BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079P18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 42,627,581 - 42,733,096
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC627626, Opn5
Upstream genenone
Downstream geneGpr115, Gpr111, EG546797, Cd2ap, Tnfrsf21, LOC100043770, Gpr110, Gpr116, Mep1a, LOC100043332, Pla2g7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079P18.bB6Ng01-079P18.g
ACCDH895245DH895246
length1,123986
definitionDH895245|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079P18, 5' end.DH895246|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079P18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,731,964 - 42,733,096)(42,627,581 - 42,628,396)
sequence
gaattccaggatgttctccaggtttacctgatgccatacagatgttgcta
tctaaaaggatgcatgcactgaaaaaaggctctgtgggtcccttgtggtt
ttggtaggtagacgagcagctaagagggccagcaaggcagctttaatgga
ttttccagacctccatattttaaagattcgacgattttactaattaaagt
tttagtatgtgtggttctttggatcctgggaatttattgatccagaagga
gagagatttggggcacttaattttaatagtaagaatcagacctaatcagg
gagtggttgtgacttcctttgggtaaaacagcttggactaacaaactgtt
agatagtgtggctgaggctgcaggacagaggatggccagtgtaaagacat
gacaaagaatgtttccttttgtccttaaaaagttgttagtgctctgaaag
aggactccgagagactctgaaggaggccaatatggggcagtgggagggga
gttgcgagtgtcctcaggattcaacgttcattaaaaaactgcacctcttt
tcgtaaatgtctgaaacttcccattgaaacagcctgagtcaaaagttgca
ataagataaaatcatacaattatgcagtttgtatgatgttagagctcagt
tcttatcataatcttgttttctcgcacagcaaatggatattaaataaaac
catagattttatagacaagaagacaaaaagtttcaacttcctgggagtat
ttggggggaagaataatccttgatctctgttttaaatgtcatctagagtt
taaagtttgtatcaattaaagagaggatgctatccatttccagaatcatg
gcagggcataatgctgtaagagaaatgttatataccacaagcttcttcta
agcttgactttcagtgaaggtttccccctttaacctgcctcactattgga
ccttcacacatgttctctagcattatcggaatttaaatgtcactcaggac
ttgcagacattgtggtggagcaaccacgtacgttgtaagtggtcattcct
gaagaataccctttggacctctgaatattccagtgacatgacgggagctt
acttactgctaaggcagccattc
gaattccaacggtcacacacttacagagacaatatgcagctgggaaaatc
atgcccctgctagagcacaaggcaactcatagtcagctgctgggacaatc
tgaagccccatatcccatacctgggattgcaacaaaaacatattcctata
acattcttgtgtatttaaaaaaaccaaaattctcacagcagagaatagat
atgaatagatgaagagacacaagtgggattggggaacatgacgtgaaact
cacacagaatcaataaaagaagtttttaaaaggcagagatagaatcacca
actaaagaaaagaatgagttatcaggtttaggagttctctggtagaattt
ttagggtcacttatatatactatcatatatctgcaaaaagtgatattttg
acttcctcttttccaatttgtatccccttgatctccttttgttgtcgaat
tgctctggctaatacttcaagtactatgttgaaaaggtagggagaaagtg
ggcagccttgtctagtccctgattttagtgggattgcttccagcttctct
ccatttactttgatgttggctactggtttgctgtagattgcttttatcat
gtttaggtatgggccttgaattcctgatctttccaaaacttttatcatga
atgggtgttggatcttgtcaaatgctttttctgcatctaacaagatgatc
atgtgatttttgtctttgagtttgtttatataatggattacattgatgga
ttttcatatattgaaccatccctgcatccctggaataaaacctacttggt
caggatggatgattgctttaatgtgttcttggattcggttagcgagaatt
ttattgaggatttttgcatcgatattcataagagaaattggtctgaagtt
ctcttttctttgttggatcttttctgtggtttaggtatcagagtatagtg
gcttcataaaatgagttgggtagagtaccttctact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_42731964_42733096
seq2: B6Ng01-079P18.b_33_1155 (reverse)

seq1  GAATGGGCTGCCTTGAGCAGT-AGTAAGCTCCCCGTCACTGGTCACTGGA  49
      |||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||   |||||||||
seq2  GAAT-GGCTGCCTT-AGCAGTAAGTAAGCT-CCCGTCA--TGTCACTGGA  45

seq1  ATTATTCAAGAGTCCAAAGGGTCATCTCTCAGGAATGACCACTTACAACG  99
      | ||||||   |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  A-TATTCAGAGGTCCAAAGGGTATTCT-TCAGGAATGACCACTTACAACG  93

seq1  TTACGTGGTTGCTTCCCACCACATATGTCTGCATGTCCCTGAGTGACCTT  149
       ||||||||||||  |||||||| ||||||||| || ||||||||| | |
seq2  -TACGTGGTTGCT--CCACCACA-ATGTCTGCAAGT-CCTGAGTGA-CAT  137

seq1  TTAAATTCCGAT-ATGCTAGAGAACACTGTGTGAAGGTCCAATAGTGAAG  198
      |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  TTAAATTCCGATAATGCTAGAGAACA-TGTGTGAAGGTCCAATAGTGAGG  186

seq1  CAGGTTAAAGGGTGAAACC-TCACTGAAAGTCAAGCTTAGAAGAAGCTTG  247
      |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTAAAGGGGGAAACCTTCACTGAAAGTCAAGCTTAGAAGAAGCTTG  236

seq1  TGGTATAT-ACATTTCTCCTACAGCATTTATGCCCTGCCATGATTCTGGA  296
      |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATATAACATTTCTCTTACAGCA-TTATGCCCTGCCATGATTCTGGA  285

seq1  AATGGATAGCATCCTCTCTTTAGTTGATACAAACTTTAAACTCTAGATGA  346
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATAGCATCCTCTCTTTAATTGATACAAACTTTAAACTCTAGATGA  335

seq1  CATTTTAAAACAGAGATCAAGGATTATTCTTCCCCCCAAATACTCCCAGG  396
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-TTTAAAACAGAGATCAAGGATTATTCTTCCCCCCAAATACTCCCAGG  384

seq1  AAGTTGAAACTTTTTGTCTTCTTGTCTATAAAATCTATGGTTTTATTTAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGAAACTTTTTGTCTTCTTGTCTATAAAATCTATGGTTTTATTTAA  434

seq1  TATCCATTTGCTGTGCGAGAAAACAAGATTATGATAAGAACTGAGCTCTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATTTGCTGTGCGAGAAAACAAGATTATGATAAGAACTGAGCTCTA  484

seq1  ACATCATACAAACTGCATAATTGTATGATTTTATCTTATTGCAACTTTTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATACAAACTGCATAATTGTATGATTTTATCTTATTGCAACTTTTG  534

seq1  ACTCAGGCTGTTTCAATGGGAAGTTTCAGACATTTACGAAAAGAGGTGCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGCTGTTTCAATGGGAAGTTTCAGACATTTACGAAAAGAGGTGCA  584

seq1  GTTTTTTAATGAACGTTGAATCCTGAGGACACTCGCAACTCCCCTCCCAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTAATGAACGTTGAATCCTGAGGACACTCGCAACTCCCCTCCCAC  634

seq1  TGCCCCATATTGGCCTCCTTCAGAGTCTCTCGGAGTCCTCTTTCAGAGCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCATATTGGCCTCCTTCAGAGTCTCTCGGAGTCCTCTTTCAGAGCA  684

seq1  CTAACAACTTTTTAAGGACAAAAGGAAACATTCTTTGTCATGTCTTTACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAACTTTTTAAGGACAAAAGGAAACATTCTTTGTCATGTCTTTACA  734

seq1  CTGGCCATCCTCTGTCCTGCAGCCTCAGCCACACTATCTAACAGTTTGTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCATCCTCTGTCCTGCAGCCTCAGCCACACTATCTAACAGTTTGTT  784

seq1  AGTCCAAGCTGTTTTACCCAAAGGAAGTCACAACCACTCCCTGATTAGGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAAGCTGTTTTACCCAAAGGAAGTCACAACCACTCCCTGATTAGGT  834

seq1  CTGATTCTTACTATTAAAATTAAGTGCCCCAAATCTCTCTCCTTCTGGAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCTTACTATTAAAATTAAGTGCCCCAAATCTCTCTCCTTCTGGAT  884

seq1  CAATAAATTCCCAGGATCCAAAGAACCACACATACTAAAACTTTAATTAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAATTCCCAGGATCCAAAGAACCACACATACTAAAACTTTAATTAG  934

seq1  TAAAATCGTCGAATCTTTAAAATATGGAGGTCTGGAAAATCCATTAAAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCGTCGAATCTTTAAAATATGGAGGTCTGGAAAATCCATTAAAGC  984

seq1  TGCCTTGCTGGCCCTCTTAGCTGCTCGTCTACCTACCAAAACCACAAGGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGCTGGCCCTCTTAGCTGCTCGTCTACCTACCAAAACCACAAGGG  1034

seq1  ACCCACAGAGCCTTTTTTCAGTGCATGCATCCTTTTAGATAGCAACATCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAGAGCCTTTTTTCAGTGCATGCATCCTTTTAGATAGCAACATCT  1084

seq1  GTATGGC-TC-TCTAAACCTGGAGAACATCCTGGAATTC  1133
      ||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGCATCAGGTAAACCTGGAGAACATCCTGGAATTC  1123

seq1: chr17_42627581_42628396
seq2: B6Ng01-079P18.g_71_886

seq1  GAATTCCAACGGTCACACACTTACAGAGACAATATGCAGCTGGGAAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACGGTCACACACTTACAGAGACAATATGCAGCTGGGAAAATC  50

seq1  ATGCCCCTGCTAGAGCACAAGGCAACTCATAGTCAGCTGCTGGGACAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCTGCTAGAGCACAAGGCAACTCATAGTCAGCTGCTGGGACAATC  100

seq1  TGAAGCCCCATATCCCATACCTGGGATTGCAACAAAAACATATTCCTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCCCATATCCCATACCTGGGATTGCAACAAAAACATATTCCTATA  150

seq1  ACATTCTTGTGTATTTAAAAAAACCAAAATTCTCACAGCAGAGAATAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTTGTGTATTTAAAAAAACCAAAATTCTCACAGCAGAGAATAGAT  200

seq1  ATGAATAGATGAAGAGACACAAGTGGGATTGGGGAACATGACGTGAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAGATGAAGAGACACAAGTGGGATTGGGGAACATGACGTGAAACT  250

seq1  CACACAGAATCAATAAAAGAAGTTTTTAAAAGGCAGAGATAGAATCACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGAATCAATAAAAGAAGTTTTTAAAAGGCAGAGATAGAATCACCA  300

seq1  ACTAAAGAAAAGAATGAGTTATCAGGTTTAGGAGTTCTCTGGTAGAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGAAAAGAATGAGTTATCAGGTTTAGGAGTTCTCTGGTAGAATTT  350

seq1  TTAGGGTCACTTATATATACTATCATATATCTGCAAAAAGTGATATTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGTCACTTATATATACTATCATATATCTGCAAAAAGTGATATTTTG  400

seq1  ACTTCCTCTTTTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTCTTTTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCGAAT  450

seq1  TGCTCTGGCTAATACTTCAAGTACTATGTTGAAAAGGTAGGGAGAAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGGCTAATACTTCAAGTACTATGTTGAAAAGGTAGGGAGAAAGTG  500

seq1  GGCAGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCCAGCTTCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCCAGCTTCTCT  550

seq1  CCATTTACTTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTTTATCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTACTTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTTTATCAT  600

seq1  GTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTGATCTTTCCAAAACTTTTATCATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTGATCTTTCCAAAACTTTTATCATGA  650

seq1  ATGGGTGTTGGATCTTGTCAAATGCTTTTTCTGCATCTAACAAGATGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTGTTGGATCTTGTCAAATGCTTTTTCTGCATCTAACAAGATGATC  700

seq1  ATGTGATTTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATATAATGGATTACATTGATGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATTTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATATAATGGATTACATTGATGGA  750

seq1  TTTTCATATATTGAACCATCCCTGCATCCCTGGAATAAAACCTACTTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATATATTGAACCATCCCTGCATCCCTGGAATAAAACCTACTTGGT  800

seq1  CAGGATGGATGATTGC  816
      ||||||||||||||||
seq2  CAGGATGGATGATTGC  816