BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-045I05
Chromosome17 (Build37)
Map Location 31,105,608 - 31,257,220
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUmodl1, Abcg1
Upstream geneLOC100042885, LOC100042888, Zfand3, Btbd9, EG623169, Glo1, LOC666942, 1700097N02Rik, Dnahc8, Glp1r
Downstream geneTff3, Tff2, LOC100042904, Tff1, Tmprss3, Ubash3a, LOC100042906, Tsga2, EG667056, Slc37a1, Pde9a, Wdr4, 1500032D16Rik, Pknox1, Cbs, LOC623242, U2af1, Cryaa, Snf1lk, Hsf2bp, Rrp1b, LOC435518
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-045I05.bB6Ng01-045I05.g
ACCDH870949DH870950
length963840
definitionDH870949|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045I05, 5' end.DH870950|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045I05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,105,608 - 31,106,575)(31,256,382 - 31,257,220)
sequence
gaattcttaacaaaagtaaatgagcgtcccctgtaactcctaacccatgg
ggcatgcagacaggacgatcaggcagacagcacgatcaggcagacagcac
gatcaggcagacaggacgatcaggaggagttcaaggccatccgtggctat
aaagcaagttcaaggtcagcctaggctacttgagactgtctcaaaaaaca
aacaaaccaaaatccagagagacacagtagaatgtctctgatcagagtgt
ggttttatgcgttctgacgtctgcacctggtgtgtgggatggggcaagcc
tccttgagctgctcagtatggccttagcccctcagcccccaaccctgaag
tgcccattctcactttgtagaatcctagtgtttaggccaggagcatcccc
cagtatgacaaccaaacatggctccaggcagtgcccaataccccttgagg
tcaaagctaccctaatagagacccttcattgcagccatacttcagacata
ccacagctatttctagtcaggatatctctctatggcagcattgtcccgac
ttggggatcctaggatagcaggacatcccccccccctccaaccactgtgc
ctttaaatagcagcctgcactcttagagtcaactgtggataaaaggctgt
acacatggagggcccagtggggtttgctgccctgttgctggcttaccaca
gagtaatgaatccagcaaggggtgacaatttccattctgcatctctaggc
cccacagactacgtcccacaggtgcgaggctaagaacgggatccctcagt
cactacatctaccagccaggcacgctaaccctgtccttgtacttgtgagt
gatgctgttgtcctaggggtcttctgcaatcttacctctgcctagaagct
ctgtgggtgccacaatcctgtttgctattggtttgtgagagccacccatg
gggcaataggaac
gaattcatggaattcatgaaattctatagaggaacagaatgcatgtatgt
tataatagggggattcaataaattgtcttataccacagggcacttgggaa
gcagaggaataaagatcactgtgaattcaaagctagcttggtctagacag
tgagttatagactgggcaggactacctagtgagaccctgcttcaagcaag
taagcaaatgaaaacaaagcatctctctctctctctctctctctctctca
cacacacacacacacacacacacacacacaccaccatcaccaccaccacc
acctcctctctgtcaattccccactcaggcagagtttgagatttgaggtg
tgttgccagggacataagctcttggtcctgctcattgcttctgagatggc
atgtccccttccccaggatgaccctgttgtacatctaaccttcttcctgg
cacagagattactaggtgcctttccgtgcagctgtccttgtgcccccctg
gtctggctgctgcagtctttctaatctgtgaccctacccctaaccctaat
ctgcctctcatgttctcttccagaggatggatctgctccacatattgtga
gcgtgcagctccagtgaccactagagggcgcgcttaggcacccacaggca
tttgtcactgtcttcttggatacatcaaaggaggtggtaatctggtctcc
taggagagactgtgctggtgacagcccagagacagggtgagcctgtgtga
gtccttgcccgcccccgcccccgccccactttcattcagaaaggtttggt
gggagcttttcagtgctgctgtgggggagggtgtgtgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_31105608_31106575
seq2: B6Ng01-045I05.b_48_1010

seq1  GAATTCTTAACAAAAGTAAATGAGCGTCCCCTGTAACTCCTAACCCATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAACAAAAGTAAATGAGCGTCCCCTGTAACTCCTAACCCATGG  50

seq1  GGCATGCAGACAGGACGATCAGGCAGACAGCACGATCAGGCAGACAGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCAGACAGGACGATCAGGCAGACAGCACGATCAGGCAGACAGCAC  100

seq1  GATCAGGCAGACAGGACGATCAGGAGGAGTTCAAGGCCATCCGTGGCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGGCAGACAGGACGATCAGGAGGAGTTCAAGGCCATCCGTGGCTAT  150

seq1  AAAGCAAGTTCAAGGTCAGCCTAGGCTACTTGAGACTGTCTCAAAAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAGTTCAAGGTCAGCCTAGGCTACTTGAGACTGTCTCAAAAAACA  200

seq1  AACAAACCAAAATCCAGAGAGACACAGTAGAATGTCTCTGATCAGAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACCAAAATCCAGAGAGACACAGTAGAATGTCTCTGATCAGAGTGT  250

seq1  GGTTTTATGCGTTCTGACGTCTGCACCTGGTGTGTGGGATGGGGCAAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTATGCGTTCTGACGTCTGCACCTGGTGTGTGGGATGGGGCAAGCC  300

seq1  TCCTTGAGCTGCTCAGTATGGCCTTAGCCCCTCAGCCCCCAACCCTGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGAGCTGCTCAGTATGGCCTTAGCCCCTCAGCCCCCAACCCTGAAG  350

seq1  TGCCCATTCTCACTTTGTAGAATCCTAGTGTTTAGGCCAGGAGCATCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCATTCTCACTTTGTAGAATCCTAGTGTTTAGGCCAGGAGCATCCCC  400

seq1  CAGTATGACAACCAAACATGGCTCCAGGCAGTGCCCAATACCCCTTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGACAACCAAACATGGCTCCAGGCAGTGCCCAATACCCCTTGAGG  450

seq1  TCAAAGCTACCCTAATAGAGACCCTTCATTGCAGCCATACTTCAGACATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCTACCCTAATAGAGACCCTTCATTGCAGCCATACTTCAGACATA  500

seq1  CCACAGCTATTTCTAGTCAGGATATCTCTCTATGGCAGCATTGTCCCGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCTATTTCTAGTCAGGATATCTCTCTATGGCAGCATTGTCCCGAC  550

seq1  TTGGGGATCCTAGGATAGCAGGACATCCCCCCCCCCTCCAACCACTGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGATCCTAGGATAGCAGGACATCCCCCCCCCCTCCAACCACTGTGC  600

seq1  CTTTAAATAGCAGCCTGCACTCTTAGAGTCAACTGTGGATAAAAGGCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAATAGCAGCCTGCACTCTTAGAGTCAACTGTGGATAAAAGGCTGT  650

seq1  ACACATGGAGGGCCCAGTGGGGTTTGCTGCCCTGTTGCTGGCTTACCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGGAGGGCCCAGTGGGGTTTGCTGCCCTGTTGCTGGCTTACCACA  700

seq1  GAGTAATGAATCCAGCAAGGGGTGACAATTTCCATTCTGCATCTCTAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAATGAATCCAGCAAGGGGTGACAATTTCCATTCTGCATCTCTAGGC  750

seq1  CCCACAGACTACGTCCCACAGGTGCGAGGCTAAGAACGGGATCCCTCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGACTACGTCCCACAGGTGCGAGGCTAAGAACGGGATCCCTCAGT  800

seq1  CACTACATCTACCAGCCAGGCACGCTAACCCTGTCCTTGTACCTGTGAGG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  CACTACATCTACCAGCCAGGCACGCTAACCCTGTCCTTGTACTTGTGA-G  849

seq1  TGATGCTGTTGTCCTAGGGGTCTTCTGCAATCTTACCTCTGCCTAGAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTGTTGTCCTAGGGGTCTTCTGCAATCTTACCTCTGCCTAGAAGC  899

seq1  TCTGTGGTGCCCACAATCCTTGTTTGCTATTGGTTTGTTGAGAGCCAACC  950
      |||||||   ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  TCTGTGGGTGCCACAATCC-TGTTTGCTATTGGTTTG-TGAGAGCC-ACC  946

seq1  CATGGGGCCAATAGGAAC  968
      ||||||| ||||||||||
seq2  CATGGGG-CAATAGGAAC  963

seq1: chr17_31256382_31257220
seq2: B6Ng01-045I05.g_74_913 (reverse)

seq1  CCACACACACCCTCCCCCACAGCAGCACTG-AAAGCTCCCACCAAACCTT  49
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCACACACACCCTCCCCCACAGCAGCACTGAAAAGCTCCCACCAAACCTT  50

seq1  TCTGAATGGAAGTGGGGCGGGGGCGGGGGCGGGGCAAGGACTCACACAGG  99
      |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATGAAAGTGGGGCGGGGGCGGGGGC-GGGCAAGGACTCACACAGG  99

seq1  CTCA-CCTGTCTCTGGGCTGTCACCAGCACAGTCTCTCCTAGGAGACCAG  148
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCTGTCTCTGGGCTGTCACCAGCACAGTCTCTCCTAGGAGACCAG  149

seq1  ATTACCACCTCCTTTGATGTATCCAAGAAGACAGTGACAAATGCCTGTGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCACCTCCTTTGATGTATCCAAGAAGACAGTGACAAATGCCTGTGG  199

seq1  GTGCCTAAGCGCGCCCTCTAGTGGTCACTGGAGCTGCACGCTCACAATAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTAAGCGCGCCCTCTAGTGGTCACTGGAGCTGCACGCTCACAATAT  249

seq1  GTGGAGCAGATCCATCCTCTGGAAGAGAACATGAGAGGCAGATTAGGGTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCAGATCCATCCTCTGGAAGAGAACATGAGAGGCAGATTAGGGTT  299

seq1  AGGGGTAGGGTCACAGATTAGAAAGACTGCAGCAGCCAGACCAGGGGGGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAGGGTCACAGATTAGAAAGACTGCAGCAGCCAGACCAGGGGGGC  349

seq1  ACAAGGACAGCTGCACGGAAAGGCACCTAGTAATCTCTGTGCCAGGAAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGACAGCTGCACGGAAAGGCACCTAGTAATCTCTGTGCCAGGAAGA  399

seq1  AGGTTAGATGTACAACAGGGTCATCCTGGGGAAGGGGACATGCCATCTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAGATGTACAACAGGGTCATCCTGGGGAAGGGGACATGCCATCTCA  449

seq1  GAAGCAATGAGCAGGACCAAGAGCTTATGTCCCTGGCAACACACCTCAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAATGAGCAGGACCAAGAGCTTATGTCCCTGGCAACACACCTCAAA  499

seq1  TCTCAAACTCTGCCTGAGTGGGGAATTGACAGAGAGGAGGTGGTGGTGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACTCTGCCTGAGTGGGGAATTGACAGAGAGGAGGTGGTGGTGGT  549

seq1  GGTGATGGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA  599

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGCTTTGTTTTCATTTGCTTACTTGCTTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGCTTTGTTTTCATTTGCTTACTTGCTTGA  649

seq1  AGCAGGGTCTCACTAGGTAGTCCTGCCCAGTCTATAACTCACTGTCTAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGTCTCACTAGGTAGTCCTGCCCAGTCTATAACTCACTGTCTAGA  699

seq1  CCAAGCTAGCTTTGAATTCACAGTGATCTTTATTCCTCTGCTTCCCAAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTAGCTTTGAATTCACAGTGATCTTTATTCCTCTGCTTCCCAAGT  749

seq1  GCCCTGTGGTATAAGACAATTTATTGAATCCCCCTATTATAACATACATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTGGTATAAGACAATTTATTGAATCCCCCTATTATAACATACATG  799

seq1  CATTCTGTTCCTCTATAGAATTTCATGAATTCCATGAATTC  839
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGTTCCTCTATAGAATTTCATGAATTCCATGAATTC  840