATTC  858
      ||||||||||
seq2  ATGAGAATTC  857