BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068C03
Chromosome17 (Build37)
Map Location 33,665,506 - 33,782,234
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdamts10, Myo1f, Zfp414, Pram1
Upstream geneEG208285, Cyp4f16, LOC667178, LOC677156, EG631304, Cyp4f15, LOC623809, 9030612M13Rik, Zfp811, 6030490I01Rik, LOC631266, BC066107, Cyp4f14, Cyp4f13, 6030422M01Rik, Zfp472, C920016K16Rik, 1700065O13Rik, 4921501E09Rik, Zfp563, Morc2b, LOC100038859, LOC100038860, LOC100043474, Zfp422-rs1, Olfr63, LOC100043468, Zfp81, Zfp101, 1700029I08Rik, LOC100042953
Downstream geneHnrpm, March2, Rab11b, Angptl4, Ankrd47, Rps28, Ndufa7, Cd320, LOC100042967, LOC630219, LOC100042970, BC051226, Daxx, Zbtb22, Tapbp, Rgl2, H2-Ke2, Wdr46, B3galt4, Rps18, Vps52, EG630499, LOC100042989, AA388235, H2-K1, LOC654352, Ring1, H2-Ke6, Slc39a7, Rxrb, Col11a2, LOC672505, H2-Pa, H2-Oa, Brd2, LOC100043003, LOC100043522, H2-DMa, H2-DMb2, H2-DMb1, Psmb9, Tap1, Psmb8, Tap2, H2-Ob, H2-Ab1, H2-Aa, H2-Eb1, H2-Eb2, H2-Ea, Btnl2, LOC100038862, LOC667442, BC051142, EG632126, Btnl5, LOC624681, Btnl7, Notch4, Gpsm3, Pbx2, Ager, Rnf5, Agpat1, Egfl8, Ppt2, Prrt1, Fkbpl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068C03.bB6Ng01-068C03.g
ACCDH886810DH886811
length1,089855
definitionDH886810|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C03, 5' end.DH886811|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,665,506 - 33,666,603)(33,781,381 - 33,782,234)
sequence
gaattcatggctgggactgtataggctgaatagtcactaggtgacctgga
ttcaaggataggtaaggcatggctggctttggcagcaggcacccacccct
cttatcccttttcctacagatgagctcctgtccagtttggagagctatga
gattgccttcccaactcgagtggaccacaacggggcaatgctggccttct
ctccacctgccttccggaggcagcgtcggggtgcaggggctacaactgag
tcccgcctattctacaaggtggccgcacccagcactcacttcctgctgaa
cctgacccgcagcccccgtctcctggcagggcacgtctcggtggaatact
ggacacgggaaggcctggcttggcagagggctgcccgggcccactgccta
tacgctggccacctgcagggccaggctggtagctcccatgtggccgtcag
cacctgtgggggcctggtgagctgaggattctgggaagcaggggatatac
ccacttccttctgggagttaagaaaaacacatgatcaacacaatgtaaca
atcatagtaggtaaagaagcagaagatgtaattaaaggaaaatgtataga
cttatgtaaggctgaaagcaatgggacatgtgtctcaagagcgtagacaa
aaagcatagcaccgtaaagtcactagcagtcggatggctcaatggataaa
agcacttgctatcaagcctgaagccttgactttgatccccaggacccagg
ttatggaggagagagaggaacttccttaagttgtcctctgagctctaccc
acacacatccacacacagataagtgtagtaaaaagacccttatatggaat
aaaacatttaggaggggttgaagagagggaaaaggagagaaaatgtaatt
taacttaaaggtttaggtgttttgttttcttttctttaagactgggactg
gggaggtggcttaattaatagagtctagacacaggaaatgcttagatccc
aggctgtgccccctataactgaagggctgggtcacaggaggagagaggaa
gattctggcgtctggaaggccactagtctaacaggaaaa
gaattctcagccctagcacccctcctttctctggatgtaggccaagcaca
cttacacttgcccttggggtcccggcagagcatctcatccttgctagtga
actcgatcacctctaggatctctccacgccggatgcccaggtgcttgcca
cccccacgccgggtcttggcattggggtcaatcatcatcttcgtgtgaat
cacaatctcaccttcaaacttggagaacatcatgttaagacttaacttct
gctgttagtttggtttcttcctcaggatggaagtcctgggtcctagatac
caatcctcccagaattctttactccatgttctcaccttaaacttctttct
aaactctctctcagccttttctgccttcctgatctgtttcagcagcttgg
ggtctgtagctggcagctgctgtggctgagtggccttcttcctgaaagac
ccaggtattggagtatttatgagcaagaagtagtcccatctgagtaccag
agctcagcccaacaccttaacaccccatttgccttgtgtacctgagctct
ggctcctgttgaggccatctggtggcttgctgggtagacagcatttcatc
tgagagcattggacagagtcaggacaaaggccccctgttgtgtacctcta
ccctagtgacttgtgagatgatcctacccactctgggttttcagtgaccc
ctgaatctcaatcacttttctccacctttctcattagctcctgtgggtaa
ggttcactttggtgaggaaaataaaggctgaaaagtttgtcagctcttta
aggctacccagctagtaaaattgtagaggtgggatggatttgttggggtg
ggcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_33665506_33666603
seq2: B6Ng01-068C03.b_45_1133

seq1  GAATTCATGGCTGGGACTGTATAGGCTGAATAGTCACTAGGTGACCTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGCTGGGACTGTATAGGCTGAATAGTCACTAGGTGACCTGGA  50

seq1  TTCAAGGATAGGTAAGGCATGGCTGGCTTTGGCAGCAGGCACCCACCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGATAGGTAAGGCATGGCTGGCTTTGGCAGCAGGCACCCACCCCT  100

seq1  CTTATCCCTTTTCCTACAGATGAGCTCCTGTCCAGTTTGGAGAGCTATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCCCTTTTCCTACAGATGAGCTCCTGTCCAGTTTGGAGAGCTATGA  150

seq1  GATTGCCTTCCCAACTCGAGTGGACCACAACGGGGCAATGCTGGCCTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCCTTCCCAACTCGAGTGGACCACAACGGGGCAATGCTGGCCTTCT  200

seq1  CTCCACCTGCCTTCCGGAGGCAGCGTCGGGGTGCAGGGGCTACAACTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCTGCCTTCCGGAGGCAGCGTCGGGGTGCAGGGGCTACAACTGAG  250

seq1  TCCCGCCTATTCTACAAGGTGGCCGCACCCAGCACTCACTTCCTGCTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGCCTATTCTACAAGGTGGCCGCACCCAGCACTCACTTCCTGCTGAA  300

seq1  CCTGACCCGCAGCCCCCGTCTCCTGGCAGGGCACGTCTCGGTGGAATACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCCGCAGCCCCCGTCTCCTGGCAGGGCACGTCTCGGTGGAATACT  350

seq1  GGACACGGGAAGGCCTGGCTTGGCAGAGGGCTGCCCGGGCCCACTGCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACGGGAAGGCCTGGCTTGGCAGAGGGCTGCCCGGGCCCACTGCCTA  400

seq1  TACGCTGGCCACCTGCAGGGCCAGGCTGGTAGCTCCCATGTGGCCGTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCTGGCCACCTGCAGGGCCAGGCTGGTAGCTCCCATGTGGCCGTCAG  450

seq1  CACCTGTGGGGGCCTGGTGAGCTGAGGATTCTGGGAAGCAGGGGATATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTGGGGGCCTGGTGAGCTGAGGATTCTGGGAAGCAGGGGATATAC  500

seq1  CCACTTCCTTCTGGGAGTTAAGAAAAACACATGATCAACACAATGTAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCCTTCTGGGAGTTAAGAAAAACACATGATCAACACAATGTAACA  550

seq1  ATCATAGTAGGTAAAGAAGCAGAAGATGTAATTAAAGGAAAATGTATAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGTAGGTAAAGAAGCAGAAGATGTAATTAAAGGAAAATGTATAGA  600

seq1  CTTATGTAAGGCTGAAAGCAATGGGACATGTGTCTCAAGAGCGTAGACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTAAGGCTGAAAGCAATGGGACATGTGTCTCAAGAGCGTAGACAA  650

seq1  AAAGCATAGCACCGTAAAGTCACTAGCAGTCGGATGGCTCAATGGATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATAGCACCGTAAAGTCACTAGCAGTCGGATGGCTCAATGGATAAA  700

seq1  AGCACTTGCTATCAAGCCTGAAGCCTTGACTTTGATCCCCAGGACCCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGCTATCAAGCCTGAAGCCTTGACTTTGATCCCCAGGACCCAGG  750

seq1  TTATGGAGGAGAGAGAGGAACTTCCTTAAGTTGTCCTCTGAGCTCTACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGAGGAGAGAGAGGAACTTCCTTAAGTTGTCCTCTGAGCTCTACCC  800

seq1  ACACACATCCACACACAGATAAGTGTAGTAAAAAGACCCTTATATGGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACACACATCCACACACAGATAAGTGTAGTAAAAAGACCCTTATATGGAA-  849

seq1  TAAAACATTTAGGAGGGGTTGAAGAGAGGGAAAAGGAGAGAAAATGTAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACATTTAGGAGGGGTTGAAGAGAGGGAAAAGGAGAGAAAATGTAAT  899

seq1  TTAACTTAAAAGGTTTTAGATGTTTTGTTTTCTTTTCTTTTAAGACTGGG  950
      ||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTAACTTAAA--GGTTTAGGTGTTTTGTTTTCTTTTC-TTTAAGACTGGG  946

seq1  ACTGGGGAGGTGGCTTAATTAATAGAGTCTAGACACAGGAAATTGCTTAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACTGGGGAGGTGGCTTAATTAATAGAGTCTAGACACAGGAAA-TGCTTAG  995

seq1  ATCCCAGGCTGTGCACACCTATAACTGAAGGGCTGGGTCACAGGAGGAGA  1050
      |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGGCTGTGC-CCCCTATAACTGAAGGGCTGGGTCACAGGAGGAGA  1044

seq1  GAGGAAGATTCTGGCGATCTTGATAGCCAACTAGTCTAACCAGGAAAA  1098
      |||||||||||||||| ||| || || | |||||||||| ||||||||
seq2  GAGGAAGATTCTGGCG-TCTGGA-AGGCCACTAGTCTAA-CAGGAAAA  1089

seq1: chr17_33781381_33782234
seq2: B6Ng01-068C03.g_69_923 (reverse)

seq1  AGGCCCACCCC-ACAAATCCATCCCACCTCTACAATTTTACTAGCTGGGT  49
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCACCCCAACAAATCCATCCCACCTCTACAATTTTACTAGCTGGGT  50

seq1  AGCCTTAAAGAGCTGACAAACTTTTCAGCCTTTATTTTCCTCACCAAAGT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTAAAGAGCTGACAAACTTTTCAGCCTTTATTTTCCTCACCAAAGT  100

seq1  GAACCTTACCCACAGGAGCTAATGAGAAAGGTGGAGAAAAGTGATTGAGA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTACCCACAGGAGCTAATGAGAAAGGTGGAGAAAAGTGATTGAGA  150

seq1  TTCAGGGGTCACTGAAAACCCAGAGTGGGTAGGATCATCTCACAAGTCAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGGTCACTGAAAACCCAGAGTGGGTAGGATCATCTCACAAGTCAC  200

seq1  TAGGGTAGAGGTACACAACAGGGGGCCTTTGTCCTGACTCTGTCCAATGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTAGAGGTACACAACAGGGGGCCTTTGTCCTGACTCTGTCCAATGC  250

seq1  TCTCAGATGAAATGCTGTCTACCCAGCAAGCCACCAGATGGCCTCAACAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGATGAAATGCTGTCTACCCAGCAAGCCACCAGATGGCCTCAACAG  300

seq1  GAGCCAGAGCTCAGGTACACAAGGCAAATGGGGTGTTAAGGTGTTGGGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGAGCTCAGGTACACAAGGCAAATGGGGTGTTAAGGTGTTGGGCT  350

seq1  GAGCTCTGGTACTCAGATGGGACTACTTCTTGCTCATAAATACTCCAATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTGGTACTCAGATGGGACTACTTCTTGCTCATAAATACTCCAATA  400

seq1  CCTGGGTCTTTCAGGAAGAAGGCCACTCAGCCACAGCAGCTGCCAGCTAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTCTTTCAGGAAGAAGGCCACTCAGCCACAGCAGCTGCCAGCTAC  450

seq1  AGACCCCAAGCTGCTGAAACAGATCAGGAAGGCAGAAAAGGCTGAGAGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCCAAGCTGCTGAAACAGATCAGGAAGGCAGAAAAGGCTGAGAGAG  500

seq1  AGTTTAGAAAGAAGTTTAAGGTGAGAACATGGAGTAAAGAATTCTGGGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGAAAGAAGTTTAAGGTGAGAACATGGAGTAAAGAATTCTGGGAG  550

seq1  GATTGGTATCTAGGACCCAGGACTTCCATCCTGAGGAAGAAACCAAACTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGTATCTAGGACCCAGGACTTCCATCCTGAGGAAGAAACCAAACTA  600

seq1  ACAGCAGAAGTTAAGTCTTAACATGATGTTCTCCAAGTTTGAAGGTGAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGAAGTTAAGTCTTAACATGATGTTCTCCAAGTTTGAAGGTGAGA  650

seq1  TTGTGATTCACACGAAGATGATGATTGACCCCAATGCCAAGACCCGGCGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATTCACACGAAGATGATGATTGACCCCAATGCCAAGACCCGGCGT  700

seq1  GGGGGTGGCAAGCACCTGGGCATCCGGCGTGGAGAGATCCTAGAGGTGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGCAAGCACCTGGGCATCCGGCGTGGAGAGATCCTAGAGGTGAT  750

seq1  CGAGTTCACTAGCAAGGATGAGATGCTCTGCCGGGACCCCAAGGGCAAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTTCACTAGCAAGGATGAGATGCTCTGCCGGGACCCCAAGGGCAAGT  800

seq1  GTAAGTGTGCTTGGCCTACATCCAGAGAAAGGAGGGGTGCTAGGGCTGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTGTGCTTGGCCTACATCCAGAGAAAGGAGGGGTGCTAGGGCTGAG  850

seq1  AATTC  854
      |||||
seq2  AATTC  855