BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088H09
Chromosome17 (Build37)
Map Location 11,014,509 - 11,140,298
singlet/doubletdoublet
Overlap genePacrg, Park2, LOC100041113
Upstream geneQk, LOC675815
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088H09.bB6Ng01-088H09.g
ACCDH901306DH901307
length6031,134
definitionDH901306|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088H09, 5' end.DH901307|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088H09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,014,509 - 11,015,111)(11,139,154 - 11,140,298)
sequence
gaattctatgaaaacaatgtagtttgcacttatgaaagtaaatatttgtg
agctcttcggtggcctaagaaagtcctcatgtaacaggccttgatatata
tagtttttgagaaagtatgagtatctcagctatgaccaaaatgacattgc
ctctgccattagcaacctcaagtggcagctgggagcagggttcactctca
tgtggtctgctctttgattgttgatacagtactccactttcatgtcactg
aacgagacagctaaacctagccaaatgaagacttgcccaccaatatccac
agtagctctttaaagaaacataggcgcaagcctaatgtccatcaatgata
agtgaacaaattgcactgtgtccatacaggcaacctttcaacaatcacat
gacacatggaactgtatccatgaaggcaacctttcaacaatcacatgaca
tgcggaactgtgcgagcttctggaagaatctgtgttggctgaaattgcac
cacagatatgggtatatgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatatatatatgta
tgt
gaattcatattcacgcatctaatagcatccagcatattactttgtgcata
gtaggcatcaagtaacactcaaaactgaacccacttaggaacatttcaat
ttcaaaagataattgtttacagttagttaaataatctgtgaatgaaatac
caagggataaatgtatcagctattttctgtttttgcagtttgcacacata
ggatgtgtatgtgtctgtgtgcacacataggatgtgtatgtgtctgtgtg
cacacataggatgtgtatgtgtctgtgtgcacacataggatgtgtatgtg
tctgtgtgcacacaaaggatgtgtatgtgtctgtgtgcacataaatgtac
gtgcatgcatgagctcatctccaaagctcccataccttattttaaagtac
ttatttttcttctcttttgaaataaactgtgtattctttacaagcaatgc
aatcaaagtttgttatggacctttttcttacataaaagcaaaaatgcctc
tttcagtgttcatgtctaatagttaatattaggatgtacatgaaaattct
agagttgctacccagatttcttttccaagagactcaaagtatctgctcaa
taagcaaatgtaggaacgagctgctagcacggtgtcctgtggagcaccca
ctgattttctggccttcctgacacttctctgactcttccatctgctgact
acagtagaatcacagcctaaatcagtgtcactcaagtgcacgtcacaagc
aggtgcttgctctcatctgaacaaagcatcataaaaacagtgagtggcac
atgagagacactgagcataacgcatggtctgaggaaatgctaaccaatgc
tctagagaacatgttttattgtaactgaattagtgagaaacataacacag
tggccctctgttaaatggcacagatgccatgtttcagctggaagtagact
gttgagatacattttatttcaccatatagagtggctgggttctggagtta
cctcgcatgtcttacataaactagccttcagtgaagaacagtctagacca
aagtcctctgtttgtactgaagtactttggggcatcttctgtgaaggaac
acaaggcagtcttaatgatcagatgctgaaatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_11014509_11015111
seq2: B6Ng01-088H09.b_45_647

seq1  GAATTCTATGAAAACAATGTAGTTTGCACTTATGAAAGTAAATATTTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGAAAACAATGTAGTTTGCACTTATGAAAGTAAATATTTGTG  50

seq1  AGCTCTTCGGTGGCCTAAGAAAGTCCTCATGTAACAGGCCTTGATATATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTCGGTGGCCTAAGAAAGTCCTCATGTAACAGGCCTTGATATATA  100

seq1  TAGTTTTTGAGAAAGTATGAGTATCTCAGCTATGACCAAAATGACATTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTTGAGAAAGTATGAGTATCTCAGCTATGACCAAAATGACATTGC  150

seq1  CTCTGCCATTAGCAACCTCAAGTGGCAGCTGGGAGCAGGGTTCACTCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCATTAGCAACCTCAAGTGGCAGCTGGGAGCAGGGTTCACTCTCA  200

seq1  TGTGGTCTGCTCTTTGATTGTTGATACAGTACTCCACTTTCATGTCACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCTGCTCTTTGATTGTTGATACAGTACTCCACTTTCATGTCACTG  250

seq1  AACGAGACAGCTAAACCTAGCCAAATGAAGACTTGCCCACCAATATCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAGACAGCTAAACCTAGCCAAATGAAGACTTGCCCACCAATATCCAC  300

seq1  AGTAGCTCTTTAAAGAAACATAGGCGCAAGCCTAATGTCCATCAATGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTCTTTAAAGAAACATAGGCGCAAGCCTAATGTCCATCAATGATA  350

seq1  AGTGAACAAATTGCACTGTGTCCATACAGGCAACCTTTCAACAATCACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACAAATTGCACTGTGTCCATACAGGCAACCTTTCAACAATCACAT  400

seq1  GACACATGGAACTGTATCCATGAAGGCAACCTTTCAACAATCACATGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATGGAACTGTATCCATGAAGGCAACCTTTCAACAATCACATGACA  450

seq1  TGCGGAACTGTGCGAGCTTCTGGAAGAATCTGTGTTGGCTGAAATTGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGAACTGTGCGAGCTTCTGGAAGAATCTGTGTTGGCTGAAATTGCAC  500

seq1  CACAGATATGGGTATATGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATATATATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATATGGGTATATGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATATATATATA  550

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATATATATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATATATATGTA  600

seq1  TGT  603
      |||
seq2  TGT  603

seq1: chr17_11139154_11140298
seq2: B6Ng01-088H09.g_68_1201 (reverse)

seq1  TGATCTCAGCATCTGTATCATTTAAGAACCTGCCTTGTGGTTCCTTCACA  50
      |||| |||||||||| |||| ||||||  ||||||||| |||||||||||
seq2  TGATTTCAGCATCTG-ATCA-TTAAGA--CTGCCTTGT-GTTCCTTCACA  45

seq1  GAAGATTGCCCCAAAGTACTTCAGTACAAACAGAGGACTTTGGGTCTAGG  100
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  GAAGA-TGCCCCAAAGTACTTCAGTACAAACAGAGGACTTT-GGTCTA-G  92

seq1  ACTGTTCCTCCACTGAAAGGCTAGTTTATGTAAGGACATGCGAGGTAACT  150
      |||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTGTT-CTTCACTG-AAGGCTAGTTTATGTAA-GACATGCGAGGTAACT  139

seq1  CCAGAACCCAGCCACTCTATATGGTGAAATAGAATGTATCTCAACAGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACCCAGCCACTCTATATGGTGAAATAAAATGTATCTCAACAGTCT  189

seq1  ACTTCCAGCTGAAACATGGCATCTGTGCCATTTAACAGAGGGCCACTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAGCTGAAACATGGCATCTGTGCCATTTAACAGAGGGCCACTGTG  239

seq1  TTATGTTTCTCACTAATTCAGTTACAATAAAACATGTTCTCTAGAGCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTCTCACTAATTCAGTTACAATAAAACATGTTCTCTAGAGCATT  289

seq1  GGTTAGCATTTCCTCAGACCATGCGTTATGCTCAGTGTCTCTCATGTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGCATTTCCTCAGACCATGCGTTATGCTCAGTGTCTCTCATGTGCC  339

seq1  ACTCACTGTTTTTATGATGCTTTGTTCAGATGAGAGCAAGCACCTGCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTGTTTTTATGATGCTTTGTTCAGATGAGAGCAAGCACCTGCTTG  389

seq1  TGACGTGCACTTGAGTGACACTGATTTAGGCTGTGATTCTACTGTAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGTGCACTTGAGTGACACTGATTTAGGCTGTGATTCTACTGTAGTCA  439

seq1  GCAGATGGAAGAGTCAGAGAAGTGTCAGGAAGGCCAGAAAATCAGTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGGAAGAGTCAGAGAAGTGTCAGGAAGGCCAGAAAATCAGTGGGT  489

seq1  GCTCCACAGGACACCGTGCTAGCAGCTCGTTCCTACATTTGCTTATTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACAGGACACCGTGCTAGCAGCTCGTTCCTACATTTGCTTATTGAG  539

seq1  CAGATACTTTGAGTCTCTTGGAAAAGAAATCTGGGTAGCAACTCTAGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACTTTGAGTCTCTTGGAAAAGAAATCTGGGTAGCAACTCTAGAAT  589

seq1  TTTCATGTACATCCTAATATTAACTATTAGACATGAACACTGAAAGAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGTACATCCTAATATTAACTATTAGACATGAACACTGAAAGAGGC  639

seq1  ATTTTTGCTTTTATGTAAGAAAAAGGTCCATAACAAACTTTGATTGCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGCTTTTATGTAAGAAAAAGGTCCATAACAAACTTTGATTGCATT  689

seq1  GCTTGTAAAGAATACACAGTTTATTTCAAAAGAGAAGAAAAATAAGTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTAAAGAATACACAGTTTATTTCAAAAGAGAAGAAAAATAAGTACT  739

seq1  TTAAAATAAGGTATGGGAGCTTTGGAGATGAGCTCATGCATGCACGTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATAAGGTATGGGAGCTTTGGAGATGAGCTCATGCATGCACGTACA  789

seq1  TTTATGTGCACACAGACACATACACATCCTTTGTGTGCACACAGACACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGCACACAGACACATACACATCCTTTGTGTGCACACAGACACAT  839

seq1  ACACATCCTATGTGTGCACACAGACACATACACATCCTATGTGTGCACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCCTATGTGTGCACACAGACACATACACATCCTATGTGTGCACAC  889

seq1  AGACACATACACATCCTATGTGTGCACACAGACACATACACATCCTATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATACACATCCTATGTGTGCACACAGACACATACACATCCTATGT  939

seq1  GTGCAAACTGCAAAAACAGAAAATAGCTGATACATTTATCCCTTGGTATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAACTGCAAAAACAGAAAATAGCTGATACATTTATCCCTTGGTATT  989

seq1  TCATTCACAGATTATTTAACTAACTGTAAACAATTATCTTTTGAAATTGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCACAGATTATTTAACTAACTGTAAACAATTATCTTTTGAAATTGA  1039

seq1  AATGTTCCTAAGTGGGTTCAGTTTTGAGTGTTACTTGATGCCTACTATGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCCTAAGTGGGTTCAGTTTTGAGTGTTACTTGATGCCTACTATGC  1089

seq1  ACAAAGTAATATGCTGGATGCTATTAGATGCGTGAATATGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTAATATGCTGGATGCTATTAGATGCGTGAATATGAATTC  1134