BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069O01
Chromosome17 (Build37)
Map Location 66,489,513 - 66,620,187
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDdx11, LOC100043599, LOC100043875
Upstream geneE130009J12Rik, LOC668655, LOC674701, Vapa, Txndc2, Rab31, Ppp4r1, Ralbp1, LOC100043873, LOC100043592, Twsg1, Ankrd12, 5430411C19Rik, Ndufv2, ORF19
Downstream gene1110012J17Rik, LOC100043876, Rab12, 9130404H23Rik, Ptprm
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069O01.bB6Ng01-069O01.g
ACCDH888047DH888048
length921856
definitionDH888047|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069O01, 5' end.DH888048|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069O01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,619,268 - 66,620,187)(66,489,513 - 66,490,369)
sequence
gaattctctaagaatgcatgagtgtggaggcaggagtagaagcttgaggc
tatcctgagctacgtagggagccaaggcaagcaagcaagcaagcaagcaa
gctagactgtcactaaaacaagtcttgctttcagtcccactgtcaggaac
atagcctcacctgggtgtttaggtcagactaagctgctgtgtgcacatag
acacagacatgatagccagggctataccgagaaaccctgtctcggggggt
gggggccgggagggggaaagtcaaggttagcttgttgatatgtggagtca
ggctacagctcacccctgacgaagaagcctttaggatgagagtaaagagg
caggcagctttagggtaacccttgctcggtttagcagtccctgcaccatc
aggctgggaatagatactactgtaatgccattgggtgcagattcatccgg
ttatagatcccttaggaaaacagcggaactgtaagtactataaggcatga
aaaaaagaaaacgagtcaacacagggcaactttttccaaatgagttaaag
caaaaggaatttactaatgacactaactagggcagactgaagattcctgt
cttcaggggggaaatataggtctgtttggcgacctgtatgcttccttgtg
tatcagttggatcgagtggctttcagcacgattgactcccctttggtatg
ttctggttttctgggtcgaagtgcaagggctcagtcttagaacactggcc
tcacatacgttctgtttaatatctggctgctgcatcctgcagccatcact
gtgagcctaggggactgtgagaatctctcagaaggagtgagtgggtaaca
ttttcctcccagtccagcagagttgcttatcggaagctgcactctggaca
gcatacacgccagagaatccg
gaattcccttttttaggtaatgttaagcaaaatcctactacacagagcct
gtctcaaacaggtgaggaggttgctgtcaagggtgggaggtggtgtgagc
cacccagagcttaccagatagaactgggctgagaggacttggtaaggtac
aaaaccagcgtcctttgtctgctcacagggtctgagctgaagagcatcaa
cgactttctctttcagagccaggtggacaacatcaacctcttcaaggtaa
aggcctattctgatttaaacaccttttgactgacttaaggcactgaaagg
agaggtaggggaggaggccagctgttgtgcacttgcctgctgggttctgc
ctctagcacctaatcaagtagacctagaagcaataaggtgtaaatcactg
tccttgagtagtctaacacccaaggatctaagtcaggatgaggcagttac
caggtctttaacccggatagcagcagccaaatggttgtgccagggcgttg
gggttggtaaagggagcctgcgctttgcgtcccttgggataaacacagcc
gcctcttccctatccatctatgttctgccagtctttctccagggaattgt
tttcagcgtataaaccatggtgtgccgtatgaggcgagcaggacagcgtg
gctaggaccacccagccagtcttcctgctggagcctttgggtgggatggc
acacacagacctttgcttctgtagcctttgaaatctggtgctcccacagg
tgttaggccattataccacagcccagtgtgtctaattaagcctccatgga
tactgtccctttgttctgagcacactgccaggacatactatggccactta
agaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_66619268_66620187
seq2: B6Ng01-069O01.b_44_964 (reverse)

seq1  CGGATTCTCTAGCGTGTATGCCTGTCCAGAGTGCAGCTTCCGAT-AGCAA  49
      |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CGGATTCTCTGGCGTGTATG-CTGTCCAGAGTGCAGCTTCCGATAAGCAA  49

seq1  CTCTGCTGGGCTGGATGGAAAATGTTACCCACTCACTCC-TCTGAGAGAT  98
      ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTCTGCTGGACTGGGAGGAAAATGTTACCCACTCACTCCTTCTGAGAGAT  99

seq1  TCTCACCGTCCCCTAGGCTCACAGTGATGGCTGCAGGATGCAGCAGCCAG  148
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAGTCCCCTAGGCTCACAGTGATGGCTGCAGGATGCAGCAGCCAG  149

seq1  ATATTAAACAGAACGTATGTGAGGCCAGTGTTCTAAGACTGAGCCCTTGC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAACAGAACGTATGTGAGGCCAGTGTTCTAAGACTGAGCCCTTGC  199

seq1  ACTTCGACCCAGAAAACCAGAACATACCAAAGGGGAGTCAATCGTGCTGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCGACCCAGAAAACCAGAACATACCAAAGGGGAGTCAATCGTGCTGA  249

seq1  AAGCCACTCGATCCAACTGATACACAAGGAAGCATACAGGTCGCCAAACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACTCGATCCAACTGATACACAAGGAAGCATACAGGTCGCCAAACA  299

seq1  GACCTATATTTCCCCCCTGAAGACAGGAATCTTCAGTCTGCCCTAGTTAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTATATTTCCCCCCTGAAGACAGGAATCTTCAGTCTGCCCTAGTTAG  349

seq1  TGTCATTAGTAAATTCCTTTTGCTTTAACTCATTTGGAAAAAGTTGCCCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTAGTAAATTCCTTTTGCTTTAACTCATTTGGAAAAAGTTGCCCT  399

seq1  GTGTTGACTCGTTTTCTTTTTTTCATGCCTTATAGTACTTACAGTTCCGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGACTCGTTTTCTTTTTTTCATGCCTTATAGTACTTACAGTTCCGC  449

seq1  TGTTTTCCTAAGGGATCTATAACCGGATGAATCTGCACCCAATGGCATTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCCTAAGGGATCTATAACCGGATGAATCTGCACCCAATGGCATTA  499

seq1  CAGTAGTATCTATTCCCAGCCTGATGGTGCAGGGACTGCTAAACCGAGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTATCTATTCCCAGCCTGATGGTGCAGGGACTGCTAAACCGAGCA  549

seq1  AGGGTTACCCTAAAGCTGCCTGCCTCTTTACTCTCATCCTAAAGGCTTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTACCCTAAAGCTGCCTGCCTCTTTACTCTCATCCTAAAGGCTTCT  599

seq1  TCGTCAGGGGTGAGCTGTAGCCTGACTCCACATATCAACAAGCTAACCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCAGGGGTGAGCTGTAGCCTGACTCCACATATCAACAAGCTAACCTT  649

seq1  GACTTTCCCCCTCCCGGCCCCCACCCCCCGAGACAGGGTTTCTCGGTATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTCCCCCTCCCGGCCCCCACCCCCCGAGACAGGGTTTCTCGGTATA  699

seq1  GCCCTGGCTATCATGTCTGTGTCTATGTGCACACAGCAGCTTAGTCTGAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGCTATCATGTCTGTGTCTATGTGCACACAGCAGCTTAGTCTGAC  749

seq1  CTAAACACCCAGGTGAGGCTATGTTCCTGACAGTGGGACTGAAAGCAAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACACCCAGGTGAGGCTATGTTCCTGACAGTGGGACTGAAAGCAAGA  799

seq1  CTTGTTTTAGTGACAGTCTAGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCCTTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTAGTGACAGTCTAGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCCTTG  849

seq1  GCTCCCTACGTAGCTCAGGATAGCCTCAAGCTTCTACTCCTGCCTCCACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTACGTAGCTCAGGATAGCCTCAAGCTTCTACTCCTGCCTCCACA  899

seq1  CTCATGCATTCTTAGAGAATTC  920
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCATTCTTAGAGAATTC  921

seq1: chr17_66489513_66490369
seq2: B6Ng01-069O01.g_68_923

seq1  GAATTCCCTTTTTTAGGTAATGTTAAGCAAAATCCTACTACACAGAGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTTTTTAGGTAATGTTAAGCAAAATCCTACTACACAGAGCCT  50

seq1  GTCTCAAACAGGTGAGGAGGTTGCTGTCAAGGGTGGGAGGTGGTGTGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAAACAGGTGAGGAGGTTGCTGTCAAGGGTGGGAGGTGGTGTGAGC  100

seq1  CACCCAGAGCTTACCAGATAGAACTGGGCTGAGAGGACTTGGTAAGGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGAGCTTACCAGATAGAACTGGGCTGAGAGGACTTGGTAAGGTAC  150

seq1  AAAACCAGCGTCCTTTGTCTGCTCACAGGGTCTGAGCTGAAGAGCATCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAGCGTCCTTTGTCTGCTCACAGGGTCTGAGCTGAAGAGCATCAA  200

seq1  CGACTTTCTCTTTCAGAGCCAGGTGGACAACATCAACCTCTTCAAGGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTTTCTCTTTCAGAGCCAGGTGGACAACATCAACCTCTTCAAGGTAA  250

seq1  AGGCCTATTCTGATTTAAACACCTTTTGACTGACTTAAGGCACTGAAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTATTCTGATTTAAACACCTTTTGACTGACTTAAGGCACTGAAAGG  300

seq1  AGAGGTAGGGGAGGAGGCCAGCTGTTGTGCACTTGCCTGCTGGGTTCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAGGGGAGGAGGCCAGCTGTTGTGCACTTGCCTGCTGGGTTCTGC  350

seq1  CTCTAGCACCTAATCAAGTAGACCTAGAAGCAATAAGGTGTAAATCACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCACCTAATCAAGTAGACCTAGAAGCAATAAGGTGTAAATCACTG  400

seq1  TCCTTGAGTAGTCTAACACCCAAGGATCTAAGTCAGGATGAGGCAGTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGAGTAGTCTAACACCCAAGGATCTAAGTCAGGATGAGGCAGTTAC  450

seq1  CAGGTCTTTAACCCGGATAGCAGCAGCCAAATGGTTGTGCCAGGGCGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTTTAACCCGGATAGCAGCAGCCAAATGGTTGTGCCAGGGCGTTG  500

seq1  GGGTTGGTAAAGGGAGCCTGCGCTTTGCGTCCCTTGGGATAAACACAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGTAAAGGGAGCCTGCGCTTTGCGTCCCTTGGGATAAACACAGCC  550

seq1  GCCTCTTCCCTATCCATCTATGTTCTGCCAGTCTTTCTCCAGGGAATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTCCCTATCCATCTATGTTCTGCCAGTCTTTCTCCAGGGAATTGT  600

seq1  TTTCAGCGTATAAACCATGGTGTGCCGTATGAGGCGAGCAGGACAGCGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCGTATAAACCATGGTGTGCCGTATGAGGCGAGCAGGACAGCGTG  650

seq1  GCTAGGACCACCCAGCCAGTCTTCCTGCTGGAGCC-TTGGGTGGGATGGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCTAGGACCACCCAGCCAGTCTTCCTGCTGGAGCCTTTGGGTGGGATGGC  700

seq1  ACACACAGACCTTTGCTTCTGTTAGCCTTTGAAATCTGGTGCTCCCACAG  749
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGACCTTTGCTTCTG-TAGCCTTTGAAATCTGGTGCTCCCACAG  749

seq1  GTGTTAGGCCATTATACCACAGCCCAGTGTGTCTAAATTAAGCCTCCATG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTGTTAGGCCATTATACCACAGCCCAGTGTGTCT-AATTAAGCCTCCATG  798

seq1  GATACTGTCCCTTTGTTCTGAGCACACTGCCAGGACATACTATGGCCACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGTCCCTTTGTTCTGAGCACACTGCCAGGACATACTATGGCCACT  848

seq1  TAAGAACA  857
      ||||||||
seq2  TAAGAACA  856