BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090H11
Chromosome17 (Build37)
Map Location 12,623,135 - 12,764,344
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc22a3, LOC100041192
Upstream genePark2, Agpat4, Tdgf1-ps2, Map3k4, 4732491K20Rik, LOC625753, Plg
Downstream geneSlc22a2, Slc22a1, Igf2r, Air, EG635617, Mas1, Mrgprh, Pnldc1, Mrpl18, Tcp1, Acat3, Acat2, Wtap, Sod2, Gpr31c, Tcp10c, Ttll2, Unc93a, Smok2a, Smok2b, LOC667359, LOC100041352, LOC667372, LOC667384, Smok4a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090H11.bB6Ng01-090H11.g
ACCDH902758DH902759
length1,041374
definitionDH902758|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090H11, 5' end.DH902759|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090H11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,763,295 - 12,764,344)(12,623,135 - 12,623,513)
sequence
gaattctgctgatgccacagctgacttagcaccctgacccacttgtgcta
ggattccacttgcacaaggctctcagctgctgccagccagaaggaaccaa
gcttccatattgtgagcagcttgtttgtagccagagggtgactataccat
caactttgggcagaagccagaaatacccacagggcagctgacgatggcat
aggagagaaatcatgtcagggctaccttgtggtagaacagagttcagatc
tttgctctgaaacatggtcttctgcagccttaccaggattttacagaagc
tgggcacttccactagcttactgactccacaaaggcagccttgcctcctg
gtcctcacatgtagtgcaaagagggtcatcatggagcccagtatagccat
ttgactgtgtctatgctcttggtttcattcatggctctgacatttttttt
tgagctgggataagttacttggtgtcagaggggggattcttactctcctc
acgacttctgagaattggggggggggttcaccacatgcgcatgtgctggc
tgctctctgggtcatatgtgtaaggtgggggcactgagcatgcgcaccct
cagagctctaactccggagatgcccagtgtctcaaaccactccctcagtt
tccagagctctggtaaatcaggtggcattatatgactaccagctgtgata
aagctgctttctttgtggtagaaggcactgctgtccccaacagcttaaac
aatgtacccgttcttgtgtgtcctgagagcagaagtcaccatctatgcct
tccattttgacctgtctccacactgtaagaaatggccaaacctgccttca
tagctaagaaaaagcaatagaaacattaaaaaatgttataaggggttgga
gagatggctttgccagtaaagtgatcttatgcaacatggggactgagttc
aactcagcatcatagaaagagctgggacagtggccacattgtatccagtg
tcctccacatgtgtacatatttatgcttatacaccatgtga
acgactggtgattctggcccatccaatcataatagacccgtgagcaggaa
ggcatgaagaccggggcctaatacctagaatccatacaaaagagccaagt
gtggtggtgggcatggaaacccagccctggggaagtggagaccaggagcc
ccgtggctcatggccaaacagccttgcctcagtagcaaactgcaggctaa
gtgagagaccctgtcctaaggaacaggtgagcacccatgccaacctcggg
tctgcatgtggatatgaacacccataccaacatgtgtacctgcacataca
tacatacatacatacacagaatgagagggagggagggagggaaacaggaa
aagagggaaggagggagggaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_12763295_12764344
seq2: B6Ng01-090H11.b_48_1088 (reverse)

seq1  TCACATGTGTGTATAAGCATATATATGTACACATGTGGA-GACACTTGGA  49
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  TCACATG-GTGTATAAGCATAAATATGTACACATGTGGAGGACAC-TGGA  48

seq1  TTACATGTGGGCCACTGTCCCCAGCTCTTTCTATGGATGCTGGAGTTTGA  99
      |   |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||
seq2  TACAATGT-GGCCACTGT-CCCAGCTCTTTCTAT-GATGCT-GAG-TTGA  93

seq1  ACTCAGGTCCCCATGTTTGCATAAAGATCACTTTACTGGCAAAGCCATCT  149
      ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCA-GTCCCCATG-TTGCAT-AAGATCACTTTACTGGCAAAGCCATCT  140

seq1  CTCCAACCCCTTATAACATTTTTTAATGTTTCTATTGCTTTTTCTTAGCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACCCCTTATAACATTTTTTAATGTTTCTATTGCTTTTTCTTAGCT  190

seq1  ATGAAGGCAGGTTTGGCCATTTCTTACAGTGTGGAGACAGGTCAAAATGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGCAGGTTTGGCCATTTCTTACAGTGTGGAGACAGGTCAAAATGG  240

seq1  AAGGCATAGATGGTGACTTCTGCTCTCAGGACACACAAGAACGGGTACAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATAGATGGTGACTTCTGCTCTCAGGACACACAAGAACGGGTACAT  290

seq1  TGTTTAAGCTGTTGGGGACAGCAGTGCCTTCTACCACAAAGAAAGCAGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAGCTGTTGGGGACAGCAGTGCCTTCTACCACAAAGAAAGCAGCT  340

seq1  TTATCACAGCTGGTAGTCATATAATGCCACCTGATTTACCAGAGCTCTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACAGCTGGTAGTCATATAATGCCACCTGATTTACCAGAGCTCTGG  390

seq1  AAACTGAGGGAGTGGTTTGAGACACTGGGCATCTCCGGAGTTAGAGCTCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAGGGAGTGGTTTGAGACACTGGGCATCTCCGGAGTTAGAGCTCT  440

seq1  GAGGGTGCGCATGCTCAGTGCCCCCACCTTACACATATGACCCAGAGAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGCGCATGCTCAGTGCCCCCACCTTACACATATGACCCAGAGAGC  490

seq1  AGCCAGCACATGCGCATGTGGTGAACCCCCCCCCCAATTCTCAGAAGTCG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCACATGCGCATGTGGTGAACCCCCCCCCCAATTCTCAGAAGTCG  540

seq1  TGAGGAGAGTAAGAATCCCCCCTCTGACACCAAGTAACTTATCCCAGCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGAGTAAGAATCCCCCCTCTGACACCAAGTAACTTATCCCAGCTC  590

seq1  AAAAAAAAATGTCAGAGCCATGAATGAAACCAAGAGCATAGACACAGTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAATGTCAGAGCCATGAATGAAACCAAGAGCATAGACACAGTCA  640

seq1  AATGGCTATACTGGGCTCCATGATGACCCTCTTTGCACTACATGTGAGGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTATACTGGGCTCCATGATGACCCTCTTTGCACTACATGTGAGGA  690

seq1  CCAGGAGGCAAGGCTGCCTTTGTGGAGTCAGTAAGCTAGTGGAAGTGCCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGGCAAGGCTGCCTTTGTGGAGTCAGTAAGCTAGTGGAAGTGCCC  740

seq1  AGCTTCTGTAAAATCCTGGTAAGGCTGCAGAAGACCATGTTTCAGAGCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTGTAAAATCCTGGTAAGGCTGCAGAAGACCATGTTTCAGAGCAA  790

seq1  AGATCTGAACTCTGTTCTACCACAAGGTAGCCCTGACATGATTTCTCTCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGAACTCTGTTCTACCACAAGGTAGCCCTGACATGATTTCTCTCC  840

seq1  TATGCCATCGTCAGCTGCCCTGTGGGTATTTCTGGCTTCTGCCCAAAGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCATCGTCAGCTGCCCTGTGGGTATTTCTGGCTTCTGCCCAAAGTT  890

seq1  GATGGTATAGTCACCCTCTGGCTACAAACAAGCTGCTCACAATATGGAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTATAGTCACCCTCTGGCTACAAACAAGCTGCTCACAATATGGAAG  940

seq1  CTTGGTTCCTTCTGGCTGGCAGCAGCTGAGAGCCTTGTGCAAGTGGAATC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTCCTTCTGGCTGGCAGCAGCTGAGAGCCTTGTGCAAGTGGAATC  990

seq1  CTAGCACAAGTGGGTCAGGGTGCTAAGTCAGCTGTGGCATCAGCAGAATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACAAGTGGGTCAGGGTGCTAAGTCAGCTGTGGCATCAGCAGAATT  1040

seq1  C  1050
      |
seq2  C  1041

seq1: chr17_12623135_12623513
seq2: B6Ng01-090H11.g_69_448

seq1  GAATTCA-GACTGGTGATTCTGGCCCATCCAATCATAATAGACCCGTGAG  49
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACGACTGGTGATTCTGGCCCATCCAATCATAATAGACCCGTGAG  50

seq1  CAGGAAGGCATGAAGACCGGGGCCTAATACCTAGAATCCATACAAAAGAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGCATGAAGACCGGGGCCTAATACCTAGAATCCATACAAAAGAG  100

seq1  CCAAGTGTGGTGGTGGGCATGGAAACCCAGCCCTGGGGAAGTGGAGACCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGTGGTGGTGGGCATGGAAACCCAGCCCTGGGGAAGTGGAGACCA  150

seq1  GGAGCCCCGTGGCTCATGGCCAAACAGCCTTGCCTCAGTAGCAAACTGCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCCGTGGCTCATGGCCAAACAGCCTTGCCTCAGTAGCAAACTGCA  200

seq1  GGCTAAGTGAGAGACCCTGTCCTAAGGAACAGGTGAGCACCCATGCCAAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGTGAGAGACCCTGTCCTAAGGAACAGGTGAGCACCCATGCCAAC  250

seq1  CTCGGGTCTGCATGTGGATATGAACACCCATACCAACATGTGTACCTGCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGTCTGCATGTGGATATGAACACCCATACCAACATGTGTACCTGCA  300

seq1  CATACATACATACATACATACACAGAATGAGAGGGAGGGAGGGAGGGAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACATACATACATACACAGAATGAGAGGGAGGGAGGGAGGGAAA  350

seq1  CAGGAAAAGAGGGAAGGAGGGAGGGAAGAA  379
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAAGAGGGAAGGAGGGAGGGAAGAA  380