BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043E21
Chromosome17 (Build37)
Map Location 71,133,843 - 71,250,783
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDlgap1, Tgif1, LOC668724
Upstream geneLOC100043630, LOC623112, LOC623143
Downstream geneLOC546695, LOC240156, Mylc2b, 2900073G15Rik, Myom1, Lpin2, Emilin2, LOC100043644, Smchd1, LOC100043879, Ndc80, LOC668740, Spdya, LOC623451, Wdr43, 4632412N22Rik, BC027072, Clip4, Alk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043E21.bB6Ng01-043E21.g
ACCDH869410DH869411
length8381,162
definitionDH869410|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043E21, 5' end.DH869411|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043E21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,249,947 - 71,250,783)(71,133,843 - 71,135,010)
sequence
gaattctatactaaaacatactaatttaagtgccatctctgccaaaaatg
atctgggctccttgggggaaaaaaaaaaagactaatttagggtagcagta
ggcctatatcattattttccaggaggtaagaaagggttcagatgtacatc
tgaggagcagtgaggtggctcagtgctggaggtgctggctgtaaccctga
ggatctgagctcagccccagatacgtggtggaaggagaaaactgattcct
ctgacatagcattctgtggcatgaacaccctcatacatcctcaaaagaaa
tttaattttaatattttaaaagataaaggcaatttgtttaaaaataatta
cagaacggagctggagaggtgcatctgcatctgatcgaggctgggagaac
acggtggggcagagcccttcacatcatggtggtagggaatctgcactagt
agagcttttggtttggtgtgtcctcccccagccttgagcaggctagacca
gacgttgtttgccgtagttgatggatggagtcttcccacctaggtaaagt
ctattgtctgccacatctgcaacttcctgcaagaagccaccacctgctga
gcagctgaccttgttttcctgagatcctggcaaagtgggggatgtgtagg
ggtgtttcgcttgcacgtacgtctctgtaccaaacgcatacttgatgaag
ccagcagggagcgttgaattcccctggaactggagttacagagaagctgt
gagctgccccgtgggtgctgggaactgatctgggtctctggaagaaatcg
tttactcgtttctccagacgggagattttaaattttaa
gaattcaagacttttggaagagcagacagtgctcttaacatgtgagccat
ttttccagcccaataagtaattaaaaaaaaaaaaaagctgggcagtgatg
gcgcacgcctttaatcccagcacttgggaggcagagacaggcagatttct
gaggtcgaggccagcctggtctacaaagtgagttccaggacagccaagac
tatacagagaaaccctgtctcgaaaaacaaacaaaacaaaacaaaacaaa
acaaaacaaaaagtttggtgaataagcttgaagatttgagttcaaatccc
caacacctaagtgcctgcctgtaaccacagcaggacagaagcaagagggg
ctcactgggtcctcttagccaccagccaagctccaggttcaatgaaagat
cctgtctcaagggaataaggtagagcgtgatagatgagggtacccaatgt
tctctagaacagcgcttcttaaccttcctaatgctgcaggcctttaatat
agtccctcatgttgtggtgacctccaaccacaaaattatttttgttgttg
tttcattactgtatttttgctactgttatgaattgtaatataaatatctg
atatgcaggatatctgatgtgtgacctctgtaaaagggtcatttggcccc
ccaaaggatcaaacccacagcttgagaatcgctgctctaggctcttgggt
gcatgcacaggtgtgtgctcctaaacatatgcacatgtatcacacatgca
cacacacacacacacacacacacacaggagaacaagaggtgttgatgggg
aattgtgaagttggtattagaatccatcacagtccacctcctcgcctttg
ctataggattaagcaagagactcacagaactactgggtcaaagaacattg
ttcccagctggtgtggaggtgcacacctttaatcccaatattcaggaggc
agaggaagcagatctctgtgacttagtggccagtctggtctacaaagaat
gttcaggacagctaggtgctactcgagtaagccttgttctcaaaaaccag
aatggtggtgtgtggtatgaatgaaattgatctatgaatactcattaaaa
tggcccagcagccgtatctctgaatttgaggccggctagtctatggagac
ggctccagacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_71249947_71250783
seq2: B6Ng01-043E21.b_43_880 (reverse)

seq1  TTAAAATTTAAAATCTCCTGTGCTGGAGGAACGAGTCAGCG-GTTCTTCC  49
      |||||||||||||||||| || |||||| ||||||| | ||  |||||||
seq2  TTAAAATTTAAAATCTCCCGT-CTGGAGAAACGAGTAAACGATTTCTTCC  49

seq1  AGAGACCCAGACTCAGTTCCCAGCACCCACGGGGCAGCTCACAGC-TCTC  98
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGAGACCCAGA-TCAGTTCCCAGCACCCACGGGGCAGCTCACAGCTTCTC  98

seq1  TGTAACTCCAGTTCCAGGGG-ATTCAACGCTCCCTGCTGGCTTCATCAAG  147
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTCCAGTTCCAGGGGAATTCAACGCTCCCTGCTGGCTTCATCAAG  148

seq1  TATGCGTTTGGTACAGAGACGTACGTGCAAGCGAAACACCCCTACACATC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCGTTTGGTACAGAGACGTACGTGCAAGCGAAACACCCCTACACATC  198

seq1  CCCCACTTTGCCAGGATCTCAGGAAAACAAGGTCAGCTGCTCAGCAGGTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTTTGCCAGGATCTCAGGAAAACAAGGTCAGCTGCTCAGCAGGTG  248

seq1  GTGGCTTCTTGCAGGAAGTTGCAGATGTGGCAGACAATAGACTTTACCTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTCTTGCAGGAAGTTGCAGATGTGGCAGACAATAGACTTTACCTA  298

seq1  GGTGGGAAGACTCCATCCATCAACTACGGCAAACAACGTCTGGTCTAGCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAAGACTCCATCCATCAACTACGGCAAACAACGTCTGGTCTAGCC  348

seq1  TGCTCAAGGCTGGGGGAGGACACACCAAACCAAAAGCTCTACTAGTGCAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAAGGCTGGGGGAGGACACACCAAACCAAAAGCTCTACTAGTGCAG  398

seq1  ATTCCCTACCACCATGATGTGAAGGGCTCTGCCCCACCGTGTTCTCCCAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTACCACCATGATGTGAAGGGCTCTGCCCCACCGTGTTCTCCCAG  448

seq1  CCTCGATCAGATGCAGATGCACCTCTCCAGCTCCGTTCTGTAATTATTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGATCAGATGCAGATGCACCTCTCCAGCTCCGTTCTGTAATTATTTT  498

seq1  TAAACAAATTGCCTTTATCTTTTAAAATATTAAAATTAAATTTCTTTTGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAATTGCCTTTATCTTTTAAAATATTAAAATTAAATTTCTTTTGA  548

seq1  GGATGTATGAGGGTGTTCATGCCACAGAATGCTATGTCAGAGGAATCAGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTATGAGGGTGTTCATGCCACAGAATGCTATGTCAGAGGAATCAGT  598

seq1  TTTCTCCTTCCACCACGTATCTGGGGCTGAGCTCAGATCCTCAGGGTTAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTTCCACCACGTATCTGGGGCTGAGCTCAGATCCTCAGGGTTAC  648

seq1  AGCCAGCACCTCCAGCACTGAGCCACCTCACTGCTCCTCAGATGTACATC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCACCTCCAGCACTGAGCCACCTCACTGCTCCTCAGATGTACATC  698

seq1  TGAACCCTTTCTTACCTCCTGGAAAATAATGATATAGGCCTACTGCTACC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCTTTCTTACCTCCTGGAAAATAATGATATAGGCCTACTGCTACC  748

seq1  CTAAATTAGTCTTTTTTTTTTTCCCCCAAGGAGCCCAGATCATTTTTGGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTAGTCTTTTTTTTTTTCCCCCAAGGAGCCCAGATCATTTTTGGC  798

seq1  AGAGATGGCACTTAAATTAGTATGTTTTAGTATAGAATTC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGCACTTAAATTAGTATGTTTTAGTATAGAATTC  838

seq1: chr17_71133843_71135010
seq2: B6Ng01-043E21.g_66_1227

seq1  GAATTCAAGACTTTTGGAAGAGCAGACAGTGCTCTTAACATGTGAGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGACTTTTGGAAGAGCAGACAGTGCTCTTAACATGTGAGCCAT  50

seq1  TTTTCCAGCCCAATAAGTAATTAAAAAAAAAAAAAAGCTGGGCAGTGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGCCCAATAAGTAATTAAAAAAAAAAAAAAGCTGGGCAGTGATG  100

seq1  GCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGACAGGCAGATTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGACAGGCAGATTTCT  150

seq1  GAGGTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGAC  200

seq1  TATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAACAAAACAAAACAAAACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAACAAAACAAAACAAAACAAA  250

seq1  ACAAAACAAAAAGTTTGGTGAATAAGCTTGAAGATTTGAGTTCAAATCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAAAAAGTTTGGTGAATAAGCTTGAAGATTTGAGTTCAAATCCC  300

seq1  CAACACCTAAGTGCCTGCCTGTAACCACAGCAGGACAGAAGCAAGAGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCTAAGTGCCTGCCTGTAACCACAGCAGGACAGAAGCAAGAGGGG  350

seq1  CTCACTGGGTCCTCTTAGCCACCAGCCAAGCTCCAGGTTCAATGAAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGGGTCCTCTTAGCCACCAGCCAAGCTCCAGGTTCAATGAAAGAT  400

seq1  CCTGTCTCAAGGGAATAAGGTAGAGCGTGATAGATGAGGGTACCCAATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCAAGGGAATAAGGTAGAGCGTGATAGATGAGGGTACCCAATGT  450

seq1  TCTCTAGAACAGCGCTTCTTAACCTTCCTAATGCTGCAGGCCTTTAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGAACAGCGCTTCTTAACCTTCCTAATGCTGCAGGCCTTTAATAT  500

seq1  AGTCCCTCATGTTGTGGTGACCTCCAACCACAAAATTATTTTTGTTGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTCATGTTGTGGTGACCTCCAACCACAAAATTATTTTTGTTGTTG  550

seq1  TTTCATTACTGTATTTTTGCTACTGTTATGAATTGTAATATAAATATCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTACTGTATTTTTGCTACTGTTATGAATTGTAATATAAATATCTG  600

seq1  ATATGCAGGATATCTGATGTGTGACCTCTGTAAAAGGGTCATTTGGCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCAGGATATCTGATGTGTGACCTCTGTAAAAGGGTCATTTGGCCCC  650

seq1  CCAAAGGATCAAACCCACAGCTTGAGAATCGCTGCTCTAGGCTCTTGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGATCAAACCCACAGCTTGAGAATCGCTGCTCTAGGCTCTTGGGT  700

seq1  GCATGCACAGGTGTGTGCTCCTAAACATATGCACATGTATCACACATGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCACAGGTGTGTGCTCCTAAACATATGCACATGTATCACACATGCA  750

seq1  CACACACACACACACACACACACACAGGAGAACAAGAGGTGTTGATGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACAGGAGAACAAGAGGTGTTGATGGGG  800

seq1  AATTGTGAAGTTGGTATTAGAATCCATCACAGTCCACCTCCTCGCCTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGAAGTTGGTATTAGAATCCATCACAGTCCACCTCCTCGCCTTTG  850

seq1  CTATAGGATTAAGCAAGAGACTCACAGAACTACTGGGTCAAAGAACATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGGATTAAGCAAGAGACTCACAGAACTACTGGGTCAAAGAACATTG  900

seq1  TTCCCAGCTGGTGTGGAGGTGCACACCTTTAATCCCAATATTCAGGAGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGCTGGTGTGGAGGTGCACACCTTTAATCCCAATATTCAGGAGGC  950

seq1  AGAAGGAAGCAGATCTCTGTGACTTAGTGGCCAGCCTGGTCTACAAAGAA  1000
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AG-AGGAAGCAGATCTCTGTGACTTAGTGGCCAGTCTGGTCTACAAAGAA  999

seq1  TGTTTCAGGACAGCTA-GTGCTACACAGAG-AAGCCCTG-TCTCAAAAAA  1047
      || ||||||||||||| ||||||| | ||| ||||| || ||||||||| 
seq2  TG-TTCAGGACAGCTAGGTGCTACTC-GAGTAAGCCTTGTTCTCAAAAA-  1046

seq1  CCCAG-ATGGTGGTG-GTGGTAATGAATGAAATTGTTCCTATGAATATCC  1095
       |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||  |
seq2  -CCAGAATGGTGGTGTGTGGT-ATGAATGAAATTGAT-CTATGAATA--C  1091

seq1  ATATAAAAATGCCCAAGCAGGCAGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTAGT  1145
        || |||||| || ||||| |  |||||||| ||||||||| | |||||
seq2  TCATTAAAATGGCCCAGCAGCCGTATCTCTGAATTTGAGGCC-GGCTAGT  1140

seq1  CTATGGAGCCAGCTCCAGGACAG  1168
      |||||||| | |||||| |||||
seq2  CTATGGAGACGGCTCCA-GACAG  1162