BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074J10
Chromosome17 (Build37)
Map Location 67,913,615 - 68,040,255
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrrc30
Upstream gene9130404H23Rik, Ptprm
Downstream geneLama1, Arhgap28, D930040M24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074J10.bB6Ng01-074J10.g
ACCDH891392DH891393
length1,1601,030
definitionDH891392|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074J10, 5' end.DH891393|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074J10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,913,615 - 67,914,778)(68,039,223 - 68,040,255)
sequence
gaattccaagcaggagtatgtcttggacccaaaaagaaaaaagcaagtta
attgtctcatgatttattataaatataggtatgtgtggtataaaaaggaa
ggaaaaaatttacatttctgatcgttgatagctgcatgctttctgaaagt
tgtgctttttcacatctgtgcttccagaaagacaaacagaaacagggcac
tgactgggcatgagtgtgttcataaccgatggatgctgtgagtttattct
tcttcccatggccttgtgtacatctccccaaagtccatgtgagccatagc
ccacggctacagggcaaatctgtggtgcttaatggatttctttataatcc
tccacaaaagcatgtattggtgttcatcaaactaaaagcatgcaatccat
ccgatattgatatttatattaaaagcaccacaatgtagatgattaaatgg
tacaaatttcacagtgaaaaattttgctttcggattctaattagaaccaa
agcaaacctatgaattctcattaacccgtgtggattatctcgtaccttaa
taatattaagaaaattccttccttccctgtgttgttccaaaggattcaag
aaaagaagataggagtacttgaattggacagttttctccctcctaggttg
gggacaggcctgtgccagacacaaacacagctgtgatcgcctctgaaggt
caccacagaggctcacaggatgctgtgggtgagacttagggggcgggatg
tgctgctgggtgaccttaagtcccttcagtgtgtcctgctatcccgggct
attgttctggaagggagccaggggctcagggcacagaggatgcaggtggt
tctttccagaaagggtccttgccctgatgctgggaccttgggtcataaga
actgctactggtttaggtgagttcagctggcagtggggctttctggcttg
ctcttgtttctgttcaactgcgcccttagatagatgccacgtgtgcccaa
agcaaaaccacaccagctaactggagctgattcaagtttgccagagttca
ccaacatgcctcacctgaagttcatctcaggttccacccatgcgacatgg
gaaggtgctccaatgttatctctcagccacggtcctgtccatctgtagcc
ttggacctct
gaattctcagccaaggtcatcccccagagccagatggcgaaagcagacag
cagcagtgggagctgtctgctcttctcgtgcttgttgtgtctttgtttca
ttagctcaaggttcaccccctgaagaaccaggcacaggttggctggctga
tctcacactctgagcccaaggtagtgacaggaaatacatcaaaacccttt
gtctttctagtaggaccaggaagtgacaaagggagaacagagccgtaaac
ggcgggtcagaatccaaatagcacctgtcggtgcatacatgtacacgtgt
gtgctgctcatggttgtgtgcacatgtgcttgaccatgagtgcacatttg
gaggtcagaggttgacgttgggtatctatttctctccactgaacctggac
ctcaacaatccagctaaactgctccttctcctttcacccacggatgaagg
tgtggaaagcctaactgttactagggatgagtccaactagggctcagtcc
tctctagactcaggtctcagagaagaaaatggattgtttctgatgtgtcc
cacgtactgaagctgaccatgcctgtgcctgtgctggagctgaggagatt
cagtcttcttgacacactctgagtataggatgacagctatgatctgtggc
attttacagtgtgttaggtcttgtcaaccacttagagacaacttaaagca
cacgagaagatgtgtgtaacttatatgtaaacactgcagggttttattgg
agtgacttcaaaaatctttgactcctggtatccacagtgaccacgagaat
cctgagacccgcccacctgtggatactgaggaaggaccccaaactcaaac
aaaatatctaggtatgggaatagctctggtgaggtcaagataccaatgtg
ttcgattgcgtcagtctgtggtcagattgtctgggacacagatcttggtg
ggactctctaggcctttcatttaggctgttcctgacagctggggaatttt
tttttctccacttcccgcccggacttggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_67913615_67914778
seq2: B6Ng01-074J10.b_45_1204

seq1  GAATTCCAAGCAGGAGTATGTCTTGGACCCAAAAAGAAAAAAGCAAGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGCAGGAGTATGTCTTGGACCCAAAAAGAAAAAAGCAAGTTA  50

seq1  ATTGTCTCATGATTTATTATAAATATAGGTATGTGTGGTATAAAAAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTCATGATTTATTATAAATATAGGTATGTGTGGTATAAAAAGGAA  100

seq1  GGAAAAAATTTACATTTCTGATCGTTGATAGCTGCATGCTTTCTGAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAATTTACATTTCTGATCGTTGATAGCTGCATGCTTTCTGAAAGT  150

seq1  TGTGCTTTTTCACATCTGTGCTTCCAGAAAGACAAACAGAAACAGGGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTTTTCACATCTGTGCTTCCAGAAAGACAAACAGAAACAGGGCAC  200

seq1  TGACTGGGCATGAGTGTGTTCATAACCGATGGATGCTGTGAGTTTATTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGGCATGAGTGTGTTCATAACCGATGGATGCTGTGAGTTTATTCT  250

seq1  TCTTCCCATGGCCTTGTGTACATCTCCCCAAAGTCCATGTGAGCCATAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCATGGCCTTGTGTACATCTCCCCAAAGTCCATGTGAGCCATAGC  300

seq1  CCACGGCTACAGGGCAAATCTGTGGTGCTTAATGGATTTCTTTATAATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGCTACAGGGCAAATCTGTGGTGCTTAATGGATTTCTTTATAATCC  350

seq1  TCCACAAAAGCATGTATTGGTGTTCATCAAACTAAAAGCATGCAATCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAAAAGCATGTATTGGTGTTCATCAAACTAAAAGCATGCAATCCAT  400

seq1  CCGATATTGATATTTATATTAAAAGCACCACAATGTAGATGATTAAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATATTGATATTTATATTAAAAGCACCACAATGTAGATGATTAAATGG  450

seq1  TACAAATTTCACAGTGAAAAATTTTGCTTTCGGATTCTAATTAGAACCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATTTCACAGTGAAAAATTTTGCTTTCGGATTCTAATTAGAACCAA  500

seq1  AGCAAACCTATGAATTCTCATTAACCCGTGTGGATTATCTCGTACCTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACCTATGAATTCTCATTAACCCGTGTGGATTATCTCGTACCTTAA  550

seq1  TAATATTAAGAAAATTCCTTCCTTCCCTGTGTTGTTCCAAAGGATTCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTAAGAAAATTCCTTCCTTCCCTGTGTTGTTCCAAAGGATTCAAG  600

seq1  AAAAGAAGATAGGAGTACTTGAATTGGACAGTTTTCTCCCTCCTAGGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGATAGGAGTACTTGAATTGGACAGTTTTCTCCCTCCTAGGTTG  650

seq1  GGGACAGGCCTGTGCCAGACACAAACACAGCTGTGATCGCCTCTGAAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGGCCTGTGCCAGACACAAACACAGCTGTGATCGCCTCTGAAGGT  700

seq1  CACCACAGAGGCTCACAGGATGCTGTGGGTGAGACTTAGGGGGCGGGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAGAGGCTCACAGGATGCTGTGGGTGAGACTTAGGGGGCGGGATG  750

seq1  TGCTGCTGGGTGACCTTAAGTCCCTTCAGTGTGTCCTGCTATCCCGGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGGGTGACCTTAAGTCCCTTCAGTGTGTCCTGCTATCCCGGGCT  800

seq1  ATTGTTCTGGAAGGGAGCCAGGGGCTCAGGGCACAGAGGATGCAGGTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTCTGGAAGGGAGCCAGGGGCTCAGGGCACAGAGGATGCAGGTGGT  850

seq1  TCTTTCCAGAAAGGGTCCTTGCCCTGATGCTGGGACCTTGGGTCATAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCAGAAAGGGTCCTTGCCCTGATGCTGGGACCTTGGGTCATAAGA  900

seq1  ACTGCTACTGGTTTAGGTGAGTTCAGCTGGCAGTGGGGCTTTCTGGCTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTACTGGTTTAGGTGAGTTCAGCTGGCAGTGGGGCTTTCTGGCTTG  950

seq1  CTCTTTGTTTCTGTTCAACTGCGCCCTTAGAATAGATG-CACGTGTG-CC  998
      ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||
seq2  CTC-TTGTTTCTGTTCAACTGCGCCCTTAG-ATAGATGCCACGTGTGCCC  998

seq1  AAAGCAAAACCCACACCAGCTAACT-GAGCTGATTCAAGTTTGCCAGAG-  1046
      ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAAGCAAAA-CCACACCAGCTAACTGGAGCTGATTCAAGTTTGCCAGAGT  1047

seq1  TCACCAACATGCCTCAGCTGAAGTTCATCCCAGGTTCCACCCATGCGACA  1096
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAACATGCCTCACCTGAAGTTCATCTCAGGTTCCACCCATGCGACA  1097

seq1  GGGGAGGTGGCTACCAATGTTATCTCTCAAGCCACGGCTCTGTCCCTATC  1146
       |||| |  ||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||| | | 
seq2  TGGGAAGGTGCT-CCAATGTTATCTCTC-AGCCACGGTCCTGTCCATCT-  1144

seq1  CTGGTAGCCTT-GACCTCT  1164
         |||||||| |||||||
seq2  ---GTAGCCTTGGACCTCT  1160

seq1: chr17_68039223_68040255
seq2: B6Ng01-074J10.g_68_1097 (reverse)

seq1  ATCCAAGTCCGGGGCTGTGATGTGGAGAAAAAAAAAATTCCCCAGCTGTC  50
      |||||||||||||   | || |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGTCCGGG--CGGGAAGTGGAG-AAAAAAAAATTCCCCAGCTGTC  47

seq1  AGGAACAGCCT-AATGAAAGGCCTAGAGATGTCCCACC-AGATCTGTGTC  98
      ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  AGGAACAGCCTAAATGAAAGGCCTAGAGA-GTCCCACCAAGATCTGTGTC  96

seq1  CCAGACAGTCTTGACCACAGACTGACGCAATCGAAACACATTGGTATCTT  148
      ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCAGACAATC-TGACCACAGACTGACGCAATCG-AACACATTGGTATCTT  144

seq1  GACCTCACCAGAGCTATTCCCATACCTTAGATATTTTGTTCTGAG-TTCG  197
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || |
seq2  GACCTCACCAGAGCTATTCCCATACC-TAGATATTTTGTT-TGAGTTTGG  192

seq1  GGTCCTTCCTCAGTATCCACAGGTGGGCGGGTCTCAGGATTCTCGTGGTC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTCCTCAGTATCCACAGGTGGGCGGGTCTCAGGATTCTCGTGGTC  242

seq1  ACTGTGGATACCAGGAGTC-AAGATTTTTGAAGTCACTCCAATAAAACCC  296
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGATACCAGGAGTCAAAGATTTTTGAAGTCACTCCAATAAAACCC  292

seq1  TGCAGTGTTTACATATAAGTTACACACATCTTCTCGTGTGCTTTAAGTTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGTTTACATATAAGTTACACACATCTTCTCGTGTGCTTTAAGTTG  342

seq1  TCTCTAAGTGGTTGACAAGACCTAACACACTGT-AAATGCCACAGATCAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAGTGGTTGACAAGACCTAACACACTGTAAAATGCCACAGATCAT  392

seq1  AGCTGTCATCCTATACTCAGAGTGTGTCAAGAAGACTGAATCTCCTCAGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCATCCTATACTCAGAGTGTGTCAAGAAGACTGAATCTCCTCAGC  442

seq1  TCCAGCACAGGCACAGGCATGGTCAGCTTCAGTACGTGGGACACATCAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCACAGGCACAGGCATGGTCAGCTTCAGTACGTGGGACACATCAGA  492

seq1  AACAATCCATTTTCTTCTCTGAGACCTGAGTCTAGAGAGGACTGAGCCCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCCATTTTCTTCTCTGAGACCTGAGTCTAGAGAGGACTGAGCCCT  542

seq1  AGTTGGACTCATCCCTAGTAACAGTTAGGCTTTCCACACCTTCATCCGTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGACTCATCCCTAGTAACAGTTAGGCTTTCCACACCTTCATCCGTG  592

seq1  GGTGAAAGGAGAAGGAGCAGTTTAGCTGGATTGTTGAGGTCCAGGTTCAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAAGGAGAAGGAGCAGTTTAGCTGGATTGTTGAGGTCCAGGTTCAG  642

seq1  TGGAGAGAAATAGATACCCAACGTCAACCTCTGACCTCCAAATGTGCACT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGAAATAGATACCCAACGTCAACCTCTGACCTCCAAATGTGCACT  692

seq1  CATGGTCAAGCACATGTGCACACAACCATGAGCAGCACACACGTGTACAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCAAGCACATGTGCACACAACCATGAGCAGCACACACGTGTACAT  742

seq1  GTATGCACCGACAGGTGCTATTTGGATTCTGACCCGCCGTTTACGGCTCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCACCGACAGGTGCTATTTGGATTCTGACCCGCCGTTTACGGCTCT  792

seq1  GTTCTCCCTTTGTCACTTCCTGGTCCTACTAGAAAGACAAAGGGTTTTGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCCTTTGTCACTTCCTGGTCCTACTAGAAAGACAAAGGGTTTTGA  842

seq1  TGTATTTCCTGTCACTACCTTGGGCTCAGAGTGTGAGATCAGCCAGCCAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTCCTGTCACTACCTTGGGCTCAGAGTGTGAGATCAGCCAGCCAA  892

seq1  CCTGTGCCTGGTTCTTCAGGGGGTGAACCTTGAGCTAATGAAACAAAGAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCCTGGTTCTTCAGGGGGTGAACCTTGAGCTAATGAAACAAAGAC  942

seq1  ACAACAAGCACGAGAAGAGCAGACAGCTCCCACTGCTGCTGTCTGCTTTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAGCACGAGAAGAGCAGACAGCTCCCACTGCTGCTGTCTGCTTTC  992

seq1  GCCATCTGGCTCTGGGGGATGACCTTGGCTGAGAATTC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTGGCTCTGGGGGATGACCTTGGCTGAGAATTC  1030