BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-022I10
Chromosome17 (Build37)
Map Location 4,202,679 - 4,362,998
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC624144, Tiam2, LOC630810, Tfb1m, Cldn20, 1700102H20Rik, Nox3, 4930470H14Rik
Downstream genePpia-ps17_26.1, Arid1b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-022I10.bB6Ng01-022I10.g
ACCDH854711DH854712
length716895
definitionDH854711|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022I10, 5' end.DH854712|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022I10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,362,286 - 4,362,998)(4,202,679 - 4,203,578)
sequence
gaattctccaaaactagggacccttagagaggtgaaagatcccttgtatg
ccttgactccatattcaatggttcagaagaagaatatgaaaaattttaaa
gcattacatagcacagaatgtgggcagctgtctgccaccttcagcaagga
ccaagcaagaaggaacatgtttaattatccctaagaatcccagttagtct
gtcagtaacagatttttttttactatgaaaattactaacagcatattaaa
ttactaatgagagattatgtaacaaaggctcacaaacaaataatcatatg
ccaaccagcattctgggggacggggatgcagagatatccaagaataaatc
acatgagttcgtggtgattgttagctttggttcctgtgagcatatgcttg
tctcaattccttatcattggcatttagggttagatgacttgattgtgagg
catgtcctctaagcagcaccctgatctctaacttcctgtaacagtagcct
cttcaagcaactaaagctcttcaggcaactaaacatgtctttcatccttg
cctaatttcgcttctgggtgtgggtgtaattgcccaggactgagaaccac
cggtcaaatgaatggattaaataatactgagtcccaactttttgtttttg
tcttatcttcaagataggaatatggaatatatatatttatatttatattt
atatttatatatcatt

gaattcaagtgaataattaattaaggggcaagacatgatagatccacctt
gggttgtctccttttggtggctcttttcccctcacactgaggtactagca
tttcacacctctccatctgagacctgatcccattctccatttcttctggc
ttcatccaatgaacccatttcctgatggctcacattgggatctcacatcc
ctaagcaaaatgcttagtgcttcattcctcagtggacataatctctaaga
caaagggcagctttagcaacttatgtgtacccacatcactaatgagtata
tgttagctgttcaaagtctcacaactgctgtgagacacacaccagagaag
agtgcttgggcgatagaaaatctttattagctaaaagcagtcccgagcca
ttctcagggtggggttttaagcataaaaagcacaccctgggttgaaacac
ttcccttagcaggaacagtcagacagaagcagaattactgaaaccaaaaa
gcttaatacatttagggactttcacagcactgtggcgtttgatggattag
gtctttgttttggtgggtggggctgccgatgtgctgggccccgaggcccg
aatggaacttcatcatggtggcagttgtgttaggacctgggggcttacta
aagtctgggcgccagtaacacagatttaaatttttgtttatttctatatg
tataatgtctatgtctccttgtttacaagtgtaccatgtgtgtgcaatgc
ccacagaggccagaaaaaaaaaacaacaacaacattggatcctgtccact
ggagttataggcatttgtgagccactcatgggtgctggaaagtgaccctg
tgctctcgtaagattagcaagtgctcttaaccatgaactatcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_4362286_4362998
seq2: B6Ng01-022I10.b_32_747 (reverse)

seq1  AATGATATATAAATATAAATATAAATATAAATATATATATTCCATATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATATATAAATATAAATATAAATATAAATATATATATTCCATATTCC  50

seq1  TATCTTGAAGATAAGAC-AAAACAAAAAGTTGGGACTCAGTATTA-TTAA  98
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TATCTTGAAGATAAGACAAAAACAAAAAGTTGGGACTCAGTATTATTTAA  100

seq1  TCCATTCA-TTGACCGGTGGTTCTCAGTCCTGGGCAATTACACCCACACC  147
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCATTTGACCGGTGGTTCTCAGTCCTGGGCAATTACACCCACACC  150

seq1  CAGAAGCGAAATTAGGCAAGGATGAAAGACATGTTTAGTTGCCTGAAGAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCGAAATTAGGCAAGGATGAAAGACATGTTTAGTTGCCTGAAGAG  200

seq1  CTTTAGTTGCTTGAAGAGGCTACTGTTACAGGAAGTTAGAGATCAGGGTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTTGCTTGAAGAGGCTACTGTTACAGGAAGTTAGAGATCAGGGTG  250

seq1  CTGCTTAGAGGACATGCCTCACAATCAAGTCATCTAACCCTAAATGCCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTAGAGGACATGCCTCACAATCAAGTCATCTAACCCTAAATGCCAA  300

seq1  TGATAAGGAATTGAGACAAGCATATGCTCACAGGAACCAAAGCTAACAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAGGAATTGAGACAAGCATATGCTCACAGGAACCAAAGCTAACAAT  350

seq1  CACCACGAACTCATGTGATTTATTCTTGGATATCTCTGCATCCCCGTCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACGAACTCATGTGATTTATTCTTGGATATCTCTGCATCCCCGTCCC  400

seq1  CCAGAATGCTGGTTGGCATATGATTATTTGTTTGTGAGCCTTTGTTACAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATGCTGGTTGGCATATGATTATTTGTTTGTGAGCCTTTGTTACAT  450

seq1  AATCTCTCATTAGTAATTTAATATGCTGTTAGTAATTTTCATAGTAAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTCATTAGTAATTTAATATGCTGTTAGTAATTTTCATAGTAAAAA  500

seq1  AAAATCTGTTACTGACAGACTAACTGGGATTCTTAGGGATAATTAAACAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTGTTACTGACAGACTAACTGGGATTCTTAGGGATAATTAAACAT  550

seq1  GTTCCTTCTTGCTTGGTCCTTGCTGAAGGTGGCAGACAGCTGCCCACATT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTCTTGCTTGGTCCTTGCTGAAGGTGGCAGACAGCTGCCCACATT  600

seq1  CTGTGCTATGTAATGCTTTAAAATTTTTCATATTCTTCTTCTGAACCATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTATGTAATGCTTTAAAATTTTTCATATTCTTCTTCTGAACCATT  650

seq1  GAATATGGAGTCAAGGCATACAAGGGATCTTTCACCTCTCTAAGGGTCCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGGAGTCAAGGCATACAAGGGATCTTTCACCTCTCTAAGGGTCCC  700

seq1  TAGTTTTGGAGAATTC  713
      ||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTGGAGAATTC  716


seq1: chr17_4202679_4203578
seq2: B6Ng01-022I10.g_71_965

seq1  GAATTCAAGTGAATAATTAATTAAGGGGCAAGACATGATAGATCCACCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTGAATAATTAATTAAGGGGCAAGACATGATAGATCCACCTT  50

seq1  GGGTTGTCTCCTTTTGGTGGCTCTTTTCCCCTCACACTGAGGTACTAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGTCTCCTTTTGGTGGCTCTTTTCCCCTCACACTGAGGTACTAGCA  100

seq1  TTTCACACCTCTCCATCTGAGACCTGATCCCATTCTCCATTTCTTCTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACACCTCTCCATCTGAGACCTGATCCCATTCTCCATTTCTTCTGGC  150

seq1  TTCATCCAATGAACCCATTTCCTGATGGCTCACATTGGGATCTCACATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCAATGAACCCATTTCCTGATGGCTCACATTGGGATCTCACATCC  200

seq1  CTAAGCAAAATGCTTAGTGCTTCATTCCTCAGTGGACATAATCTCTAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCAAAATGCTTAGTGCTTCATTCCTCAGTGGACATAATCTCTAAGA  250

seq1  CAAAGGGCAGCTTTAGCAACTTATGTGTACCCACATCACTAATGAGTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGCAGCTTTAGCAACTTATGTGTACCCACATCACTAATGAGTATA  300

seq1  TGTTAGCTGTTCAAAGTCTCACAACTGCTGTGAGACACACACCAGAGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGCTGTTCAAAGTCTCACAACTGCTGTGAGACACACACCAGAGAAG  350

seq1  AGTGCTTGGGCGATAGAAAATCTTTATTAGCTAAAAGCAGTCCCGAGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTGGGCGATAGAAAATCTTTATTAGCTAAAAGCAGTCCCGAGCCA  400

seq1  TTCTCAGGGTGGGGTTTTAAGCATAAAAAGCACACCCTGGGTTGAAACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGGGTGGGGTTTTAAGCATAAAAAGCACACCCTGGGTTGAAACAC  450

seq1  TTCCCTTAGCAGGAACAGTCAGACAGAAGCAGAATTACTGAAACCAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTAGCAGGAACAGTCAGACAGAAGCAGAATTACTGAAACCAAAAA  500

seq1  GCTTAATACATTTAGGGACTTTCACAGCACTGTGGCGTTTGATGGATTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATACATTTAGGGACTTTCACAGCACTGTGGCGTTTGATGGATTAG  550

seq1  GTCTTTGTTTTGGTGGGTGGGGCTGCCGATGTGCTGGGCCCCGAGGCCCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGTTTTGGTGGGTGGGGCTGCCGATGTGCTGGGCCCCGAGGCCCG  600

seq1  AATGGAACTTCATCATGGTGGCAGTTGTGTTAGGACCTGGGGGCTTACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAACTTCATCATGGTGGCAGTTGTGTTAGGACCTGGGGGCTTACTA  650

seq1  AAGTCTGGGCGCCAGTAACACAGATTTAAATTTTTGTTTATTTCTTATAT  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAGTCTGGGCGCCAGTAACACAGATTTAAATTTTTGTTTATTTC-TATAT  699

seq1  GTATAATGTCTATGTCTCCTTGTTTACAAGTGTACCATGTGTGTGCAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATGTCTATGTCTCCTTGTTTACAAGTGTACCATGTGTGTGCAATG  749

seq1  CCCACAGAGGCCAGAAAAAAAAAACAACAACAACATTGGATCCCTGTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  CCCACAGAGGCCAGAAAAAAAAAACAACAACAACATTGGAT-CCTGTCCA  798

seq1  CTGGAGTTATAGGCATTTGTGAGCCACTATATGGGTGCTGGAAAGTGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| 
seq2  CTGGAGTTATAGGCATTTGTGAGCCACT-CATGGGTGCTGGAAAGTGACC  847

seq1  CTGTGCTCTTCGAAAGATCAGCAAGTGCTCTTAACCACTGAGCTATCTTT  900
      |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  CTGTGCTC-TCGTAAGATTAGCAAGTGCTCTTAACCA-TGAACTATCTTT  895


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |