BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009M15
Chromosome17 (Build37)
Map Location 13,512,281 - 13,637,314
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667359, LOC100041352, LOC667372
Upstream gene4732491K20Rik, LOC625753, Plg, Slc22a3, LOC100041192, Slc22a2, Slc22a1, Igf2r, Air, EG635617, Mas1, Mrgprh, Pnldc1, Mrpl18, Tcp1, Acat3, Acat2, Wtap, Sod2, Gpr31c, Tcp10c, Ttll2, Unc93a, Smok2a, Smok2b
Downstream geneLOC667384, Smok4a, Tcte2, Mllt4, LOC100041464, EG635895, EG664821, EG664831, 4930488N24Rik, Dact2, Smoc2, LOC664856
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009M15.bB6Ng01-009M15.g
ACCDH845637DH845638
length9681,123
definitionDH845637|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009M15, 5' end.DH845638|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009M15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,636,348 - 13,637,314)(13,512,281 - 13,513,340)
sequence
gaattcaagcaatgtattgaacaaaagtggatatggtggacacccttgtc
ccattcccagtttgggagaaaatgctcccactttctcactcagtgtaatg
tactgtacatttgtcatatgccacccttgttatgttgaggggtgatcctt
ctgctcctagattctcacaggcttttgtccagttctgatgatggtaccat
gttccctttgcttttgaatgttgtgctcctctttactattcaactcatga
gtcatcttccttttgatttggacccaagtggacttctctgagacttgggg
agagatcagcaagaattagcctgggtacagcaagtttgggaagaacatag
cataggcttcaaacaacagaacatttctttatgttactaaaagcaagact
tgccctgggcaaaaatatgggtagctcttggggctgttgatgtgagaagc
tctgccctgtcatagcctggtcagcagtgtaaccaagtgccttacagata
gatctgtgcttcccactgttctggtggccaagctctggacagatcctcct
cgggtttgcagatatctgtcttcttgctgtatccttacagcacaaagcga
tccctctgggaccccttttataagggcacggatctcaccacgaagctctc
atctactcaacatagtccttcctgtggtagtttggatgagaatggtcccc
agaggctcacatatttgaatgcttggtcactggggagaggcacgatttga
aacatttaggagttgtagtcttgttggaggaaatgtgccatttgggggga
tggattttgaagtttagaaatcccaaggcaagcctagcacctctcacttt
cctgctgcctgcacatctggatctagaactctcagctgcttcttcagcat
catgtctttcctgcatgttgccatattcccccctccatgatgaaatgtgc
tgaacctatgaaatataa
gaattcatgtgtgtgtgcactcggagggtgcctgatgtccagactacata
aggaactaaataactaccaaaaggacaaaccattccaccagcaaatggtc
aaataaacaaagcaaacacttttcagaagaagtaatcaatgcacaaaggg
gtccaacatctttagaaactgggaaaatgaaatcaaatgttatctattga
gaggctatcatcccagttggaatgactctaccatcaagaaaacgaaagat
cagtgaggatgtagggaagggacaataaacactctggcataagggtaaat
tagtggagccactgtgggagcaggtgccaatgtctgaactactaaccctg
agctattgtattgcatttctgggtctataccccaggagtcaaagtctgct
ttttgtagagccacctgcacacagggtctattgctacactgttcactggc
tacactgtagccaaattatagaagcagcctagatatggaagtgcaacagt
tgataatgaaaatgtggcctattacaagtggagtttccttaaaccacagc
aaagaatgaatggcacttggagatcatcctattaagcaaaaccagggagt
agctatcacataagggctatgggaaaacatgagtgcaaccattggggaag
aacaggaagggcaacagacagagggctgcacagggcaagattattacata
ctgtaacaatttcccagactttaatagaactgactccacgatggaagcac
cattcgggctatgaaactcagcatgcagacaacaccatctgccaaaataa
aaacaaagaccttattcatcaaagccgtagttgtggggaagtgtctgaat
gtcctacccttgccttttggcttctgtagttctgcttctggctaactgtt
cttgttaactgaaatatgtaaactcggaatagccttttctgtgcttaaag
ctcactccgagaaagtcttggggttacactgggataccaacacaagtata
gtcactagctggataatagacttttctattggcttaacccatgtctgaga
atcttagggaaacctccactctcattgacaaacatgttgaaatgtcacaa
cctctttcttttgttctactggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_13636348_13637314
seq2: B6Ng01-009M15.b_48_1015 (reverse)

seq1  TTATATTTTCATAGGTTTAGCCCATTTTCATCATGGA-GGGGGAATATGG  49
      ||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTATA-TTTCATAGGTTCAGCACA-TTTCATCATGGAGGGGGGAATATGG  48

seq1  CAACATGCAGG-AAGACATGATGCTGGAGAAGCAGCTGAGAGTTCTAGAT  98
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGCAGGAAAGACATGATGCTGAAGAAGCAGCTGAGAGTTCTAGAT  98

seq1  CCAGATGTGCAGGCAGCAGG-AAGTGGGAGGTGCTAGGCTTGCCTTGGGA  147
      |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGTGCAGGCAGCAGGAAAGTGAGAGGTGCTAGGCTTGCCTTGGGA  148

seq1  TTTCTAAACTTCAAAATCCATCCCCCC-AGTGGCACATTTCCTCCAACAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAACTTCAAAATCCATCCCCCCAAATGGCACATTTCCTCCAACAA  198

seq1  GACTACAACTCCTAAATGTTTCAAATCGTGCCTCTCCCCAGTGACCAAGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACAACTCCTAAATGTTTCAAATCGTGCCTCTCCCCAGTGACCAAGC  248

seq1  ATTCAAATATGTGAGCCTCTGGGGACCGTTCTCATCCAAACTACCACAGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAATATGTGAGCCTCTGGGGACCATTCTCATCCAAACTACCACAGG  298

seq1  AAGGACTATGTTGAGTAGATGAGAGCTTCGTGGTGAGATCCATGCCCTTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAGGACTATGTTGAGTAGATGAGAGCTTCGTGGTGAGATCCGTGCCCTTA  348

seq1  TAAAAAGGGGTCCCAGAGGGATCGCTTTGTGCTGTAAGGATACAGCAAGA  396
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AAAAGGGGTCCCAGAGGGATCGCTTTGTGCTGTAAGGATACAGCAAGA  397

seq1  AGACAGATATCTGCAAACCCGAGGAGTATCTGCCCAGAGCTTGGCCACCA  446
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  AGACAGATATCTGCAAACCCGAGGAGGATCTGTCCAGAGCTTGGCCACCA  447

seq1  GAACAGTGGGAAGCACAGATCTATCTGTAAGGCACTTGGTTACACTGCTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTGGGAAGCACAGATCTATCTGTAAGGCACTTGGTTACACTGCTG  497

seq1  ACCAGGCTATGACAGGGCAGAGCTTCTCACATCAACAGCCCCAAGAGCTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCTATGACAGGGCAGAGCTTCTCACATCAACAGCCCCAAGAGCTA  547

seq1  CCCATATTTTTGCCCAGGGCAAGTCTTGCTTTTAGTAACATAAAGAAATG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATTTTTGCCCAGGGCAAGTCTTGCTTTTAGTAACATAAAGAAATG  597

seq1  TTCTGTTGTTTGAAGCCTATACTATGTTCTTCCCAAACTTGCTGTACCCA  646
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTGTTTGAAGCCTATGCTATGTTCTTCCCAAACTTGCTGTACCCA  647

seq1  GGCTAATTCTTGCTGATCTCTCCCCAAGTCTCAGAGAAGTCCACTTGGGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAATTCTTGCTGATCTCTCCCCAAGTCTCAGAGAAGTCCACTTGGGT  697

seq1  CCAAATCAAAAGGAAGATGACTCATGAGTTGAATAGTAAAGAGGAGCACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCAAAAGGAAGATGACTCATGAGTTGAATAGTAAAGAGGAGCACA  747

seq1  ACATTCAAAAGCAAAGGGAACATGGTACAATTATCAGAACTGGACAAAAG  796
      |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAAAAGCAAAGGGAACATGGTACCATCATCAGAACTGGACAAAAG  797

seq1  CCTTTGAGAATCTAGGAGCAGAAGGATCACCCCTCAACATAACAAGGGTG  846
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAGAATCTAGGAGCAGAAGGATCACCCCTCAACATAACAAGGGTG  847

seq1  GCATATGACAAATGTACAGTACATTACACTGAGTGAGAAAGTGGGAGCAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGACAAATGTACAGTACATTACACTGAGTGAGAAAGTGGGAGCAT  897

seq1  TTTCTCCCAAACTGGGAATGGGACAAGGGTGTCCACCATCTCCACTTTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTCTCCCAAACTGGGAATGGGACAAGGGTGTCCACCATATCCACTTTTG  947

seq1  TTCAATACATTGCTTGAATTC  967
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATACATTGCTTGAATTC  968

seq1: chr17_13512281_13513340
seq2: B6Ng01-009M15.g_136_1190

seq1  AAAAGGTCAAACCATTCCACCAGTAAATGGTCAAATAAACTAAGCAAACA  50
      |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAAAGGACAAACCATTCCACCAGCAAATGGTCAAATAAACAAAGCAAACA  50

seq1  CTTTTCAGAAGAAGCAATCAATGCACAAAGGGGTCCAACATCTTTAGAAA  100
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGAAGAAGTAATCAATGCACAAAGGGGTCCAACATCTTTAGAAA  100

seq1  CTGGGAAAATGAAATCAAATGTTATCTATCGAGAGGCTATCATCCCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAAATGAAATCAAATGTTATCTATTGAGAGGCTATCATCCCAGTT  150

seq1  GGAATGACTCTACCATCAAGAAAATGAAAGATCAGTGAGGATGTAGGGAA  200
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGACTCTACCATCAAGAAAACGAAAGATCAGTGAGGATGTAGGGAA  200

seq1  GGGACAATAAACACTCTGGTGTAAGGGTAAATTAGTGGAGCCACTGTGGG  250
      |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAATAAACACTCTGGCATAAGGGTAAATTAGTGGAGCCACTGTGGG  250

seq1  AGCAGGTGCCAATGTCTGAACTACTAACCCTGAGCTATTGTATTGCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTGCCAATGTCTGAACTACTAACCCTGAGCTATTGTATTGCATTT  300

seq1  CTGGGTCTATACCCCAGGAGTCAAAGTCTGCTTTTTGTAGAGCCACCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCTATACCCCAGGAGTCAAAGTCTGCTTTTTGTAGAGCCACCTGC  350

seq1  ACACAGGGTCTATTGCTACACTGTTCACTGGCTACACTGTAGCCAAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGTCTATTGCTACACTGTTCACTGGCTACACTGTAGCCAAATTA  400

seq1  TAGAAGCAGCCTAGATATGGAAGTGCAAAGGTTGATAATGAAAATGTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCAGCCTAGATATGGAAGTGCAACAGTTGATAATGAAAATGTGGC  450

seq1  CTATTACAAGTGGAGTATCCTTAAACCACATCGAAGAATGAATGGTACTT  500
      |||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||||
seq2  CTATTACAAGTGGAGTTTCCTTAAACCACAGCAAAGAATGAATGGCACTT  500

seq1  GGAGATCATCCTATTAAGCAAAACCAGGGAGTAGCTATCACATAAGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCATCCTATTAAGCAAAACCAGGGAGTAGCTATCACATAAGGGCT  550

seq1  ATGGGAAAGCATGAGTGCAACCATTGGGGAAGAACAGGAAGGGCAACAGA  600
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAAAACATGAGTGCAACCATTGGGGAAGAACAGGAAGGGCAACAGA  600

seq1  GAGAGGGCTGCACAGGGCAAGATTATTACATACTGTAACAATTTCCCAGA  650
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGCTGCACAGGGCAAGATTATTACATACTGTAACAATTTCCCAGA  650

seq1  CCTTAATAGAACTGACTCCACGATGGAAGCACCATTCGGGCTATGAAACT  700
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATAGAACTGACTCCACGATGGAAGCACCATTCGGGCTATGAAACT  700

seq1  CAGCATGCAGACAACACCATCTGCCAAAATAAAAACAAAGACCTTATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGCAGACAACACCATCTGCCAAAATAAAAACAAAGACCTTATTCA  750

seq1  TCAAAGCCGTAGTTGTGGGGAAGTGTCTGAATGTCCTACCCTTGCCTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCCGTAGTTGTGGGGAAGTGTCTGAATGTCCTACCCTTGCCTTTT  800

seq1  GGCTTCTGTAGTTCTGCTTCTGGCTAACTGTTCTTGTTAACTGAAATATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTGTAGTTCTGCTTCTGGCTAACTGTTCTTGTTAACTGAAATATG  850

seq1  TAAACTCGGAATAGCCTTTTCTGTGCTTAAAAGCTCACCCCGAGAAAAGC  900
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |
seq2  TAAACTCGGAATAGCCTTTTCTGTGCTT-AAAGCTCACTCCGAGAAAGTC  899

seq1  CTGGGGCTACACTGGGATACCAAACACCAAGTATAGTCACTAGCTGGATA  950
       ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTTACACTGGGATACC-AACA-CAAGTATAGTCACTAGCTGGATA  947

seq1  GTAGAC-TTTCTATTGGCTTAAACCCATGTCTGAGTATTCTTAGGAAAAC  999
       ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||
seq2  ATAGACTTTTCTATTGGCTT-AACCCATGTCTGAG-AATCTTAGGGAAAC  995

seq1  ACCCAC-CTCA-TGACAAAACATGTATGAAAATGTCACAAAACCTC-TTC  1046
        |||| |||| |||| |||||||| || |||||||||  |||||| |||
seq2  CTCCACTCTCATTGAC-AAACATGT-TG-AAATGTCAC--AACCTCTTTC  1040

seq1  TTTT-CTCTACTGGG  1060
      ||||  |||||||||
seq2  TTTTGTTCTACTGGG  1055