BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057C18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 9,520,633 - 9,671,838
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667170
Upstream gene9630019K15Rik, EG435502, LOC433063, T2, T, LOC100040817, Pde10a, 1700010I14Rik, EG667165, LOC666143
Downstream gene4932702K14Rik, Qk, LOC675815, Pacrg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057C18.bB6Ng01-057C18.g
ACCDH879120DH879121
length781659
definitionDH879120|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057C18, 5' end.DH879121|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057C18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,520,633 - 9,521,413)(9,671,180 - 9,671,838)
sequence
gaattctactgccactccataaaaaagccaagattctcattatgagatgg
cattgtcattccctacaataatcagaagcaccacatttaaatatgtatga
ctgtgtgcatataaatattcatatttgtacagtttattagttatacccta
tgtcactaagcccaggagtatggtaataaaatttacaatacacatgcctc
atttcaatatttgaaatacttagtctttatgaaatatctggtaactagta
atgctaatatagaattcccatgctagagtagtgaactttaaatatttata
tgaaatataaaagttattttattacatatacacttatacatctgttttct
gatccataaaaatagctagaatgttatatgttaagaatggagagttacat
taatctctagagagtaaagacattgggaaagacttaaaggttcttgtata
acgccttgtccataaacaaaactcacttattcatccgtgagtctttgggc
aggggaagctcggagggtaagtttacgcaggagtgtcactttctcgtggt
ttctgaaacatacaagagagaagaggcagatccaagttcctgtgtagtat
gaagatgcagagtgtggacaccatccttgaagagagccctctccctctga
ccgcaggcatatctagtatataacaggaaatcccacggctgcacatcaac
cagaaaacacaaagcgcctgagcagcaagagtgtgcatgtgtgtgtgtgc
atgtgtgtgcatgtgtgtatgtgtgtgtgca

gaattccatgttccgaagaaacttgttagcttggtcacattagttggagc
agacttagagcttctaagtttgaggaatttgtaatgagagcaacagcaga
gaggtcacatctccagggcagagcatagcctgtgctcattcaggcttcta
gggacatggtattgctcagctttttagttcgtgcctgcattagtcctcat
ttcttttattatagagactactctttaggcgctgagtccttctatgtcct
taacacaggctctggttacagggtgcccattcagataatccagaacaatc
tcagagtatcaaccacagcactgaaaaagtcccctttgtaatagatatgt
cacttatgcattctaatgatttgtaagagggtgcatgtggagggccgcta
gcctatcaaagcccttcaagtccttcttactcccacttgaacttccagcc
catgcagtgtgcttctgaaggctttatgatagtattgcttatattgaatg
gcatgttagaacaatcacataccttattgtttatatgcaaaatgcatttg
tcatcgatgtatctatgtatctattcatgtatctatatttctatgtatct
atgttagtatctatgtgtccatgtatatatgtatgtatgtatgtatgtat
gtatgtatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_9520633_9521413
seq2: B6Ng01-057C18.b_44_824

seq1  GAATTCTACTGCCACTCCATAAAAAAGCCAAGATTCTCATTATGAGATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTGCCACTCCATAAAAAAGCCAAGATTCTCATTATGAGATGG  50

seq1  CATTGTCATTCCCTACAATAATCAGAAGCACCACATTTAAATATGTATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCATTCCCTACAATAATCAGAAGCACCACATTTAAATATGTATGA  100

seq1  CTGTGTGCATATAAATATTCATATTTGTACAGTTTATTAGTTATACCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGCATATAAATATTCATATTTGTACAGTTTATTAGTTATACCCTA  150

seq1  TGTCACTAAGCCCAGGAGTATGGTAATAAAATTTACAATACACATGCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTAAGCCCAGGAGTATGGTAATAAAATTTACAATACACATGCCTC  200

seq1  ATTTCAATATTTGAAATACTTAGTCTTTATGAAATATCTGGTAACTAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAATATTTGAAATACTTAGTCTTTATGAAATATCTGGTAACTAGTA  250

seq1  ATGCTAATATAGAATTCCCATGCTAGAGTAGTGAACTTTAAATATTTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAATATAGAATTCCCATGCTAGAGTAGTGAACTTTAAATATTTATA  300

seq1  TGAAATATAAAAGTTATTTTATTACATATACACTTATACATCTGTTTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATATAAAAGTTATTTTATTACATATACACTTATACATCTGTTTTCT  350

seq1  GATCCATAAAAATAGCTAGAATGTTATATGTTAAGAATGGAGAGTTACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCATAAAAATAGCTAGAATGTTATATGTTAAGAATGGAGAGTTACAT  400

seq1  TAATCTCTAGAGAGTAAAGACATTGGGAAAGACTTAAAGGTTCTTGTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTCTAGAGAGTAAAGACATTGGGAAAGACTTAAAGGTTCTTGTATA  450

seq1  ACGCCTTGTCCATAAACAAAACTCACTTATTCATCCGTGAGTCTTTGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCTTGTCCATAAACAAAACTCACTTATTCATCCGTGAGTCTTTGGGC  500

seq1  AGGGGAAGCTCGGAGGGTAAGTTTACGCAGGAGTGTCACTTTCTCGTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAGCTCGGAGGGTAAGTTTACGCAGGAGTGTCACTTTCTCGTGGT  550

seq1  TTCTGAAACATACAAGAGAGAAGAGGCAGATCCAAGTTCCTGTGTAGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAACATACAAGAGAGAAGAGGCAGATCCAAGTTCCTGTGTAGTAT  600

seq1  GAAGATGCAGAGTGTGGACACCATCCTTGAAGAGAGCCCTCTCCCTCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGCAGAGTGTGGACACCATCCTTGAAGAGAGCCCTCTCCCTCTGA  650

seq1  CCGCAGGCATATCTAGTATATAACAGGAAATCCCACGGCTGCACATCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAGGCATATCTAGTATATAACAGGAAATCCCACGGCTGCACATCAAC  700

seq1  CAGAAAACACAAAGCGCCTGAGCAGCAAGAGTGTGCATGTGTGTGTGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAACACAAAGCGCCTGAGCAGCAAGAGTGTGCATGTGTGTGTGTGC  750

seq1  ATGTGTGTGCATGTGTGTATGTGTGTGTGCA  781
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGCATGTGTGTATGTGTGTGTGCA  781


seq1: chr17_9671180_9671838
seq2: B6Ng01-057C18.g_69_727 (reverse)

seq1  GATACATACATACATACATACATACATACATATATACATGGACACATAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACATACATACATACATACATACATACATATATACATGGACACATAGA  50

seq1  TACTAACATAGATACATAGAAATATAGATACATGAATAGATACATAGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAACATAGATACATAGAAATATAGATACATGAATAGATACATAGATA  100

seq1  CATCGATGACAAATGCATTTTGCATATAAACAATAAGGTATGTGATTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGATGACAAATGCATTTTGCATATAAACAATAAGGTATGTGATTGTT  150

seq1  CTAACATGCCATTCAATATAAGCAATACTATCATAAAGCCTTCAGAAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATGCCATTCAATATAAGCAATACTATCATAAAGCCTTCAGAAGCA  200

seq1  CACTGCATGGGCTGGAAGTTCAAGTGGGAGTAAGAAGGACTTGAAGGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCATGGGCTGGAAGTTCAAGTGGGAGTAAGAAGGACTTGAAGGGCT  250

seq1  TTGATAGGCTAGCGGCCCTCCACATGCACCCTCTTACAAATCATTAGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGGCTAGCGGCCCTCCACATGCACCCTCTTACAAATCATTAGAAT  300

seq1  GCATAAGTGACATATCTATTACAAAGGGGACTTTTTCAGTGCTGTGGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGTGACATATCTATTACAAAGGGGACTTTTTCAGTGCTGTGGTTG  350

seq1  ATACTCTGAGATTGTTCTGGATTATCTGAATGGGCACCCTGTAACCAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTGAGATTGTTCTGGATTATCTGAATGGGCACCCTGTAACCAGAG  400

seq1  CCTGTGTTAAGGACATAGAAGGACTCAGCGCCTAAAGAGTAGTCTCTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTTAAGGACATAGAAGGACTCAGCGCCTAAAGAGTAGTCTCTATA  450

seq1  ATAAAAGAAATGAGGACTAATGCAGGCACGAACTAAAAAGCTGAGCAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGAAATGAGGACTAATGCAGGCACGAACTAAAAAGCTGAGCAATA  500

seq1  CCATGTCCCTAGAAGCCTGAATGAGCACAGGCTATGCTCTGCCCTGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTCCCTAGAAGCCTGAATGAGCACAGGCTATGCTCTGCCCTGGAGA  550

seq1  TGTGACCTCTCTGCTGTTGCTCTCATTACAAATTCCTCAAACTTAGAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCTCTCTGCTGTTGCTCTCATTACAAATTCCTCAAACTTAGAAGC  600

seq1  TCTAAGTCTGCTCCAACTAATGTGACCAAGCTAACAAGTTTCTTCGGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTCTGCTCCAACTAATGTGACCAAGCTAACAAGTTTCTTCGGAAC  650

seq1  ATGGAATTC  659
      |||||||||
seq2  ATGGAATTC  659


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |