BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062N18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 61,051,115 - 61,157,002
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043549
Downstream geneLOC433129, EG620725, LOC100043560
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062N18.bB6Ng01-062N18.g
ACCDH883123DH883124
length1,1491,079
definitionDH883123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062N18, 5' end.DH883124|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,051,115 - 61,052,279)(61,155,909 - 61,157,002)
sequence
gaattctttgtttagctctgtaccccatttttagtatggtttggttgtct
ggagtttaacttcttgagttctttttggttattagccctctgtcagatgt
agggttggtattccaactcaactcttcacagagttagaaagagcagtttg
ctaattcatagattataattagataccttctcaactggaggttagcatgt
agaagaatccaaatatatccattctagtctccttgaacaaagctcaagtc
caaggggatcaagggcctgcacataaaaccagacactctgaaattaatag
aagagaaagtggggaagagctttgagcatgtggacacaggggaaattttc
ctgaacagaaccccaatagcttatgctctaagatcaaaagttgacaggtg
ggacctcataaaattacaaagcttctgtaaggcaaaggacactgtcaata
gaacaaaatggcaaccaacggattgggaaaaaatcctcaccaattctaca
tctggcagcaagtactcttaggtgataagttatttttcaaacctctttac
ttggtaatataatttatctcaagtaataaataattatctttatgttcaga
gcctacatcattcaaaggtaggatttgtaacttctttatggaatttccaa
tatgactaataacaacaatactaataaatgacatgcttggtaaattaata
tacagatgaatggttttgtacataacttttaccttctgatatggttattg
ctataaatctataggtttaatgacagacaatatccattttggaaaacaaa
ttagtggaagatatttcatgacttaaatggagattctggaggtaaaacat
aaagccctgaaacactgaaaatatcagggtctggagaatgactcaacagt
gcagatcatgcattgctcttatgtgggactggagttcagttctcaatcag
cttgttgagatcttcagaactaaatttaaatcctgcatcagagattgtga
aaaaaatgaatagtttctatgacctaaaacactaaactcagaaacaaatg
tattttcagacgaggaactgaacatccaaatcaagatgagttagttcctt
aagggcaagttatttcgttataaagttatttaatgtaaatatgaaattc
gaattcagttcccagaatacacatggtggcttacaaccatctttaccact
aggtctcagaaacccaagaaactgatggattctttgggcctccccaggaa
ggaagcatttatgtggtatacatatatacttccaggcaaaaactcaaaca
tttcaaataaataagtcttattcttttttagacttaaggcttgattttat
gtttctcctaaaaacttaatttttgattggctcagacttcaggttgaagc
aggcagagaggaccgtcacctggcaatttgttcttgatattttactttgg
agttcttcatgtccttgcccgaaatttagcacgttctgaagtctcacctt
tgtcttttcttagtgtgttgtttctcaatagcaataaatgcacgttagtg
tggcagggcctacgagggaaagagatgctaaatcttgcgtgctttgttcc
taagaacctggatttctgtgtttgggtgctttctgaccacgtagtggaag
acacagtctcctttagagataagcaaaagcttttattctgctgacttttg
gagggctcaactgccaagacacatcaatacacagagtcagggcaatgatt
catctactttgtttttataaaagccaagctgagaaaactcagactggcat
ccacaatgcagtcctgaacagacttgagcttccgcattccagtcttcatg
gttctagtacaggaatgactatttttaaacatttctgtatcaggcccatc
cttccatgcatccaagcactccacttcagagaaattcttatttgtcatgt
ccacccctgctttcaaccacataacccttcactcttcacagagcatccgt
gactacttctgtgcctagttttttcctgtaaatagcatgcagcttgcaat
cattgttcgattcaatgagactctgagagccaatggctaggaagtagata
atcagtgtcatcctgacacattggccacaagaaatcaccatgacataaga
aacatcacaaattttatttatgtaaacctttacattaaatattttattac
ttttcttgaatacactggtcagtagattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_61051115_61052279
seq2: B6Ng01-062N18.b_47_1195

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAGTATGGTTTGGTTGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAGTATGGTTTGGTTGTCT  50

seq1  GGAGTTTAACTTCTTGAGTTCTTTTTGGTTATTAGCCCTCTGTCAGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTTAACTTCTTGAGTTCTTTTTGGTTATTAGCCCTCTGTCAGATGT  100

seq1  AGGGTTGGTATTCCAACTCAACTCTTCACAGAGTTAGAAAGAGCAGTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGGTATTCCAACTCAACTCTTCACAGAGTTAGAAAGAGCAGTTTG  150

seq1  CTAATTCATAGATTATAATTAGATACCTTCTCAACTGGAGGTTAGCATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCATAGATTATAATTAGATACCTTCTCAACTGGAGGTTAGCATGT  200

seq1  AGAAGAATCCAAATATATCCATTCTAGTCTCCTTGAACAAAGCTCAAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATCCAAATATATCCATTCTAGTCTCCTTGAACAAAGCTCAAGTC  250

seq1  CAAGGGGATCAAGGGCCTGCACATAAAACCAGACACTCTGAAATTAATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGGATCAAGGGCCTGCACATAAAACCAGACACTCTGAAATTAATAG  300

seq1  AAGAGAAAGTGGGGAAGAGCTTTGAGCATGTGGACACAGGGGAAATTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAAGTGGGGAAGAGCTTTGAGCATGTGGACACAGGGGAAATTTTC  350

seq1  CTGAACAGAACCCCAATAGCTTATGCTCTAAGATCAAAAGTTGACAGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAGAACCCCAATAGCTTATGCTCTAAGATCAAAAGTTGACAGGTG  400

seq1  GGACCTCATAAAATTACAAAGCTTCTGTAAGGCAAAGGACACTGTCAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTCATAAAATTACAAAGCTTCTGTAAGGCAAAGGACACTGTCAATA  450

seq1  GAACAAAATGGCAACCAACGGATTGGGAAAAAATCCTCACCAATTCTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAATGGCAACCAACGGATTGGGAAAAAATCCTCACCAATTCTACA  500

seq1  TCTGGCAGCAAGTACTCTTAGGTGATAAGTTATTTTTCAAACCTCTTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAGCAAGTACTCTTAGGTGATAAGTTATTTTTCAAACCTCTTTAC  550

seq1  TTGGTAATATAATTTATCTCAAGTAATAAATAATTATCTTTATGTTCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAATATAATTTATCTCAAGTAATAAATAATTATCTTTATGTTCAGA  600

seq1  GCCTACATCATTCAAAGGTAGGATTTGTAACTTCTTTATGGAATTTCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACATCATTCAAAGGTAGGATTTGTAACTTCTTTATGGAATTTCCAA  650

seq1  TATGACTAATAACAACAATACTAATAAATGACATGCTTGGTAAATTAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTAATAACAACAATACTAATAAATGACATGCTTGGTAAATTAATA  700

seq1  TACAGATGAATGGTTTTGTACATAACTTTTACCTTCTGATATGGTTATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATGAATGGTTTTGTACATAACTTTTACCTTCTGATATGGTTATTG  750

seq1  CTATAAATCTATAGGTTTAATGACAGACAATATCCATTTTGGAAAACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAATCTATAGGTTTAATGACAGACAATATCCATTTTGGAAAACAAA  800

seq1  TTAGTGGAAGATATTTCATGACTTAAATGGAGATTCTGGAGGTAAAACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGGAAGATATTTCATGACTTAAATGGAGATTCTGGAGGTAAAACAT  850

seq1  AAAGCCCTGAAACACTGAAAATATCAGGGTCTGGAGAATGACTCAACAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCCTGAAACACTGAAAATATCAGGGTCTGGAGAATGACTCAACAGT  900

seq1  GCAGATCATGCATTGCTCTTATGTGGGACTGGAGTTCAGTTCTCAATCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCATGCATTGCTCTTATGTGGGACTGGAGTTCAGTTCTCAATCAG  950

seq1  CTTGTTGAGATCTTCAGAACTAAATATAAATCCTGCATCAGAGATTGTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTTGTTGAGATCTTCAGAACTAAATTTAAATCCTGCATCAGAGATTGTG-  999

seq1  AAAAAAATGAATAGTTTCTATGACCTAAAACACTAAACTCAAGGAAACAA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |
seq2  AAAAAAATGAATAGTTTCTATGACCTAAAACACTAAACTCA--GAAAC-A  1046

seq1  AATGTATTTTCAAAGACGA-GAACTGAACATCAAAATCAAGATGAGGTTA  1099
      |||||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  AATGTATTTTC--AGACGAGGAACTGAACATCCAAATCAAGATGA-GTTA  1093

seq1  GTTTCCTAAGGGCAAAAGTTAATTCGTTAATTAAAAAGTATATTTAATGT  1149
      ||| | |||||||  |||||| ||||    ||| ||||| ||||||||||
seq2  GTTCCTTAAGGGC--AAGTTATTTCG----TTATAAAGT-TATTTAATGT  1136

seq1  AAAATTAATGAAATTC  1165
      |||    |||||||||
seq2  AAA---TATGAAATTC  1149

seq1: chr17_61155909_61157002
seq2: B6Ng01-062N18.g_68_1146 (reverse)

seq1  AAATCTAACTTGACCAGTGTAATCACAGAAAAAGTAAATAAAATATTTAA  50
      |||||||   ||||||||||| ||| || |||||| ||||||||||||||
seq2  AAATCTA--CTGACCAGTGTATTCA-AG-AAAAGT-AATAAAATATTTAA  45

seq1  TGTAAAGGTTTACATTAAAATATAAATTTTGTGATGTTTTCCTTTATGTC  100
      |||||||||||||||    | ||||| ||||||||||||    |||||||
seq2  TGTAAAGGTTTACAT----AAATAAAATTTGTGATGTTT---CTTATGTC  88

seq1  ATGGTGATTTCTTTGTGGCCCAATGTGTCAGGATGACACTGATTATCTAC  150
      ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGATTTC-TTGTGG-CCAATGTGTCAGGATGACACTGATTATCTAC  136

seq1  TTCCTAGCCATTGGCTCTCAGAGTCTCATTGAATCGAACAATGATTGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGCCATTGGCTCTCAGAGTCTCATTGAATCGAACAATGATTGCAA  186

seq1  GCTGCATGCTATTTACAGGAAAAAACTAGGCACAGAAGTAGTCACGGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATGCTATTTACAGGAAAAAACTAGGCACAGAAGTAGTCACGGATG  236

seq1  CTCTGTGAAGAGTGAAGGGTTATGTGGTTGAAAGCAGGGGTGGACATGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGAAGAGTGAAGGGTTATGTGGTTGAAAGCAGGGGTGGACATGAC  286

seq1  AAATAAGAATTTCTCCTGAAGTGGAGTGCTTGGATGCATGGAAGGATGGG  350
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGAATTTCT-CTGAAGTGGAGTGCTTGGATGCATGGAAGGATGGG  335

seq1  CCTGATACAGAAATGTTTAAAAATAGTCATTCCTGTACTAGAACCATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATACAGAAATGTTTAAAAATAGTCATTCCTGTACTAGAACCATGAA  385

seq1  GACTGGAATGCGGAAGCTCAAGTCTGTTCAGGACTGCATTGTGGATGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAATGCGGAAGCTCAAGTCTGTTCAGGACTGCATTGTGGATGCCA  435

seq1  GTCTGAGTTTTCTCAGCTTGGCTTTTATAAAAACAAAGTAGATGAATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGTTTTCTCAGCTTGGCTTTTATAAAAACAAAGTAGATGAATCAT  485

seq1  TGCCCTGACTCTGTGTATTGATGTGTCTTGGCAGTTGAGCCCTCCAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGACTCTGTGTATTGATGTGTCTTGGCAGTTGAGCCCTCCAAAAG  535

seq1  TCAGCAGAATAAAAGCTTTTGCTTATCTCTAAAGGAGACTGTGTCTTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGAATAAAAGCTTTTGCTTATCTCTAAAGGAGACTGTGTCTTCCA  585

seq1  CTACGTGGTCAGAAAGCACCCAAACACAGAAATCCAGGTTCTTAGGAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGTGGTCAGAAAGCACCCAAACACAGAAATCCAGGTTCTTAGGAACA  635

seq1  AAGCACGCAAGATTTAGCATCTCTTTCCCTCGTAGGCCCTGCCACACTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACGCAAGATTTAGCATCTCTTTCCCTCGTAGGCCCTGCCACACTAA  685

seq1  CGTGCATTTATTGCTATTGAGAAACAACACACTAAGAAAAGACAAAGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATTTATTGCTATTGAGAAACAACACACTAAGAAAAGACAAAGGTG  735

seq1  AGACTTCAGAACGTGCTAAATTTCGGGCAAGGACATGAAGAACTCCAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCAGAACGTGCTAAATTTCGGGCAAGGACATGAAGAACTCCAAAG  785

seq1  TAAAATATCAAGAACAAATTGCCAGGTGACGGTCCTCTCTGCCTGCTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATCAAGAACAAATTGCCAGGTGACGGTCCTCTCTGCCTGCTTCA  835

seq1  ACCTGAAGTCTGAGCCAATCAAAAATTAAGTTTTTAGGAGAAACATAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAAGTCTGAGCCAATCAAAAATTAAGTTTTTAGGAGAAACATAAAA  885

seq1  TCAAGCCTTAAGTCTAAAAAAGAATAAGACTTATTTATTTGAAATGTTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCTTAAGTCTAAAAAAGAATAAGACTTATTTATTTGAAATGTTTG  935

seq1  AGTTTTTGCCTGGAAGTATATATGTATACCACATAAATGCTTCCTTCCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTGCCTGGAAGTATATATGTATACCACATAAATGCTTCCTTCCTG  985

seq1  GGGAGGCCCAAAGAATCCATCAGTTTCTTGGGTTTCTGAGACCTAGTGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCCCAAAGAATCCATCAGTTTCTTGGGTTTCTGAGACCTAGTGGT  1035

seq1  AAAGATGGTTGTAAGCCACCATGTGTATTCTGGGAACTGAATTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGGTTGTAAGCCACCATGTGTATTCTGGGAACTGAATTC  1079