BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019P10
Chromosome17 (Build37)
Map Location 30,490,766 - 30,634,997
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBtbd9, EG623169
Upstream geneFgd2, Pim1, 4933413N12Rik, Tbc1d22b, Rnf8, 1300018I05Rik, Mdga1, LOC100042885, LOC100042888, Zfand3
Downstream geneGlo1, LOC666942, 1700097N02Rik, Dnahc8, Glp1r, Umodl1, Abcg1, Tff3, Tff2, LOC100042904, Tff1, Tmprss3, Ubash3a, LOC100042906, Tsga2, EG667056, Slc37a1, Pde9a, Wdr4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019P10.bB6Ng01-019P10.g
ACCDH852896DH852897
length1,185781
definitionDH852896|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019P10, 5' end.DH852897|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019P10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,490,766 - 30,491,844)(30,634,221 - 30,634,997)
sequence
gaattctcaagagtaaaatcaaatgaccaagaagtgcttaaatggtcaac
atccttagttattaggaaatgcaaatcaaaattctgagatttcatcttac
aggggtcagaatggctaaaatcaacaacacaagtgacagctcatgctgag
taagggacactccccctccattgctggtgggactgcacacttgcacagcc
actatgcaaatcagtgtggtggttcctcagaaagacaggaaccaatctac
tcctagattcagctaaatcactcttgagcatatacccaaaagatgcttca
atctactacaaaggcactattcaacatggtcactgctgctctagctggaa
aagccaaaaattgcaaacaaatctgatgtccatcaatgaatgaaaaaaac
atggtgtatttacacaatggaatataactcagctgttaaaaaaatacatt
caagaagtttgcaggtaaatggatggaactagtccacacactgacagcaa
ggtcctactgttaagacgacacaactcactgcacatgaagatgtcaagct
ggtacctacccagagccctcatgcgcctatggactagtggtcacgcatgg
tacaggaaatgctttctttaaccttatttcttttttaatctgtccaatag
gataaaatgaaaagatgctgacatagcatggataaagaaaatctaaagca
aatagattgatgaatatagtaatatcctgctaaaacctttcagccaatta
ctgatttccataaatgaatcacagcctagaattcaggaatgtgaggacag
gcaatttcaaagcactaccggagactattaataaccaggtaacccaagct
gtgtccaggacttggctaaactgtaacgagttcaacgccaaagctcatgc
tgaatggctcttaacacttgatagtcaccgcgagtttaaaagcatagcta
acatctactgaacattattctataccagccttatgtttccttaccctctc
aactcacaggcagttcctatcaccattctctgttttagatgggcaaacca
tgaggtctaacttgtctcagctcagtcacaggcttgcgagtagaaagcta
cattgtatgctcagcaaacagcaatgttctcatcacagtacagcagtgcc
tatgtgagctcaaagtttgcctcctcttgaagcag
gaattctgtgagtttcaaagttagtgttatctcctgtctaagactaggaa
agcaaatctgtgccaaggaacatctttcgtcctttgaagtctcctttgtg
ttgcccattgtaaccgtggagttgcaaatcaacagtagagaaaagctgct
tgatatttttctaaaggaaagcactgagggactgtttgaggagtaggacg
tggggtttattttgtgtctgttgatcagcgcctaccatctgccttgcagt
taatgttgtagacgcgtgcatgcggctcctggttctgaacagatgacgcg
catggcttgttgagatggctgtgctttctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtatacctagggtgcttaaaatcacactggaagtgtgaagcacataa
tgaggctccactctgggctcatttgcatattcagctcccatacccaaaac
aaaggatcagtggctggcgctcatttctttctgccctcagatcagctcta
accagctgtcagcagatagtttgattaaacacttttctctgttagagaac
tttggggcacattctatgtgtaaacatagattgatttcaagggacaaatt
tttcagtgcgattcatggatgtatcatgccataagctgcaaaaacaaaaa
tatttttctgtaagtttccttttttaccattgattctctagggtgagagc
aagattccaattcatgattttttggctgaaatcaaagtggtagatgatgt
ataaccctagtttaaagaaaccaagtaattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_30490766_30491844
seq2: B6Ng01-019P10.b_155_1227

seq1  GGCTAAAATCAACAACACAAGTGACAGCTCATGCTGAGTAAGGGACACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAAATCAACAACACAAGTGACAGCTCATGCTGAGTAAGGGACACTC  50

seq1  CCCCTCCATTGCTGGTGGGACTGCACACTTGCACAGCCACTATGCAAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCATTGCTGGTGGGACTGCACACTTGCACAGCCACTATGCAAATC  100

seq1  AGTGTGGTGGTTCCTCAGAAAGACAGGAACCAATCTACTCCTAGATTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGTGGTTCCTCAGAAAGACAGGAACCAATCTACTCCTAGATTCAG  150

seq1  CTAAATCACTCTTGAGCATATACCCAAAAGATGCTTCAATCTACTACAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATCACTCTTGAGCATATACCCAAAAGATGCTTCAATCTACTACAAA  200

seq1  GGCACTATTCAACATGGTCACTGCTGCTCTAGCTGGAAAAGCCAAAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTATTCAACATGGTCACTGCTGCTCTAGCTGGAAAAGCCAAAAATT  250

seq1  GCAAACAAATCTGATGTCCATCAATGAATGAAAAAAACATGGTGTATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACAAATCTGATGTCCATCAATGAATGAAAAAAACATGGTGTATTTA  300

seq1  CACAATGGAATATAACTCAGCTGTTAAAAAAATACATTCAAGAAGTTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGGAATATAACTCAGCTGTTAAAAAAATACATTCAAGAAGTTTGC  350

seq1  AGGTAAATGGATGGAACTAGTCCACACACTGACAGCAAGGTCCTACTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAATGGATGGAACTAGTCCACACACTGACAGCAAGGTCCTACTGTT  400

seq1  AAGACGACACAACTCACTGCACATGAAGATGTCAAGCTGGTACCTACCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGACACAACTCACTGCACATGAAGATGTCAAGCTGGTACCTACCCA  450

seq1  GAGCCCTCATGCGCCTATGGACTAGTGGTCACGCATGGTACAGGAAATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTCATGCGCCTATGGACTAGTGGTCACGCATGGTACAGGAAATGC  500

seq1  TTTCTTTAACCTTATTTCTTTTTTAATCTGTCCAATAGGATAAAATGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTAACCTTATTTCTTTTTTAATCTGTCCAATAGGATAAAATGAAA  550

seq1  AGATGCTGACATAGCATGGATAAAGAAAATCTAAAGCAAATAGATTGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGACATAGCATGGATAAAGAAAATCTAAAGCAAATAGATTGATG  600

seq1  AATATAGTAATATCCTGCTAAAACCTTTCAGCCAATTACTGATTTCCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGTAATATCCTGCTAAAACCTTTCAGCCAATTACTGATTTCCATA  650

seq1  AATGAATCACAGCCTAGAATTCAGGAATGTGAGGACAGGCAATTTCAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATCACAGCCTAGAATTCAGGAATGTGAGGACAGGCAATTTCAAAG  700

seq1  CACTACCGGAGACTATTAATAACCAGGTAACCCAAGCTGTGTCCAGGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACCGGAGACTATTAATAACCAGGTAACCCAAGCTGTGTCCAGGACT  750

seq1  TGGCTAAACTGTAACGAGTTCAACGCCAAAGCTCATGCTGAATGGCTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAAACTGTAACGAGTTCAACGCCAAAGCTCATGCTGAATGGCTCTT  800

seq1  AAACACTTGATAGTCACCGCGAGTTTAAAAAGCATAGCTAACATCTACTG  850
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -AACACTTGATAGTCACCGCGAGTTT-AAAAGCATAGCTAACATCTACTG  848

seq1  AACATTATTCTATACCAGCCTTATGTTTCCTTACCCTCTCAACTCACAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTATTCTATACCAGCCTTATGTTTCCTTACCCTCTCAACTCACAGG  898

seq1  CAGTTCCTATCACCATTCTCTGTTTTAGATGGGCAAACCATGAGGTCTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCTATCACCATTCTCTGTTTTAGATGGGCAAACCATGAGGTCTAA  948

seq1  CTTGTCTCAGCTCAGTCACAGGCTTGCGAGTAGAAAGCTACATTGTATGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTCAGCTCAGTCACAGGCTTGCGAGTAGAAAGCTACATTGTATGC  998

seq1  TCAGCAGAACAGCAATTGTCTCATCACAGTAACAGCAAGTG-CTA-GTGA  1048
      |||||| |||||||||  |||||||||||| ||||| |||| ||| ||||
seq2  TCAGCA-AACAGCAATGTTCTCATCACAGT-ACAGC-AGTGCCTATGTGA  1045

seq1  GCTACAGTGTTTTGCCCTCCTCTTGAAGCAG  1079
      ||| ||  ||||   ||||||||||||||||
seq2  GCT-CAAAGTTT--GCCTCCTCTTGAAGCAG  1073

seq1: chr17_30634221_30634997
seq2: B6Ng01-019P10.g_69_849 (reverse)

seq1  AATTTACTTGGTTTCTTTAAACTAGGCTTATACATCATCTACCACCTTGA  50
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  AAATTACTTGGTTTCTTTAAACTAGGGTTATACATCATCTACCACTTTGA  50

seq1  TTTCAGCC-AAAAATCATGAATTGGAATCTTGCTCTCACCCTAGAGAATC  99
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCCAAAAAATCATGAATTGGAATCTTGCTCTCACCCTAGAGAATC  100

seq1  AATGGT-AAAAAGGAAACTTACAGAAAAATATTTTTG-TTTTGCAGCTTA  147
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AATGGTAAAAAAGGAAACTTACAGAAAAATATTTTTGTTTTTGCAGCTTA  150

seq1  TGGCATGATACATCCATGAATCGCACTG-AAAATTTGTCCCTTGAAATCA  196
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGATACATCCATGAATCGCACTGAAAAATTTGTCCCTTGAAATCA  200

seq1  ATCTATGTTTACACATAGAATGTGCCCCAAAGTTCTCTAACAGAGAAAAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATGTTTACACATAGAATGTGCCCCAAAGTTCTCTAACAGAGAAAAG  250

seq1  TGTTTAATCAAACTATCTGCTGACAGCTGGTTAGAGCTGATCTGAGGGCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAATCAAACTATCTGCTGACAGCTGGTTAGAGCTGATCTGAGGGCA  300

seq1  GAAAGAAATGAGCGCCAGCCACTGATCCTTTGTTTTGGGTATGGGAGCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAATGAGCGCCAGCCACTGATCCTTTGTTTTGGGTATGGGAGCTG  350

seq1  AATATGCAAATGAGCCCAGAGTGGAGCCTCATTATGTGCTTCACACTTCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCAAATGAGCCCAGAGTGGAGCCTCATTATGTGCTTCACACTTCC  400

seq1  AGTGTGATTTTAAGCACCCTAGGTATACACACACACACACACACACACAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGATTTTAAGCACCCTAGGTATACACACACACACACACACACACAC  450

seq1  ACAGAAAGCACAGCCATCTCAACAAGCCATGCGCGTCATCTGTTCAGAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAGCACAGCCATCTCAACAAGCCATGCGCGTCATCTGTTCAGAAC  500

seq1  CAGGAGCCGCATGCACGCGTCTACAACATTAACTGCAAGGCAGATGGTAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCCGCATGCACGCGTCTACAACATTAACTGCAAGGCAGATGGTAG  550

seq1  GCGCTGATCAACAGACACAAAATAAACCCCACGTCCTACTCCTCAAACAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGATCAACAGACACAAAATAAACCCCACGTCCTACTCCTCAAACAG  600

seq1  TCCCTCAGTGCTTTCCTTTAGAAAAATATCAAGCAGCTTTTCTCTACTGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCAGTGCTTTCCTTTAGAAAAATATCAAGCAGCTTTTCTCTACTGT  650

seq1  TGATTTGCAACTCCACGGTTACAATGGGCAACACAAAGGAGACTTCAAAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGCAACTCCACGGTTACAATGGGCAACACAAAGGAGACTTCAAAG  700

seq1  GACGAAAGATGTTCCTTGGCACAGATTTGCTTTCCTAGTCTTAGACAGGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGAAAGATGTTCCTTGGCACAGATTTGCTTTCCTAGTCTTAGACAGGA  750

seq1  GATAACACTAACTTTGAAACTCACAGAATTC  777
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACACTAACTTTGAAACTCACAGAATTC  781