BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090I10
Chromosome17 (Build37)
Map Location 81,743,844 - 81,903,714
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc8a1
Upstream geneSos1, Cdkl4, F420015M19Rik, Map4k3, LOC100043697, C230072F16Rik, LOC675572, EG668830, Tmem178, Thumpd2, LOC100043700, LOC100043704
Downstream geneEG668832, LOC100043707, LOC625467, LOC668836, EG433141
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090I10.bB6Ng01-090I10.g
ACCDH902801DH902802
length1,0941,077
definitionDH902801|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090I10, 5' end.DH902802|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090I10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,902,609 - 81,903,714)(81,743,844 - 81,744,938)
sequence
gaattcttttccacccaccccatcctcataagctacattgagagagaggc
tgccagagacagcaaaaggctttctcaagtggcagattggatgaatagtc
ctagcatcctcacccctgtggatacaggatatgcctttggcctcaaagtg
ttctggagaaagcccaactcagagtctcagggtaggattttaggctcttc
tgcagacctctatgccagactgcccgaccaggtatcaggaagtgctgagt
gacatgaaacgcaaaaatgaaacacataagcacacacacacacacacaca
tatcacataccccaatatgctactaggtgttgaaggtgaaacaaccgaag
atataaaggtcatttgcactcaccctggaacttttgtcatatgctgtcac
aggcatatgctatggccttggtcagtgaccctcagttttaaaacatatta
agaaggtaagcagttactttgaaaaataactatattccgtacccatcctg
tcttcttccacaatctgaagtgtgttgcataacatccagtttgggcatag
aggaacaagagtcattagattatcacttaagagttaaaactaagtgctgt
atgccttttgatatttgaagtaacttagaaggataaagaagatggttttt
catgtagataatgtcaccttactactggcagttactttggcttctgctgt
ttgttttgttgtttgttgtttgtttttgacttccaacacagcttcagggg
cacttcccaggactgctcagtgatgttcttctagctcacaaactgaaatt
attgtgcagtgaccctgattttggttctgtacacacgaggacaggaagat
ggtacccagaagagcgtgttgtaatctctacctccatcctttgagcagac
acatcaatggagaatccataccatgtgtttccttgggcctaaatcacgcc
tcacagacatggtgtgaagatgcaagacatcctgctctgaccatgcaaag
caaagagcacccacactcacccttcttcttctgtaactcttctgtattct
gcacagtttaataagaatctagaattctaaggtaacacccgtat
gaattctgagtttgagtcctgactcttttccttagtgacttcaggaaatt
actcaaccatctgagactataattctgaaacttcaaatcttttcaaataa
tagagtcaaattattatgtccatcaagaaagataatataaaataaaaaaa
atatatatgaaaagactcatgtgggttgtttttagattaattggatgatt
tctaaaaaaaaaaacaaacaaaacaaacaaaaacaaaaacagacttgtct
acagctgctacatttaaatcatttgttgacatctggttcatactttgtgc
catgggactggtatgataacagcccaccgtttcaaggttaactgctgaaa
aataaaagttatacacagccccacactaacaaagattcagatatattttt
tttgacagatgtgacaaaaccctggaagcctaactagtcttcttgagagg
gccttcttcactgagctggcttacagacccagaggctgcctctggccatg
tagtcatgggatgtttgcctgcaatcccactcggcaaaggctcagatctc
caagggtaaagactagagcaagggaagatgttagattggcaggatgtcat
cagagtgcatcagcatgctctcagggctgactcagaggtgagcagcaaga
ggctgcattgtgctaagaaaggtgtagaagcattacttctcattgtggtt
tcctggggaggtttcaactttgagactggatattccacgacacaaggaac
ttccatcctcttcacctgctcccactgtctcctactcctgctaagaaatc
agcttgacaggacactgatctgagggaaattgcaagtattttgaagggta
gaagatcaagaaaatacttgtgcaaaaaaaaaaaataaacctcctggggc
tagacatatggctcagtggttaaaaccctggcttgcttcttccagagacc
taggttcaatttccagcatccacatggcagctacactgttgtacccaaat
ttcagggagatccaaagcacccccagacatacctgcagccaagcatataa
ataacttcgtcacagacatagagagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_81902609_81903714
seq2: B6Ng01-090I10.b_44_1137 (reverse)

seq1  ATACGGGTGTCTACCCTAAGAATTCTAGGATTCTTATATAAAACCTGTGC  50
      |||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||| ||||  ||||||
seq2  ATACGGGTGT-TA-CCTTAGAATTCTA-GATTCTTAT-TAAA--CTGTGC  44

seq1  AGAATTAACAGAAGAGTTAACAGAAGAAGGAAGGGTGAGTGTGGGTGCCT  100
      |||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  
seq2  AGAAT--ACAGAAGAGTT-ACAGAAGAA-GAAGGGTGAGTGTGGGTGC--  88

seq1  CCTTTGCTTTGCATGGTCAGAGCAGGATGTCTTTGCATCTTCACACCATG  150
       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCTTTGCATGGTCAGAGCAGGATGTC-TTGCATCTTCACACCATG  137

seq1  TCTGTGAGGCGTGATTTAGG-CCAAGGAAACACATGGTATGGATTCTCCA  199
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAGGCGTGATTTAGGCCCAAGGAAACACATGGTATGGATTCTCCA  187

seq1  TTGATGTGTCTGCTCAAAGGATGGAGGTAGAGATTACAACACGCTCTTCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTGTCTGCTCAAAGGATGGAGGTAGAGATTACAACACGCTCTTCT  237

seq1  GGGTACCATCTTCCTGTCCTCGTGTGTACAGAACCAAAATCAGGGTCACT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACCATCTTCCTGTCCTCGTGTGTACAGAACCAAAATCAGGGTCACT  287

seq1  GCACAATAATTTCAGTTTGTGAGCTAGAAGAACATCACTGAGCAGTCCTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATAATTTCAGTTTGTGAGCTAGAAGAACATCACTGAGCAGTCCTG  337

seq1  GGAAGTGCCCCTGAAGCTGTGTTGGAAGTCAAAAACAAACAACAAACAAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGCCCCTGAAGCTGTGTTGGAAGTCAAAAACAAACAACAAACAAC  387

seq1  AAAACAAACAGCAGAAGCCAAAGTAACTGCCAGTAGTAAGGTGACATTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAACAGCAGAAGCCAAAGTAACTGCCAGTAGTAAGGTGACATTAT  437

seq1  CTACATGAAAAACCATCTTCTTTATCCTTCTAAGTTACTTCAAATATCAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGAAAAACCATCTTCTTTATCCTTCTAAGTTACTTCAAATATCAA  487

seq1  AAGGCATACAGCACTTAGTTTTAACTCTTAAGTGATAATCTAATGACTCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATACAGCACTTAGTTTTAACTCTTAAGTGATAATCTAATGACTCT  537

seq1  TGTTCCTCTATGCCCAAACTGGATGTTATGCAACACACTTCAGATTGTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTCTATGCCCAAACTGGATGTTATGCAACACACTTCAGATTGTGG  587

seq1  AAGAAGACAGGATGGGTACGGAATATAGTTATTTTTCAAAGTAACTGCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGACAGGATGGGTACGGAATATAGTTATTTTTCAAAGTAACTGCTT  637

seq1  ACCTTCTTAATATGTTTTAAAACTGAGGGTCACTGACCAAGGCCATAGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTTAATATGTTTTAAAACTGAGGGTCACTGACCAAGGCCATAGCA  687

seq1  TATGCCTGTGACAGCATATGACAAAAGTTCCAGGGTGAGTGCAAATGACC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTGTGACAGCATATGACAAAAGTTCCAGGGTGAGTGCAAATGACC  737

seq1  TTTATATCTTCGGTTGTTTCACCTTCAACACCTAGTAGCATATTGGGGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATCTTCGGTTGTTTCACCTTCAACACCTAGTAGCATATTGGGGTA  787

seq1  TGTGATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTATGTGTTTCATTTTTGCGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTATGTGTTTCATTTTTGCGTT  837

seq1  TCATGTCACTCAGCACTTCCTGATACCTGGTCGGGCAGTCTGGCATAGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCACTCAGCACTTCCTGATACCTGGTCGGGCAGTCTGGCATAGAG  887

seq1  GTCTGCAGAAGAGCCTAAAATCCTACCCTGAGACTCTGAGTTGGGCTTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCAGAAGAGCCTAAAATCCTACCCTGAGACTCTGAGTTGGGCTTTC  937

seq1  TCCAGAACACTTTGAGGCCAAAGGCATATCCTGTATCCACAGGGGTGAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAACACTTTGAGGCCAAAGGCATATCCTGTATCCACAGGGGTGAGG  987

seq1  ATGCTAGGACTATTCATCCAATCTGCCACTTGAGAAAGCCTTTTGCTGTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGGACTATTCATCCAATCTGCCACTTGAGAAAGCCTTTTGCTGTC  1037

seq1  TCTGGCAGCCTCTCTCTCAATGTAGCTTATGAGGATGGGGTGGGTGGAAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAGCCTCTCTCTCAATGTAGCTTATGAGGATGGGGTGGGTGGAAA  1087

seq1  AGAATTC  1106
      |||||||
seq2  AGAATTC  1094

seq1: chr17_81743844_81744938
seq2: B6Ng01-090I10.g_69_1145

seq1  GAATTCTGAGTTTGAGTCCTGACTCTTTTCCTTAGTGACTTCAGGAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGTTTGAGTCCTGACTCTTTTCCTTAGTGACTTCAGGAAATT  50

seq1  ACTCAACCATCTGAGACTATAATTCTGAAACTTCAAATCTTTTCAAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAACCATCTGAGACTATAATTCTGAAACTTCAAATCTTTTCAAATAA  100

seq1  TAGAGTCAAATTATTATGTCCATCAAGAAAGATAATATAAAATAAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCAAATTATTATGTCCATCAAGAAAGATAATATAAAATAAAAAAA  150

seq1  ATATATATGAAAAGACTCATGTGGGTTGTTTTTAGATTAATTGGATGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATGAAAAGACTCATGTGGGTTGTTTTTAGATTAATTGGATGATT  200

seq1  TCTAAAAAAAAAAACAAACAAAACAAACAAAAACAAAAACAGACTTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAAAAAAAACAAACAAAACAAACAAAAACAAAAACAGACTTGTCT  250

seq1  ACAGCTGCTACATTTAAATCATTTGTTGACATCTGGTTCATACTTTGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGCTACATTTAAATCATTTGTTGACATCTGGTTCATACTTTGTGC  300

seq1  CATGGGACTGGTATGATAACAGCCCACCGTTTCAAGGTTAACTGCTGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGACTGGTATGATAACAGCCCACCGTTTCAAGGTTAACTGCTGAAA  350

seq1  AATAAAAGTTATACACAGCCCCACACTAACAAAGATTCAGATATATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGTTATACACAGCCCCACACTAACAAAGATTCAGATATATTTTT  400

seq1  TTTGACAGATGTGACAAAACCCTGGAAGCCTAACTAGTCTTCTTGAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAGATGTGACAAAACCCTGGAAGCCTAACTAGTCTTCTTGAGAGG  450

seq1  GCCTTCTTCACTGAGCTGGCTTACAGACCCAGAGGCTGCCTCTGGCCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTTCACTGAGCTGGCTTACAGACCCAGAGGCTGCCTCTGGCCATG  500

seq1  TAGTCATGGGATGTTTGCCTGCAATCCCACTCGGCAAAGGCTCAGATCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATGGGATGTTTGCCTGCAATCCCACTCGGCAAAGGCTCAGATCTC  550

seq1  CAAGGGTAAAGACTAGAGCAAGGGAAGATGTTAGATTGGCAGGATGTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGTAAAGACTAGAGCAAGGGAAGATGTTAGATTGGCAGGATGTCAT  600

seq1  CAGAGTGCATCAGCATGCTCTCAGGGCTGACTCAGAGGTGAGCAGCAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGCATCAGCATGCTCTCAGGGCTGACTCAGAGGTGAGCAGCAAGA  650

seq1  GGCTGCATTGTGCTAAGAAAGGTGTAGAAGCATTACTTCTCATTGTGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCATTGTGCTAAGAAAGGTGTAGAAGCATTACTTCTCATTGTGGTT  700

seq1  TCCTGGGGAGGTTTCAACTTTGAGACTGGATATTCCACGACACAAGGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGGAGGTTTCAACTTTGAGACTGGATATTCCACGACACAAGGAAC  750

seq1  TTCCATCCTCTTCACCTGCTCCCACTGTCTCCTACTCCTGCTAAAGAAAT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTCCATCCTCTTCACCTGCTCCCACTGTCTCCTACTCCTGCT-AAGAAAT  799

seq1  CAGCTTGACAGGACACTGATCTGAGGGAAATTGCAAGTATTTTTGAAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  CAGCTTGACAGGACACTGATCTGAGGGAAATTGCAAGTA-TTTTGAA-GG  847

seq1  GTAGAAGATCAAAGAAAATACTTGTGCAAAAAAAAAAAAAAATAAACTCC  900
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||
seq2  GTAGAAGATC-AAGAAAATACTTGTGCAAAAAAAAAAAATA--AACCTCC  894

seq1  TGGGGCTAGACATATGGCTCAGTGGTTAAAAACACTGGCTTGC-TCTTCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||
seq2  TGGGGCTAGACATATGGCTCAGTGGTT-AAAACCCTGGCTTGCTTCTTCC  943

seq1  AGAGGACCTAGGTTCAATTTCCAGCATCCACATGGCAGCTTACAACTGTT  999
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |
seq2  AGA-GACCTAGGTTCAATTTCCAGCATCCACATGGCAGC-TAC-ACTG-T  989

seq1  TGTAACTCAAATTTCAGGGAGGATCCAAAGCACTCACAGACATACCTGCA  1049
      ||| || ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||
seq2  TGT-ACCCAAATTTCAGGGA-GATCCAAAGCACCCCCAGACATACCTGCA  1037

seq1  GGCAAAGCATATAAAATAAACTTTCGTCACAAGGACATAGAGAGGA  1095
       || |||||||| ||||||   |||||||||  |||||||||||||
seq2  -GCCAAGCATAT-AAATAA--CTTCGTCACA--GACATAGAGAGGA  1077