BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031O01
Chromosome17 (Build37)17 (Build37)
Map Location 53,100,966 - 53,102,05252,989,277 - 52,990,254
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneKcnh8
Upstream geneLOC672987, EG328839
Downstream geneLOC668506, EG629036, LOC668512, Efhb, LOC668513, Rab5a, 4921523A10Rik, Pcaf, EG628822, Sgol1, EG629065, 4932415M13Rik, Ck-ps1, EG637939, Sult1c2, LOC100043826, LOC100043471, EG668523, LOC629121, Gm324, Sult1c1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031O01.bB6Ng01-031O01.g
ACCDH861370DH861371
length1,076975
definitionDH861370|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031O01, 5' end.DH861371|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031O01, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,100,966 - 53,102,052)(52,989,277 - 52,990,254)
sequence
gaattccatcctcagaactgtaaaaaaatcctaaacctttaaggtgaaaa
acatgacggagactttgagatgtgtatttgctgcgcaatgacaatttcag
tgaattaatttgtgaaccatgtcatgtacttaccacttttcatggataac
aaatggaaaatccacttccttagcaatctgtcagtacataacacatgatc
agctagaatctaatggtgcatctcctgtgctcgcttacctcgtcacactg
aaatcccgtgccttttgcctaccaccccaaccctcacagtccctgggagc
cccagttctgctctctgtttctagaagttcatttctaattctcccagaat
tacatcctttagttaactcctcacatactgatctgtcagcaagaggtcaa
agttctgtgtaacccactttcttgtctcctatcctgttggtgagatggca
cagagctgggttaggaagcacatggctcctgacagcttttttgctgtgat
gtcagcaggcatggccttgagggaagaacttagaagtggaacaggattca
agtctaattgtattcaatcacacaattttgcttagctgaaataattttcc
aaagaggtttctttacaagttatctgatgtcctcagttattacaattaaa
aaaagagaatgtttggtttttcccttttccaaaatcaatgtttaaaaaat
tacttatctgttgatacttgaaattggccaactggttgcttatgataaat
attaggaaaatccataagtctgagtgcattaacagtatgattcactatat
tatttccacagaaattgcagtctttaacaaatgtgtatatgttgggatta
acttggagactggcataccgctgggcacacaaatgttcagtcagtgaaga
tggggagagctcacaaggcctgcatctccctgagatatacataaagacta
acagttgctgggaagaaggagatttcttcagtggtttagcagttcttaag
ttgccccacttcagttagtaacctctggctgtgctcacttatgtcctgaa
agtaatcttgagcatgctctgcatgc
gaattccagtctagtatgagactggagaatagtagagaatggttctgtgg
gttgaaggagtcataaagggttggaaatgacatagaatggaaggtggaaa
agggcagcagggaagaactatgggggaaatcttgggtcttcaaagacaag
agtcctaaaaggataaacatggtctagggtgacctcttctcttaatctac
ttggtttccagccttttcattcgtcagactttctgacaaccccatgaaaa
caattgcttactttcaactgtttttttccctctctattatcatgaattat
tactggcttttcatcagttaatttgagttgttagaaagcttctatgtata
acactctttctatttatgattagtaaataaaatcttcacttaccattcca
gtaaggaagaatgccttcaaacttcataagccacatgcacacacagagac
aaacatgcacattcatataaataaaattggaaacacttaaaatttttatc
actttcagacccctaaactttaatgatagaactaaaacctagaacattca
acttatcatcctgaggataaaagattcttgaaaagctaagatttgtaatt
cagattaattattattactctccagtgatggcattgttacctcaagtgga
ttaaaatgtgtggtgtatattttattaaaattcttatattatttctcctg
tcatgccttctatgaattttgattttccttaatagctttatatttttgat
actgcattgaatttgtctattgctattgtaatttttattaattaactttg
ttctagacatttcacgtatacatattgtaagccctcaggtgagctagtag
ccagattcaccccttaggacattccaatacctggtttcctcccataaaac
actctatccccctaacagccagatgcagtctccatcctacagagtcaaaa
ttccctagttctggacttgaaatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_53100966_53102052
seq2: B6Ng01-031O01.b_42_1117

seq1  GAATTCCATCCTCAGAACTGTAAAAAAATCCTAAACCTTTAAGGTGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCTCAGAACTGTAAAAAAATCCTAAACCTTTAAGGTGAAAA  50

seq1  ACATGACGGAGACTTTGAGATGTGTATTTGCTGCGCAATGACAATTTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACGGAGACTTTGAGATGTGTATTTGCTGCGCAATGACAATTTCAG  100

seq1  TGAATTAATTTGTGAACCATGTCATGTACTTACCACTTTTCATGGATAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTAATTTGTGAACCATGTCATGTACTTACCACTTTTCATGGATAAC  150

seq1  AAATGGAAAATCCACTTCCTTAGCAATCTGTCAGTACATAACACATGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAAAATCCACTTCCTTAGCAATCTGTCAGTACATAACACATGATC  200

seq1  AGCTAGAATCTAATGGTGCATCTCCTGTGCTCGCTTACCTCGTCACACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGAATCTAATGGTGCATCTCCTGTGCTCGCTTACCTCGTCACACTG  250

seq1  AAATCCCGTGCCTTTTGCCTACCACCCCAACCCTCACAGTCCCTGGGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCGTGCCTTTTGCCTACCACCCCAACCCTCACAGTCCCTGGGAGC  300

seq1  CCCAGTTCTGCTCTCTGTTTCTAGAAGTTCATTTCTAATTCTCCCAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTTCTGCTCTCTGTTTCTAGAAGTTCATTTCTAATTCTCCCAGAAT  350

seq1  TACATCCTTTAGTTAACTCCTCACATACTGATCTGTCAGCAAGAGGTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCTTTAGTTAACTCCTCACATACTGATCTGTCAGCAAGAGGTCAA  400

seq1  AGTTCTGTGTAACCCACTTTCTTGTCTCCTATCCTGTTGGTGAGATGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGTGTAACCCACTTTCTTGTCTCCTATCCTGTTGGTGAGATGGCA  450

seq1  CAGAGCTGGGTTAGGAAGCACATGGCTCCTGACAGCTTTTTTGCTGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGGGTTAGGAAGCACATGGCTCCTGACAGCTTTTTTGCTGTGAT  500

seq1  GTCAGCAGGCATGGCCTTGAGGGAAGAACTTAGAAGTGGAACAGGATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAGGCATGGCCTTGAGGGAAGAACTTAGAAGTGGAACAGGATTCA  550

seq1  AGTCTAATTGTATTCAATCACACAATTTTGCTTAGCTGAAATAATTTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAATTGTATTCAATCACACAATTTTGCTTAGCTGAAATAATTTTCC  600

seq1  AAAGAGGTTTCTTTACAAGTTATCTGATGTCCTCAGTTATTACAATTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGTTTCTTTACAAGTTATCTGATGTCCTCAGTTATTACAATTAAA  650

seq1  AAAAGAGAATGTTTGGTTTTTCCCTTTTCCAAAATCAATGTTTAAAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGAATGTTTGGTTTTTCCCTTTTCCAAAATCAATGTTTAAAAAAT  700

seq1  TACTTATCTGTTGATACTTGAAATTGGCCAACTGGTTGCTTATGATAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATCTGTTGATACTTGAAATTGGCCAACTGGTTGCTTATGATAAAT  750

seq1  ATTAGGAAAATCCATAAGTCTGAGTGCATTAACAGTATGATTCACTATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAAAATCCATAAGTCTGAGTGCATTAACAGTATGATTCACTATAT  800

seq1  TATTTCCACAGAAATTGCAGTCTTTAACAAATGTGTATATGTTGGGATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCACAGAAATTGCAGTCTTTAACAAATGTGTATATGTTGGGATTA  850

seq1  ACTTGGAGACTGGCATACCGCTGGGCACACAAATGTTCAGTCAGTGAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGAGACTGGCATACCGCTGGGCACACAAATGTTCAGTCAGTGAAGA  900

seq1  TGGGGAGAGCTCACAAGGGCCTGCATCTCCCTGAGGATATACATAAAGGA  950
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  TGGGGAGAGCTCACAA-GGCCTGCATCTCCCTGA-GATATACATAAA-GA  947

seq1  CTAACAGTTGCTGGG-AGAAAGAGAATTTTCTTCAGTGGTATAGCAGTTC  999
      ||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||| |||||||||
seq2  CTAACAGTTGCTGGGAAGAAGGAGA--TTTCTTCAGTGGTTTAGCAGTTC  995

seq1  TTTAAGTTGCCCACACTCCAGTAAGTAACCTCTGGGCTGTGCTCACCTAT  1049
       ||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||||||||||| |||
seq2  -TTAAGTTGCCC-CACTTCAGTTAGTAACCTCT-GGCTGTGCTCACTTAT  1042

seq1  GTTCCTGAAAGTAAATTCTTGAGCATGCTCATGCATGC  1087
      | ||||||||||||  |||||||||||||| |||||||
seq2  G-TCCTGAAAGTAA--TCTTGAGCATGCTC-TGCATGC  1076

seq1: chr17_52989277_52990254
seq2: B6Ng01-031O01.g_66_1040

seq1  GAATTCCAGTCTAGTATGAGACTGGAGAATAGTAGAGAATGGTTCTGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCTAGTATGAGACTGGAGAATAGTAGAGAATGGTTCTGTGG  50

seq1  GTTGAAGGAGTCATAAAGGGTTGGAAATGACATAGAATGGAAGGTGGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGGAGTCATAAAGGGTTGGAAATGACATAGAATGGAAGGTGGAAA  100

seq1  AGGGCAGCAGGGAAGAACTATGGGGGAAATCTTGGGTCTTCAAAGACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGCAGGGAAGAACTATGGGGGAAATCTTGGGTCTTCAAAGACAAG  150

seq1  AGTCCTAAAAGGATAAACATGGTCTAGGGTGACCTCTTCTCTTAATCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAAAAGGATAAACATGGTCTAGGGTGACCTCTTCTCTTAATCTAC  200

seq1  TTGGTTTCCAGCCTTTTCATTCGTCAGACTTTCTGACAACCCCATGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTCCAGCCTTTTCATTCGTCAGACTTTCTGACAACCCCATGAAAA  250

seq1  CAATTGCTTACTTTCAACTGTTTTTTTCCCTCTCTATTATCATGAATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGCTTACTTTCAACTGTTTTTTTCCCTCTCTATTATCATGAATTAT  300

seq1  TACTGGCTTTTCATCAGTTAATTTGAGTTGTTAGAAAGCTTCTATGTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGCTTTTCATCAGTTAATTTGAGTTGTTAGAAAGCTTCTATGTATA  350

seq1  ACACTCTTTCTATTTATGATTAGTAAATAAAATCTTCACTTACCATTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTTTCTATTTATGATTAGTAAATAAAATCTTCACTTACCATTCCA  400

seq1  GTAAGGAAGAATGCCTTCAAACTTCATAAGCCACATGCACACACAGAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGAAGAATGCCTTCAAACTTCATAAGCCACATGCACACACAGAGAC  450

seq1  AAACATGCACATTCATATAAATAAAATTGGAAACACTTAAAATTTTTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGCACATTCATATAAATAAAATTGGAAACACTTAAAATTTTTATC  500

seq1  ACTTTCAGACCCCTAAACTTTAATGATAGAACTAAAACCTAGAACATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAGACCCCTAAACTTTAATGATAGAACTAAAACCTAGAACATTCA  550

seq1  ACTTATCATCCTGAGGATAAAAGATTCTTGAAAAGCTAAGATTTGTAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCATCCTGAGGATAAAAGATTCTTGAAAAGCTAAGATTTGTAATT  600

seq1  CAGATTAATTATTATTACTCTCCAGTGATGGCATTGTTACCTCAAGTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAATTATTATTACTCTCCAGTGATGGCATTGTTACCTCAAGTGGA  650

seq1  TTAAAATGTGTGGTGTATATTTTATTAAAATTCTTATATTATTTCTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGTGTGGTGTATATTTTATTAAAATTCTTATATTATTTCTCCTG  700

seq1  TCATGCCTTCTATGAATTTTGATTTTCCTTAATAGCTTTATATTTTTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCTTCTATGAATTTTGATTTTCCTTAATAGCTTTATATTTTTGAT  750

seq1  ACTGCATTGAATTTGTCTATTGCTATTGTAATTTTTATTAATTAACTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATTGAATTTGTCTATTGCTATTGTAATTTTTATTAATTAACTTTG  800

seq1  TTCTTAGACATTTCACGTATACATATTGTAAGCCCTCAAGGTGAGCTAGT  850
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTC-TAGACATTTCACGTATACATATTGTAAGCCCTC-AGGTGAGCTAGT  848

seq1  AGCCAGATTCCACCCCTAAGGACATCCAAATACCAGG-TTCCACCCATAA  899
      ||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| || |||| |||||||
seq2  AGCCAGATT-CACCCCTTAGGACATTCCAATACCTGGTTTCCTCCCATAA  897

seq1  AACACTCTATCCCCCCTAACAGCCAGATGCAGTCTCCACCCTACAGAGTA  949
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  AACACTCTAT-CCCCCTAACAGCCAGATGCAGTCTCCATCCTACAGAGTC  946

seq1  CAAAATCCCAAGTTCTGGACTTGAAATCC  978
       ||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCCCTAGTTCTGGACTTGAAATCC  975