BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-094H12
Chromosome8 (Build37)17 (Build37)
Map Location 124,272,730 - 124,272,98612,368,359 - 12,369,494
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneJph3
Upstream geneIrf8, LOC100042333, Foxf1a, Mthfsd, Foxc2, Foxl1, 1700018B08Rik, Fbxo31, Map1lc3b, Zcchc14
Downstream geneKlhdc4, Slc7a5, BC048644, Car5a, Banp, Gm22, Zfpm1, Trhr2, 5830416A07Rik, Il17c, Cyba, Mvd, Snai3, Rnf166, 2310061F22Rik, Cdt1, Aprt, Galns, Trappc2l, Pabpnl1, Cbfa2t3h, C230057M02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-094H12.bB6Ng01-094H12.g
ACCDH905683DH905684
length2731,125
definitionDH905683|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094H12, 5' end.DH905684|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094H12, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,272,730 - 124,272,986)(12,368,359 - 12,369,494)
sequence
aagttccagcacccacatcagacagctcacagtcactcataacaccagct
ccaggagatctaatgtcctcttctggcctttgaggacacacacacacaca
tgtgtgtgtgtatgtatgtacgtatgtgtatatataagtatatacatatg
tatgtgtatatatagatatatacatatgtatgtgtatgtaggtatatatg
cgcatgcgtacatacatacacacacacatgtgtgtgtgtgtgtcctcaaa
ggcaaacacatctgtgtgtgtga
gaattcttaaccagatcaactccaggagcatctctccaaatctcagacat
gtttgatgtatacacgacactaaaacagaaagataagccaaagagatgaa
tggacacagaatctcctaagtgtttaatagcctgaagatttaatgtattt
cattagtctgaatgtaagttaggatttgcaaatgcatttctgactgtgtg
tttagactggagaaggtcaagcccactcaagaggctgctgttgtaataac
ctagagtcagcattaatcctaagtgtctctggctggaggtcacaacctcc
tttataatcactgtgactatttgtttatggtaatgttgcgcgagcacttg
tgttgcagcaggagtccttgataaatgttttccttgcaaatgaagaaggt
ctcaagagggtcagcgtgaaacagagcagctcggcagagggtggggaagt
gggtgctgcaggggtcagtagttaactccactacagggcttcaaactagt
gtagaccatgagaatgcacccagtcaaatctcaccaactctgatgcactc
attattcattcaatagacatgttgagcatatattacatgcaaagccctat
actagttgtgtagccctatactagctttgctttgagtaaagcaccacaga
atgtcctgaagattcattatctaatagtctaaaataaatgttggggggtg
aggcaggcaacaccatgaatagatgatggagaatgtgtaccagttaccaa
ctactgcataacaaatgaccactgcccctgagtggctaagagcaagcatt
cattctgcccttggattctatgagcctggaatcagagcaggcccaaggac
acagctggagtctgctccaggatgcctggttttcaccagtctatagctca
gaacagaatcaagggatctctttgatatgtctggcagttgatgttgcctg
cctgttgggcctcatctggttctaaaagagcgatttctctgtgaagcatc
atcagatggtggacttctatatggtcatctgagttctgaagtgggtgtct
gaactccgaaggacagaggacttgttactttttatggcctatccttaaag
tagactttgggggagaggggttgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_124272730_124272986
seq2: B6Ng01-094H12.b_143_244

seq1  ACACACACACATATGTATGTATATGTATGTGTGTATGTATGTATATATAT  50
                                                    | | 
seq2  ----------------------------------------------ACAC  4

seq1  ACATATATGTATGTGTGTATGTATATACATATATGTGTATATACATATAT  100
      ||| | |||| ||||||||||||| |||   |||||||||    ||||| 
seq2  ACACACATGTGTGTGTGTATGTATGTAC--GTATGTGTAT----ATATAA  48

seq1  GTATATACATATATGTGTGTATAAAATGTGTGTGTATATATATGTGTATA  150
      ||||||||||               |||| ||||||||||||  | ||||
seq2  GTATATACAT---------------ATGTATGTGTATATATAGATATATA  83

seq1  TATATGTGTGTGTATATATATGTATGTGTATGTGTATATATATATATATA  200
       |||||| ||||||| ||                                
seq2  CATATGTATGTGTATGTAG-------------------------------  102

seq1  TATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTG  250
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  102

seq1  TATGTAG  257
             
seq2  -------  102

seq1: chr17_12368359_12369494
seq2: B6Ng01-094H12.g_69_1193

seq1  GAATTCTTAACCAGATCAACTCCAGGAGCATCTCTCCAAATCTCAGACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAACCAGATCAACTCCAGGAGCATCTCTCCAAATCTCAGACAT  50

seq1  GTTTGATGTATACACGACACTAAAACAGAAAGATAAGCCAAAGAGATGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATGTATACACGACACTAAAACAGAAAGATAAGCCAAAGAGATGAA  100

seq1  TGGACACAGAATCTCCTAAGTGTTTAATAGCCTGAAGATTTAATGTATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACAGAATCTCCTAAGTGTTTAATAGCCTGAAGATTTAATGTATTT  150

seq1  CATTAGTCTGAATGTAAGTTAGGATTTGCAAATGCATTTCTGACTGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGTCTGAATGTAAGTTAGGATTTGCAAATGCATTTCTGACTGTGTG  200

seq1  TTTAGACTGGAGAAGGTCAAGCCCACTCAAGAGGCTGCTGTTGTAATAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACTGGAGAAGGTCAAGCCCACTCAAGAGGCTGCTGTTGTAATAAC  250

seq1  CTAGAGTCAGCATTAATCCTAAGTGTCTCTGGCTGGAGGTCACAACCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGTCAGCATTAATCCTAAGTGTCTCTGGCTGGAGGTCACAACCTCC  300

seq1  TTTATAATCACTGTGACTATTTGTTTATGGTAATGTTGCGCGAGCACTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAATCACTGTGACTATTTGTTTATGGTAATGTTGCGCGAGCACTTG  350

seq1  TGTTGCAGCAGGAGTCCTTGATAAATGTTTTCCTTGCAAATGAAGAAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCAGCAGGAGTCCTTGATAAATGTTTTCCTTGCAAATGAAGAAGGT  400

seq1  CTCAAGAGGGTCAGCGTGAAACAGAGCAGCTCGGCAGAGGGTGGGGAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAGGGTCAGCGTGAAACAGAGCAGCTCGGCAGAGGGTGGGGAAGT  450

seq1  GGGTGCTGCAGGGGTCAGTAGTTAACTCCACTACAGGGCTTCAAACTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTGCAGGGGTCAGTAGTTAACTCCACTACAGGGCTTCAAACTAGT  500

seq1  GTAGACCATGAGAATGCACCCAGTCAAATCTCACCAACTCTGATGCACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACCATGAGAATGCACCCAGTCAAATCTCACCAACTCTGATGCACTC  550

seq1  ATTATTCATTCAATAGACATGTTGAGCATATATTACATGCAAAGCCCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCATTCAATAGACATGTTGAGCATATATTACATGCAAAGCCCTAT  600

seq1  ACTAGTTGTGTAGCCCTATACTAGCTTTGCTTTGAGTAAAGCACCACAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTTGTGTAGCCCTATACTAGCTTTGCTTTGAGTAAAGCACCACAGA  650

seq1  ATGTCCTGAAGATTCATTATCTAATAGTCTAAAATAAATGTTGGGGGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTGAAGATTCATTATCTAATAGTCTAAAATAAATGTTGGGGGGTG  700

seq1  AGGCAGGCAACACCATGAATAGATGATGGAGAATGTGTACCAGTTACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGCAACACCATGAATAGATGATGGAGAATGTGTACCAGTTACCAA  750

seq1  CTACTGCATAACAAATGACCACTGCCCCTGAGTGGCTAAGAGCAAGCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGCATAACAAATGACCACTGCCCCTGAGTGGCTAAGAGCAAGCATT  800

seq1  CATTCTGCCCTTGGATTCTATGAGCCTGGAATCAGAGCAGGGCCCAAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  CATTCTGCCCTTGGATTCTATGAGCCTGGAATCAGAGCA-GGCCCAA-GG  848

seq1  ACACAGCTGGAGTCTGCTCCAGGATGCCTGGTTTTCACCAGTCTATAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCTGGAGTCTGCTCCAGGATGCCTGGTTTTCACCAGTCTATAGCT  898

seq1  CAGGAACAGGAATCAAGGGATCTCTTTGATAATGTCTGGCAGTTGATGTT  950
      || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CA-GAACA-GAATCAAGGGATCTCTTTGAT-ATGTCTGGCAGTTGATGTT  945

seq1  GCCTGCCTGTTGGGCCCTCATCTGGGTTCTTAAAAGAGCGATTTCTCTGT  1000
      |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTGTTGGG-CCTCATCT-GGTTC-TAAAAGAGCGATTTCTCTGT  992

seq1  GAAGCATCATCAAGATGGTGGACTTCTTAATATGGTCATCTGAGGTTCTG  1050
      ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||
seq2  GAAGCATCATC-AGATGGTGGACTTCT--ATATGGTCATCTGA-GTTCTG  1038

seq1  AAAGTGGGTGTCTGAACTCAG-AGGACAGAGGAC-TGTTACCTTTTATGG  1098
       |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  -AAGTGGGTGTCTGAACTCCGAAGGACAGAGGACTTGTTACTTTTTATGG  1087

seq1  CCTATCCTTAAAGTAGAACTTGGGGGAGGGGGGTTGGG  1136
      |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |
seq2  CCTATCCTTAAAGTAGACTTTGGGGGAGAGGGGTTGAG  1125