BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016L05
Chromosome17 (Build37)
Map Location 44,015,157 - 44,163,070
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDscr1l1
Upstream geneTnfrsf21, LOC100043770, Gpr110, Gpr116, Mep1a, LOC100043332, Pla2g7, Tdrd6, Slc25a27, Cyp39a1
Downstream geneEnpp5, Enpp4, Clic5, Runx2, Supt3h, 4930564C03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016L05.bB6Ng01-016L05.g
ACCDH850591DH850592
length7611,087
definitionDH850591|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016L05, 5' end.DH850592|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016L05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,162,311 - 44,163,070)(44,015,157 - 44,016,259)
sequence
gaattctgtgcaccatgccccaaatagcgattttagtaaagcagggatgt
agcccctccttgagaagaaaggcctggggtatatccagtggatggtggtt
aattcagaaactcacaactgatcaacgtatagagaataaatgcctgtgga
gtgttcactcacaagggattattcacaccacctcttccaagattgggagt
cactgcgggaaaagggatggaaagaagtgggaaggatgaggtggggccgg
tgccttctgggcatgctctaagacctctgtcctcatgaactcacaggagc
tgtagctgcccgaacaagaccgtcaaagatcaaggccgaaatcttttagc
atacagagagaaggggatcatgaacacccaaccccagtagggaggctatg
aacgcgtggtggtttctgggaaagggtggatctatcttctttaagggtgt
gggccctggtagcttgactgtgttgcagaggatagtcttatatctatgag
aataagaataggacaaaattgaattctgaggattttttttttaaaggaca
caaaagtagacctgaaaaagattatggggagggatggtgtaaatatgata
aaaaaaaaaaaaacctttgtgtgaaattctcaaacaaataatagtagtat
tgtttttaaaaactggaactcaggtaattattaccccttaagacggaatg
agttatactttgtcatttaaaagggttctgccaaaggattaaagaaatga
actttatgaaa
gaattcaatggtttttggttagatccacccctcactacccccattctggg
tcttaacctcctatatctcccccactctcccatgtcctcttcatcttcat
ccctgtttgttcatgtgtctgtgtgtgcacatgtgtgtgcatgcatgtgt
atgtgtacgagctatttagcccaggttaggctgcctatgtacatacacac
gggtgctgggatacacaggacatttaacattagggtataggcaacttacc
taggcacgcacatccctgaagaaaactgactctcttccctacaaccatcc
actgcttatagcttctcaaccaggagcaggaccttgtgagcccttcccct
aaccttgctagagtattgactggtttgatcttatatagatcttatacaag
cagccagagctgctgagaattcatggcatccctgttacatccaaaagatg
ctgctttgccctcttggacctcttactgtcacaatcttttcactaaaatc
tcttttaattaaaggcatgcgccaccatgcccagggaaatctcttttgat
tgcttggctgtatacaacccacattcctcacaccatccagagagaacttt
acaacacataaccatgatggttttggagcttccaatcatattaagattaa
aatagaaagccctttctctgcccatgcctgccagtcctccagaacccctt
acacaccactcaccctcttgtctatgaatttttccctacatcaactcttg
ttgtttaaaccaactatactttctgcatgggatatttctcctcttaattt
ttatacacttcatgtgctgattttctttcatatcttgccacctgtagctc
attctcagagataggactctcttatgtcttcctcctccttctcccactct
tttcttcctcctcctcctattttctatttagtgatgacctgattcaaata
ctaatggcttatttattggctgtttggctaatcacatctattccccaaac
cccaaggagagaagcttttctaccagtggtgattacaataacaaacatga
ctgtaacatattatatgtattattgggagaagcataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_44162311_44163070
seq2: B6Ng01-016L05.b_45_805 (reverse)

seq1  TTTCATAAAGTTCATTTCTTTAATCCTTTGGCAGAACCCTTTT-AATGAC  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTCATAAAGTTCATTTCTTTAATCCTTTGGCAGAACCCTTTTAAATGAC  50

seq1  AAAGTATAACTCATTCCGTCTTAAGGGGTAATAATTACCTGAGTTCCAGT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATAACTCATTCCGTCTTAAGGGGTAATAATTACCTGAGTTCCAGT  100

seq1  TTTTAAAAACAATACTACTATTATTTGTTTGAGAATTTCACACAAAGGTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAACAATACTACTATTATTTGTTTGAGAATTTCACACAAAGGTT  150

seq1  TTTTTTTTTTTTATCATATTTACACCATCCCTCCCCATAATCTTTTTCAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTATCATATTTACACCATCCCTCCCCATAATCTTTTTCAG  200

seq1  GTCTACTTTTGTGTCCTTTAAAAAAAAAATCCTCAGAATTCAATTTTGTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACTTTTGTGTCCTTTAAAAAAAAAATCCTCAGAATTCAATTTTGTC  250

seq1  CTATTCTTATTCTCATAGATATAAGACTATCCTCTGCAACACAGTCAAGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTTATTCTCATAGATATAAGACTATCCTCTGCAACACAGTCAAGC  300

seq1  TACCAGGGCCCACACCCTTAAAGAAGATAGATCCACCCTTTCCCAGAAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGGGCCCACACCCTTAAAGAAGATAGATCCACCCTTTCCCAGAAAC  350

seq1  CACCACGCGTTCATAGCCTCCCTACTGGGGTTGGGTGTTCATGATCCCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACGCGTTCATAGCCTCCCTACTGGGGTTGGGTGTTCATGATCCCCT  400

seq1  TCTCTCTGTATGCTAAAAGATTTCGGCCTTGATCTTTGACGGTCTTGTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGTATGCTAAAAGATTTCGGCCTTGATCTTTGACGGTCTTGTTC  450

seq1  GGGCAGCTACAGCTCCTGTGAGTTCATGAGGACAGAGGTCTTAGAGCATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGCTACAGCTCCTGTGAGTTCATGAGGACAGAGGTCTTAGAGCATG  500

seq1  CCCAGAAGGCACCGGCCCCACCTCATCCTTCCCACTTCTTTCCATCCCTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAGGCACCGGCCCCACCTCATCCTTCCCACTTCTTTCCATCCCTT  550

seq1  TTCCCGCAGTGACTCCCAATCTTGGAAGAGGTGGTGTGAATAATCCCTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGCAGTGACTCCCAATCTTGGAAGAGGTGGTGTGAATAATCCCTTG  600

seq1  TGAGTGAACACTCCACAGGCATTTATTCTCTATACGTTGATCAGTTGTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAACACTCCACAGGCATTTATTCTCTATACGTTGATCAGTTGTGA  650

seq1  GTTTCTGAATTAACCACCATCCACTGGATATACCCCAGGCCTTTCTTCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGAATTAACCACCATCCACTGGATATACCCCAGGCCTTTCTTCTC  700

seq1  AAGGAGGGGCTACATCCCTGCTTTACTAAAATCGCTATTTGGGGCATGGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGGGCTACATCCCTGCTTTACTAAAATCGCTATTTGGGGCATGGT  750

seq1  GCACAGAATTC  760
      |||||||||||
seq2  GCACAGAATTC  761

seq1: chr17_44015157_44016259
seq2: B6Ng01-016L05.g_69_1155

seq1  GAATTCAATGGTTTTTGGTTAGATCCACCCCTCACTACCCCCATTCTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGTTTTTGGTTAGATCCACCCCTCACTACCCCCATTCTGGG  50

seq1  TCTTAACCTCCTATATCTCCCCCACTCTCCCATGTCCTCTTCATCTTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACCTCCTATATCTCCCCCACTCTCCCATGTCCTCTTCATCTTCAT  100

seq1  CCCTGTTTGTTCATGTGTCTGTGTGTGCACATGTGTGTGCATGCATGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTTGTTCATGTGTCTGTGTGTGCACATGTGTGTGCATGCATGTGT  150

seq1  ATGTGTACGAGCTATTTAGCCCAGGTTAGGCTGCCTATGTACATACACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTACGAGCTATTTAGCCCAGGTTAGGCTGCCTATGTACATACACAC  200

seq1  GGGTGCTGGGATACACAGGACATTTAACATTAGGGTATAGGCAACTTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTGGGATACACAGGACATTTAACATTAGGGTATAGGCAACTTACC  250

seq1  TAGGCACGCACATCCCTGAAGAAAACTGACTCTCTTCCCTACAACCATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCACGCACATCCCTGAAGAAAACTGACTCTCTTCCCTACAACCATCC  300

seq1  ACTGCTTATAGCTTCTCAACCAGGAGCAGGACCTTGTGAGCCCTTCCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTATAGCTTCTCAACCAGGAGCAGGACCTTGTGAGCCCTTCCCCT  350

seq1  AACCTTGCTAGAGTATTGACTGGTTTGATCTTATATAGATCTTATACAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTGCTAGAGTATTGACTGGTTTGATCTTATATAGATCTTATACAAG  400

seq1  CAGCCAGAGCTGCTGAGAATTCATGGCATCCCTGTTACATCCAAAAGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGAGCTGCTGAGAATTCATGGCATCCCTGTTACATCCAAAAGATG  450

seq1  CTGCTTTGCCCTCTTGGACCTCTTACTGTCACAATCTTTTCACTAAAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTGCCCTCTTGGACCTCTTACTGTCACAATCTTTTCACTAAAATC  500

seq1  TCTTTTAATTAAAGGCATGCGCCACCATGCCCAGGGAAATCTCTTTTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAATTAAAGGCATGCGCCACCATGCCCAGGGAAATCTCTTTTGAT  550

seq1  TGCTTGGCTGTATACAACCCACATTCCTCACACCATCCAGAGAGAACTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGCTGTATACAACCCACATTCCTCACACCATCCAGAGAGAACTTT  600

seq1  ACAACACATAACCATGATGGTTTTGGAGCTTCCAATCATATTAAGATTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACATAACCATGATGGTTTTGGAGCTTCCAATCATATTAAGATTAA  650

seq1  AATAGAAAGCCCTTTCTCTGCCCATGCCTGCCAGTCCTCCAGAACCCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAAGCCCTTTCTCTGCCCATGCCTGCCAGTCCTCCAGAACCCCTT  700

seq1  ACACACCACTCACCCTCTTGTCTATGAATTTTTCCCTACATCAACTCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCACTCACCCTCTTGTCTATGAATTTTTCCCTACATCAACTCTTG  750

seq1  TTGTTTAAACCAACTATACTTTCTGCATGGGATATTTCTCCTCTTAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAAACCAACTATACTTTCTGCATGGGATATTTCTCCTCTTAATTT  800

seq1  TTATACACTTCATGTGCTGATTTTCTTTCATATCTTGCCACCTGTAGCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACACTTCATGTGCTGATTTTCTTTCATATCTTGCCACCTGTAGCTC  850

seq1  ATTCTCAGAGATAGGACTCTCTTATGTCTTCCTCCTCCTTCTCCCACTCC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATTCTCAGAGATAGGACTCTCTTATGTCTTCCTCCTCCTTCTCCCACT-C  899

seq1  TTTTCTTCCTCCTCCTCCTATTTTCTATTTAGTGATGACCTGATTCAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTTCTTCCTCCTCCTCCTATTTTCTATTTAGTGATGACCTGATTC-AAA  948

seq1  TACTAATGGCTTATTTATTGGCTGGTTGGCTAATTCACATCTATTTCCCC  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||   ||
seq2  TACTAATGGCTTATTTATTGGCTGTTTGGCTAA-TCACATCTATT---CC  994

seq1  CAAAACCCCCAGGAGAGAAGCTTTTCTTACCAGTGGGTGATTAACAAATA  1050
      | ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||
seq2  CCAAACCCCAAGGAGAGAAGCTTTTC-TACCAGT-GGTGATTA--CAATA  1040

seq1  ACAAAAACAATGGAACTGTACCAATATATAATGTATTATTGGGAAGAGCA  1100
      |||||    |||  |||||| | ||||   ||||||||||||||  ||||
seq2  ACAAA---CATG--ACTGTAAC-ATATTATATGTATTATTGGGAGAAGCA  1084

seq1  TAA  1103
      |||
seq2  TAA  1087