BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087M02
Chromosome17 (Build37)
Map Location 67,591,698 - 67,794,904
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprm
Upstream gene1110012J17Rik, LOC100043876, Rab12, 9130404H23Rik
Downstream geneLrrc30, Lama1, Arhgap28, D930040M24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087M02.bB6Ng01-087M02.g
ACCDH900792DH900793
length1,1521,123
definitionDH900792|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087M02, 5' end.DH900793|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,793,735 - 67,794,904)(67,591,698 - 67,592,829)
sequence
gaattcagagtggggcgatgttatgaacaataatgataagaatcttcaga
aagtctgagaaactagttattaagaagattccaggcaggggagatttcca
cttcctgacatttgctcctaacactctcttaacatttatggccactcttt
acttttgatcttggcctcgatttgtctggaaggggtgaaaatgtccctgt
caatattgacatcagcattcactaagatgtacagaacgagcattttcatc
ttccttgttctcctgggctaaacatacgcatcctattgtttgcttttgga
catggggatgagtgttcctgtggcacaagcttaccattaccaaaggggaa
atcagtttccctctactaatacaaagagaagcaagatggagatcaaaatg
ctctggtgattttagtcaccttcagcagagttaaggagatcaaatggtga
aacccagtgtttggttttatcatacagcaagggaaggctggattgacata
ggaaggcagaacagggacacataggtgactctccgatatctctctcccaa
cccaagtagccagactggagagggataccttcaacttgtgcaagatgtta
agacttgaaccttagtcctcagactactacatacaacctagcgctaagca
aagccctatgacccttgatccatgactctactccaggaactgaactcctg
gagctacatagcaaggcacctgactctacacacacttcttcctccaggct
ctgctgtagggttcagagcaggattctacctgctgaagagctgagaaagg
gaagctagccaggtgaatagtcaaaagttcagtaccatgcccactgcagt
gagcccctgcacccaagagaactgtaacagaaaagtcccatagcagtgcc
cacaggcagagcctctagccaatgacatcagtgaaggagactcagagtgg
aaggtttggtccatcctttttcagcttaaatgggcctaggacaattcaca
tctcccatgctacgaccctgccactgtgagactcgggtgcaccagcttat
ttattgtcagcccattgacaggaaacttacagcattatctgagctcaaca
gcataacatgggtgaatttcatgggtaggaagaggtggtgaaatgccagc
ct
gaattcacagacactctctgatttacatacaccaggaggattttgggggg
gctttcagacttgaaattctgaatagacctttctcttgaaaatgcagatt
atgcatctaattctctggaacctattggatgctatcttcgtattcacttt
taaaagatacttaataaaacatatgtgccaagaatagagaagcccaagca
ctaaggcgtgcagcccctaaggacgcagaactctgagcccaggaagcagg
gccaataagtacaagggggtttgatgcagtgcactgtcagatgacatgaa
cagcacgcagagaggtaaggacatataataactcaaaaagtgttcgcaaa
gactcttgggggggtggctgtcccacacctgggacaggaagatggtgact
acaaaaaaagatgaataagtctctggagtcaatcaacctaggctccaacc
tgctagggaaagcaggatgtacatgctgggatatggagtgaagctgacca
gaaaagggaaagagacatcagtgatccttccaaccactgcccgctctgag
gaggtctgaaatagattactacatcatgttgaacaaagtggcgttcatcg
ttaccagggcaatactattgattcaggcccagcatgtgcaaaatattaca
gagcatgcacactgcctatcatccccccaggtgaccttgatattattagg
agcatgccagagcacttttgaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaacccagg
aaagttcgttaatacaactgccagaatacattttaaaaataaaaataaaa
atgtttgcgagataaactcagaacacgactccagtttaaaatgtgttctt
ctatgtggtctttgatgtttcctgcacagacaggatttatactgctcatc
tgggactgcgttgaccctgccctgtctcgctacactctcttgcacacgtt
tttttccagccattcccagttctcattcataaagtttcttttgtttcaca
aatggaatccaacatgactcacttgactccatgggggaaagtgtccttct
tgggactatgtcttggctagtctgccgttggacttgtggtatgacaggtg
gcttttctcggtaaggaaaagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_67793735_67794904
seq2: B6Ng01-087M02.b_44_1195 (reverse)

seq1  AGGCTGGCA-TTCACCACCTC-TCCTACCCATGGAATTTCACCCATGTTA  48
      ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  AGGCTGGCATTTCACCACCTCTTCCTACCCAT-GAAATTCACCCATGTTA  49

seq1  TGCTGTTTGAGCCTCAGATAATGCTGGTAAAGGTGTCCCTTGGCCATTGG  98
      ||||| ||||| ||||||||||||| ||||  || |||  || | ||  |
seq2  TGCTG-TTGAG-CTCAGATAATGCT-GTAA--GTTTCC--TGTCAAT--G  90

seq1  GGCTGACAATAAATAAGCTGGGTGGCACCCGAGTCTCACAGTGGCAGGGT  148
      |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGACAATAAATAAGCTGG--TGCACCCGAGTCTCACAGTGGCAGGGT  138

seq1  CGGTAGGCATGGGAGGATTGTGAATTTGTCCTAGGCCCATTTTAAGCCTG  198
      | ||| |||||||||   |||||| |||||||||||||| |||||| |||
seq2  C-GTA-GCATGGGAG--ATGTGAA-TTGTCCTAGGCCCA-TTTAAG-CTG  181

seq1  AAAAAGGATGGACCAAACCTTCCACTCTTGAGTCTCCTTCACTGATGTCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGATGGACCAAACCTTCCACTC-TGAGTCTCCTTCACTGATGTCA  230

seq1  TTGGCCTAGAGGCTCTGCCTGTGGGCACTGCTATGGGACTTTTCTGTTAC  298
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGG-CTAGAGGCTCTGCCTGTGGGCACTGCTATGGGACTTTTCTGTTAC  279

seq1  AGTTCTCTTGGGTGCAGGGGCTCACTGCAGTGGGCATGGTACTGAACTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCTTGGGTGCAGGGGCTCACTGCAGTGGGCATGGTACTGAACTTT  329

seq1  TGACTATTCACCTGGCTAGCTTCCC-TTCTCAGCTCTTCAGCAGGTAGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATTCACCTGGCTAGCTTCCCTTTCTCAGCTCTTCAGCAGGTAGAA  379

seq1  TCCTGCTCTGAACCCTACAGCAGAGCCTGGAGGAAGAAGTGTGTGTAGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTCTGAACCCTACAGCAGAGCCTGGAGGAAGAAGTGTGTGTAGAG  429

seq1  TCAGGTGCCTTGCTATGTAGCTCCAGGAGTTCAGTTCCTGGAGTAGAGTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGCCTTGCTATGTAGCTCCAGGAGTTCAGTTCCTGGAGTAGAGTC  479

seq1  ATGGATCAAGGGTCATAGGGCTTTGCTTAGCGCTAGGTTGTATGTAGTAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCAAGGGTCATAGGGCTTTGCTTAGCGCTAGGTTGTATGTAGTAG  529

seq1  TCTGAGGACTAAGGTTCAAGTCTTAACATCTTGCACAAGTTGAAGGTATC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGACTAAGGTTCAAGTCTTAACATCTTGCACAAGTTGAAGGTATC  579

seq1  CCTCTCCAGTCTGGCTACTTGGGTTGGGAGAGAGATATCGGAGAGTCACC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCAGTCTGGCTACTTGGGTTGGGAGAGAGATATCGGAGAGTCACC  629

seq1  TATGTGTCCCTGTTCTGCCTTCCTATGTCAATCCAGCCTTCCCTTGCTGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTCCCTGTTCTGCCTTCCTATGTCAATCCAGCCTTCCCTTGCTGT  679

seq1  ATGATAAAACCAAACACTGGGTTTCACCATTTGATCTCCTTAACTCTGCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAAACCAAACACTGGGTTTCACCATTTGATCTCCTTAACTCTGCT  729

seq1  GAAGGTGACTAAAATCACCAGAGCATTTTGATCTCCATCTTGCTTCTCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGACTAAAATCACCAGAGCATTTTGATCTCCATCTTGCTTCTCTT  779

seq1  TGTATTAGTAGAGGGAAACTGATTTCCCCTTTGGTAATGGTAAGCTTGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTAGTAGAGGGAAACTGATTTCCCCTTTGGTAATGGTAAGCTTGTG  829

seq1  CCACAGGAACACTCATCCCCATGTCCAAAAGCAAACAATAGGATGCGTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGAACACTCATCCCCATGTCCAAAAGCAAACAATAGGATGCGTAT  879

seq1  GTTTAGCCCAGGAGAACAAGGAAGATGAAAATGCTCGTTCTGTACATCTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGCCCAGGAGAACAAGGAAGATGAAAATGCTCGTTCTGTACATCTT  929

seq1  AGTGAATGCTGATGTCAATATTGACAGGGACATTTTCACCCCTTCCAGAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATGCTGATGTCAATATTGACAGGGACATTTTCACCCCTTCCAGAC  979

seq1  AAATCGAGGCCAAGATCAAAAGTAAAGAGTGGCCATAAATGTTAAGAGAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGAGGCCAAGATCAAAAGTAAAGAGTGGCCATAAATGTTAAGAGAG  1029

seq1  TGTTAGGAGCAAATGTCAGGAAGTGGAAATCTCCCCTGCCTGGAATCTTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGAGCAAATGTCAGGAAGTGGAAATCTCCCCTGCCTGGAATCTTC  1079

seq1  TTAATAACTAGTTTCTCAGACTTTCTGAAGATTCTTATCATTATTGTTCA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAACTAGTTTCTCAGACTTTCTGAAGATTCTTATCATTATTGTTCA  1129

seq1  TAACATCGCCCCACTCTGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATCGCCCCACTCTGAATTC  1152

seq1: chr17_67591698_67592829
seq2: B6Ng01-087M02.g_70_1192

seq1  GAATTCACAGACACTCTCTGATTTACATACACCAGGAGGATTTTGGGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGACACTCTCTGATTTACATACACCAGGAGGATTTTGGGGGG  50

seq1  GCTTTCAGACTTGAAATTCTGAATAGACCTTTCTCTTGAAAATGCAGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCAGACTTGAAATTCTGAATAGACCTTTCTCTTGAAAATGCAGATT  100

seq1  ATGCATCTAATTCTCTGGAACCTATTGGATGCTATCTTCGTATTCACTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCTAATTCTCTGGAACCTATTGGATGCTATCTTCGTATTCACTTT  150

seq1  TAAAAGATACTTAATAAAACATATGTGCCAAGAATAGAGAAGCCCAAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGATACTTAATAAAACATATGTGCCAAGAATAGAGAAGCCCAAGCA  200

seq1  CTAAGGCGTGCAGCCCCTAAGGACGCAGAACTCTGAGCCCAGGAAGCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGCGTGCAGCCCCTAAGGACGCAGAACTCTGAGCCCAGGAAGCAGG  250

seq1  GCCAATAAGTACAAGGGGGTTTGATGCAGTGCACTGTCAGATGACATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATAAGTACAAGGGGGTTTGATGCAGTGCACTGTCAGATGACATGAA  300

seq1  CAGCACGCAGAGAGGTAAGGACATATAATAACTCAAAAAGTGTTCGCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACGCAGAGAGGTAAGGACATATAATAACTCAAAAAGTGTTCGCAAA  350

seq1  GACTCTTGGGGGGGTGGCTGTCCCACACCTGGGACAGGAAGATGGTGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTGGGGGGGTGGCTGTCCCACACCTGGGACAGGAAGATGGTGACT  400

seq1  ACAAAAAAAGATGAATAAGTCTCTGGAGTCAATCAACCTAGGCTCCAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAAAGATGAATAAGTCTCTGGAGTCAATCAACCTAGGCTCCAACC  450

seq1  TGCTAGGGAAAGCAGGATGTACATGCTGGGATATGGAGTGAAGCTGACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGGAAAGCAGGATGTACATGCTGGGATATGGAGTGAAGCTGACCA  500

seq1  GAAAAGGGAAAGAGACATCAGTGATCCTTCCAACCACTGCCCGCTCTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGGAAAGAGACATCAGTGATCCTTCCAACCACTGCCCGCTCTGAG  550

seq1  GAGGTCTGAAATAGATTACTACATCATGTTGAACAAAGTGGCGTTCATCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTGAAATAGATTACTACATCATGTTGAACAAAGTGGCGTTCATCG  600

seq1  TTACCAGGGCAATACTATTGATTCAGGCCCAGCATGTGCAAAATATTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGGGCAATACTATTGATTCAGGCCCAGCATGTGCAAAATATTACA  650

seq1  GAGCATGCACACTGCCTATCATCCCCCCAGGTGACCTTGATATTATTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGCACACTGCCTATCATCCCCCCAGGTGACCTTGATATTATTAGG  700

seq1  AGCATGCCAGAGCACTTTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAACC  750
      ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCCAGAGCACTTTTG----AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAACC  746

seq1  CAGGAAAGTTCGTTAATACAACTGCCAGAATACATTTTAAAAATAAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAGTTCGTTAATACAACTGCCAGAATACATTTTAAAAATAAAAAT  796

seq1  AAAAATGTTTGCGAGATAAACTCAGAACACGACTCCAGTTTAAAATGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTTTGCGAGATAAACTCAGAACACGACTCCAGTTTAAAATGTGT  846

seq1  TCTTCTATGTGGTCTTTGATGTTTTCCTGCACAGACAGGATTTATACTGC  900
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTATGTGGTCTTTGATG-TTTCCTGCACAGACAGGATTTATACTGC  895

seq1  TCATCT-GGACTGCGTTGACCCTGCCCTGTCTCGCTACACTC-CCTGCAC  948
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
seq2  TCATCTGGGACTGCGTTGACCCTGCCCTGTCTCGCTACACTCTCTTGCAC  945

seq1  ACGTTTTTTTCCAGCCAGTCCCAGTCTCCATTCATTAGAGTTTCTCTTGT  998
      ||||||||||||||||| |||||||   |||||| || ||||||| ||||
seq2  ACGTTTTTTTCCAGCCATTCCCAGTTCTCATTCA-TAAAGTTTCTTTTGT  994

seq1  TTCACAAATGGGATTCCAAACAATGAACTCAC-TGACTCCATGGGGGAAA  1047
      ||||||||| ||| |||||   ||| |||||| |||||||||||||| ||
seq2  TTCACAAAT-GGAATCCAA--CATG-ACTCACTTGACTCCATGGGGG-AA  1039

seq1  AGTGTCCTTCTGGGGACAATG-CTTGCCTGGCTGGCCGTTGTGAACCTGT  1096
      ||||||||||| ||||| ||| |||| || |   ||||||| ||  || |
seq2  AGTGTCCTTCTTGGGACTATGTCTTGGCTAGTCTGCCGTTG-GA--CT-T  1085

seq1  GTGGATGGACAGGT-GCTTTTCTCGGT-AGGAAGAGTG  1132
      ||||   ||||||| |||||||||||| ||||| ||||
seq2  GTGGTATGACAGGTGGCTTTTCTCGGTAAGGAAAAGTG  1123