BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042A06
Chromosome17 (Build37)
Map Location 20,086,329 - 20,180,599
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG627664, V2r7
Upstream geneEG224552, LOC665344, LOC627466, LOC627476, EG665371, EG665376, EG627537, EG627576, EG224572, EG627618, EG627636, LOC100042273, LOC210465, LOC670534
Downstream geneLOC100041856, EG545190, Fpr-rs7, Fpr-rs6, EG627743, EG224576, V2r6, EG637720, EG665525, EG627805, V1re5, EG627814, EG381065, EG224582, Fpr-rs3, EG433073, V1re2, V1re6, LOC100041976, V1re3, V1re1, V1re8, V1re7, V1re4, LOC627884, Ppp2r1a, V1rf5, Zfp160, LOC627912
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042A06.bB6Ng01-042A06.g
ACCDH868511DH868512
length9861,177
definitionDH868511|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042A06, 5' end.DH868512|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,086,329 - 20,087,115)(20,179,406 - 20,180,599)
sequence
gaattccctgccagcaccacaaacccaattaatgtctctgctattttcta
caactcccattgaactcaacctcaaattctgggccccatattctggccca
ctaatttttctgatgtccccacagaggcaacattggcaactaaaccctca
gaggcaatgtagaccaaaacaaaacaaaacaaaatccagtggagacagcc
aactggaccttaatattcaatgatccccaaacctggagatatgaaggcca
gagaacaaaagaagaaacaacaagcaatcaagagaaacattaccaaagca
aactggaaacaacttagatgaccttacctgaagaatggataaagagtgtt
taattcatctacacagtggaatactatccagctattaaaaacaaaggcaa
gaaatgtgcaggcacataagcagaacttggagaatatcaccctgactgag
gtaacacagatctaaaatgatatgcatggtatttactaactaatacctgg
gtagtagccataaaatacaggatagccatgctacactccacagattcaaa
taagctaaagaggaatggatatctaagtaactatccttcaaatctcactt
aggagagagaataaacaattcgtaggatgcagatggtgagaggcagttgt
gcatttgaagagatggggcaggaataatggccatttcagaatcaggtgag
agaaaagacaggggatatggcaatatagaataaaaataaaagaaaattgc
ctctggcttgggtatgggggtttgggaagaatttagaaaatgtatcagag
acttggggatggggaggctaccaagaatcagtggggttgatcttagttga
aactcacagcagagccaatattgaacatgaagaggtgactgtagacaggc
tggaactccagtggagcaacaggaacacaaaactacacacaaatatttga
cctaaaatttgttttgcgtagaagaaatgctggtat
gaattcattctttctgaactccatacaactacacatactaagagtcatgg
atgcatacagacataacataaaatcaccataaatagacataatgataaaa
attcaaagggcatggagctgccttaatttaatctcacctatcagatatag
aatcatgatttctatgattgttctatgacacgagcaattccatgctgcca
tattcaaaaaattatatcagaaaaatagctaaaatggctgcatgcaatga
aataaacttctgaatgtcatttaattaagatactgtatttaaaatatcat
tggtttgacagtaaaatagtgggttttcataggtggagatcccaggaggc
caaatatatatattccaacagatatatatttgtggtaaaattattcctga
cttgtaaacagaatgtgtaaagaatcaacctatgaaatatagataatata
tgcttgaagttccataaataatgggcagtaataccaaatgatcttgccta
aacctaacatatttacctaattgagttcatctgttcatggtgaagaaatt
aaattacatgttttatataattaagtttgaagtataaaatttattgtact
aaatatgtagatgttttttgctgtatatgatcatctgcatacgtgtttct
atgcgatttacacaggtataactttaagaactaccaatatattttggctc
tgctatttgccattgaggagatcaacaggaatccaaatatattacccaac
atatctcttggatttgatttctacaataatgaatacactgaaaggaacat
tcttaggtttacttgtcgttggcttacagcccatgtaaagagagcaatga
tacctaattacacttgtaaaaggagaaatgtcattgctgcactcacagga
tcatcatggataacatctgcccaaattgggacattgcttcaactctttaa
atttccacaggggagaaaatttggattgtggttactgacagtcagttctc
tttgtcatattatagtgaatttaaactgaaaggtgggattgatcaattat
tcaacatcaaaataatacccagacccatggagatcattcaaaatctcttg
cttgttagaagaaggtgtgttgtgtaataaacgaagtaagtccttaaact
taaggaataagattttgtaagtgtaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_20086329_20087115
seq2: B6Ng01-042A06.b_45_832

seq1  GAATTCCCTGCCAGCACCACAAACCCAATTAATGTCTCTGCTATTTTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGCCAGCACCACAAACCCAATTAATGTCTCTGCTATTTTCTA  50

seq1  CAACTCCCATTGAACTCAACCTCAAATTCTGGGCCCCATATTCTGGCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCCATTGAACTCAACCTCAAATTCTGGGCCCCATATTCTGGCCCA  100

seq1  CTAATTTTTCTGATGTCCCCACAGAGGCAACATTGGCAACTAAACCCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTTTCTGATGTCCCCACAGAGGCAACATTGGCAACTAAACCCTCA  150

seq1  GAGGCAATGTAGACCAAAACAAAACAAAACAAAATCCAGTGGAGACAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAATGTAGACCAAAACAAAACAAAACAAAATCCAGTGGAGACAGCC  200

seq1  AACTGGACCTTAATATTCAATGATCCCCAAACCTGGAGATATGAAGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGACCTTAATATTCAATGATCCCCAAACCTGGAGATATGAAGGCCA  250

seq1  GAGAACAAAAGAAGAAACAACAAGCAATCAAGAGAAACATTACCAAAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAAAAGAAGAAACAACAAGCAATCAAGAGAAACATTACCAAAGCA  300

seq1  AACTGGAAACAACTTAGATGACCTTACCTGAAGAATGGATAAAGAGTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGAAACAACTTAGATGACCTTACCTGAAGAATGGATAAAGAGTGTT  350

seq1  TAATTCATCTACACAGTGGAATACTATCCAGCTATTAAAAACAAAGGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCATCTACACAGTGGAATACTATCCAGCTATTAAAAACAAAGGCAA  400

seq1  GAAATGTGCAGGCACATAAGCAGAACTTGGAGAATATCACCCTGACTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTGCAGGCACATAAGCAGAACTTGGAGAATATCACCCTGACTGAG  450

seq1  GTAACACAGATCTAAAATGATATGCATGGTATTTACTAACTAATACCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACACAGATCTAAAATGATATGCATGGTATTTACTAACTAATACCTGG  500

seq1  GTAGTAGCCATAAAATACAGGATAGCCATGCTACACTCCACAGATTCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAGCCATAAAATACAGGATAGCCATGCTACACTCCACAGATTCAAA  550

seq1  TAAGCTAAAGAGGAATGGATATCTAAGTAACTATCCTTCAAATCTCACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTAAAGAGGAATGGATATCTAAGTAACTATCCTTCAAATCTCACTT  600

seq1  AGGAGAGAGAATAAACAATTCGTAGGATGCAGATGGTGAGAGGCAGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAGAATAAACAATTCGTAGGATGCAGATGGTGAGAGGCAGTTGT  650

seq1  GCATTTGAAGAGATGGGGCAGGAATAATGGCCATTTCAGAATCAGGTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGAAGAGATGGGGCAGGAATAATGGCCATTTCAGAATCAGGTGAG  700

seq1  AGAAAAGACAGGGGATATGGCAATATAGAATAAAAATAAAAGAAAATTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGACAGGGGATATGGCAATATAGAATAAAAATAAAAGAAAATTGC  750

seq1  CTCTGGCTTGGGTATGGGGG-TTGGGAAGAATTTAGAA  787
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTTGGGTATGGGGGTTTGGGAAGAATTTAGAA  788

seq1: chr17_20179406_20180599
seq2: B6Ng01-042A06.g_65_1241 (reverse)

seq1  TTTACAACCTTTTACAAAAATTTCTGTTATTCCTGTAAGTTTTAAGGACT  50
      ||||||     ||||||||     | |||||||| |||| ||||||||||
seq2  TTTACA----CTTACAAAA-----TCTTATTCCT-TAAG-TTTAAGGACT  39

seq1  TACTTCGTTTTATTTACTACATCA-ACCTTTCTCTTACAAGCAAGAGATT  99
      ||||||||||   |||| ||| || |||||  ||| ||||||||||||||
seq2  TACTTCGTTT--ATTAC-ACAACACACCTTCTTCTAACAAGCAAGAGATT  86

seq1  TCTGAATTGATCTCCATGTGTCTGTGTATTATTTTGATGTTTGAATAATT  149
      | |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  T-TGAA-TGATCTCCATGGGTCTGGGTATTATTTTGATG-TTGAATAATT  133

seq1  GATCAATCACA-CTTTCAGTTTAAATTCACCTATAATATGAACAAAGAGA  198
      |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  GATCAATCCCACCTTTCAGTTTAAATTCA-CTATAATATG-ACAAAGAGA  181

seq1  ACTGACTGTCAGTAACCACAATCCAAATTTTCTCACCTGTGGAAATTTAA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACTGACTGTCAGTAACCACAATCCAAATTTTCTCCCCTGTGGAAATTTAA  231

seq1  AGAGTTGAAGCAATGTCCCAATTTGGGCAGATGTTATCCATGATGATCCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGAAGCAATGTCCCAATTTGGGCAGATGTTATCCATGATGATCCT  281

seq1  GTGAGTGCAGCAATGACATTTCTCCTTTTACAAGTGTAATTAGGTATCAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGCAGCAATGACATTTCTCCTTTTACAAGTGTAATTAGGTATCAT  331

seq1  TGCTCTCTTTACATGGGCTGTAAGCCAACGACAAGTAAACCTAAGAATGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCTTTACATGGGCTGTAAGCCAACGACAAGTAAACCTAAGAATGT  381

seq1  TCCTTTCAGTGTATTCATTATTGTAGAAATCAAATCCAAGAGATATGTTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCAGTGTATTCATTATTGTAGAAATCAAATCCAAGAGATATGTTG  431

seq1  GGTAATATATTTGGATTCCTGTTGATCTCCTCAATGGCAAATAGCAGAGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATATATTTGGATTCCTGTTGATCTCCTCAATGGCAAATAGCAGAGC  481

seq1  CAAAATATATTGGTAGTTCTTAAAGTTATACCTGTGTAAATCGCATAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATATTGGTAGTTCTTAAAGTTATACCTGTGTAAATCGCATAGAA  531

seq1  ACACGTATGCAGATGATCATATACAGCAAAAAACATCTACATATTTAGTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTATGCAGATGATCATATACAGCAAAAAACATCTACATATTTAGTA  581

seq1  CAATAAATTTTATACTTCAAACTTAATTATATAAAACATGTAATTTAATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAATTTTATACTTCAAACTTAATTATATAAAACATGTAATTTAATT  631

seq1  TCTTCACCATGAACAGATGAACTCAATTAGGTAAATATGTTAGGTTTAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACCATGAACAGATGAACTCAATTAGGTAAATATGTTAGGTTTAGG  681

seq1  CAAGATCATTTGGTATTACTGCCCATTATTTATGGAACTTCAAGCATATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATCATTTGGTATTACTGCCCATTATTTATGGAACTTCAAGCATATA  731

seq1  TTATCTATATTTCATAGGTTGATTCTTTACACATTCTGTTTACAAGTCAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTATATTTCATAGGTTGATTCTTTACACATTCTGTTTACAAGTCAG  781

seq1  GAATAATTTTACCACAAATATATATCTGTTGGAATATATATATTTGGCCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATTTTACCACAAATATATATCTGTTGGAATATATATATTTGGCCT  831

seq1  CCTGGGATCTCCACCTATGAAAACCCACTATTTTACTGTCAAACCAATGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGATCTCCACCTATGAAAACCCACTATTTTACTGTCAAACCAATGA  881

seq1  TATTTTAAATACAGTATCTTAATTAAATGACATTCAGAAGTTTATTTCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAAATACAGTATCTTAATTAAATGACATTCAGAAGTTTATTTCAT  931

seq1  TGCATGCAGCCATTTTAGCTATTTTTCTGATATAATTTTTTGAATATGGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCAGCCATTTTAGCTATTTTTCTGATATAATTTTTTGAATATGGC  981

seq1  AGCATGGAATTGCTCGTGTCATAGAACAATCATAGAAATCATGATTCTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGAATTGCTCGTGTCATAGAACAATCATAGAAATCATGATTCTAT  1031

seq1  ATCTGATAGGTGAGATTAAATTAAGGCAGCTCCATGCCCTTTGAATTTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATAGGTGAGATTAAATTAAGGCAGCTCCATGCCCTTTGAATTTTT  1081

seq1  ATCATTATGTCTATTTATGGTGATTTTATGTTATGTCTGTATGCATCCAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTATGTCTATTTATGGTGATTTTATGTTATGTCTGTATGCATCCAT  1131

seq1  GACTCTTAGTATGTGTAGTTGTATGGAGTTCAGAAAGAATGAATTC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTAGTATGTGTAGTTGTATGGAGTTCAGAAAGAATGAATTC  1177