BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-015L03
Chromosome17 (Build37)
Map Location 20,679,186 - 20,824,972
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG627814, EG381065, EG224582, Fpr-rs3, EG433073, V1re2
Upstream geneEG627576, EG224572, EG627618, EG627636, LOC100042273, LOC210465, LOC670534, EG627664, V2r7, LOC100041856, EG545190, Fpr-rs7, Fpr-rs6, EG627743, EG224576, V2r6, EG637720, EG665525, EG627805, V1re5
Downstream geneV1re6, LOC100041976, V1re3, V1re1, V1re8, V1re7, V1re4, LOC627884, Ppp2r1a, V1rf5, Zfp160, LOC627912, LOC435509, EG627924, 4933430A09, EG665654, EG665662, LOC665666, EG665669, V1rf1, V1rf2, V1rf4, V1rf3, A830058L05Rik, Zfp54, Zfp51, Zfp53, LOC100042508, Zfp52, BC049807
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015L03.bB6Ng01-015L03.g
ACCDH849883DH849884
length6951,123
definitionDH849883|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015L03, 5' end.DH849884|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015L03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,679,186 - 20,679,876)(20,823,839 - 20,824,972)
sequence
gaattcttttacgttattgtgcccttgaaaatttttaaatttttttgatt
aacctaaaatatatgtaccctgattctatattacattatcaatataccaa
atatttatatattgcttaaaatgtgaattgattaccagaccttgaatttt
actccattaataataataaattagtatttcaacttaaaaatagtattata
tcattgcactagcttcaatcagcaatattttcaaattttcagtgtttagc
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catacatacatacataaagacacacatatactataagtatgcatatactt
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agatagatagatagatagatagatagatagatagatatgtatata
gaattcaaagtctctcttttgtgtcttattttttttattcctattggtag
ctgtataaatggggaaaagcatatttactagaatgaaaaggatccagcag
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caagcaggagttcctggggctaatggtgattgcttgaaagacactcaaga
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acacatgtataagaatcatatctattttcttcattgtgtgttcattgtaa
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ttctgttattcagcaattcttatttatttatgtagttttttacatcatgg
caacaataaaatatgagccattgcatatattgaagtttcttgattgggaa
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tagagtataagaagactctgtctaaaaataaatatgttatcaccattaat
agtttccagtgaaaaatttgacgtctataagtgctcatatttatgaactg
aaattcccttatattttaatgaaatgttagcaataagaataatggtgttc
catccagtgggaaacactgactagtgaattcaaatggaatgaatgctcac
ttctatagttcagagtagacagtcacactggaagaaaatagacattagtt
aacatttcagtacgaaagaaattaatattttactcctgtgatactgagcc
ataaaattgtacgtctataaaacagagtgaaaatgtactccttgaaaagt
catttattatagaagtagatgattgaacataagttcatgtaaaaattgga
acatgtgtccaataagagggctacagtatcaactaactagactctggact
cccagaaaccctagctacaacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_20679186_20679876
seq2: B6Ng01-015L03.b_45_739

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATATATTGCTTAAAATGTGAATTGATTACCAGACCTTGAATTTT  150

seq1  ACTCCATTAATAATAATAAATTAGTATTTCAACTTAAAAATAGTATTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATTAATAATAATAAATTAGTATTTCAACTTAAAAATAGTATTATA  200

seq1  TCATTGCACTAGCTTCAATCAGCAATATTTTCAAATTTTCAGTGTTTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGCACTAGCTTCAATCAGCAATATTTTCAAATTTTCAGTGTTTAGC  250

seq1  ATTTATTTCTACAGCAGAGTTAATAAACTGGATCCATGGCAGAATTGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTCTACAGCAGAGTTAATAAACTGGATCCATGGCAGAATTGGTA  300

seq1  TTATTGAGAGACAGGTTGTGATTATTCATATGCAGTATACATTGACCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAGAGACAGGTTGTGATTATTCATATGCAGTATACATTGACCAAT  350

seq1  TCAGTTTGTCACATGTATGAGATATGAATACATATATACATACATACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTGTCACATGTATGAGATATGAATACATATATACATACATACATA  400

seq1  CATACATACATACATAAAGACACACATATACTATAAGTATGCATATACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACATACATAAAGACACACATATACTATAAGTATGCATATACTT  450

seq1  ATAAACATGCAACACAAACACAGACACAGATACACACATATTTTTAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACATGCAACACAAACACAGACACAGATACACACATATTTTTAAAGA  500

seq1  TTTGGGAGCTAAAAATTTGAGGATAAAATGTACTATTATCGAAAGGTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAGCTAAAAATTTGAGGATAAAATGTACTATTATCGAAAGGTGGC  550

seq1  ATTTATGGAAATGAGAGACTGTGGAAATCTTCATAAAAATCAGAAAACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGGAAATGAGAGACTGTGGAAATCTTCATAAAAATCAGAAAACTC  600

seq1  AGAAGACTGTAAAGAAATTGTGATAA----AGATAGATAGATAGATAGAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACTGTAAAGAAATTGTGATAAAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  650

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATGTATATA  691
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATGTATATA  695

seq1: chr17_20823839_20824972
seq2: B6Ng01-015L03.g_66_1188 (reverse)

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      ||||| ||||||   |||||||| |||  |||| |||||| |||||||||
seq2  TTGTT-GTAGCTAGGGTTTCTGGGAGT--CCAG-AGTCTA-GTTAGTTGA  45

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      ||||||| ||| |||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  TACTGTA-GCCCTCTTATTGGACACATGTTCCAATTTTT-ACATGAACTT  93

seq1  ATTGTTCATTCATCTACTTCTTATAATAAATGACTTTTTCAAGGAGTACA  149
      | |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  A-TGTTCAATCATCTACTTC-TATAATAAATGAC-TTTTCAAGGAGTACA  140

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      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTTCACTCTGTTTTAT-AGACGTACAATTTTATGGC-TCAGTATCACAG  188

seq1  GAGTAAAATATTAATTTCTTTCGTACTGAAATGTTAACTAATGTCTATTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAAATATTAATTTCTTTCGTACTGAAATGTTAACTAATGTCTATTT  238

seq1  TCTTCCAGTGTGACTGTCTACTCTGAACTATAGAAGTGAGCATTCATTCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGTGTGACTGTCTACTCTGAACTATAGAAGTGAGCATTCATTCC  288

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAATTCACTAGTCAGTGTTTCCCACTGGATGGAACACCATTATTCT  338

seq1  TATTGCTAACATTTCATTAAAATATAAGGGAATTTCAGTTCATAAATATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AGCACTTATAGACGTCAAATTTTTCACTGGAAACTATTAATGGTGATAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTATAGACGTCAAATTTTTCACTGGAAACTATTAATGGTGATAAC  438

seq1  ATATTTATTTTTAGACAGAGTCTTCTTATACTCTACAAAATGGCTTTGTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GTTCAAAATAGTTCTTTTGTGATTCTTACACACAGTTCCCAATCAAGAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAAATAGTTCTTTTGTGATTCTTACACACAGTTCCCAATCAAGAAA  538

seq1  CTTCAATATATGCAATGGCTCATATTTTATTGTTGCCATGATGTAAAAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATATATGCAATGGCTCATATTTTATTGTTGCCATGATGTAAAAAA  588

seq1  CTACATAAATAAATAAGAATTGCTGAATAACAGAATGGACTTGAGGACCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAAATAAATAAGAATTGCTGAATAACAGAATGGACTTGAGGACCA  638

seq1  TGATAGTTGGAATAGTGCTCTCACTTCAGACGGCACTTGGTATTCTAGGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AACGTCTCTCTTCTTTTCTACTACCTAATCATTTATTACAATGAACACAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AATGAAGAAAATAGATATGATTCTTATACATGTGTTCACATCCAACTTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TAACTATTCTTTCCAAAGGACTCCCTGAAGTAGTGAAAGCTTTTGGGTGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AAGCAGTTATTCAGTGATGTTGGGTGCAAACTTACTAATTATTTTCAAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ACTAGCCAGGAGTATGTCCATCAGCACCACCTGTTTCTTGAGTGTCTTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCCAGGAGTATGTCCATCAGCACCACCTGTTTCTTGAGTGTCTTTC  938

seq1  AAGCAATCACCATTAGCCCCAGGAACTCCTGCTTGAAGGAATATAAAACC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATCACCATTAGCCCCAGGAACTCCTGCTTGAAGGAATATAAAACC  988

seq1  AAAACTACAAAGTTTATGGGCCTGTTCTTTTCTCTCTGCTGGATCCTTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTACAAAGTTTATGGGCCTGTTCTTTTCTCTCTGCTGGATCCTTTT  1038

seq1  CATTCTAGTAAATATGCTTTTCCCCATTTATACAGCTACCAATAGGAATA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTAGTAAATATGCTTTTCCCCATTTATACAGCTACCAATAGGAATA  1088

seq1  AAAAAAATAAGACACAAAAGAGAGACTTTGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATAAGACACAAAAGAGAGACTTTGAATTC  1123