BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074D22
Chromosome17 (Build37)
Map Location 57,880,812 - 58,016,227
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap5c, LOC674419
Upstream geneNrtn, Dus3l, Gm546, Rfx2, Acsbg2, 1700061G19Rik, Mllt1, Asah3, Clpp, Alkbh7, Pspn, Gtf2f1, Khsrp, Slc25a41, Slc25a23, Crb3, Dennd1c, Tubb4, Tnfsf9, Cd70, Tnfsf14, C3, Gpr108, Trip10, LOC668635, Vav1, Emr1, EG224916
Downstream geneLOC620408, EG545216, LOC668648
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074D22.bB6Ng01-074D22.g
ACCDH891145DH891146
length1,1691,098
definitionDH891145|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074D22, 5' end.DH891146|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074D22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,015,066 - 58,016,227)(57,880,812 - 57,881,904)
sequence
gaattccacaggatacctatgtggtcctatgagagagcacactcttaaca
tgcatgactccctgggttaaagagtcagtacctcaaacaacaacaacaac
aaaacacaatgaattccttggtggatctttgggttggaggaacatgttgc
ctattacatgctgggaagaacgtttaatatagacttaaactccaagattt
ccttctggactgtgactttggatgtaacctgtatgaagactgagcacttt
ctctctcctaagcactcatgatgccctcatgtaagacatgtgttgtaggt
ttcgtcattatacttacccattctccagttgagttgagctgggctggacc
ttccagtgagatctgaggagctggagaaagccctcagtgagaggaaggaa
gtcaatgggtcatcacagttgtctgaaaagattgcaagagcaggaaaagt
cagattctatgggccagaaaaaaacttttacaaacaggaaacttatatta
taagcactctagtttattaaccatttgctctggagaagctagggaactct
ttttcagtgtgtgtatttgcagttacttctgaaaacccacacacatgact
tccttttagtgatagagaaaatgaggcctggtgggtgcattcaatctcac
aatactagtaaatattataaacaaaaattctcaggaagctttatttgagt
tacaaatccagctactcatctttccctttagttgagcatttcagcaaagc
ctcacaacatgtcttacaggatgtgatttatttatccatttcagcttcca
tgaatacttgcaataaatatgtctctcaaagcaggataactttccatttc
ttactacgacttgtgtgtaagcaagtgggaaatgtaatacttacacatat
gttcagttatgttacaggaagtaaaatagaatagtctcagatgtactaac
aggagttaaagtaggaacttcaatagataattttttagctttctctgctg
aggtactttctaaggctgttttgatatattaaacaggatgaggccatgga
caaatacataccatgaaatcagtctccttcatgttccacataatcacaga
gaactggattttagatggaagaaagctaagtctttcaccctttagcatat
accatataaaataaactgg
gaattcctaaagaaataggatgcagggattgatgagagtgaagacagggt
ctttggcaatatcaaccacagctcatttgccattaataagtcagcctatg
ttctgggctgataatagatgctctctggaggccagctttcttctccttca
caggcagagcggagctatggcaaagcaactatgggcctaaaggattgttt
ccaacagtcatagctctgaagacttctaatctcagaagaatcctctattt
aaatggaagaatgccaccttcaaggtgcccagcaaatgagaaaatttagt
tatcatacctgctattcatctgaacattctccttgttaaaagatcaaacc
attgctttaattaaaaggttaccagcaagactgatgggaggtccaggtgg
tgagcaagatggcacagactcagggcaccaagaggaaaatctgttactac
tacaagggggacgttggaaactattattatggacaagggcacccaatgaa
gcctcactgaatccatatgattcacaatttgctgctcaactgtggtctct
accacaaaatggaaatctattgtcttcacaaagccaaagctgaggagatg
agcaagtaccacagtgatgagtactttaaattcttgtgttctatctgccc
cgataatctgtctgaatacagcaagcagatgcagagattcaacgctggtg
aggactgtccggtgtttgatggccttcttgggttctgtcagttgtccacg
ggtggctctgtcacaagtgctgtgaaactcaataagcagcagacagacat
cgctgtgaactgggctgggggcctgcaccatgcaaagaagtctgaagcat
ctggctcctgttacatcaatgatatcgtcctggaactgctaaaagtatca
ccagagggtgctgtatgttgacaataatattcaccatggagatggcgtgg
aagaggctttctatactacagactggggtcatgactatgtcctttcataa
atacggagagtacattccaggactggggacctacaggatattggggggtg
ggccaaagcattagtctatgctatatgctggggaggaggttggctaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_58015066_58016227
seq2: B6Ng01-074D22.b_45_1213 (reverse)

seq1  CCAGTT--ATTTATATGGTATATGCT-AAGGGTG-AAGACTAAGCTT--C  44
      ||||||   ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||   
seq2  CCAGTTTATTTTATATGGTATATGCTAAAGGGTGAAAGACTTAGCTTTCT  50

seq1  TCCATCTAAAATCCAG-TCTCTGTGGATTAATGT-GAACATGAA-GAGAC  91
      |||||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||| |||||
seq2  TCCATCTAAAATCCAGTTCTCTGT-GATT-ATGTGGAACATGAAGGAGAC  98

seq1  TGATTTCATGGTATGTATTTGTCCATGGCCTCATCTTGTTTAATATTATC  141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  TGATTTCATGGTATGTATTTGTCCATGGCCTCATCCTGTTTAATA-TATC  147

seq1  AAAACAGCCTTAGAAAGTACCTCAGCAGAGAAAGCTAAAAAATTATCTAT  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGCCTTAGAAAGTACCTCAGCAGAGAAAGCTAAAAAATTATCTAT  197

seq1  TGAAGTTCCTAC-TTAACTCCTGTTAGTACATCTGAGACTATTCTATTTT  240
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTCCTACTTTAACTCCTGTTAGTACATCTGAGACTATTCTATTTT  247

seq1  ACTTCCTGTAACATAACTGAACATATGTGTAAGTATTACATTTCCCACTT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGTAACATAACTGAACATATGTGTAAGTATTACATTTCCCACTT  297

seq1  GCTTACACACAAGTCGTAGTAAGAAATGGAAAGTTATCCTGCTTTGAGAG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACACACAAGTCGTAGTAAGAAATGGAAAGTTATCCTGCTTTGAGAG  347

seq1  ACATATTTATTGCAAGTATTCATGGAAGCTGAAATGGATAAATAAATCAC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTATTGCAAGTATTCATGGAAGCTGAAATGGATAAATAAATCAC  397

seq1  ATCCTGTAAGACATGTTGTGAGGCTTTGCTGAAATGCTCAACTAAAGGGA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTAAGACATGTTGTGAGGCTTTGCTGAAATGCTCAACTAAAGGGA  447

seq1  AAGATGAGTAGCTGGATTTGTAACTCAAATAAAGCTTCCTGAGAATTTTT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAGTAGCTGGATTTGTAACTCAAATAAAGCTTCCTGAGAATTTTT  497

seq1  GTTTATAATATTTACTAGTATTGTGAGATTGAATGCACCCACCAGGCCTC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATAATATTTACTAGTATTGTGAGATTGAATGCACCCACCAGGCCTC  547

seq1  ATTTTCTCTATCACTAAAAGGAAGTCATGTGTGTGGGTTTTCAGAAGTAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTCTATCACTAAAAGGAAGTCATGTGTGTGGGTTTTCAGAAGTAA  597

seq1  CTGCAAATACACACACTGAAAAAGAGTTCCCTAGCTTCTCCAGAGCAAAT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAATACACACACTGAAAAAGAGTTCCCTAGCTTCTCCAGAGCAAAT  647

seq1  GGTTAATAAACTAGAGTGCTTATAATATAAGTTTCCTGTTTGTAAAAGTT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATAAACTAGAGTGCTTATAATATAAGTTTCCTGTTTGTAAAAGTT  697

seq1  TTTTTCTGGCCCATAGAATCTGACTTTTCCTGCTCTTGCAATCTTTTCAG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGGCCCATAGAATCTGACTTTTCCTGCTCTTGCAATCTTTTCAG  747

seq1  ACAACTGTGATGACCCATTGACTTCCTTCCTCTCACTGAGGGCTTTCTCC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGTGATGACCCATTGACTTCCTTCCTCTCACTGAGGGCTTTCTCC  797

seq1  AGCTCCTCAGATCTCACTGGAAGGTCCAGCCCAGCTCAACTCAACTGGAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTCAGATCTCACTGGAAGGTCCAGCCCAGCTCAACTCAACTGGAG  847

seq1  AATGGGTAAGTATAATGACGAAACCTACAACACATGTCTTACATGAGGGC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTAAGTATAATGACGAAACCTACAACACATGTCTTACATGAGGGC  897

seq1  ATCATGAGTGCTTAGGAGAGAGAAAGTGCTCAGTCTTCATACAGGTTACA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGAGTGCTTAGGAGAGAGAAAGTGCTCAGTCTTCATACAGGTTACA  947

seq1  TCCAAAGTCACAGTCCAGAAGGAAATCTTGGAGTTTAAGTCTATATTAAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGTCACAGTCCAGAAGGAAATCTTGGAGTTTAAGTCTATATTAAA  997

seq1  CGTTCTTCCCAGCATGTAATAGGCAACATGTTCCTCCAACCCAAAGATCC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCTTCCCAGCATGTAATAGGCAACATGTTCCTCCAACCCAAAGATCC  1047

seq1  ACCAAGGAATTCATTGTGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTGAGGTACTGACT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGAATTCATTGTGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTGAGGTACTGACT  1097

seq1  CTTTAACCCAGGGAGTCATGCATGTTAAGAGTGTGCTCTCTCATAGGACC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACCCAGGGAGTCATGCATGTTAAGAGTGTGCTCTCTCATAGGACC  1147

seq1  ACATAGGTATCCTGTGGAATTC  1162
      ||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGGTATCCTGTGGAATTC  1169

seq1: chr17_57880812_57881904
seq2: B6Ng01-074D22.g_69_1166

seq1  GAATTCCTAAAGAAATAGGATGCAGGGATTGATGAGAGTGAAGACAGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAAGAAATAGGATGCAGGGATTGATGAGAGTGAAGACAGGGT  50

seq1  CTTTGGCAATATCAACCACAGCTCATTTGCCATTAATAAGTCAGCCTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGCAATATCAACCACAGCTCATTTGCCATTAATAAGTCAGCCTATG  100

seq1  TTCTGGGCTGATAATAGATGCTCTCTGGAGGCCAGCTTTCTTCTCCTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGCTGATAATAGATGCTCTCTGGAGGCCAGCTTTCTTCTCCTTCA  150

seq1  CAGGCAGAGCGGAGCTATGGCAAAGCAACTATGGGCCTAAAGGATTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGAGCGGAGCTATGGCAAAGCAACTATGGGCCTAAAGGATTGTTT  200

seq1  CCAACAGTCATAGCTCTGAAGACTTCTAATCTCAGAAGAATCCTCTATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGTCATAGCTCTGAAGACTTCTAATCTCAGAAGAATCCTCTATTT  250

seq1  AAATGGAAGAATGCCACCTTCAAGGTGCCCAGCAAATGAGAAAATTTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAAGAATGCCACCTTCAAGGTGCCCAGCAAATGAGAAAATTTAGT  300

seq1  TATCATACCTGCTATTCATCTGAACATTCTCCTTGTTAAAAGATCAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATACCTGCTATTCATCTGAACATTCTCCTTGTTAAAAGATCAAACC  350

seq1  ATTGCTTTAATTAAAAGGTTACCAGCAAGACTGATGGGAGGTCCAGGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTTAATTAAAAGGTTACCAGCAAGACTGATGGGAGGTCCAGGTGG  400

seq1  TGAGCAAGATGGCACAGACTCAGGGCACCAAGAGGAAAATCTGTTACTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAAGATGGCACAGACTCAGGGCACCAAGAGGAAAATCTGTTACTAC  450

seq1  TACAAGGGGGACGTTGGAAACTATTATTATGGACAAGGGCACCCAATGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGGGGACGTTGGAAACTATTATTATGGACAAGGGCACCCAATGAA  500

seq1  GCCTCACTGAATCCATATGATTCACAATTTGCTGCTCAACTGTGGTCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACTGAATCCATATGATTCACAATTTGCTGCTCAACTGTGGTCTCT  550

seq1  ACCACAAAATGGAAATCTATTGTCTTCACAAAGCCAAAGCTGAGGAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAAATGGAAATCTATTGTCTTCACAAAGCCAAAGCTGAGGAGATG  600

seq1  AGCAAGTACCACAGTGATGAGTACTTTAAATTCTTGTGTTCTATCTGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTACCACAGTGATGAGTACTTTAAATTCTTGTGTTCTATCTGCCC  650

seq1  CGATAATCTGTCTGAATACAGCAAGCAGATGCAGAGATTCAACGCTGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAATCTGTCTGAATACAGCAAGCAGATGCAGAGATTCAACGCTGGTG  700

seq1  AGGACTGTCCGGTGTTTGATGGCCTTCTTGGGTTCTGTCAGTTGTCCACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGTCCGGTGTTTGATGGCCTTCTTGGGTTCTGTCAGTTGTCCACG  750

seq1  GGTGGCTCTGTCACAAGTGCTGTGAAACTCAATAAGCAGCAGACAGACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCTCTGTCACAAGTGCTGTGAAACTCAATAAGCAGCAGACAGACAT  800

seq1  CGCTGTGAACTGGGCTGGGGGCCTGCACCATGCAAAGAAGTCTGAAGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTGAACTGGGCTGGGGGCCTGCACCATGCAAAGAAGTCTGAAGCAT  850

seq1  CTGGCTCCTGTTACATCAATGATATCGTCCTGGAACTGCTAAAAGTATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCCTGTTACATCAATGATATCGTCCTGGAACTGCTAAAAGTATCA  900

seq1  CCAGAGGGTGCTGTATGTTGACAATAATATTCACCATGGAGATGGCGTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGGTGCTGTATGTTGACAATAATATTCACCATGGAGATGGCGTGG  950

seq1  AAGAGGCTTTCTATACTACAGACT-GGGTCATGACTATGTCCTTTCATAA  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGCTTTCTATACTACAGACTGGGGTCATGACTATGTCCTTTCATAA  1000

seq1  ATACGGAGAGTACATCCCAGGAACTGGGGACCTACAGGATATT--GGGGT  1047
      ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||
seq2  ATACGGAGAGTACATTCCAGG-ACTGGGGACCTACAGGATATTGGGGGGT  1049

seq1  TGGCAAAGGCATTAGTCTATGCTA-ATGCT-GGGAGGAGG-TGGCTACA  1093
       ||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GGGCCAAAGCATTAGTCTATGCTATATGCTGGGGAGGAGGTTGGCTACA  1098