BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090E13
Chromosome17 (Build37)
Map Location 9,692,708 - 9,880,253
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667170, 4932702K14Rik
Upstream geneLOC100040817, Pde10a, 1700010I14Rik, EG667165, LOC666143
Downstream geneQk, LOC675815, Pacrg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090E13.bB6Ng01-090E13.g
ACCDH902630DH902631
length1,1111,091
definitionDH902630|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090E13, 5' end.DH902631|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090E13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,879,093 - 9,880,253)(9,692,708 - 9,693,794)
sequence
gaattcttaacaaaggatctctttgagcgtatctctttgatcccagttga
ctgcttactttacaactgggggcatggctgccaatcaagctaatgcttag
agaagaccctgtagaacccattctgcccattctgtaggttgttgggaggg
taattcttcctagtgactcttccggctgaccttccaacgttgctcagtat
atttgggcactggtatgacgcaacaggctctagagtcattagggaccatg
aagagaatgtaaaaatacgtgcataattaaggctaaatcctgtatataga
aatatccaattatttccacaggcacctgcttaaattcttttataaaggct
aaaagcagattgaattatttgaatatcggtgttggacatcattcggtaga
cacgagaacacagccccagatcggcatgattgaaaaaagtaaagaaaacc
tttgtttagagatgtttaaattttcacactttcagctaaatgaattcttt
ctcaaggttttctatgagagactgtgacatctatgtctattaaaggaccc
ccggagatggcaataaatacttagtacggtcatgtgtgcattcaaattac
atattgtgaactcaaatcccatcacactgagttaatttcaatgagtatga
catgaacttctgggagcgatgtcagctaaattacatgtttacaaactctg
caggcactgttctcttcagcccacagaagtaatgcccccagaaatgaaag
caaagaattagaaacatcacagctctgttcacgatagcatggaagtggcg
acagtggagatgtctgtcagcagatgaacgagtaaggaaaatgtggtacc
tttgagcggggataacaagaacagcaatgaggtagatacagttattacct
gaaaagatgccctgaaaggagccaaagagcactgaagaagcatgtgagac
agactccaaatggtacctggtgctatgtgttggtgagcctgctctgttgt
aacatcttatgagactggatactcaaacagcaatcgagtcaaagagctgg
gattctttcttgcctcttcatgtagcttctctgcaacctcctccccttct
gcttccatctc

gaattcatttacatttcattacagactagaaattcccttcacaccataca
aggtgacttcagagtgaatgtgctctgtatatatctctgcagctacagac
cctgtgagcatcaatcctaaaaccccaggcagaaaggttgagcctggatg
gtttcatcaatacacatcctatgcagaacctttatagaaaaccatcctca
atctctcaatgtcccagccccaagtgctccatcccacattgccctcacct
tccaccagcccagttctacccaccataaccacactaataacatcaaatca
aaatcgagtgaaaacaggagcagaaaatatccagctccttctatggaagg
aaggcaacctgaggagagagcaaagtcttgggtgacccttccaagggtct
tgacatctatcacctatgcagaaggatgagaaaactgtgttccaacttag
tctgcagacagtgctgtaccaacagagtacagcaaggcagcagagtctaa
ccctagtgcctgttctaccccaggagacaaggttcaggacaaggaaccat
caacagcttgagttgagacattttacagaggcccagatggtgaggacttg
gcccaacatgatgctgtcaagaggtggtcgaagccttcagtgtgggaagc
tactaggttactgagggactgggggtatgacttcaaagagaccatgggac
acagtcttgtcttgactctctctgtgtctctctgtctctgtctctttctc
tttctttctctctgtgtcagtgcacatgtatatgtgtgcacatgtctatt
gtgtgcctgtgtgtatgtgtgcatatgtgggtatgcatgcgtgtgtatat
tgtaggcctgtgtgtatgtgtctaggtatgtgttgttgtatgtctgtaca
tatgtgcgtgcatgtggaccactccacatggcatagaatgtcagagaaca
aactcagatctccattttcatcttctactttgaataggagtatgatctct
gttgcattgctatgtgagtcaagctgcccaggcttctgcaatctctagct
cttgggggtgaggggtgctgggattggaatttgaaatgctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_9879093_9880253
seq2: B6Ng01-090E13.b_49_1159 (reverse)

seq1  GAGATGGAGGAGGAAGAAGAGAAGACAG-AGAAGGTGGAGGAGGTAGGCA  49
                        |||| |  || |||||| ||||||||| |   
seq2  ------------------GAGATGGAAGCAGAAGG-GGAGGAGGTTGCAG  31

seq1  AGAAGAAAGCTAACAATGAAAGAAGACAAAGAAAGGAAAATTCACCCAGC  99
      ||    ||||||   ||| |||| |   |||||||   |||   ||||| 
seq2  AG----AAGCTA--CATG-AAGAGG--CAAGAAAG---AAT---CCCAG-  65

seq1  CTCTTGTGACTCTGATGCTGTTTTGAGTTATCCATGTCTTCCAAATAAGA  149
      ||||| ||||||   ||||| |||||| |||||| ||||     ||||||
seq2  CTCTT-TGACTCGATTGCTG-TTTGAG-TATCCA-GTCT----CATAAGA  107

seq1  TGTTACAACAGAGCAGGGCTCACCAACACCATAGCA-CAGGTACCAATTT  198
      ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||
seq2  TGTTACAACAGAGCA-GGCTCACCAACA-CATAGCACCAGGTACC-ATTT  154

seq1  GGAGTCTGTCTCACATGCTTCTCTCAGTTGCTCCTTTTGGCTCCTTTCAG  248
      |||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||
seq2  GGAGTCTGTCTCACATGCTTCT-TCAG-TGCTC--TTTGGCTCCTTTCAG  200

seq1  GGCATCTTTTCAGGTTAATAACTGTATCTACCTCATTGCTGTTCTTGTTA  298
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCTTTTCAGG-TAATAACTGTATCTACCTCATTGCTGTTCTTGTTA  249

seq1  TCCCCCGCTCAAAGGTACCACATTTTCCTTACTCGTTCATCTGCTGACAG  348
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CCCCGCTCAAAGGTACCACATTTTCCTTACTCGTTCATCTGCTGACAG  298

seq1  ACATCTCCACTGTCGCCACTTCCATGCTATCGTGAACAGAGCTGTGATGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCCACTGTCGCCACTTCCATGCTATCGTGAACAGAGCTGTGATGT  348

seq1  TTCTAATTCTTTGCTTTCATTTCTGGGGGCATTACTTCTGTGGGCTGAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATTCTTTGCTTTCATTTCTGGGGGCATTACTTCTGTGGGCTGAAG  398

seq1  AGAACAGTGCCTGCAGAGTTTGTAAACATGTAATTTAGCTGACATCGCTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGTGCCTGCAGAGTTTGTAAACATGTAATTTAGCTGACATCGCTC  448

seq1  CCAGAAGTTCATGTCATACTCATTGAAATTAACTCAGTGTGATGGGATTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGTTCATGTCATACTCATTGAAATTAACTCAGTGTGATGGGATTT  498

seq1  GAGTTCACAATATGTAATTTGAATGCACACATGACCGTACTAAGTATTTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCACAATATGTAATTTGAATGCACACATGACCGTACTAAGTATTTA  548

seq1  TTGCCATCTCCGGGGGTCCTTTAATAGACATAGATGTCACAGTCTCTCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATCTCCGGGGGTCCTTTAATAGACATAGATGTCACAGTCTCTCAT  598

seq1  AGAAAACCTTGAGAAAGAATTCATTTAGCTGAAAGTGTGAAAATTTAAAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCTTGAGAAAGAATTCATTTAGCTGAAAGTGTGAAAATTTAAAC  648

seq1  ATCTCTAAACAAAGGTTTTCTTTACTTTTTTCAATCATGCCGATCTGGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAAACAAAGGTTTTCTTTACTTTTTTCAATCATGCCGATCTGGGG  698

seq1  CTGTGTTCTCGTGTCTACCGAATGATGTCCAACACCGATATTCAAATAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTCTCGTGTCTACCGAATGATGTCCAACACCGATATTCAAATAAT  748

seq1  TCAATCTGCTTTTAGCCTTTATAAAAGAATTTAAGCAGGTGCCTGTGGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTGCTTTTAGCCTTTATAAAAGAATTTAAGCAGGTGCCTGTGGAA  798

seq1  ATAATTGGATATTTCTATATACAGGATTTAGCCTTAATTATGCACGTATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGGATATTTCTATATACAGGATTTAGCCTTAATTATGCACGTATT  848

seq1  TTTACATTCTCTTCATGGTCCCTAATGACTCTAGAGCCTGTTGCGTCATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATTCTCTTCATGGTCCCTAATGACTCTAGAGCCTGTTGCGTCATA  898

seq1  CCAGTGCCCAAATATACTGAGCAACGTTGGAAGGTCAGCCGGAAGAGTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCCCAAATATACTGAGCAACGTTGGAAGGTCAGCCGGAAGAGTCA  948

seq1  CTAGGAAGAATTACCCTCCCAACAACCTACAGAATGGGCAGAATGGGTTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAAGAATTACCCTCCCAACAACCTACAGAATGGGCAGAATGGGTTC  998

seq1  TACAGGGTCTTCTCTAAGCATTAGCTTGATTGGCAGCCATGCCCCCAGTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGGTCTTCTCTAAGCATTAGCTTGATTGGCAGCCATGCCCCCAGTT  1048

seq1  GTAAAGTAAGCAGTCAACTGGGATCAAAGAGATACGCTCAAAGAGATCCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTAAGCAGTCAACTGGGATCAAAGAGATACGCTCAAAGAGATCCT  1098

seq1  TTGTTAAGAATTC  1161
      |||||||||||||
seq2  TTGTTAAGAATTC  1111


seq1: chr17_9692708_9693794
seq2: B6Ng01-090E13.g_71_1161

seq1  GAATTCATTTACATTTCATTACAGACTAGAAATTCCCTTCACACCATACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTACATTTCATTACAGACTAGAAATTCCCTTCACACCATACA  50

seq1  AGGTGACTTCAGAGTGAATGTGCTCTGTATATATCTCTGCAGCTACAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACTTCAGAGTGAATGTGCTCTGTATATATCTCTGCAGCTACAGAC  100

seq1  CCTGTGAGCATCAATCCTAAAACCCCAGGCAGAAAGGTTGAGCCTGGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAGCATCAATCCTAAAACCCCAGGCAGAAAGGTTGAGCCTGGATG  150

seq1  GTTTCATCAATACACATCCTATGCAGAACCTTTATAGAAAACCATCCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATCAATACACATCCTATGCAGAACCTTTATAGAAAACCATCCTCA  200

seq1  ATCTCTCAATGTCCCAGCCCCAAGTGCTCCATCCCACATTGCCCTCACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCAATGTCCCAGCCCCAAGTGCTCCATCCCACATTGCCCTCACCT  250

seq1  TCCACCAGCCCAGTTCTACCCACCATAACCACACTAATAACATCAAATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCAGCCCAGTTCTACCCACCATAACCACACTAATAACATCAAATCA  300

seq1  AAATCGAGTGAAAACAGGAGCAGAAAATATCCAGCTCCTTCTATGGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGAGTGAAAACAGGAGCAGAAAATATCCAGCTCCTTCTATGGAAGG  350

seq1  AAGGCAACCTGAGGAGAGAGCAAAGTCTTGGGTGACCCTTCCAAGGGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAACCTGAGGAGAGAGCAAAGTCTTGGGTGACCCTTCCAAGGGTCT  400

seq1  TGACATCTATCACCTATGCAGAAGGATGAGAAAACTGTGTTCCAACTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCTATCACCTATGCAGAAGGATGAGAAAACTGTGTTCCAACTTAG  450

seq1  TCTGCAGACAGTGCTGTACCAACAGAGTACAGCAAGGCAGCAGAGTCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGACAGTGCTGTACCAACAGAGTACAGCAAGGCAGCAGAGTCTAA  500

seq1  CCCTAGTGCCTGTTCTACCCCAGGAGACAAGGTTCAGGACAAGGAACCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGTGCCTGTTCTACCCCAGGAGACAAGGTTCAGGACAAGGAACCAT  550

seq1  CAACAGCTTGAGTTGAGACATTTTACAGAGGCCCAGATGGTGAGGACTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCTTGAGTTGAGACATTTTACAGAGGCCCAGATGGTGAGGACTTG  600

seq1  GCCCAACATGATGCTGTCAAGAGGTGGTCGAAGCCTTCAGTGTGGGAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAACATGATGCTGTCAAGAGGTGGTCGAAGCCTTCAGTGTGGGAAGC  650

seq1  TACTAGGTTACTGAGGGACTGGGGGTATGACTTCAAAGAGACCATGGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGGTTACTGAGGGACTGGGGGTATGACTTCAAAGAGACCATGGGAC  700

seq1  ACAGTCTTGTCTTGACTCTCTCTGTGTCTCTCTGTCTCTGTCTCTTTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTTGTCTTGACTCTCTCTGTGTCTCTCTGTCTCTGTCTCTTTCTC  750

seq1  TTTCTTTCTCTCTGTGTCAGTGCACATGTATATGTGTGCACATGTCTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCTCTCTGTGTCAGTGCACATGTATATGTGTGCACATGTCTATT  800

seq1  GTGTGCCTGTGTGTATGTGTGCATATGTGTGTATGCATGCGTGTGTATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCTGTGTGTATGTGTGCATATGTGGGTATGCATGCGTGTGTATAT  850

seq1  TGTAGGCCTGTGTGTATGTGTCTA-GTATGTGT--GTGTATGTCTGTACA  897
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||
seq2  TGTAGGCCTGTGTGTATGTGTCTAGGTATGTGTTGTTGTATGTCTGTACA  900

seq1  TATGTGCGTGCATGTGGA-CACTCCACAT-GCATAG-ATGTCAGAGAACA  944
      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  TATGTGCGTGCATGTGGACCACTCCACATGGCATAGAATGTCAGAGAACA  950

seq1  AACTCAGATCTCCATTTTCATCTTCTACTTTG-ATAGGAGTATGATCTCT  993
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AACTCAGATCTCCATTTTCATCTTCTACTTTGAATAGGAGTATGATCTCT  1000

seq1  GTTGCATTGCTATGTGAGTCAGGCTGCCCAGGGGCTTCTGCAATTCTCCT  1043
      ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||| ||
seq2  GTTGCATTGCTATGTGAGTCAAGCTGCCCA--GGCTTCTGCAA-TCT-CT  1046

seq1  AGCTCTTGGGGTGTAGGAGTGCTGGGATTGG-ATTTGAATTGCTT  1087
      |||||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  AGCTCTTGGGGGTGAGGGGTGCTGGGATTGGAATTTGAAATGCTT  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |