BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015H10
Chromosome17 (Build37)
Map Location 31,983,464 - 32,080,733
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSnf1lk
Upstream geneDnahc8, Glp1r, Umodl1, Abcg1, Tff3, Tff2, LOC100042904, Tff1, Tmprss3, Ubash3a, LOC100042906, Tsga2, EG667056, Slc37a1, Pde9a, Wdr4, 1500032D16Rik, Pknox1, Cbs, LOC623242, U2af1, Cryaa
Downstream geneHsf2bp, Rrp1b, LOC435518, Notch3, Pdxk-ps, Abhd9, Brd4, LOC100043434, LOC100043433, Akap8, Akap8l, Wiz, A430107D22Rik, Pglyrp2, 4732474A20Rik, EG208285, Cyp4f16, LOC667178, LOC677156, EG631304, Cyp4f15, LOC623809, 9030612M13Rik, Zfp811, 6030490I01Rik, LOC631266, BC066107, Cyp4f14, Cyp4f13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015H10.bB6Ng01-015H10.g
ACCDH849716DH849717
length9331,087
definitionDH849716|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015H10, 5' end.DH849717|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015H10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,983,464 - 31,984,410)(32,079,648 - 32,080,733)
sequence
gaattccagacacgaggaggctgtcacagggagcaagcacataggggacc
ggggacagctgggggccctgctggcagccagatgaggcggcggcggtaga
agagtggtgctgtaactggagcagcctgaagaacagagaggcggagaggg
aggaggtcggtcacccttgttggctctgcccagtttccacactgcccagg
tgggccccacccacctcaaagctgcagatgggatttcacatagctctgtg
tgtgacgtgacacatccctgagccatcctgccccacatcctggctgttgt
ggcaactcagagatgtcaggctcaacaggagagtcttggtcaccattgct
ctcaaggttactgaacctacccagtgtccctccttgctctatccctgaca
taaaggtccctaaggaaccacatggcaggacacatctaagcatacaggga
atgcttgtttcataggctccttaaaagaaagggccaagagcccgggaatg
tgtgtcgggcctacctctgctggtgcaggacctcttcaagtaggctcctg
ccctcccgattgctggtcgtgcagccttgcaggccggagcttggggctgg
ggtgtggaaggtactcatccctccccggggagttcggacggaggactggc
acacctggcgagccaaccctttgatcttgttcagtcccaggaaccccttg
gtcctcgcatttttcctcagctgctgccggaaggccttcagccctatgga
gacaagagcagcaggggtttagcagctcttaggttatggccgacagcttc
agcctgctggagtttccaggccctgaggaggaggaccgggaaaattactg
ggcactatggccaaggttcctacagctcgtttgcagtgctagttcctgat
ccaacatctacactcctccgtgatcagtctctt
gaattcagcagcatgtccaccaccactctctgtttctaggacttcatctt
catctcagacactaaggcccagtaaataacatccccttccccaagctctg
tctcctaggttttggtgtgcctggactgtttttgtgtccgtgaacttagc
tggaacgtttgcccacttggtctgggtatttcctctgtgtaacgctgggg
tttgtgtgtgttgagtatgtgtcagagcttccttgttttaatggctgtac
agccatgttcacatgaccacagtgcatttctgcatttgttgtcgaacatt
tgggttcattccaccttttagctactagtgaacaagcctgccaagaacac
aagtgtgcaaaggtctgcttgagtccccacttttgattcttagcagtgaa
attgctagatcatgcggtaacactgtgttttaagtctttttgcttgtata
aataagtgtgtgtgtggttgcacatgcatatgttcaggtgcctatgtgta
agtttggaggcctaaaatcgatgtcggatgtcttccttagttcccgaggt
atatacttaggtgggatctctcaccagacctggagtttgatgattccagc
caatccagccagccagcttgccctagggacactgtctctacctgctggat
aataaggattacggggaactgtcacacccacctgacttttacagggatcc
taaggatccaggttctggtcctcacactctcatggcaaagttttatccac
tgagccaaactgctgaccacagaagctgcacacagtctctttctcaccaa
cagcagtgcaagagtcttcatctacacactctttgctgtttctttcttac
caattgaccattcatggtagtagccgtgatgcaggcttcactgtggtctt
ttcttccccagcgctgcatgctgcctatagtgaccatttgctgtggctgc
cttggcagcaagtctttgagggcccttgagaaattttggattgaactatt
gttttcggtggcagagctgcagggttccacatgttcaggatcctgatcaa
tctgagggctttgctggggcttgccgccaatttcgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_31983464_31984410
seq2: B6Ng01-015H10.b_48_980

seq1  GAATTCCAGACACGAGGAGGCTGTCACAGGGAGCAAGCACATAGGGGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACACGAGGAGGCTGTCACAGGGAGCAAGCACATAGGGGACC  50

seq1  GGGGACAGCTGGGGGCCCTGCTGGCAGCCAGATGAGGCGGCGGCGGTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACAGCTGGGGGCCCTGCTGGCAGCCAGATGAGGCGGCGGCGGTAGA  100

seq1  AGAGTGGTGCTGTAACTGGAGCAGCCTGAAGAACAGAGAGGCGGAGAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGTGCTGTAACTGGAGCAGCCTGAAGAACAGAGAGGCGGAGAGGG  150

seq1  AGGAGGTCGGTCACCCTTGTTGGCTCTGCCCAGTTTCCACACTGCCCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTCGGTCACCCTTGTTGGCTCTGCCCAGTTTCCACACTGCCCAGG  200

seq1  TGGGCCCCACCCACCTCAAAGCTGCAGATGGGATTTCACATAGCTCTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCCACCCACCTCAAAGCTGCAGATGGGATTTCACATAGCTCTGTG  250

seq1  TGTGACGTGACACATCCCTGAGCCATCCTGCCCCACATCCTGGCTGTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACGTGACACATCCCTGAGCCATCCTGCCCCACATCCTGGCTGTTGT  300

seq1  GGCAACTCAGAGATGTCAGGCTCAACAGGAGAGTCTTGGTCACCATTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACTCAGAGATGTCAGGCTCAACAGGAGAGTCTTGGTCACCATTGCT  350

seq1  CTCAAGGTTACTGAACCTACCCAGTGTCCCTCCTTGCTCTATCCCTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGTTACTGAACCTACCCAGTGTCCCTCCTTGCTCTATCCCTGACA  400

seq1  TAAAGGTCCCTAAGGAACCACATGGCAGGACACATCTAAGCATACAGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGTCCCTAAGGAACCACATGGCAGGACACATCTAAGCATACAGGGA  450

seq1  ATGCTTGTTTCATAGGCTCCTTAAAAGAAAGGGCCAAGAGCCCGGGAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGTTTCATAGGCTCCTTAAAAGAAAGGGCCAAGAGCCCGGGAATG  500

seq1  TGTGTCGGGCCTACCTCTGCTGGTGCAGGACCTCTTCAAGTAGGCTCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCGGGCCTACCTCTGCTGGTGCAGGACCTCTTCAAGTAGGCTCCTG  550

seq1  CCCTCCCGATTGCTGGTCGTGCAGCCTTGCAGGCCGGAGCTTGGGGCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCGATTGCTGGTCGTGCAGCCTTGCAGGCCGGAGCTTGGGGCTGG  600

seq1  GGTGTGGAAGGTACTCATCCCTCCCCGGGGAGTTCGGACGGAGGACTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGGAAGGTACTCATCCCTCCCCGGGGAGTTCGGACGGAGGACTGGC  650

seq1  ACACCTGGCGAGCCAACCCTTTGATCTTGTTCAGTCCCAGGAACCCCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGGCGAGCCAACCCTTTGATCTTGTTCAGTCCCAGGAACCCCTTG  700

seq1  GTCCTCGCATTTTTCCTCAGCTGCTGCCGGAAGGCCTTCAGCCCTATGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCGCATTTTTCCTCAGCTGCTGCCGGAAGGCCTTCAGCCCTATGGA  750

seq1  GACAAGAGCAGGCAGGGGTTTAGCAGGCTCTTAGGTTATGGCCGACAGCT  800
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  GACAAGAGCA-GCAGGGGTTTAGCA-GCTCTTAGGTTATGGCCGACAGC-  797

seq1  TTCAGCCTGCTGGAGTTTCCAGGCCCTGAGGAGGAGGGACCGGGAAGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  TTCAGCCTGCTGGAGTTTCCAGGCCCTGAGGAGGA-GGACCGGGAA-AAT  845

seq1  AACTGGGCAGCTATGGCCAAGGTTCCCTACAGGGCTCGTTTGGCAGTTGC  900
       |||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||| |||| |||
seq2  TACTGGGCA-CTATGGCCAAGGTT-CCTACA--GCTCGTTT-GCAG-TGC  889

seq1  TAGCTCCTGAGTCCAACATCTACACCTCCTCCGTGATCAGTCATCTT  947
      ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  TAGTTCCTGA-TCCAACATCTACA-CTCCTCCGTGATCAGTC-TCTT  933

seq1: chr17_32079648_32080733
seq2: B6Ng01-015H10.g_68_1154 (reverse)

seq1  TACGAAA-TGGCGGCAAGCACCGGC-AAGCCCTCAGTCTGATCAGGGATC  48
      ||||||| ||||||||||| || || ||||||||||  |||||| |||||
seq2  TACGAAATTGGCGGCAAGCCCCAGCAAAGCCCTCAGATTGATCA-GGATC  49

seq1  CTGAACATGTGGAAACCCTGCAGCTCTGCCACAGAAAACAATAGTTCAAT  98
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  CTGAACATGTGG-AACCCTGCAGCTCTGCCACCGAAAACAATAGTTCAA-  97

seq1  TCAAAAATATCTCAAGGG-CCTCAACAGACCTGCTGCCAAGGCAGCCACA  147
      || ||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAATTTCTCAAGGGCCCTCAA-AGACTTGCTGCCAAGGCAGCCACA  146

seq1  GC-AATGGTCACTATAGGCAGCATGCAGCGCTGGGGAAGAAAAGACCACA  196
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGGTCACTATAGGCAGCATGCAGCGCTGGGGAAGAAAAGACCACA  196

seq1  GTGAGACCTGCATCACGGCTACTACCATGAATGGTCAATTGGTAAGAAAG  246
      ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCCTGCATCACGGCTACTACCATGAATGGTCAATTGGTAAGAAAG  246

seq1  AAACAGCAAAGAGTGTGTAGATGAAGACTCTTGCACTGCTGTTGGTGAG-  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAACAGCAAAGAGTGTGTAGATGAAGACTCTTGCACTGCTGTTGGTGAGA  296

seq1  AAGAGACTGTGTGCAGCTTCTGTGGTCAGCAGTTTGGCTCAGTGGATAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACTGTGTGCAGCTTCTGTGGTCAGCAGTTTGGCTCAGTGGATAAA  346

seq1  ACTTTGCCATGAGAGTGTGAGGACCAGAACCTGGATCCTTAGGATCCCTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGCCATGAGAGTGTGAGGACCAGAACCTGGATCCTTAGGATCCCTG  396

seq1  TAAAAGTCAGGTGGGTGTGACAGTTCCCCGTAATCCTTATTATCCAGCAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTCAGGTGGGTGTGACAGTTCCCCGTAATCCTTATTATCCAGCAG  446

seq1  GTAGAGACAGTGTCCCTAGGGCAAGCTGGCTGGCTGGATTGGCTGGAATC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGACAGTGTCCCTAGGGCAAGCTGGCTGGCTGGATTGGCTGGAATC  496

seq1  ATCAAACTCCAGGTCTGGTGAGAGATCCCACCTAAGTATATACCTCGGGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACTCCAGGTCTGGTGAGAGATCCCACCTAAGTATATACCTCGGGA  546

seq1  ACTAAGGAAGACATCCGACATCGATTTTAGGCCTCCAAACTTACACATAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGAAGACATCCGACATCGATTTTAGGCCTCCAAACTTACACATAG  596

seq1  GCACCTGAACATATGCATGTGCAACCACACACACACTTATTTATACAAGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGAACATATGCATGTGCAACCACACACACACTTATTTATACAAGC  646

seq1  AAAAAGACTTAAAACACAGTGTTACCGCATGATCTAGCAATTTCACTGCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGACTTAAAACACAGTGTTACCGCATGATCTAGCAATTTCACTGCT  696

seq1  AAGAATCAAAAGTGGGGACTCAAGCAGACCTTTGCACACTTGTGTTCTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCAAAAGTGGGGACTCAAGCAGACCTTTGCACACTTGTGTTCTTG  746

seq1  GCAGGCTTGTTCACTAGTAGCTAAAAGGTGGAATGAACCCAAATGTTCGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTTGTTCACTAGTAGCTAAAAGGTGGAATGAACCCAAATGTTCGA  796

seq1  CAACAAATGCAGAAATGCACTGTGGTCATGTGAACATGGCTGTACAGCCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAATGCAGAAATGCACTGTGGTCATGTGAACATGGCTGTACAGCCA  846

seq1  TTAAAACAAGGAAGCTCTGACACATACTCAACACACACAAACCCCAGCGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACAAGGAAGCTCTGACACATACTCAACACACACAAACCCCAGCGT  896

seq1  TACACAGAGGAAATACCCAGACCAAGTGGGCAAACGTTCCAGCTAAGTTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAGGAAATACCCAGACCAAGTGGGCAAACGTTCCAGCTAAGTTC  946

seq1  ACGGACACAAAAACAGTCCAGGCACACCAAAACCTAGGAGACAGAGCTTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGACACAAAAACAGTCCAGGCACACCAAAACCTAGGAGACAGAGCTTG  996

seq1  GGGAAGGGGATGTTATTTACTGGGCCTTAGTGTCTGAGATGAAGATGAAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGGGATGTTATTTACTGGGCCTTAGTGTCTGAGATGAAGATGAAG  1046

seq1  TCCTAGAAACAGAGAGTGGTGGTGGACATGCTGCTGAATTC  1086
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGAAACAGAGAGTGGTGGTGGACATGCTGCTGAATTC  1087