BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007B14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 75,358,326 - 75,477,958
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043672, Ltbp1
Upstream geneSrd5a2, Memo1, EG668716, 2810410M20Rik, LOC668773, LOC668775, Spast, Slc30a6, Nlrc4, LOC100043883, LOC624159, Yipf4, Birc6, Ttc27
Downstream geneEG621988, Rasgrp3, 2810405J04Rik, LOC668787, LOC100043885
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007B14.bB6Ng01-007B14.g
ACCDH843772DH843773
length1,074983
definitionDH843772|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007B14, 5' end.DH843773|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007B14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,358,326 - 75,359,415)(75,476,968 - 75,477,958)
sequence
gaattccatccaagttaagtttgatgacacaaggggttcttagagtccct
cccagagaactctccctcctggctgctgtacacacagggtctccctggca
gcctggacatcttgtggcaagctgtgcccctgatgaatccccatgaacga
tgtgcaggcagactcgctacagaagagtctctgccctttcccccagccag
tgctcatttatcatacagcttcagagagggtcaggcctggcagatatctt
atgaggggtcatagcttcttcatacattgactgagggtgccccatgaacc
tcctaatgctaatagttcctcctctcctgaaactctgagggcgatcactg
ctggcctcgctttagacagatcatgttgacagctccacaacagggacatt
tgctgttgagtgccttctacctgtcagtgtggtagtctaagccatggtcc
ccagtgcctgcaatccgggaatacaacctaatatgtcaagaatgcggatg
tgattatgagggttttcaatgatgagatattgttcttggagcatctggtc
gtgttcagtgacagttgtctttctaagaggaggacagaaagagctttggc
ccaggagagagaggtatagtattgaaacaaaagcttccttgaaatatgga
ggaaatggccaggagcccaggaatgtaaggcataggactttagaatctgg
gaaagacaataggaggattgtccccagagccttcagagggaaggttgtac
cccaatgaccttaatttggacccagcaaaactagttttaggctctggcat
ccagatctggaagagaataaatgtgttgttttaaatggccaagctttcag
taatttgttacagcaaccacagaaaactgtacaggaaaagaaaaaaaagc
aaaagttttttcaccaaaagaaaagcctgaagtttattgtgtgtctatcc
agccgctactagttttgagactgcattcattctacagggaagtcatcgtg
agctctgcagtcagcagagtgagaagagattacaagccgtggtgtttgtg
cttccaaacagtgaacgcgaggtg
gaattcctagccctctccccatcttgttcatctatgcccaccctttcctt
actccccccaaaacactgcactcagagtcctcagccacattgtggaggcc
cgtggttttcaacctcctaacactgcaaccctttaatacagttcctcatg
ttatgatgaccccccaaacataaaattattttgttgctgcctcagaactg
taattttgctaaaattatcaatcctaatgtaaatatctaatacgtaagat
atctgtcatggtacccctgtggaaggatcattcaatcccccaaggggttg
agactcacaggtcaagaaccactgggctagaggatgaagttgcttgactg
tggggaaaggcacatatctgtaagtagtcccccatgttctcgactctaat
tcgaggatcctgtctgcgtggtcatagtcaggacttcttagtcctggcca
tctctagcccttggtcccctggactcaaattcttcctccttggcaagtgt
ctggttatgcttacacaaagacttcaaaggacaatgtgaaggaattacat
ccttaaaacttcaacctaaatgaaaatttaagtcgaagttttactgaaga
cataaaggttggcttagcttctagctggaagggactagggtggttattca
ctaaccttgtgattagagctcatttgtggcaggaaggaagattgccagaa
caagcctcgctctggggtaaaatactgtggtgagaagaaaaataccgtct
tccccatcccaagagtctcccttgttctactgtccagaacctatgttgat
gttgcacaataacggggaattaaaatcgtggatacatttaacattgccaa
tcagctggccttgagatacatattcagacaaacacacataatataagtgc
ccttaaagaggagcaatcccagtgcatagtagctgacgtagagactgtgg
tttaggacaatctgagctatttagcaaatgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_75358326_75359415
seq2: B6Ng01-007B14.b_46_1119

seq1  GAATTCCATCCAAGTTAAGTTTGATGACACAAGGGGTTCTTAGAGTCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCAAGTTAAGTTTGATGACACAAGGGGTTCTTAGAGTCCCT  50

seq1  CCCAGAGAACTCTCCCTCCTGGCTGCTGTACACACAGGGTCTCCCTGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGAACTCTCCCTCCTGGCTGCTGTACACACAGGGTCTCCCTGGCA  100

seq1  GCCTGGACATCTTGTGGCAAGCTGTGCCCCTGATGAATCCCCATGAACGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGACATCTTGTGGCAAGCTGTGCCCCTGATGAATCCCCATGAACGA  150

seq1  TGTGCAGGCAGACTCGCTACAGAAGAGTCTCTGCCCTTTCCCCCAGCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGGCAGACTCGCTACAGAAGAGTCTCTGCCCTTTCCCCCAGCCAG  200

seq1  TGCTCATTTATCATACAGCTTCAGAGAGGGTCAGGCCTGGCAGATATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATTTATCATACAGCTTCAGAGAGGGTCAGGCCTGGCAGATATCTT  250

seq1  ATGAGGGGTCATAGCTTCTTCATACATTGACTGAGGGTGCCCCATGAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGGGTCATAGCTTCTTCATACATTGACTGAGGGTGCCCCATGAACC  300

seq1  TCCTAATGCTAATAGTTCCTCCTCTCCTGAAACTCTGAGGGCGATCACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATGCTAATAGTTCCTCCTCTCCTGAAACTCTGAGGGCGATCACTG  350

seq1  CTGGCCTCGCTTTAGACAGATCATGTTGACAGCTCCACAACAGGGACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCGCTTTAGACAGATCATGTTGACAGCTCCACAACAGGGACATT  400

seq1  TGCTGTTGAGTGCCTTCTACCTGTCAGTGTGGTAGTCTAAGCCATGGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGAGTGCCTTCTACCTGTCAGTGTGGTAGTCTAAGCCATGGTCC  450

seq1  CCAGTGCCTGCAATCCGGGAATACAACCTAATATGTCAAGAATGCGGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCCTGCAATCCGGGAATACAACCTAATATGTCAAGAATGCGGATG  500

seq1  TGATTATGAGGGTTTTCAATGATGAGATATTGTTCTTGGAGCATCTGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATGAGGGTTTTCAATGATGAGATATTGTTCTTGGAGCATCTGGTC  550

seq1  GTGTTCAGTGACAGTTGTCTTTCTAAGAGGAGGACAGAAAGAGCTTTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCAGTGACAGTTGTCTTTCTAAGAGGAGGACAGAAAGAGCTTTGGC  600

seq1  CCAGGAGAGAGAGGTATAGTATTGAAACAAAAGCTTCCTTGAAATATGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGAGAGAGGTATAGTATTGAAACAAAAGCTTCCTTGAAATATGGA  650

seq1  GGAAATGGCCAGGAGCCCAGGAATGTAAGGCATAGGACTTTAGAATCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGGCCAGGAGCCCAGGAATGTAAGGCATAGGACTTTAGAATCTGG  700

seq1  GAAAGACAATAGGAGGATTGTCCCCAGAGCCTTCAGAGGGAAGGTTGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACAATAGGAGGATTGTCCCCAGAGCCTTCAGAGGGAAGGTTGTAC  750

seq1  CCCAATGACCTTAATTTGGACCCAGCAAAACTAGTTTTAGGCTCTGGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGACCTTAATTTGGACCCAGCAAAACTAGTTTTAGGCTCTGGCAT  800

seq1  CCAGATCTGGAAGAGAATAAATGTGTTGTTTTAAATGGCCAAGCTTTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCTGGAAGAGAATAAATGTGTTGTTTTAAATGGCCAAGCTTTCAG  850

seq1  TAATTTGTTACAGCAACCACAGAAAACTGTACAGGAAAAGAAAAAAAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGTTACAGCAACCACAGAAAACTGTACAGGAAAAGAAAAAAAAGC  900

seq1  AAAAGTTTTTTCACCAAAAAGAAAAGCCTGAAGTTTTATTGTGTGTCTAT  950
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTTTTCACC-AAAAGAAAAGCCTGAAG-TTTATTGTGTGTCTAT  948

seq1  CCAGCCGCTACTAGTTTTGAAGACTGCATTCATTCTACAGGGAAGGCATC  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCAGCCGCTACTAGTTTTG-AGACTGCATTCATTCTACAGGGAAGTCATC  997

seq1  GTGAGCTCTGCAGTCCAAGCAAGAGTGAAGAAGAGAATTACAAAGGCACA  1050
      |||||||||||||||  ||| |||||| ||||||| |||||||     | 
seq2  GTGAGCTCTGCAGTC--AGC-AGAGTG-AGAAGAG-ATTACAA----GCC  1038

seq1  GTGGGTGTTGTGCTTCCCAAACCAAGTGAAAGGCGAGGTG  1090
      ||||   |||||||| ||||||  |||| || ||||||||
seq2  GTGGTGTTTGTGCTT-CCAAAC--AGTG-AACGCGAGGTG  1074

seq1: chr17_75476968_75477958
seq2: B6Ng01-007B14.g_64_1046 (reverse)

seq1  CCCCATTTTGCTAAATAGCTCAGATTGTCCTTAAACCCACAGTCCTCCTA  50
      ||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||   |||
seq2  CCCCA-TTTGCTAAATAGCTCAGATTGTCCT--AAACCACAGTC--TCTA  45

seq1  CGTCAGCTACTATGCACTGGGATTGCTCCTCTTTTAAGGGCACTTATTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  CGTCAGCTACTATGCACTGGGATTGCTCCTC-TTTAAGGGCACTTA-TAT  93

seq1  TATGTTGTGTTTGTCTGAATATGTATCTCAAGGCCAGCTGATTGGCAATG  150
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATG-TGTGTTTGTCTGAATATGTATCTCAAGGCCAGCTGATTGGCAATG  142

seq1  TTAATTGTATCCACGATTTTAATTCCCCTTTATTGTGCAACATCAACATA  200
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTATCCACGATTTTAATTCCCCGTTATTGTGCAACATCAACATA  192

seq1  GGTTCTGGACAGTAGAACAAGGGAGACTCTTGGGATGGGGAAGACGGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGGACAGTAGAACAAGGGAGACTCTTGGGATGGGGAAGACGGTAT  242

seq1  TTTTCTTCTCACCACAGTATTTTACCCCAGAGCGAGGCTTGTTCTGGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCTCACCACAGTATTTTACCCCAGAGCGAGGCTTGTTCTGGCAA  292

seq1  TCTTCCTTCCTGCCACAAATGAGCTCTAATCACAAGGTTAGTGAATAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTCCTGCCACAAATGAGCTCTAATCACAAGGTTAGTGAATAACC  342

seq1  ACCCTAGTCCCTTCCAGCTAGAAGCTAAGCCAACCTTTATGTCTTCAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAGTCCCTTCCAGCTAGAAGCTAAGCCAACCTTTATGTCTTCAGTA  392

seq1  AAACTTCGACTTAAATTTTCATTTAGGTTGAAGTTTTAAGGATGTAATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCGACTTAAATTTTCATTTAGGTTGAAGTTTTAAGGATGTAATTC  442

seq1  CTTCACATTGTCCTTTGAAGTCTTTGTGTAAGCATAACCAGACACTTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACATTGTCCTTTGAAGTCTTTGTGTAAGCATAACCAGACACTTGCC  492

seq1  AAGGAGGAAGAATTTGAGTCCAGGGGACCAAGGGCTAGAGATGGCCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGAAGAATTTGAGTCCAGGGGACCAAGGGCTAGAGATGGCCAGGA  542

seq1  CTAAGAAGTCCTGACTATGACCACGCAGACAGGATCCTCGAATTAGAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAGTCCTGACTATGACCACGCAGACAGGATCCTCGAATTAGAGTC  592

seq1  GAGAACATGGGGGACTACTTACAGATATGTGCCTTTCCCCACAGTCAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACATGGGGGACTACTTACAGATATGTGCCTTTCCCCACAGTCAAGC  642

seq1  AACTTCATCCTCTAGCCCAGTGGTTCTTGACCTGTGAGTCTCAACCCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCATCCTCTAGCCCAGTGGTTCTTGACCTGTGAGTCTCAACCCCTT  692

seq1  GGGGGATTGAATGATCCTTCCACAGGGGTACCATGACAGATATCTTACGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGATTGAATGATCCTTCCACAGGGGTACCATGACAGATATCTTACGT  742

seq1  ATTAGATATTTACATTAGGATTGATAATTTTAGCAAAATTACAGTTCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATATTTACATTAGGATTGATAATTTTAGCAAAATTACAGTTCTGA  792

seq1  GGCAGCAACAAAATAATTTTATGTTTGGGGGGTCATCATAACATGAGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCAACAAAATAATTTTATGTTTGGGGGGTCATCATAACATGAGGAA  842

seq1  CTGTATTAAAGGGTTGCAGTGTTAGGAGGTTGAAAACCACGGGCCTCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTAAAGGGTTGCAGTGTTAGGAGGTTGAAAACCACGGGCCTCCAC  892

seq1  AATGTGGCTGAGGACTCTGAGTGCAGTGTTTTGGGGGGAGTAAGGAAAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGCTGAGGACTCTGAGTGCAGTGTTTTGGGGGGAGTAAGGAAAGG  942

seq1  GTGGGCATAGATGAACAAGATGGGGAGAGGGCTAGGAATTC  991
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCATAGATGAACAAGATGGGGAGAGGGCTAGGAATTC  983