BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-036C14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 72,935,537 - 73,110,194
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAlk
Upstream geneSpdya, LOC623451, Wdr43, 4632412N22Rik, BC027072, Clip4
Downstream geneYpel5, Lbh, Lycat, LOC668709, Capn13, LOC100043666, Galnt14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-036C14.bB6Ng01-036C14.g
ACCDH864427DH864428
length1,0581,039
definitionDH864427|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-036C14, 5' end.DH864428|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-036C14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,109,122 - 73,110,194)(72,935,537 - 72,936,604)
sequence
gaattccagtccactgggattcatataggatactgatatttgtgaaatga
agtactttagaaaaacatcacataggaacatttaaaaaggtgtgtgcggt
ttatgtgtatgataaaaagtgagaacattgtagaggatgtggggcttaaa
acatttgtatgcatgctccttgtgacttagttagatgcaaatgtatactc
aactttctcactctccagttgaataataatgcattataatgactcctgaa
cataagcctaggagaaggaagaagagagctccagagggaagccagaggct
aaaaggaagggcagagcctagagttgctcactgtagactcatgcctcact
cttggaataattggaaagggagacaagttcatgagtaggatggtctgctc
tgggggtgagtggacactgagaggtcaagcacaaagcttggaggctggga
ggcctttagttctgagaggtccagagaggataataaggcaagtcccattg
tcattacatgatctcacctcctgctaccataatccaatggatgtcttcgg
gtgaccctagtccctcccctccaggagccaaatcctatgtagtagatgga
gagtgtaggcaaccatcgtcaggatagtggaagtttatacagtaaggcag
tatttctttccatatccagtgttgttatgagagtcagacagctcacaaag
tatagtatacaatagcagttaagatgctagtatggtaaaagtctaggaca
ttaggatatatttcagctctgttgatttactttttacttcaaacctgatg
cttaaagaaaatcactatacgttagaaacaaggtgaagcctacaggtata
ggaagctcttaagccccgtatcgagagatgccattacatatttatacgtg
gtgctccactttaactagtctgtagctttgcttgtccgccctgtttccct
cctccaagcaaagtgatgagaccaactctgacttagagctttcctgctgc
aaattagaggggaaacaaacatgattgcaatgctgtcaaggaagatgtct
cttctaaa
gaattcacttatttgataagacacaaaccaagactcgggacacttaggcg
actttcccaggttcaaacaggacagcctggcacatcctccaagaaaagcc
tgattccaaaattcctagtacagagcctctctccttccgctgctgccagt
cagaggacatagcctctgacatcacaattaattattgaggtatgaagcat
tttctgctatgaaggtgaaggactatcttaagaactaagaaatgctcttc
acaatttcagcacttttgatgttaatgaggcatgacctgctgtttccgtg
cggaatcctgaagtgacaacgtaacaggtgatcttctaacaacttttaac
tgagtctcttgtttcttttcaatgagataaactctaattgcagagatgat
tagatcctggtagattataaggaaaaggagccacaaaacaaagaaactct
tctattaacaacagttaggagacagaagacacacaataacatgtccagtg
ctttaagaaattccccacagtggactccggagctgggtacccagcccaga
actaactacagattcttttcaaacacaaagtaaccctgtcccctttcaga
attacatggattaagtcacagttacaattcctttaaaaaaaaaaagtcaa
gctcagactcaaactgctgcttttaatgcctattgaacagcaggctgaat
agagcactactcgaggctcaagcatcagagctctgtcagggtgtacgcgc
agtcaaagcaaggtactctccctctgttttagcaacagaccgtcattagt
aaatgaggatagcgatacaataagcacacacttaaagtactttgtactga
tcaagagagacataatgattttgagtctatctctgggagtcttcgtacca
cgttactcgaaattgaaatgaaacacattttggggctgcaaaccctttct
gatgttatcactgtctcatactacgggatcatcacacttctgttctgtct
gacgctcacgtttctcattacatttctgttcttgcgagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_73109122_73110194
seq2: B6Ng01-036C14.b_47_1104 (reverse)

seq1  TTTAGAAAGAGACATC-TCCTTGACAGCATTTGCAAATCATGTTTTGTTT  49
      ||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||   ||
seq2  TTTAG-AAGAGACATCTTCCTTGACAGCA-TTGC-AATCATGTTT--GTT  45

seq1  TCCCCTCTATAATTTGCAGCACGGAAAGCCTTCCTTATGTCAGAGTTGGT  99
      |||||||  |||||||||||| |||||||  ||  || ||||||||||||
seq2  TCCCCTC--TAATTTGCAGCA-GGAAAGC--TC--TAAGTCAGAGTTGGT  88

seq1  CTCATCACTTTGCTTGGAGGAGGGAAACAGGGCGGACAAGCAAAGCTACA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCACTTTGCTTGGAGGAGGGAAACAGGGCGGACAAGCAAAGCTACA  138

seq1  GACCTAAGTTAAAGTGGAGCACCACGTATAAATATTGTAATGGCATCTTC  199
      |||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  GAC--TAGTTAAAGTGGAGCACCACGTATAAATA-TGTAATGGCATC-TC  184

seq1  TCGATACGGGGCTTAAGAGCTTCCTATACCTGTAGGCTTCACCTTGTTTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATACGGGGCTTAAGAGCTTCCTATACCTGTAGGCTTCACCTTGTTTC  234

seq1  TAACGTATAGTGATTTTCTTTAAGCATCAGGTTTGAAGTAAAAAGTAAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGTATAGTGATTTTCTTTAAGCATCAGGTTTGAAGTAAAAAGTAAAT  284

seq1  CAACAGAGCTGAAATATATCCTAATGTCCTAGACTTTTACCATACTAGCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGAGCTGAAATATATCCTAATGTCCTAGACTTTTACCATACTAGCA  334

seq1  TCTTAACTGCTATTGTATACTATACTTTGTGAGCTGTCTGACTCTCATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACTGCTATTGTATACTATACTTTGTGAGCTGTCTGACTCTCATAA  384

seq1  CAACACTGGATATGGAAAGAAATACTGCCTTACTGTATAAACTTCCACTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTGGATATGGAAAGAAATACTGCCTTACTGTATAAACTTCCACTA  434

seq1  TCCTGACGATGGTTGCCTACACTCTCCATCTACTACATAGGATTTGGCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACGATGGTTGCCTACACTCTCCATCTACTACATAGGATTTGGCTC  484

seq1  CTGGAGGGGAGGGACTAGGGTCACCCGAAGACATCCATTGGATTATGGTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGGGAGGGACTAGGGTCACCCGAAGACATCCATTGGATTATGGTA  534

seq1  GCAGGAGGTGAGATCATGTAATGACAATGGGACTTGCCTTATTATCCTCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGGTGAGATCATGTAATGACAATGGGACTTGCCTTATTATCCTCT  584

seq1  CTGGACCTCTCAGAACTAAAGGCCTCCCAGCCTCCAAGCTTTGTGCTTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACCTCTCAGAACTAAAGGCCTCCCAGCCTCCAAGCTTTGTGCTTGA  634

seq1  CCTCTCAGTGTCCACTCACCCCCAGAGCAGACCATCCTACTCATGAACTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCAGTGTCCACTCACCCCCAGAGCAGACCATCCTACTCATGAACTT  684

seq1  GTCTCCCTTTCCAATTATTCCAAGAGTGAGGCATGAGTCTACAGTGAGCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCTTTCCAATTATTCCAAGAGTGAGGCATGAGTCTACAGTGAGCA  734

seq1  ACTCTAGGCTCTGCCCTTCCTTTTAGCCTCTGGCTTCCCTCTGGAGCTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGGCTCTGCCCTTCCTTTTAGCCTCTGGCTTCCCTCTGGAGCTCT  784

seq1  CTTCTTCCTTCTCCTAGGCTTATGTTCAGGAGTCATTATAATGCATTATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCCTTCTCCTAGGCTTATGTTCAGGAGTCATTATAATGCATTATT  834

seq1  ATTCAACTGGAGAGTGAGAAAGTTGAGTATACATTTGCATCTAACTAAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACTGGAGAGTGAGAAAGTTGAGTATACATTTGCATCTAACTAAGT  884

seq1  CACAAGGAGCATGCATACAAATGTTTTAAGCCCCACATCCTCTACAATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGAGCATGCATACAAATGTTTTAAGCCCCACATCCTCTACAATGT  934

seq1  TCTCACTTTTTATCATACACATAAACCGCACACACCTTTTTAAATGTTCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTTTTATCATACACATAAACCGCACACACCTTTTTAAATGTTCC  984

seq1  TATGTGATGTTTTTCTAAAGTACTTCATTTCACAAATATCAGTATCCTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGATGTTTTTCTAAAGTACTTCATTTCACAAATATCAGTATCCTAT  1034

seq1  ATGAATCCCAGTGGACTGGAATTC  1073
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATCCCAGTGGACTGGAATTC  1058

seq1: chr17_72935537_72936604
seq2: B6Ng01-036C14.g_69_1107

seq1  GAATTCACTTATTTGATAAGACACAAACCAAGACTCGGGACACTTAGGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTATTTGATAAGACACAAACCAAGACTCGGGACACTTAGGCG  50

seq1  ACTTTCCCAGGTTCAAACAGGACAGCCTGGCACATCCTCCAAGAAAAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCCAGGTTCAAACAGGACAGCCTGGCACATCCTCCAAGAAAAGCC  100

seq1  TGATTCCAAAATTCCTAGTACAGAGCCTCTCTCCTTCCGCTGCTGCCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCAAAATTCCTAGTACAGAGCCTCTCTCCTTCCGCTGCTGCCAGT  150

seq1  CAGAGGACATAGCCTCTGACATCACAATTAATTATTGAGGTATGAAGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGACATAGCCTCTGACATCACAATTAATTATTGAGGTATGAAGCAT  200

seq1  TTTCTGCTATGAAGGTGAAGGACTATCTTAAGAACTAAGAAATGCTCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTATGAAGGTGAAGGACTATCTTAAGAACTAAGAAATGCTCTTC  250

seq1  ACAATTTCAGCACTTTTGATGTTAATGAGGCATGACCTGCTGTTTCCGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTCAGCACTTTTGATGTTAATGAGGCATGACCTGCTGTTTCCGTG  300

seq1  CGGAATCCTGAAGTGACAACGTAACAGGTGATCTTCTAACAACTTTTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAATCCTGAAGTGACAACGTAACAGGTGATCTTCTAACAACTTTTAAC  350

seq1  TGAGTCTCTTGTTTCTTTTCAATGAGATAAACTCTAATTGCAGAGATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTCTTGTTTCTTTTCAATGAGATAAACTCTAATTGCAGAGATGAT  400

seq1  TAGATCCTGGTAGATTATAAGGAAAAGGAGCCACAAAACAAAGAAACTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCCTGGTAGATTATAAGGAAAAGGAGCCACAAAACAAAGAAACTCT  450

seq1  TCTATTAACAACAGTTAGGAGACAGAAGACACACAATAACATGTCCAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAACAACAGTTAGGAGACAGAAGACACACAATAACATGTCCAGTG  500

seq1  CTTTAAGAAATTCCCCACAGTGGACTCCGGAGCTGGGTACCCAGCCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGAAATTCCCCACAGTGGACTCCGGAGCTGGGTACCCAGCCCAGA  550

seq1  ACTAACTACAGATTCTTTTCAAACACAAAGTAACCCTGTCCCCTTTCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTACAGATTCTTTTCAAACACAAAGTAACCCTGTCCCCTTTCAGA  600

seq1  ATTACATGGATTAAGTCACAGTTACAATTCCTTTAAAAAAAAAAAGTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATGGATTAAGTCACAGTTACAATTCCTTTAAAAAAAAAAAGTCAA  650

seq1  GCTCAGACTCAAACTGCTGCTTTTAATGCCTATTGAACAGCAGGCTGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACTCAAACTGCTGCTTTTAATGCCTATTGAACAGCAGGCTGAAT  700

seq1  AGAGCACTACTCGAGGCTCAAGCATCAGAGCTCTGTCAGGGGTGTACGCG  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGAGCACTACTCGAGGCTCAAGCATCAGAGCTCTGTCA-GGGTGTACGCG  749

seq1  CAGTCAAAGCAAGGTAACTCTCCCTCTGTTTTAGCAACAGAACGTCATTA  800
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGTCAAAGCAAGGT-ACTCTCCCTCTGTTTTAGCAACAGACCGTCATTA  798

seq1  GTAAAATGAGGATAAGCGATACAAATAAGCACACACCTTAAAGTACTTTG  850
      || |||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GT-AAATGAGGAT-AGCGATAC-AATAAGCACACA-CTTAAAGTACTTTG  844

seq1  TACTGAATCAAGAGAGGACATAATGATTTTGAGTCTATCTCTGGGAGTCT  900
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTG-ATCAAGAGA-GACATAATGATTTTGAGTCTATCTCTGGGAGTCT  892

seq1  CCGTACCACGTTACTCAGATATGAAAAATGAAAACACAATTTTGGGGCTG  950
       |||||||||||||||  |  ||  ||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TCGTACCACGTTACTCGAAATTG--AAATG-AAACAC-ATTTTGGGGCTG  938

seq1  CAAAACACTTTCTTGATGTTATCAACTGTTCTCATTACCTACCGGGAATC  1000
      | |||| ||||| |||||||||| |||| ||||||   ||||  || |||
seq2  C-AAACCCTTTC-TGATGTTATC-ACTG-TCTCAT--ACTAC--GGGATC  980

seq1  ATTCACCACTTCTGTTCTGTCCTGACGTCTCACGTTTCTCTATTTCCCAT  1050
      | ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| |    
seq2  A-TCA-CACTTCTGTTCTGT-CTGACG-CTCACGTTTCTC-ATTAC---A  1022

seq1  TTTCTGTTCTCTGCGAGT  1068
      |||||||||| |||||||
seq2  TTTCTGTTCT-TGCGAGT  1039