BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-070H06
Chromosome17 (Build37)
Map Location 14,569,839 - 14,780,141
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041352, LOC667372, LOC667384, Smok4a, Tcte2, Mllt4, LOC100041464, EG635895, EG664821, EG664831, 4930488N24Rik, Dact2, Smoc2, LOC664856
Downstream geneThbs2, LOC100041236, Wdr27, LOC664893, 1600012H06Rik, Phf10, LOC100041586, LOC100041574, LOC100041289, LOC100041639, LOC100041621, LOC100041301, 9030025P20Rik, Tcte3, C330048F19, LOC664953, Dll1, LOC100041314, 4932442K08Rik, Psmb1, Tbp, Pdcd2, LOC636398, Prdm9, EG626573, LOC665017, LOC100041775
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-070H06.bB6Ng01-070H06.g
ACCDH888455DH888456
length1,1651,151
definitionDH888455|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070H06, 5' end.DH888456|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,569,839 - 14,571,003)(14,778,977 - 14,780,141)
sequence
gaattcaaaagcagagaggactgctgccctgtgagaggataaagggagga
gtagagggcgtcgtcccatgccaaagccgaggctaatgtccaggagctgg
aagaggcataagctacccagtgctggatttgtcacatggtcctgctgaga
ccccctgctacatccacattctggttttgagacactgagagggcgattct
gctgtttgaaactgctcagcttgtggtcattgctgttggcagctgtaagg
taccaccatggcttcctgtacctaagctgccaagccttcattgcattgat
gatgccagcctggctccacaagaacaacactcctcagtgctgtggagtct
ttgccttcaacccactctgggggcaatgctggcttcggtgtgcttctggg
gtggctactggtgcctacctgaagccagggaagaggtgtgtgaatgaagg
cctggccagcgaaagcagtgtcccctccacctgaagagatgcacaggatg
ccttcgcagcagagtaagaaagagacttctattttgggcacagaatccct
tcctgcctggatcatcagggtggatatcggcatgacatagaaaaaccaaa
ccgcctcaaggttggatgagctggggtcagaaatttattctgaaaccgtt
agctctgtgtagtgtggacattccaaacaatgaaacgtgtaacatcttca
acatttccatctgtaatggcactaagatctcctacatggtggagactgtg
accctcctgtatgatgtagactatgatcatccagtatggtatagactgtg
gcctcttatatggtgtagactgtggccctcctgtatgaagtagactgtag
atctcttgtgtaggggaggctgtgacctccctatatggtggtgttcaggg
tttgagacaccttcagaaatgtaggtctgagtgaggagccaaatcaccct
ctcttttccatttaagacaatactacataaccttgacctctggataaaac
tattttatagaatcctgtatgcacctgaacttgttaaaactagcagcaga
agagacctggtacctcttcctcattgaattcactggacctggttcctcag
agactgtaactctccctcctcctctgctcttaacggtgctacctccaaat
tgccatttgtccact
gaattcatctcaaccatgtcccaccaaatgctttgataactgcttggagc
tttaaaccccatgtgctcaggagcatgggtggatatagagagtctggttt
aatcaaattcatcatgagacttacaaagttggggactacaattagtcaag
gtgtgaaagtaactaatcatggtacttagaacctgtagactgggggtatt
agacttcaagagagaagagaatttctctaaaaaggtgagcacatcagtgg
ggtaaggcttccaggagaaacgatggaatgacaataaactaccaaggaaa
ggggagtggagggcttaaaaccctcagattgttcctcagcagagcaggac
ttcttgtccttcacagagtctcctgcatcacagaaggaagatgggtcata
cggaagtttagcaactgtctggattcaatttttagtcctagattgaagat
ctagccaatgactgtacttggaaactaagtcctcagatataaggacatcg
atatgatgacatatgagaccataaacttataggatctatgtctctaggaa
gaggatgaggccaccaagtaccacaaagaggaaagagaatgtgaggatgc
ttctaggaggaggtagtctggaaactgggaaagaaagccaatcagctgtc
tctgacattgatcccagcccccagagctgtgaaacgaagccatgctgttt
aagctgctccactctagaatggaggtaactggcatgcttgcctttgctta
cacatcctgagcctgccactctgaccacacggtgagaaagaatcagagat
gttgtcaacgtaacaaagcacccaaactgcagtcccataaacgttgggga
cccaagggtgtgtctttcaatagtccagacatggtcctcagtgttcaggg
tcatatcagtctaatgtaacccagggctgacttctgaaaacctggttctc
ttgctgttcacctgtgagacctgagagctgtgctgggagctcgtgccacc
aaaggtatcatagcctgagggtctacactcagtttctgacatattttcac
agtctagtgattgtcctcccacagcaagttaatggcttctaggctgcaga
tgctatgctaggtcttctttaagtctcgttaagtcatgctacttcatggc
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_14569839_14571003
seq2: B6Ng01-070H06.b_45_1209

seq1  GAATTCAAAAGCAGAGAGGACTGCTGCCCTGTGAGAGGATAAAGGGAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGCAGAGAGGACTGCTGCCCTGTGAGAGGATAAAGGGAGGA  50

seq1  GTAGAGGGCGTCGTCCCATGCCAAAGCCGAGGCTAATGTCCAGGAGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGGGCGTCGTCCCATGCCAAAGCCGAGGCTAATGTCCAGGAGCTGG  100

seq1  AAGAGGCATAAGCTACCCAGTGCTGGATTTGTCACATGGTCCTGCTGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGCATAAGCTACCCAGTGCTGGATTTGTCACATGGTCCTGCTGAGA  150

seq1  CCCCCTGCTACATCCACATTCTGGTTTTGAGACACTGAGAGGGCGATTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGCTACATCCACATTCTGGTTTTGAGACACTGAGAGGGCGATTCT  200

seq1  GCTGTTTGAAACTGCTCAGCTTGTGGTCATTGCTGTTGGCAGCTGTAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTGAAACTGCTCAGCTTGTGGTCATTGCTGTTGGCAGCTGTAAGG  250

seq1  TACCACCATGGCTTCCTGTACCTAAGCTGCCAAGCCTTCATTGCATTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCATGGCTTCCTGTACCTAAGCTGCCAAGCCTTCATTGCATTGAT  300

seq1  GATGCCAGCCTGGCTCCACAAGAACAACACTCCTCAGTGCTGTGGAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCAGCCTGGCTCCACAAGAACAACACTCCTCAGTGCTGTGGAGTCT  350

seq1  TTGCCTTCAACCCACTCTGGGGGCAATGCTGGCTTCGGTGTGCTTCTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTCAACCCACTCTGGGGGCAATGCTGGCTTCGGTGTGCTTCTGGG  400

seq1  GTGGCTACTGGTGCCTACCTGAAGCCAGGGAAGAGGTGTGTGAATGAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTACTGGTGCCTACCTGAAGCCAGGGAAGAGGTGTGTGAATGAAGG  450

seq1  CCTGGCCAGCGAAAGCAGTGTCCCCTCCACCTGAAGAGATGCACAGGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCAGCGAAAGCAGTGTCCCCTCCACCTGAAGAGATGCACAGGATG  500

seq1  CCTTCGCAGCAGAGTAAGAAAGAGACTTCTATTTTGGGCACAGAATCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCGCAGCAGAGTAAGAAAGAGACTTCTATTTTGGGCACAGAATCCCT  550

seq1  TCCTGCCTGGATCATCAGGGTGGATATCGGCATGACATAGAAAAACCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCTGGATCATCAGGGTGGATATCGGCATGACATAGAAAAACCAAA  600

seq1  CCGCCTCAAGGTTGGATGAGCTGGGGTCAGAAATTTATTCTGAAACCGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCTCAAGGTTGGATGAGCTGGGGTCAGAAATTTATTCTGAAACCGTT  650

seq1  AGCTCTGTGTAGTGTGGACATTCCAAACAATGAAACGTGTAACATCTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGTGTAGTGTGGACATTCCAAACAATGAAACGTGTAACATCTTCA  700

seq1  ACATTTCCATCTGTAATGGCACTAAGATCTCCTACATGGTGGAGACTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCATCTGTAATGGCACTAAGATCTCCTACATGGTGGAGACTGTG  750

seq1  ACCCTCCTGTATGATGTAGACTATGATCATCCAGTATGGTATAGACTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCCTGTATGATGTAGACTATGATCATCCAGTATGGTATAGACTGTG  800

seq1  GCCTCTTATATGGTGTAGACTGTGGCCCTCCTGTATGAAGTAGACTGTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTATATGGTGTAGACTGTGGCCCTCCTGTATGAAGTAGACTGTAG  850

seq1  ATCTCTTGTGTAGGGGAGGCTGTGACCTCCCTATATGGTGGTGTTCAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTGTGTAGGGGAGGCTGTGACCTCCCTATATGGTGGTGTTCAGGG  900

seq1  TTTGAGACACCTTCAGAAATGTAGGTCTGAGTGAGGAGCCAAATCACCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGACACCTTCAGAAATGTAGGTCTGAGTGAGGAGCCAAATCACCCT  950

seq1  CTCTTTTCCATTTAAGACAATACTACATAACCTTGACCTCTGGATAAAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTCCATTTAAGACAATACTACATAACCTTGACCTCTGGATAAAAC  1000

seq1  TATTTTATAGAATCCTGTATGCAACCTGAACTTGTTAAAACTAAGCAGCA  1050
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TATTTTATAGAATCCTGTATGC-ACCTGAACTTGTTAAAACT-AGCAGC-  1047

seq1  AGAAGAGACCCTGGTACCTCTT-CTCATTGAATTCACTGGAACTGG-TCC  1098
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||
seq2  AGAAGAGA-CCTGGTACCTCTTCCTCATTGAATTCACTGGACCTGGTTCC  1096

seq1  TCAGAGACTGT-ACTCTC---TCTCCTCTGCTCTTAACCGTGCTACCTCC  1144
      ||||||||||| ||||||    |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAGAGACTGTAACTCTCCCTCCTCCTCTGCTCTTAACGGTGCTACCTCC  1146

seq1  AAATCTGCCATCTGTCTCACT  1165
      |||| |||||| |||| ||||
seq2  AAAT-TGCCATTTGTC-CACT  1165

seq1: chr17_14778977_14780141
seq2: B6Ng01-070H06.g_66_1216 (reverse)

seq1  AGCCATGAAGTAGGCATGACTTAACGAGGACTCTAAAGAAGGACCTAGGC  50
      |||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||
seq2  AGCCATGAAGTA-GCATGACTTAACGA-GACT-TAAAGAA-GACCTA-GC  45

seq1  ACTAGCATCTTGGCACGCTAG-AGCCATTTACCTGCTGTGGGAGGACAAT  99
      | ||||||||  |||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||
seq2  A-TAGCATCT--GCAGCCTAGAAGCCATTAACTTGCTGTGGGAGGACAAT  92

seq1  CACCTAGACTGTGAGATATTGTCAGAAACCTTGAGTGTAGACCCTCAGGC  149
      || ||||||||||| |   ||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  CA-CTAGACTGTGAAAATATGTCAGAAAC--TGAGTGTAGACCCTCAGGC  139

seq1  TATGATACCTTTGGTGGCACGAGCTCCCAGCACAGCCTCTTCAGGTCTCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  TATGATACCTTTGGTGGCACGAGCTCCCAGCACAG-CTC-TCAGGTCTCA  187

seq1  CAGGTGAACAGCAAGGAGAACCAGGTTTTCAGAAGTCAGCCCTGGGTTAC  249
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAACAGCAA-GAGAACCAGGTTTTCAGAAGTCAGCCCTGGGTTAC  236

seq1  ATTAGACCTGATATGACCCTGAACACTGAGGACCATGTCTGGACTATTGA  299
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGA-CTGATATGACCCTGAACACTGAGGACCATGTCTGGACTATTGA  285

seq1  AAGACACACCCTTGGGTCCCCAACGTTTATGGGACTGCAGTTTGGGTGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACACCCTTGGGTCCCCAACGTTTATGGGACTGCAGTTTGGGTGCT  335

seq1  TTGTTACGTTGACAACATCTCTGATTCTTTCTCACCGTGTGGTCAGAGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACGTTGACAACATCTCTGATTCTTTCTCACCGTGTGGTCAGAGTG  385

seq1  GCAGGCTCAGGATGTGTAAGCAAAGGCAAGCATGCCAGTTACCTCCATTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTCAGGATGTGTAAGCAAAGGCAAGCATGCCAGTTACCTCCATTC  435

seq1  TAGAGTGGAGCAGCTTAAACAGCATGGCTTCGTTTCACAGCTCTGGGGGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGGAGCAGCTTAAACAGCATGGCTTCGTTTCACAGCTCTGGGGGC  485

seq1  TGGGATCAATGTCAGAGACAGCTGATTGGCTTTCTTTCCCAGTTTCCAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCAATGTCAGAGACAGCTGATTGGCTTTCTTTCCCAGTTTCCAGA  535

seq1  CTACCTCCTCCTAGAAGCATCCTCACATTCTCTTTCCTCTTTGTGGTACT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCCTCCTAGAAGCATCCTCACATTCTCTTTCCTCTTTGTGGTACT  585

seq1  TGGTGGCCTCATCCTCTTCCTAGAGACATAGATCCTATAAGTTTATGGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCCTCATCCTCTTCCTAGAGACATAGATCCTATAAGTTTATGGTC  635

seq1  TCATATGTCATCATATCGATGTCCTTATATCTGAGGACTTAGTTTCCAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGTCATCATATCGATGTCCTTATATCTGAGGACTTAGTTTCCAAG  685

seq1  TACAGTCATTGGCTAGATCTTCAATCTAGGACTAAAAATTGAATCCAGAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCATTGGCTAGATCTTCAATCTAGGACTAAAAATTGAATCCAGAC  735

seq1  AGTTGCTAAACTTCCGTATGACCCATCTTCCTTCTGTGATGCAGGAGACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTAAACTTCCGTATGACCCATCTTCCTTCTGTGATGCAGGAGACT  785

seq1  CTGTGAAGGACAAGAAGTCCTGCTCTGCTGAGGAACAATCTGAGGGTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAAGGACAAGAAGTCCTGCTCTGCTGAGGAACAATCTGAGGGTTTT  835

seq1  AAGCCCTCCACTCCCCTTTCCTTGGTAGTTTATTGTCATTCCATCGTTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTCCACTCCCCTTTCCTTGGTAGTTTATTGTCATTCCATCGTTTC  885

seq1  TCCTGGAAGCCTTACCCCACTGATGTGCTCACCTTTTTAGAGAAATTCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAAGCCTTACCCCACTGATGTGCTCACCTTTTTAGAGAAATTCTC  935

seq1  TTCTCTCTTGAAGTCTAATACCCCCAGTCTACAGGTTCTAAGTACCATGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTTGAAGTCTAATACCCCCAGTCTACAGGTTCTAAGTACCATGA  985

seq1  TTAGTTACTTTCACACCTTGACTAATTGTAGTCCCCAACTTTGTAAGTCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTACTTTCACACCTTGACTAATTGTAGTCCCCAACTTTGTAAGTCT  1035

seq1  CATGATGAATTTGATTAAACCAGACTCTCTATATCCACCCATGCTCCTGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGAATTTGATTAAACCAGACTCTCTATATCCACCCATGCTCCTGA  1085

seq1  GCACATGGGGTTTAAAGCTCCAAGCAGTTATCAAAGCATTTGGTGGGACA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGGGGTTTAAAGCTCCAAGCAGTTATCAAAGCATTTGGTGGGACA  1135

seq1  TGGTTGAGATGAATTC  1165
      ||||||||||||||||
seq2  TGGTTGAGATGAATTC  1151