BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-076I07
Chromosome17 (Build37)
Map Location 86,868,572 - 87,014,971
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkce
Upstream geneEG668850, LOC383282, LOC100043902, Six3, LOC100043717, Six2, LOC100043903, Srbd1, LOC545228
Downstream geneEpas1, 1700090G07Rik, Atp6v1e2, Rhoq, Pigf, Cript, EG433144, Socs5, Mcfd2, Ttc7, 1700011E24Rik, Calm2, LOC100043727
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-076I07.bB6Ng01-076I07.g
ACCDH892764DH892765
length1,0631,080
definitionDH892764|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076I07, 5' end.DH892765|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076I07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,013,911 - 87,014,971)(86,868,572 - 86,869,651)
sequence
gaattctcttagtttttgttaagaagttttcccatggacccttctggact
tttcagatcatctacggctaatggtcacatcattccttccttttcagtgt
taagtttcgggttcatctctcttgtctgactctccatggactagactctc
aggagcaactctaaatcagggtaatcctgggactggaaagatggctcggt
cgttagcactgcttgttcttttggaggaaccaagttcagaccttagtacc
catatcgggcagctcccattgcctctgggtccttctagctccaggggacc
cgacttgcacctctggcttccttgggcatctgaacacacgtgtctcacac
acattcataaattaaagcaggtcctgttggtcctaagcaccttcagagcc
tttaattctaggagggtcattcccagaagtgtcccttaggcagaatccac
atacatagcttttgccctccgaggtgctctccttccctctacgctagact
gacaacccgtgaggacttcccaggagccacactgctttccctggctggtc
agaggccctcaaggatactggctgtgaacaatagggtaagaacaggtcct
cagtcccaagctggctcaggatttctcagccttggcctttggggaagaac
tctgctacgctggctgtcctgggaactcccgaatgtttagctccatcccc
ggtcctagggttagatgttattactaattttctcgacttaggatagtcaa
agatgtctgtggacatccagatgtcccttgtagggcctcgagctgacaac
catcattctagtggaagtaacactgatcatgatccagtcatggatctgag
ctggcccctcattcacgcaaacaacaggacatatagatcggtctggagta
tttgtttcgttatcgggagacaggaatcctggctgtactaatgcatgtaa
tgtctggcaccatcaaaccttgaaagcagatggaacgtgagggtcagaag
gggcaactcgtctgagcctcacggaatggttgaactgatcacctttaccg
gatacttcgcgaa
gaattccacatttctgtaactgaacaggtagagggaggagtgcagaggga
aggcaagccaatgccctgcctaaatgtactaccttctgtgacttagcact
attcagtgcgcttgggcctagtcaccttaattagccaggtggagctgggg
cccatctgcctcatttcccttctatctgacaatcacttgctgtgcctcag
tttacaccagtgctataacctctgctccatcagcagccagtgtctttgtg
cactggagagcatacaccactacagttttggcccgtgactggatggcaca
tgaactccactgtgaacacagcggagctcatttagaaaggaagatgaaaa
gggcttctattaaactcgagatgctaatctcgaaatgccaccagcattct
tccggttcaattacacacttaatgaaacacgcagaccctcccgagcctcc
ttgcagaccttctgatggatgctatgactctgggaagataacgcactgaa
tgattcctcctgagaaatcagtcgctgcttcctctttcctgttttgaaca
tgaagggttttttaaaagtgtattgtgtgagtacaatatgcagggtatat
ctttggtgccacatgaatatttacttaatatttaaaactccctgtcatga
gaacagtggcacccactttcctcattgtaaaataagagctgccactcttt
tcaaatccttcaggatttcattttgtgtggttgcttttttgccttcctgt
tggtactgccagtcaagtcagtctgcccagaccagggaactatggaaagg
caagctttaaatggactcccagaggttgagcattccccaggcccaggttg
actaacactggaccatgtaacttagtgctgttttatttagctcaaagttt
aagagggaaacatgctatcaccgtgggaagacgtgctcggctgcatgggc
tggctacattgtatccacactggctacatagtatccacattggttacagg
gatcccactggctacattgtatccacacctgttacattgtatcccacact
ggttacgtgttatccacagtcaagagtcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_87013911_87014971
seq2: B6Ng01-076I07.b_42_1104 (reverse)

seq1  TTCGCGAAGTCTCC-GTAAAGGTGATCAGT--CACCA-TCCGTGAGGCCT  46
      |||||||||| ||| |||||||||||||||   |||| ||||||||| ||
seq2  TTCGCGAAGTATCCGGTAAAGGTGATCAGTTCAACCATTCCGTGAGG-CT  49

seq1  CAGACGAGTTGCCCCCTCTGACCCTCACGTTCCCATCTGCTTTCAAGGTT  96
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGACGAGTTGCCCCTTCTGACCCTCACGTT-CCATCTGCTTTCAAGGTT  98

seq1  TGATGGTGCCAGACATTACCTGCATTAGTACAGCCAGGATTCCTGTCTCC  146
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTGCCAGACATTACATGCATTAGTACAGCCAGGATTCCTGTCTCC  148

seq1  CGATAACGAAACAAATACTCCAGACCGATCTATATGTCCTGTTGTTTGCG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAACGAAACAAATACTCCAGACCGATCTATATGTCCTGTTGTTTGCG  198

seq1  TGAATGAGGGGCCAGCTCAGATCCATGACTGGATCATGATCAGTGTTACT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAGGGGCCAGCTCAGATCCATGACTGGATCATGATCAGTGTTACT  248

seq1  TCCACTAGAATGATGGTTGTCAGCTCGAGGCCCTACAAGGGACATCTGGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTAGAATGATGGTTGTCAGCTCGAGGCCCTACAAGGGACATCTGGA  298

seq1  TGTCCACAGACATCTTTGACTATCCTAAGTCGAGAAAATTAGTAATAACA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCACAGACATCTTTGACTATCCTAAGTCGAGAAAATTAGTAATAACA  348

seq1  TCTAACCCTAGGACCGGGGATGGAGCTAAACATTCGGGAGTTCCCAGGAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACCCTAGGACCGGGGATGGAGCTAAACATTCGGGAGTTCCCAGGAC  398

seq1  AGCCAGCGTAGCAGAGTTCTTCCCCAAAGGCCAAGGCTGAGAAATCCTGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCGTAGCAGAGTTCTTCCCCAAAGGCCAAGGCTGAGAAATCCTGA  448

seq1  GCCAGCTTGGGACTGAGGACCTGTTCTTACCCTATTGTTCACAGCCAGTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTTGGGACTGAGGACCTGTTCTTACCCTATTGTTCACAGCCAGTA  498

seq1  TCCTTGAGGGCCTCTGACCAGCCAGGGAAAGCAGTGTGGCTCCTGGGAAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGAGGGCCTCTGACCAGCCAGGGAAAGCAGTGTGGCTCCTGGGAAG  548

seq1  TCCTCACGGGTTGTCAGTCTAGCGTAGAGGGAAGGAGAGCACCTCGGAGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCACGGGTTGTCAGTCTAGCGTAGAGGGAAGGAGAGCACCTCGGAGG  598

seq1  GCAAAAGCTATGTATGTGGATTCTGCCTAAGGGACACTTCTGGGAATGAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGCTATGTATGTGGATTCTGCCTAAGGGACACTTCTGGGAATGAC  648

seq1  CCTCCTAGAATTAAAGGCTCTGAAGGTGCTTAGGACCAACAGGACCTGCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTAGAATTAAAGGCTCTGAAGGTGCTTAGGACCAACAGGACCTGCT  698

seq1  TTAATTTATGAATGTGTGTGAGACACGTGTGTTCAGATGCCCAAGGAAGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTATGAATGTGTGTGAGACACGTGTGTTCAGATGCCCAAGGAAGC  748

seq1  CAGAGGTGCAAGTCGGGTCCCCTGGAGCTAGAAGGACCCAGAGGCAATGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGTGCAAGTCGGGTCCCCTGGAGCTAGAAGGACCCAGAGGCAATGG  798

seq1  GAGCTGCCCGATATGGGTACTAAGGTCTGAACTTGGTTCCTCCAAAAGAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCCCGATATGGGTACTAAGGTCTGAACTTGGTTCCTCCAAAAGAA  848

seq1  CAAGCAGTGCTAACGACCGAGCCATCTTTCCAGTCCCAGGATTACCCTGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGTGCTAACGACCGAGCCATCTTTCCAGTCCCAGGATTACCCTGA  898

seq1  TTTAGAGTTGCTCCTGAGAGTCTAGTCCATGGAGAGTCAGACAAGAGAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGTTGCTCCTGAGAGTCTAGTCCATGGAGAGTCAGACAAGAGAGA  948

seq1  TGAACCCGAAACTTAACACTGAAAAGGAAGGAATGATGTGACCATTAGCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCGAAACTTAACACTGAAAAGGAAGGAATGATGTGACCATTAGCC  998

seq1  GTAGATGATCTGAAAAGTCCAGAAGGGTCCATGGGAAAACTTCTTAACAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGATCTGAAAAGTCCAGAAGGGTCCATGGGAAAACTTCTTAACAA  1048

seq1  AAACTAAGAGAATTC  1061
      |||||||||||||||
seq2  AAACTAAGAGAATTC  1063

seq1: chr17_86868572_86869651
seq2: B6Ng01-076I07.g_68_1147

seq1  GAATTCCACA-GCCTGTAACTGAACAGGTAGAGGGAGGAGTGCAGAGGGA  49
      ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATTTCTGTAACTGAACAGGTAGAGGGAGGAGTGCAGAGGGA  50

seq1  AGGCAAGCCAATGCCCTGCCTAAATGTACTACCTTCTGTGACTTAGCACT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGCCAATGCCCTGCCTAAATGTACTACCTTCTGTGACTTAGCACT  100

seq1  ATTCAGTGCGCTTGGGCCTAGTCACCTTAATTAGCCAGGTGGAGCTGGGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTGCGCTTGGGCCTAGTCACCTTAATTAGCCAGGTGGAGCTGGGG  150

seq1  CCCATCTGCCTCATTTCCCTTCTATCTGACAATCACTTGCTGTGCCTCAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTGCCTCATTTCCCTTCTATCTGACAATCACTTGCTGTGCCTCAG  200

seq1  TTTACACCAGTGCTATAACCTCTGCTCCATCAGCAGCCAGTGTCTTTGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACCAGTGCTATAACCTCTGCTCCATCAGCAGCCAGTGTCTTTGTG  250

seq1  CACTGGAGAGCATACACCACTACAGTTTTGGCCCGTGACTGGATGGCACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAGAGCATACACCACTACAGTTTTGGCCCGTGACTGGATGGCACA  300

seq1  TGAACTCCACTGTGAACACAGCGGAGCTCATTTAGAAAGGAAGATGAAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCCACTGTGAACACAGCGGAGCTCATTTAGAAAGGAAGATGAAAA  350

seq1  GGGCTTCTATTAAACTCGAGATGCTAATCTCGAAATGCCACCAGCATTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCTATTAAACTCGAGATGCTAATCTCGAAATGCCACCAGCATTCT  400

seq1  TCCGGTTCAATTACACACTTAATGAAACACGCAGACCCTCCCGAGCCTCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGTTCAATTACACACTTAATGAAACACGCAGACCCTCCCGAGCCTCC  450

seq1  TTGCAGACCTTCTGATGGATGCTATGACTCTGGGAAGATAACGCACTGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGACCTTCTGATGGATGCTATGACTCTGGGAAGATAACGCACTGAA  500

seq1  TGATTCCTCCTGAGAAATCAGTCGCTGCTTCCTCTTTCCTGTTTTGAACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCTCCTGAGAAATCAGTCGCTGCTTCCTCTTTCCTGTTTTGAACA  550

seq1  TGAAGGGTTTTTTAAAAGTGTATTGTGTGAGTACAATATGCAGGGTATAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGTTTTTTAAAAGTGTATTGTGTGAGTACAATATGCAGGGTATAT  600

seq1  CTTTGGTGCCACATGAATATTTACTTAATATTTAAAACTCCCTGTCATGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTGCCACATGAATATTTACTTAATATTTAAAACTCCCTGTCATGA  650

seq1  GAACAGTGGCACCCACTTTCCTCATTGTAAAATAAGAGCTGCCACTCTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTGGCACCCACTTTCCTCATTGTAAAATAAGAGCTGCCACTCTTT  700

seq1  TCAAATCCTTCAGGATTTCATTTTGTGTGGTTGCTTTTTTGCCTTCCTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCCTTCAGGATTTCATTTTGTGTGGTTGCTTTTTTGCCTTCCTGT  750

seq1  TGGTACTGCCAGTCAAGTCAGTCTGCCCAGACCAGGGAACTATGGAAAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTGCCAGTCAAGTCAGTCTGCCCAGACCAGGGAACTATGGAAAGG  800

seq1  CAAGC-TTAAATGGACTCCCAGAGGTTGAGCATTCCCCAGGCCCAGGTTG  848
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTTAAATGGACTCCCAGAGGTTGAGCATTCCCCAGGCCCAGGTTG  850

seq1  ACTAACACTGGACCATGTAACTTAGTGCTGTTTTATTTAGCTCAAAGTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACACTGGACCATGTAACTTAGTGCTGTTTTATTTAGCTCAAAGTTT  900

seq1  AAGAGGGAAACATGCTATCACCGTGGGAAGACGGTGCTCGGCTGCATGGG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGAAACATGCTATCACCGTGGGAAGAC-GTGCTCGGCTGCATGGG  949

seq1  CTGGCTACATTGTATCCACACTGGCTACATAGTATCCACATTGGTTACAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTACATTGTATCCACACTGGCTACATAGTATCCACATTGGTTACAG  999

seq1  TGTATCCACACTGGCTACATTGTATCCACACTGGTTACATTGTAT-CCAC  1047
       | |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||
seq2  -GGATCC-CACTGGCTACATTGTATCCACACCTGTTACATTGTATCCCAC  1047

seq1  ACTGGTTACGTTGTATCCACAGTCAAGAGTCAG  1080
      |||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTACGTGTTATCCACAGTCAAGAGTCAG  1080